# TARGET T0303 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2283 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.102 0.021 0.045 0.038 0.063 0.091 0.021 0.620 2 T 0.144 0.013 0.054 0.091 0.084 0.165 0.027 0.422 3 Q 0.073 0.005 0.083 0.072 0.088 0.096 0.015 0.569 4 F 0.045 0.002 0.135 0.114 0.175 0.136 0.006 0.386 5 K 0.011 0.001 0.429 0.243 0.205 0.045 0.003 0.064 6 L 0.003 0.001 0.511 0.135 0.182 0.018 0.001 0.150 7 I 0.001 0.001 0.862 0.069 0.063 0.002 0.001 0.004 8 G 0.001 0.001 0.830 0.071 0.065 0.003 0.001 0.030 9 F 0.001 0.001 0.841 0.049 0.082 0.004 0.001 0.024 10 D 0.001 0.001 0.591 0.096 0.173 0.027 0.001 0.112 11 L 0.002 0.001 0.341 0.042 0.141 0.137 0.002 0.334 12 D 0.004 0.001 0.026 0.006 0.020 0.704 0.004 0.236 13 G 0.209 0.004 0.046 0.031 0.017 0.152 0.057 0.485 14 T 0.277 0.002 0.032 0.007 0.015 0.555 0.008 0.104 15 L 0.071 0.016 0.145 0.127 0.157 0.187 0.009 0.288 16 V 0.041 0.051 0.061 0.159 0.344 0.109 0.005 0.230 17 N 0.026 0.030 0.054 0.103 0.238 0.117 0.010 0.423 18 S 0.073 0.050 0.035 0.034 0.073 0.139 0.013 0.582 19 L 0.059 0.022 0.009 0.011 0.032 0.492 0.008 0.367 20 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.988 21 D 0.007 0.109 0.003 0.005 0.010 0.335 0.002 0.529 22 L 0.054 0.609 0.007 0.003 0.007 0.067 0.005 0.248 23 A 0.012 0.903 0.002 0.001 0.003 0.015 0.001 0.062 24 L 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.023 25 S 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 26 I 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 27 N 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 28 S 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 29 A 0.013 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 30 L 0.019 0.936 0.005 0.001 0.003 0.002 0.005 0.028 31 K 0.038 0.868 0.004 0.002 0.002 0.008 0.013 0.065 32 D 0.127 0.711 0.011 0.002 0.001 0.005 0.047 0.096 33 V 0.270 0.535 0.031 0.005 0.003 0.005 0.078 0.073 34 N 0.248 0.155 0.080 0.011 0.008 0.030 0.155 0.314 35 L 0.119 0.045 0.421 0.035 0.031 0.047 0.017 0.286 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 37 Q 0.009 0.007 0.033 0.010 0.023 0.088 0.002 0.828 38 A 0.095 0.020 0.033 0.006 0.009 0.139 0.005 0.691 39 S 0.084 0.038 0.017 0.007 0.016 0.098 0.005 0.735 40 E 0.062 0.051 0.011 0.004 0.012 0.096 0.003 0.761 41 N 0.047 0.154 0.006 0.004 0.006 0.275 0.006 0.502 42 L 0.125 0.527 0.005 0.005 0.009 0.082 0.009 0.239 43 V 0.029 0.873 0.005 0.005 0.009 0.011 0.004 0.064 44 M 0.016 0.875 0.010 0.009 0.013 0.009 0.005 0.064 45 T 0.029 0.852 0.011 0.012 0.014 0.006 0.011 0.066 46 W 0.115 0.715 0.017 0.015 0.023 0.012 0.026 0.077 47 I 0.113 0.617 0.054 0.028 0.032 0.022 0.026 0.107 48 G 0.106 0.414 0.060 0.032 0.030 0.041 0.042 0.275 49 N 0.149 0.184 0.066 0.019 0.023 0.064 0.037 0.458 50 G 0.095 0.076 0.034 0.010 0.013 0.061 0.023 0.689 51 A 0.077 0.050 0.049 0.009 0.019 0.138 0.010 0.648 52 D 0.026 0.079 0.019 0.009 0.014 0.172 0.007 0.674 53 V 0.091 0.267 0.017 0.010 0.023 0.172 0.007 0.414 54 L 0.050 0.709 0.016 0.011 0.020 0.069 0.005 0.123 55 S 0.047 0.786 0.009 0.009 0.016 0.027 0.009 0.097 56 Q 0.061 0.805 0.012 0.008 0.011 0.014 0.010 0.080 57 R 0.101 0.737 0.011 0.008 0.010 0.021 0.021 0.092 58 A 0.092 0.727 0.021 0.009 0.015 0.018 0.019 0.099 59 V 0.061 0.627 0.029 0.011 0.020 0.026 0.017 0.208 60 D 0.042 0.463 0.024 0.008 0.012 0.038 0.014 0.400 61 W 0.095 0.498 0.030 0.007 0.011 0.053 0.019 0.288 62 A 0.111 0.582 0.019 0.007 0.008 0.078 0.019 0.176 63 C 0.148 0.506 0.041 0.010 0.013 0.059 0.023 0.199 64 T 0.089 0.576 0.033 0.011 0.013 0.064 0.013 0.201 65 Q 0.072 0.491 0.031 0.007 0.017 0.064 0.012 0.305 66 A 0.062 0.539 0.016 0.005 0.012 0.086 0.012 0.268 67 E 0.082 0.592 0.013 0.004 0.010 0.068 0.013 0.218 68 K 0.109 0.595 0.009 0.003 0.006 0.049 0.017 0.213 69 E 0.180 0.557 0.009 0.003 0.004 0.063 0.027 0.156 70 L 0.219 0.576 0.020 0.004 0.005 0.026 0.019 0.132 71 T 0.175 0.403 0.020 0.006 0.011 0.071 0.024 0.291 72 E 0.059 0.209 0.026 0.004 0.011 0.044 0.009 0.636 73 D 0.032 0.215 0.007 0.002 0.006 0.124 0.007 0.606 74 E 0.081 0.333 0.007 0.002 0.004 0.231 0.012 0.330 75 F 0.054 0.785 0.005 0.002 0.003 0.029 0.005 0.116 76 K 0.029 0.763 0.006 0.002 0.004 0.035 0.006 0.155 77 Y 0.020 0.858 0.005 0.002 0.003 0.015 0.003 0.094 78 F 0.036 0.879 0.002 0.002 0.004 0.012 0.005 0.059 79 K 0.023 0.914 0.003 0.002 0.004 0.006 0.004 0.044 80 R 0.017 0.916 0.003 0.002 0.002 0.007 0.006 0.047 81 Q 0.039 0.894 0.004 0.002 0.002 0.007 0.010 0.042 82 F 0.040 0.885 0.005 0.003 0.003 0.006 0.010 0.049 83 G 0.046 0.796 0.014 0.006 0.006 0.016 0.015 0.102 84 F 0.068 0.745 0.021 0.007 0.008 0.022 0.015 0.114 85 Y 0.061 0.768 0.014 0.008 0.010 0.021 0.011 0.108 86 Y 0.042 0.764 0.022 0.012 0.018 0.021 0.009 0.111 87 G 0.036 0.705 0.021 0.015 0.023 0.024 0.012 0.164 88 E 0.052 0.650 0.024 0.014 0.022 0.031 0.014 0.193 89 N 0.050 0.692 0.011 0.013 0.015 0.031 0.017 0.171 90 L 0.103 0.638 0.023 0.015 0.026 0.024 0.019 0.151 91 C 0.082 0.601 0.031 0.022 0.031 0.039 0.020 0.173 92 N 0.116 0.434 0.034 0.022 0.027 0.048 0.035 0.283 93 I 0.161 0.298 0.058 0.018 0.026 0.043 0.026 0.370 94 S 0.132 0.340 0.043 0.022 0.025 0.066 0.032 0.340 95 R 0.186 0.111 0.105 0.033 0.031 0.072 0.056 0.406 96 L 0.114 0.104 0.082 0.013 0.019 0.087 0.025 0.556 97 Y 0.176 0.097 0.112 0.030 0.072 0.169 0.012 0.331 98 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 99 N 0.009 0.013 0.004 0.003 0.009 0.316 0.002 0.643 100 V 0.479 0.044 0.008 0.001 0.003 0.049 0.011 0.406 101 K 0.037 0.420 0.014 0.002 0.005 0.053 0.003 0.465 102 E 0.024 0.333 0.003 0.001 0.003 0.150 0.002 0.484 103 T 0.018 0.815 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.131 104 L 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 105 E 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 106 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 107 L 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 108 K 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 109 A 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 110 Q 0.192 0.592 0.005 0.002 0.001 0.001 0.196 0.012 111 G 0.831 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.153 0.007 112 Y 0.006 0.001 0.974 0.003 0.002 0.004 0.002 0.008 113 I 0.002 0.002 0.672 0.068 0.065 0.033 0.002 0.157 114 L 0.001 0.001 0.650 0.034 0.067 0.016 0.001 0.231 115 A 0.001 0.001 0.955 0.024 0.015 0.002 0.001 0.003 116 V 0.001 0.001 0.919 0.028 0.019 0.004 0.001 0.030 117 V 0.001 0.001 0.823 0.068 0.083 0.005 0.001 0.020 118 T 0.002 0.001 0.458 0.119 0.185 0.046 0.001 0.187 119 N 0.009 0.001 0.208 0.042 0.149 0.072 0.011 0.507 120 K 0.026 0.001 0.024 0.008 0.019 0.541 0.003 0.378 121 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.998 122 T 0.019 0.005 0.007 0.011 0.031 0.253 0.004 0.670 123 K 0.096 0.015 0.010 0.008 0.012 0.105 0.006 0.749 124 H 0.101 0.058 0.007 0.009 0.017 0.157 0.006 0.645 125 V 0.263 0.183 0.020 0.015 0.035 0.122 0.013 0.348 126 Q 0.052 0.387 0.016 0.013 0.023 0.058 0.004 0.448 127 P 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.971 128 I 0.014 0.722 0.004 0.008 0.017 0.032 0.003 0.200 129 L 0.012 0.940 0.002 0.002 0.004 0.002 0.002 0.035 130 T 0.013 0.952 0.002 0.002 0.003 0.003 0.004 0.023 131 A 0.052 0.910 0.005 0.002 0.001 0.002 0.009 0.020 132 F 0.118 0.814 0.008 0.004 0.001 0.001 0.030 0.023 133 G 0.530 0.153 0.044 0.007 0.004 0.011 0.129 0.122 134 I 0.107 0.169 0.477 0.015 0.020 0.035 0.017 0.159 135 D 0.024 0.148 0.071 0.012 0.031 0.124 0.009 0.579 136 H 0.067 0.162 0.042 0.009 0.013 0.186 0.013 0.509 137 L 0.114 0.398 0.055 0.008 0.010 0.161 0.014 0.239 138 F 0.084 0.512 0.091 0.014 0.025 0.068 0.017 0.190 139 S 0.055 0.591 0.032 0.019 0.028 0.048 0.015 0.211 140 E 0.125 0.465 0.050 0.020 0.030 0.051 0.040 0.219 141 M 0.228 0.474 0.072 0.028 0.029 0.027 0.044 0.099 142 L 0.084 0.319 0.282 0.071 0.066 0.029 0.037 0.112 143 G 0.067 0.136 0.155 0.062 0.083 0.052 0.030 0.414 144 G 0.075 0.066 0.179 0.042 0.077 0.059 0.019 0.484 145 Q 0.063 0.037 0.064 0.036 0.051 0.138 0.023 0.589 146 S 0.094 0.023 0.047 0.022 0.030 0.090 0.036 0.658 147 L 0.184 0.018 0.075 0.048 0.062 0.083 0.011 0.519 148 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 149 E 0.016 0.006 0.026 0.054 0.122 0.119 0.006 0.652 150 I 0.323 0.019 0.026 0.016 0.030 0.063 0.025 0.498 151 K 0.396 0.024 0.098 0.080 0.085 0.058 0.010 0.250 152 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 153 H 0.016 0.005 0.033 0.031 0.089 0.152 0.002 0.671 154 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 155 A 0.013 0.004 0.003 0.005 0.011 0.107 0.001 0.856 156 P 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.951 157 F 0.054 0.289 0.011 0.006 0.018 0.169 0.003 0.450 158 Y 0.010 0.900 0.005 0.003 0.005 0.010 0.001 0.066 159 Y 0.007 0.930 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.054 160 L 0.029 0.912 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.048 161 C 0.013 0.967 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.014 162 G 0.023 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 163 K 0.068 0.856 0.009 0.002 0.001 0.002 0.026 0.036 164 F 0.097 0.768 0.010 0.008 0.003 0.002 0.058 0.054 165 G 0.554 0.043 0.030 0.008 0.005 0.010 0.150 0.199 166 L 0.063 0.027 0.735 0.024 0.017 0.017 0.021 0.097 167 Y 0.021 0.012 0.083 0.051 0.065 0.141 0.005 0.621 168 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 169 K 0.005 0.002 0.072 0.031 0.060 0.434 0.003 0.395 170 Q 0.639 0.002 0.074 0.013 0.010 0.134 0.016 0.111 171 I 0.377 0.020 0.264 0.053 0.069 0.043 0.009 0.165 172 L 0.007 0.004 0.796 0.070 0.062 0.012 0.002 0.048 173 F 0.006 0.006 0.483 0.102 0.130 0.037 0.002 0.234 174 V 0.003 0.006 0.645 0.067 0.176 0.018 0.002 0.083 175 G 0.004 0.011 0.322 0.058 0.113 0.080 0.004 0.408 176 D 0.026 0.006 0.145 0.021 0.046 0.142 0.009 0.606 177 S 0.048 0.010 0.041 0.008 0.015 0.232 0.006 0.640 178 Q 0.062 0.013 0.022 0.004 0.010 0.421 0.008 0.462 179 N 0.056 0.026 0.008 0.002 0.004 0.581 0.006 0.317 180 D 0.097 0.161 0.009 0.003 0.005 0.414 0.008 0.303 181 I 0.022 0.777 0.012 0.004 0.007 0.045 0.003 0.130 182 F 0.013 0.680 0.006 0.003 0.010 0.146 0.004 0.139 183 A 0.015 0.929 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.028 184 A 0.009 0.979 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 185 H 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 186 S 0.012 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 187 A 0.121 0.806 0.005 0.003 0.002 0.001 0.057 0.006 188 G 0.788 0.025 0.008 0.004 0.002 0.002 0.155 0.017 189 C 0.023 0.015 0.896 0.015 0.010 0.009 0.008 0.026 190 A 0.008 0.019 0.506 0.105 0.102 0.050 0.009 0.203 191 V 0.004 0.003 0.371 0.020 0.037 0.030 0.002 0.533 192 V 0.001 0.001 0.921 0.043 0.023 0.003 0.001 0.007 193 G 0.002 0.002 0.836 0.043 0.034 0.008 0.001 0.075 194 L 0.001 0.001 0.833 0.048 0.085 0.005 0.001 0.025 195 T 0.003 0.004 0.505 0.100 0.145 0.053 0.002 0.187 196 Y 0.008 0.003 0.267 0.054 0.149 0.073 0.006 0.441 197 G 0.036 0.003 0.103 0.028 0.057 0.169 0.011 0.593 198 Y 0.144 0.006 0.091 0.030 0.040 0.154 0.018 0.517 199 N 0.055 0.009 0.029 0.025 0.032 0.147 0.010 0.692 200 Y 0.080 0.014 0.035 0.019 0.044 0.096 0.011 0.700 201 N 0.080 0.023 0.037 0.020 0.038 0.246 0.020 0.537 202 I 0.146 0.024 0.037 0.029 0.038 0.171 0.010 0.545 203 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 204 I 0.029 0.054 0.025 0.038 0.145 0.159 0.004 0.547 205 A 0.134 0.136 0.021 0.031 0.050 0.111 0.014 0.503 206 Q 0.291 0.162 0.012 0.020 0.044 0.061 0.027 0.384 207 S 0.374 0.175 0.032 0.018 0.027 0.053 0.050 0.270 208 K 0.300 0.072 0.036 0.030 0.026 0.055 0.031 0.450 209 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 210 D 0.072 0.012 0.124 0.070 0.137 0.155 0.012 0.418 211 W 0.147 0.031 0.462 0.062 0.062 0.038 0.007 0.190 212 I 0.047 0.034 0.330 0.063 0.134 0.101 0.007 0.285 213 F 0.055 0.030 0.524 0.067 0.088 0.050 0.004 0.181 214 D 0.034 0.027 0.184 0.032 0.057 0.221 0.007 0.439 215 D 0.067 0.014 0.035 0.008 0.023 0.374 0.010 0.468 216 F 0.067 0.044 0.031 0.004 0.035 0.124 0.009 0.686 217 A 0.018 0.025 0.006 0.001 0.005 0.372 0.004 0.569 218 D 0.021 0.028 0.001 0.001 0.001 0.804 0.002 0.142 219 I 0.081 0.786 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.122 220 L 0.003 0.942 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.046 221 K 0.027 0.889 0.002 0.002 0.001 0.004 0.010 0.065 222 I 0.108 0.837 0.005 0.001 0.002 0.002 0.017 0.027 223 T 0.103 0.807 0.010 0.007 0.009 0.005 0.018 0.041 224 Q 0.043 0.658 0.070 0.013 0.014 0.021 0.021 0.161