# TARGET T0303 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4702 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.004 0.015 0.021 0.036 0.101 0.035 0.748 2 T 0.035 0.008 0.040 0.041 0.071 0.169 0.055 0.581 3 Q 0.019 0.006 0.051 0.024 0.052 0.173 0.064 0.612 4 F 0.004 0.003 0.117 0.071 0.085 0.159 0.096 0.467 5 K 0.002 0.001 0.473 0.096 0.148 0.050 0.112 0.118 6 L 0.002 0.001 0.543 0.075 0.125 0.026 0.097 0.132 7 I 0.001 0.001 0.804 0.074 0.062 0.009 0.017 0.032 8 G 0.002 0.001 0.666 0.075 0.121 0.023 0.039 0.073 9 F 0.004 0.001 0.633 0.055 0.081 0.070 0.045 0.111 10 D 0.136 0.005 0.240 0.025 0.035 0.193 0.141 0.225 11 L 0.091 0.010 0.056 0.010 0.013 0.259 0.104 0.457 12 D 0.014 0.007 0.059 0.004 0.018 0.229 0.044 0.624 13 G 0.027 0.011 0.180 0.025 0.077 0.130 0.213 0.336 14 T 0.022 0.015 0.256 0.111 0.112 0.076 0.199 0.210 15 L 0.028 0.018 0.230 0.066 0.111 0.075 0.081 0.392 16 V 0.058 0.013 0.194 0.111 0.120 0.109 0.078 0.316 17 N 0.030 0.025 0.068 0.028 0.044 0.157 0.079 0.568 18 S 0.068 0.199 0.016 0.007 0.012 0.106 0.036 0.555 19 L 0.085 0.561 0.013 0.007 0.007 0.053 0.048 0.226 20 P 0.045 0.733 0.007 0.003 0.004 0.029 0.035 0.145 21 D 0.030 0.609 0.005 0.003 0.004 0.015 0.280 0.055 22 L 0.010 0.849 0.001 0.001 0.001 0.007 0.113 0.018 23 A 0.015 0.630 0.002 0.001 0.002 0.007 0.314 0.029 24 L 0.003 0.161 0.003 0.002 0.002 0.008 0.800 0.021 25 S 0.008 0.746 0.005 0.001 0.002 0.010 0.210 0.018 26 I 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.008 27 N 0.017 0.906 0.005 0.002 0.002 0.007 0.028 0.033 28 S 0.020 0.856 0.020 0.002 0.002 0.014 0.042 0.044 29 A 0.137 0.720 0.029 0.002 0.001 0.017 0.042 0.052 30 L 0.189 0.030 0.369 0.004 0.002 0.024 0.305 0.077 31 K 0.358 0.043 0.027 0.002 0.002 0.052 0.038 0.479 32 D 0.153 0.004 0.026 0.001 0.001 0.036 0.014 0.766 33 V 0.005 0.003 0.038 0.004 0.005 0.158 0.018 0.769 34 N 0.020 0.004 0.008 0.001 0.004 0.067 0.008 0.888 35 L 0.071 0.012 0.014 0.008 0.004 0.118 0.038 0.735 36 P 0.070 0.074 0.040 0.006 0.007 0.139 0.072 0.591 37 Q 0.101 0.107 0.016 0.004 0.006 0.111 0.071 0.584 38 A 0.040 0.313 0.023 0.005 0.003 0.084 0.040 0.491 39 S 0.044 0.891 0.003 0.001 0.001 0.007 0.015 0.038 40 E 0.048 0.822 0.005 0.001 0.002 0.019 0.026 0.076 41 N 0.011 0.154 0.013 0.007 0.009 0.025 0.705 0.076 42 L 0.014 0.500 0.011 0.007 0.009 0.033 0.354 0.072 43 V 0.050 0.755 0.009 0.006 0.015 0.026 0.057 0.082 44 M 0.054 0.345 0.046 0.041 0.063 0.058 0.131 0.262 45 T 0.093 0.168 0.031 0.028 0.050 0.082 0.216 0.332 46 W 0.131 0.075 0.051 0.035 0.031 0.124 0.147 0.406 47 I 0.106 0.059 0.025 0.017 0.025 0.140 0.041 0.588 48 G 0.072 0.053 0.011 0.005 0.008 0.096 0.024 0.732 49 N 0.030 0.129 0.013 0.008 0.011 0.107 0.028 0.674 50 G 0.063 0.518 0.013 0.006 0.009 0.051 0.052 0.289 51 A 0.051 0.412 0.012 0.008 0.008 0.042 0.286 0.181 52 D 0.018 0.586 0.020 0.010 0.010 0.028 0.225 0.103 53 V 0.024 0.785 0.011 0.007 0.009 0.021 0.057 0.086 54 L 0.027 0.822 0.014 0.006 0.009 0.016 0.044 0.061 55 S 0.035 0.764 0.006 0.003 0.006 0.012 0.120 0.053 56 Q 0.019 0.796 0.007 0.003 0.003 0.013 0.091 0.067 57 R 0.012 0.865 0.007 0.003 0.003 0.016 0.033 0.060 58 A 0.025 0.876 0.010 0.002 0.003 0.012 0.033 0.040 59 V 0.079 0.763 0.009 0.002 0.004 0.016 0.064 0.063 60 D 0.028 0.135 0.014 0.002 0.003 0.021 0.695 0.102 61 W 0.021 0.461 0.014 0.004 0.004 0.038 0.307 0.152 62 A 0.064 0.623 0.016 0.004 0.005 0.043 0.050 0.195 63 C 0.060 0.449 0.042 0.008 0.008 0.059 0.062 0.311 64 T 0.104 0.530 0.018 0.004 0.005 0.046 0.040 0.252 65 Q 0.189 0.240 0.045 0.007 0.006 0.066 0.124 0.322 66 A 0.287 0.169 0.014 0.005 0.005 0.074 0.047 0.398 67 E 0.181 0.029 0.018 0.003 0.005 0.065 0.215 0.484 68 K 0.027 0.077 0.014 0.004 0.005 0.117 0.062 0.694 69 E 0.023 0.079 0.016 0.004 0.008 0.111 0.021 0.738 70 L 0.018 0.098 0.011 0.005 0.003 0.106 0.024 0.735 71 T 0.068 0.852 0.002 0.001 0.001 0.008 0.036 0.033 72 E 0.056 0.890 0.002 0.001 0.001 0.006 0.015 0.030 73 D 0.009 0.908 0.004 0.001 0.001 0.009 0.024 0.044 74 E 0.008 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.012 75 F 0.010 0.953 0.002 0.001 0.001 0.003 0.023 0.009 76 K 0.007 0.921 0.004 0.001 0.001 0.004 0.045 0.018 77 Y 0.012 0.845 0.005 0.001 0.001 0.008 0.098 0.031 78 F 0.018 0.876 0.005 0.001 0.001 0.006 0.072 0.020 79 K 0.046 0.735 0.013 0.003 0.003 0.014 0.114 0.072 80 R 0.046 0.643 0.012 0.003 0.003 0.029 0.073 0.190 81 Q 0.072 0.517 0.028 0.006 0.006 0.051 0.086 0.235 82 F 0.084 0.419 0.028 0.007 0.007 0.073 0.084 0.296 83 G 0.075 0.274 0.039 0.007 0.009 0.074 0.110 0.412 84 F 0.120 0.277 0.024 0.008 0.009 0.079 0.066 0.419 85 Y 0.081 0.146 0.044 0.012 0.013 0.094 0.185 0.424 86 Y 0.064 0.231 0.027 0.010 0.016 0.098 0.089 0.465 87 G 0.125 0.229 0.024 0.011 0.017 0.068 0.075 0.451 88 E 0.039 0.105 0.042 0.031 0.031 0.116 0.097 0.540 89 N 0.079 0.125 0.045 0.021 0.035 0.111 0.122 0.462 90 L 0.146 0.075 0.039 0.028 0.032 0.097 0.171 0.411 91 C 0.078 0.043 0.035 0.023 0.035 0.106 0.110 0.569 92 N 0.098 0.044 0.020 0.018 0.026 0.094 0.051 0.649 93 I 0.054 0.034 0.023 0.023 0.044 0.103 0.065 0.652 94 S 0.103 0.047 0.025 0.016 0.026 0.110 0.055 0.618 95 R 0.012 0.025 0.049 0.042 0.037 0.159 0.068 0.608 96 L 0.044 0.139 0.015 0.005 0.007 0.077 0.024 0.689 97 Y 0.355 0.462 0.008 0.002 0.002 0.018 0.092 0.061 98 P 0.039 0.375 0.013 0.003 0.003 0.059 0.093 0.415 99 N 0.015 0.268 0.005 0.001 0.001 0.013 0.619 0.078 100 V 0.007 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.007 101 K 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.008 102 E 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.013 103 T 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 104 L 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 105 E 0.004 0.980 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 106 A 0.069 0.773 0.058 0.001 0.001 0.007 0.050 0.041 107 L 0.093 0.005 0.424 0.002 0.001 0.005 0.458 0.014 108 K 0.947 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.037 109 A 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.936 110 Q 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.148 0.002 0.834 111 G 0.002 0.001 0.011 0.001 0.003 0.061 0.009 0.912 112 Y 0.003 0.001 0.093 0.030 0.009 0.200 0.032 0.633 113 I 0.001 0.001 0.918 0.007 0.010 0.013 0.023 0.029 114 L 0.001 0.001 0.718 0.039 0.042 0.011 0.117 0.072 115 A 0.001 0.001 0.972 0.008 0.006 0.001 0.011 0.003 116 V 0.001 0.001 0.900 0.030 0.033 0.005 0.012 0.020 117 V 0.008 0.001 0.730 0.079 0.071 0.027 0.025 0.060 118 T 0.009 0.002 0.271 0.026 0.067 0.139 0.090 0.397 119 N 0.036 0.007 0.046 0.009 0.026 0.258 0.039 0.579 120 K 0.108 0.017 0.016 0.008 0.009 0.191 0.060 0.592 121 P 0.144 0.163 0.008 0.006 0.007 0.086 0.144 0.442 122 T 0.113 0.478 0.008 0.004 0.008 0.054 0.063 0.273 123 K 0.031 0.336 0.010 0.022 0.021 0.091 0.061 0.428 124 H 0.011 0.706 0.010 0.010 0.015 0.034 0.044 0.171 125 V 0.029 0.829 0.003 0.002 0.005 0.018 0.062 0.051 126 Q 0.006 0.081 0.007 0.004 0.003 0.005 0.885 0.009 127 P 0.010 0.865 0.008 0.004 0.006 0.006 0.079 0.023 128 I 0.152 0.656 0.033 0.005 0.012 0.021 0.047 0.074 129 L 0.072 0.150 0.170 0.057 0.029 0.063 0.227 0.233 130 T 0.264 0.107 0.014 0.004 0.009 0.053 0.072 0.476 131 A 0.182 0.033 0.015 0.002 0.003 0.094 0.072 0.598 132 F 0.011 0.030 0.038 0.010 0.010 0.220 0.041 0.640 133 G 0.040 0.090 0.014 0.003 0.006 0.077 0.028 0.741 134 I 0.158 0.265 0.020 0.006 0.005 0.075 0.092 0.380 135 D 0.122 0.214 0.070 0.009 0.010 0.066 0.250 0.260 136 H 0.049 0.170 0.045 0.008 0.012 0.109 0.216 0.391 137 L 0.057 0.161 0.141 0.011 0.016 0.109 0.113 0.392 138 F 0.138 0.126 0.094 0.018 0.025 0.122 0.107 0.370 139 S 0.027 0.053 0.067 0.012 0.026 0.104 0.104 0.606 140 E 0.020 0.041 0.304 0.032 0.069 0.119 0.110 0.305 141 M 0.031 0.022 0.206 0.052 0.080 0.129 0.095 0.384 142 L 0.035 0.009 0.343 0.076 0.073 0.092 0.076 0.295 143 G 0.072 0.022 0.128 0.035 0.076 0.117 0.106 0.444 144 G 0.099 0.016 0.053 0.025 0.038 0.134 0.064 0.572 145 Q 0.030 0.008 0.036 0.026 0.037 0.160 0.036 0.668 146 S 0.027 0.010 0.026 0.013 0.021 0.107 0.048 0.747 147 L 0.233 0.023 0.026 0.029 0.037 0.117 0.071 0.465 148 P 0.120 0.009 0.021 0.025 0.032 0.094 0.064 0.635 149 E 0.032 0.004 0.020 0.030 0.064 0.103 0.038 0.709 150 I 0.031 0.002 0.022 0.025 0.052 0.099 0.050 0.719 151 K 0.026 0.003 0.019 0.041 0.043 0.175 0.022 0.671 152 P 0.013 0.003 0.007 0.005 0.007 0.096 0.021 0.848 153 H 0.103 0.164 0.005 0.005 0.004 0.108 0.040 0.570 154 P 0.086 0.568 0.002 0.001 0.001 0.043 0.016 0.283 155 A 0.030 0.877 0.002 0.001 0.001 0.011 0.033 0.047 156 P 0.009 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.006 157 F 0.008 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.004 158 Y 0.004 0.891 0.007 0.003 0.003 0.004 0.078 0.010 159 Y 0.011 0.937 0.010 0.003 0.004 0.005 0.012 0.018 160 L 0.135 0.579 0.096 0.008 0.010 0.021 0.103 0.049 161 C 0.075 0.042 0.385 0.023 0.012 0.025 0.343 0.094 162 G 0.731 0.009 0.005 0.002 0.002 0.014 0.008 0.228 163 K 0.211 0.001 0.006 0.002 0.002 0.036 0.010 0.733 164 F 0.004 0.001 0.007 0.002 0.005 0.127 0.005 0.848 165 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.069 0.003 0.914 166 L 0.003 0.001 0.007 0.005 0.002 0.084 0.006 0.893 167 Y 0.599 0.024 0.033 0.009 0.004 0.057 0.094 0.180 168 P 0.379 0.026 0.014 0.002 0.003 0.099 0.049 0.427 169 K 0.008 0.007 0.087 0.004 0.014 0.113 0.039 0.727 170 Q 0.007 0.007 0.413 0.040 0.109 0.080 0.137 0.207 171 I 0.006 0.005 0.237 0.062 0.123 0.098 0.143 0.325 172 L 0.005 0.003 0.661 0.077 0.107 0.035 0.030 0.082 173 F 0.016 0.005 0.400 0.089 0.164 0.070 0.075 0.180 174 V 0.034 0.014 0.285 0.060 0.090 0.136 0.106 0.277 175 G 0.054 0.019 0.079 0.021 0.042 0.184 0.083 0.519 176 D 0.082 0.053 0.046 0.012 0.015 0.165 0.122 0.504 177 S 0.201 0.288 0.016 0.005 0.008 0.077 0.080 0.325 178 Q 0.126 0.396 0.015 0.005 0.007 0.067 0.066 0.318 179 N 0.023 0.524 0.009 0.010 0.014 0.055 0.043 0.322 180 D 0.017 0.907 0.003 0.001 0.003 0.010 0.015 0.043 181 I 0.023 0.913 0.003 0.002 0.002 0.008 0.024 0.025 182 F 0.035 0.513 0.064 0.014 0.009 0.014 0.295 0.056 183 A 0.087 0.557 0.027 0.005 0.007 0.019 0.235 0.063 184 A 0.261 0.071 0.142 0.006 0.005 0.027 0.388 0.100 185 H 0.565 0.048 0.009 0.006 0.005 0.030 0.052 0.285 186 S 0.023 0.005 0.003 0.001 0.001 0.029 0.016 0.924 187 A 0.006 0.009 0.034 0.005 0.009 0.226 0.022 0.688 188 G 0.070 0.027 0.061 0.012 0.027 0.182 0.106 0.515 189 C 0.031 0.014 0.070 0.015 0.011 0.141 0.071 0.648 190 A 0.014 0.015 0.574 0.020 0.056 0.074 0.081 0.166 191 V 0.013 0.007 0.395 0.029 0.052 0.047 0.197 0.260 192 V 0.002 0.002 0.793 0.042 0.036 0.022 0.040 0.061 193 G 0.006 0.004 0.643 0.038 0.084 0.033 0.047 0.146 194 L 0.035 0.007 0.335 0.092 0.095 0.094 0.052 0.290 195 T 0.047 0.008 0.235 0.051 0.077 0.108 0.100 0.374 196 Y 0.072 0.010 0.039 0.020 0.046 0.169 0.045 0.600 197 G 0.047 0.007 0.058 0.029 0.055 0.126 0.091 0.587 198 Y 0.061 0.009 0.024 0.028 0.037 0.114 0.039 0.689 199 N 0.124 0.018 0.023 0.033 0.040 0.106 0.061 0.594 200 Y 0.018 0.019 0.011 0.016 0.022 0.113 0.014 0.787 201 N 0.051 0.071 0.019 0.014 0.027 0.089 0.031 0.698 202 I 0.139 0.124 0.023 0.041 0.027 0.092 0.082 0.471 203 P 0.145 0.098 0.034 0.027 0.031 0.073 0.258 0.334 204 I 0.293 0.060 0.027 0.025 0.026 0.065 0.151 0.352 205 A 0.211 0.027 0.014 0.018 0.028 0.090 0.059 0.553 206 Q 0.015 0.006 0.009 0.005 0.011 0.080 0.023 0.850 207 S 0.041 0.012 0.014 0.010 0.019 0.157 0.027 0.720 208 K 0.133 0.031 0.017 0.013 0.017 0.138 0.053 0.598 209 P 0.033 0.039 0.036 0.018 0.037 0.146 0.062 0.629 210 D 0.021 0.036 0.153 0.036 0.100 0.096 0.117 0.441 211 W 0.010 0.031 0.255 0.133 0.115 0.063 0.095 0.297 212 I 0.023 0.097 0.329 0.065 0.078 0.054 0.076 0.279 213 F 0.101 0.141 0.217 0.053 0.052 0.063 0.091 0.282 214 D 0.033 0.098 0.119 0.035 0.028 0.093 0.116 0.477 215 D 0.069 0.654 0.017 0.005 0.006 0.026 0.035 0.188 216 F 0.208 0.613 0.011 0.003 0.004 0.024 0.021 0.116 217 A 0.132 0.274 0.061 0.026 0.015 0.050 0.073 0.369 218 D 0.301 0.196 0.008 0.007 0.011 0.036 0.049 0.392 219 I 0.200 0.015 0.032 0.010 0.013 0.088 0.203 0.438 220 L 0.039 0.011 0.018 0.033 0.039 0.118 0.087 0.655 221 K 0.027 0.002 0.005 0.004 0.011 0.040 0.014 0.896 222 I 0.027 0.002 0.012 0.020 0.022 0.138 0.022 0.756 223 T 0.048 0.005 0.026 0.025 0.046 0.126 0.045 0.680 224 Q 0.035 0.003 0.011 0.013 0.024 0.092 0.022 0.800