# TARGET T0303 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2283 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.339 0.287 0.203 0.118 0.044 0.008 0.001 2 T 0.333 0.306 0.172 0.130 0.049 0.010 0.001 3 Q 0.114 0.346 0.284 0.172 0.069 0.015 0.001 4 F 0.008 0.029 0.087 0.252 0.372 0.236 0.016 5 K 0.002 0.033 0.097 0.255 0.381 0.210 0.021 6 L 0.001 0.001 0.002 0.015 0.083 0.466 0.433 7 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.308 0.651 8 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.151 0.837 9 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.158 0.825 10 D 0.001 0.002 0.008 0.024 0.077 0.283 0.606 11 L 0.001 0.002 0.006 0.023 0.093 0.338 0.538 12 D 0.003 0.018 0.041 0.096 0.188 0.338 0.317 13 G 0.007 0.019 0.048 0.109 0.185 0.339 0.292 14 T 0.008 0.012 0.024 0.057 0.118 0.355 0.426 15 L 0.004 0.006 0.013 0.039 0.115 0.367 0.456 16 V 0.005 0.009 0.018 0.041 0.124 0.355 0.449 17 N 0.008 0.026 0.058 0.122 0.185 0.317 0.283 18 S 0.008 0.021 0.036 0.087 0.206 0.390 0.252 19 L 0.018 0.076 0.135 0.226 0.264 0.205 0.076 20 P 0.056 0.149 0.201 0.248 0.190 0.120 0.036 21 D 0.008 0.027 0.070 0.160 0.293 0.322 0.121 22 L 0.003 0.009 0.016 0.052 0.173 0.495 0.252 23 A 0.007 0.049 0.133 0.245 0.294 0.226 0.047 24 L 0.011 0.089 0.259 0.320 0.201 0.106 0.014 25 S 0.001 0.004 0.010 0.046 0.218 0.544 0.176 26 I 0.001 0.003 0.009 0.049 0.200 0.553 0.184 27 N 0.009 0.111 0.271 0.329 0.186 0.085 0.008 28 S 0.013 0.104 0.241 0.344 0.228 0.066 0.004 29 A 0.002 0.010 0.027 0.107 0.345 0.461 0.048 30 L 0.012 0.041 0.123 0.302 0.345 0.165 0.012 31 K 0.197 0.421 0.228 0.108 0.034 0.011 0.001 32 D 0.242 0.340 0.212 0.134 0.054 0.016 0.002 33 V 0.109 0.161 0.234 0.251 0.172 0.065 0.008 34 N 0.324 0.267 0.180 0.121 0.073 0.031 0.003 35 L 0.197 0.190 0.182 0.214 0.150 0.059 0.008 36 P 0.311 0.273 0.179 0.132 0.072 0.028 0.004 37 Q 0.197 0.169 0.166 0.190 0.169 0.093 0.016 38 A 0.253 0.204 0.167 0.169 0.126 0.067 0.014 39 S 0.295 0.233 0.172 0.147 0.095 0.047 0.010 40 E 0.305 0.231 0.162 0.142 0.094 0.052 0.013 41 N 0.264 0.216 0.170 0.149 0.112 0.072 0.018 42 L 0.161 0.154 0.158 0.187 0.176 0.131 0.033 43 V 0.156 0.143 0.154 0.189 0.186 0.139 0.032 44 M 0.215 0.189 0.167 0.163 0.134 0.103 0.028 45 T 0.168 0.132 0.132 0.170 0.184 0.166 0.049 46 W 0.135 0.105 0.117 0.166 0.203 0.206 0.068 47 I 0.175 0.141 0.142 0.167 0.168 0.152 0.055 48 G 0.225 0.161 0.136 0.155 0.150 0.128 0.045 49 N 0.202 0.161 0.140 0.157 0.153 0.134 0.052 50 G 0.182 0.161 0.147 0.165 0.159 0.132 0.054 51 A 0.151 0.143 0.136 0.168 0.177 0.161 0.064 52 D 0.196 0.185 0.166 0.164 0.139 0.112 0.039 53 V 0.142 0.155 0.155 0.182 0.174 0.144 0.048 54 L 0.086 0.088 0.104 0.155 0.218 0.261 0.087 55 S 0.101 0.114 0.137 0.185 0.204 0.198 0.061 56 Q 0.165 0.170 0.161 0.166 0.155 0.144 0.040 57 R 0.117 0.128 0.145 0.187 0.197 0.178 0.048 58 A 0.106 0.089 0.109 0.165 0.221 0.245 0.067 59 V 0.181 0.167 0.155 0.170 0.160 0.132 0.034 60 D 0.266 0.205 0.159 0.148 0.116 0.085 0.021 61 W 0.286 0.197 0.146 0.147 0.119 0.084 0.022 62 A 0.326 0.188 0.142 0.132 0.111 0.080 0.020 63 C 0.317 0.184 0.140 0.144 0.118 0.078 0.018 64 T 0.405 0.220 0.137 0.111 0.074 0.044 0.010 65 Q 0.420 0.219 0.132 0.106 0.070 0.043 0.011 66 A 0.365 0.194 0.140 0.127 0.097 0.062 0.015 67 E 0.339 0.191 0.143 0.134 0.107 0.071 0.015 68 K 0.364 0.216 0.149 0.126 0.085 0.049 0.011 69 E 0.406 0.216 0.138 0.113 0.075 0.043 0.009 70 L 0.319 0.202 0.152 0.146 0.109 0.060 0.012 71 T 0.349 0.220 0.156 0.131 0.090 0.046 0.009 72 E 0.383 0.225 0.151 0.124 0.074 0.036 0.007 73 D 0.458 0.228 0.128 0.094 0.056 0.029 0.006 74 E 0.312 0.227 0.160 0.138 0.099 0.053 0.011 75 F 0.207 0.193 0.180 0.186 0.143 0.076 0.015 76 K 0.330 0.245 0.162 0.129 0.080 0.044 0.009 77 Y 0.307 0.241 0.168 0.133 0.089 0.051 0.011 78 F 0.145 0.145 0.154 0.199 0.200 0.133 0.025 79 K 0.134 0.145 0.167 0.208 0.193 0.128 0.025 80 R 0.308 0.249 0.165 0.129 0.085 0.053 0.012 81 Q 0.237 0.231 0.180 0.156 0.113 0.069 0.015 82 F 0.109 0.115 0.141 0.205 0.226 0.171 0.034 83 G 0.142 0.155 0.173 0.204 0.183 0.121 0.022 84 F 0.286 0.250 0.168 0.136 0.095 0.056 0.009 85 Y 0.180 0.196 0.180 0.186 0.148 0.093 0.016 86 Y 0.102 0.107 0.139 0.213 0.240 0.173 0.026 87 G 0.166 0.171 0.170 0.191 0.172 0.112 0.018 88 E 0.289 0.230 0.164 0.149 0.101 0.057 0.010 89 N 0.215 0.199 0.176 0.184 0.138 0.075 0.012 90 L 0.138 0.150 0.173 0.224 0.194 0.106 0.016 91 C 0.201 0.181 0.176 0.196 0.159 0.077 0.011 92 N 0.300 0.270 0.186 0.138 0.074 0.028 0.004 93 I 0.199 0.246 0.209 0.181 0.109 0.050 0.006 94 S 0.072 0.085 0.113 0.231 0.280 0.199 0.019 95 R 0.121 0.241 0.245 0.201 0.130 0.055 0.007 96 L 0.034 0.091 0.146 0.301 0.295 0.124 0.009 97 Y 0.015 0.119 0.302 0.332 0.190 0.041 0.002 98 P 0.286 0.432 0.189 0.069 0.019 0.005 0.001 99 N 0.013 0.146 0.315 0.337 0.151 0.034 0.006 100 V 0.001 0.002 0.010 0.063 0.385 0.488 0.053 101 K 0.004 0.121 0.385 0.341 0.119 0.027 0.003 102 E 0.015 0.332 0.401 0.197 0.044 0.010 0.001 103 T 0.001 0.002 0.009 0.057 0.309 0.565 0.057 104 L 0.001 0.001 0.005 0.072 0.388 0.502 0.032 105 E 0.012 0.333 0.412 0.187 0.047 0.008 0.002 106 A 0.007 0.088 0.361 0.392 0.130 0.022 0.001 107 L 0.001 0.004 0.013 0.103 0.507 0.363 0.010 108 K 0.021 0.159 0.409 0.333 0.070 0.008 0.001 109 A 0.545 0.373 0.057 0.020 0.005 0.001 0.001 110 Q 0.032 0.264 0.460 0.217 0.025 0.001 0.001 111 G 0.233 0.548 0.169 0.043 0.007 0.001 0.001 112 Y 0.001 0.010 0.064 0.231 0.475 0.216 0.004 113 I 0.001 0.010 0.067 0.369 0.414 0.136 0.004 114 L 0.001 0.001 0.002 0.013 0.116 0.637 0.232 115 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.280 0.704 116 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.175 0.815 117 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.234 0.744 118 T 0.001 0.003 0.015 0.070 0.229 0.490 0.194 119 N 0.004 0.034 0.102 0.221 0.338 0.249 0.053 120 K 0.044 0.167 0.212 0.216 0.197 0.128 0.037 121 P 0.080 0.229 0.249 0.231 0.144 0.058 0.009 122 T 0.067 0.156 0.262 0.269 0.171 0.068 0.008 123 K 0.254 0.347 0.213 0.107 0.050 0.026 0.003 124 H 0.032 0.138 0.239 0.280 0.219 0.080 0.012 125 V 0.012 0.032 0.074 0.190 0.370 0.291 0.031 126 Q 0.056 0.230 0.304 0.257 0.113 0.036 0.004 127 P 0.097 0.328 0.283 0.182 0.081 0.028 0.003 128 I 0.013 0.039 0.095 0.241 0.372 0.225 0.015 129 L 0.016 0.035 0.113 0.294 0.343 0.182 0.016 130 T 0.257 0.454 0.200 0.068 0.016 0.004 0.001 131 A 0.161 0.324 0.264 0.170 0.065 0.015 0.001 132 F 0.044 0.112 0.198 0.298 0.248 0.093 0.008 133 G 0.150 0.331 0.274 0.155 0.069 0.019 0.002 134 I 0.025 0.039 0.088 0.254 0.358 0.209 0.026 135 D 0.082 0.214 0.254 0.254 0.148 0.044 0.004 136 H 0.096 0.222 0.226 0.204 0.160 0.078 0.015 137 L 0.024 0.071 0.133 0.228 0.266 0.224 0.055 138 F 0.017 0.032 0.059 0.150 0.298 0.355 0.089 139 S 0.054 0.143 0.206 0.235 0.194 0.132 0.036 140 E 0.057 0.085 0.112 0.177 0.230 0.259 0.079 141 M 0.025 0.032 0.052 0.117 0.210 0.373 0.192 142 L 0.032 0.043 0.067 0.136 0.229 0.336 0.157 143 G 0.073 0.115 0.144 0.187 0.216 0.200 0.066 144 G 0.097 0.150 0.158 0.215 0.199 0.137 0.045 145 Q 0.193 0.220 0.187 0.174 0.124 0.079 0.023 146 S 0.252 0.271 0.215 0.147 0.074 0.034 0.007 147 L 0.139 0.165 0.179 0.221 0.186 0.093 0.017 148 P 0.256 0.247 0.192 0.153 0.098 0.045 0.009 149 E 0.254 0.232 0.220 0.166 0.088 0.035 0.005 150 I 0.195 0.225 0.175 0.197 0.133 0.066 0.009 151 K 0.058 0.107 0.147 0.218 0.249 0.188 0.034 152 P 0.044 0.093 0.140 0.229 0.272 0.188 0.035 153 H 0.068 0.277 0.291 0.207 0.105 0.046 0.006 154 P 0.049 0.176 0.284 0.282 0.156 0.047 0.006 155 A 0.173 0.409 0.266 0.109 0.033 0.010 0.001 156 P 0.007 0.038 0.098 0.231 0.382 0.207 0.037 157 F 0.003 0.011 0.031 0.121 0.344 0.426 0.064 158 Y 0.017 0.211 0.376 0.288 0.091 0.017 0.001 159 Y 0.027 0.207 0.351 0.282 0.110 0.022 0.001 160 L 0.004 0.009 0.018 0.089 0.357 0.487 0.037 161 C 0.005 0.023 0.133 0.415 0.318 0.100 0.006 162 G 0.237 0.555 0.171 0.031 0.005 0.001 0.001 163 K 0.128 0.352 0.287 0.169 0.054 0.009 0.001 164 F 0.008 0.046 0.176 0.378 0.300 0.086 0.006 165 G 0.230 0.453 0.210 0.078 0.024 0.004 0.001 166 L 0.034 0.099 0.159 0.349 0.287 0.066 0.005 167 Y 0.152 0.378 0.293 0.137 0.035 0.005 0.001 168 P 0.051 0.168 0.226 0.283 0.218 0.050 0.003 169 K 0.040 0.225 0.283 0.286 0.131 0.033 0.002 170 Q 0.005 0.056 0.155 0.325 0.317 0.133 0.010 171 I 0.001 0.001 0.005 0.032 0.152 0.547 0.262 172 L 0.001 0.001 0.002 0.011 0.057 0.370 0.559 173 F 0.001 0.001 0.002 0.007 0.031 0.234 0.725 174 V 0.001 0.001 0.004 0.016 0.057 0.296 0.626 175 G 0.002 0.008 0.021 0.055 0.128 0.324 0.463 176 D 0.002 0.009 0.022 0.063 0.183 0.376 0.345 177 S 0.007 0.042 0.094 0.166 0.265 0.294 0.132 178 Q 0.024 0.086 0.156 0.231 0.237 0.203 0.063 179 N 0.051 0.136 0.176 0.221 0.221 0.143 0.053 180 D 0.013 0.042 0.084 0.163 0.253 0.311 0.133 181 I 0.004 0.019 0.054 0.152 0.307 0.347 0.116 182 F 0.031 0.144 0.213 0.263 0.195 0.116 0.037 183 A 0.010 0.030 0.070 0.165 0.270 0.356 0.099 184 A 0.003 0.005 0.011 0.040 0.182 0.529 0.229 185 H 0.016 0.085 0.197 0.337 0.224 0.117 0.023 186 S 0.036 0.136 0.207 0.255 0.236 0.117 0.013 187 A 0.005 0.025 0.053 0.161 0.356 0.345 0.054 188 G 0.007 0.060 0.152 0.245 0.262 0.242 0.032 189 C 0.001 0.002 0.011 0.058 0.201 0.547 0.181 190 A 0.001 0.004 0.020 0.107 0.320 0.429 0.120 191 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.036 0.325 0.633 192 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.162 0.827 193 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.214 0.751 194 L 0.001 0.001 0.002 0.008 0.044 0.284 0.662 195 T 0.002 0.008 0.025 0.072 0.204 0.443 0.247 196 Y 0.010 0.048 0.114 0.210 0.273 0.261 0.084 197 G 0.039 0.121 0.165 0.226 0.248 0.166 0.035 198 Y 0.091 0.158 0.203 0.234 0.192 0.107 0.015 199 N 0.191 0.251 0.213 0.179 0.107 0.051 0.008 200 Y 0.298 0.261 0.183 0.136 0.081 0.036 0.006 201 N 0.271 0.255 0.199 0.162 0.083 0.027 0.004 202 I 0.433 0.307 0.141 0.076 0.031 0.010 0.002 203 P 0.305 0.307 0.195 0.123 0.051 0.018 0.003 204 I 0.129 0.139 0.172 0.238 0.215 0.096 0.011 205 A 0.280 0.284 0.210 0.146 0.059 0.018 0.002 206 Q 0.399 0.299 0.161 0.089 0.038 0.013 0.001 207 S 0.163 0.209 0.207 0.225 0.145 0.046 0.004 208 K 0.179 0.323 0.253 0.158 0.062 0.022 0.003 209 P 0.038 0.060 0.099 0.222 0.312 0.233 0.036 210 D 0.074 0.158 0.227 0.247 0.191 0.090 0.013 211 W 0.026 0.054 0.098 0.202 0.280 0.280 0.060 212 I 0.020 0.037 0.062 0.149 0.280 0.368 0.083 213 F 0.029 0.073 0.139 0.245 0.297 0.187 0.028 214 D 0.130 0.318 0.259 0.166 0.085 0.035 0.007 215 D 0.070 0.188 0.262 0.278 0.148 0.049 0.005 216 F 0.029 0.063 0.102 0.241 0.338 0.208 0.018 217 A 0.246 0.395 0.244 0.088 0.023 0.004 0.001 218 D 0.288 0.334 0.234 0.107 0.031 0.006 0.001 219 I 0.054 0.071 0.103 0.219 0.365 0.181 0.007 220 L 0.126 0.227 0.328 0.240 0.071 0.007 0.001 221 K 0.531 0.383 0.071 0.012 0.002 0.001 0.001 222 I 0.230 0.234 0.295 0.198 0.039 0.003 0.001 223 T 0.239 0.168 0.197 0.256 0.124 0.016 0.001 224 Q 0.690 0.251 0.048 0.009 0.001 0.001 0.001