# TARGET T0303 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4702 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 2 T 0.067 0.009 0.029 0.115 0.011 0.061 0.709 3 Q 0.134 0.021 0.067 0.038 0.200 0.173 0.367 4 F 0.209 0.003 0.003 0.001 0.068 0.007 0.710 5 K 0.430 0.001 0.001 0.001 0.239 0.018 0.310 6 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 7 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 8 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 10 D 0.604 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.384 11 L 0.195 0.005 0.006 0.002 0.260 0.139 0.393 12 D 0.032 0.010 0.018 0.002 0.254 0.601 0.082 13 G 0.056 0.003 0.029 0.003 0.362 0.445 0.102 14 T 0.189 0.056 0.025 0.010 0.231 0.068 0.421 15 L 0.460 0.101 0.036 0.014 0.092 0.099 0.198 16 V 0.357 0.047 0.066 0.018 0.121 0.153 0.238 17 N 0.186 0.031 0.044 0.018 0.151 0.156 0.414 18 S 0.044 0.022 0.026 0.020 0.323 0.166 0.400 19 L 0.012 0.011 0.016 0.102 0.247 0.043 0.569 20 P 0.002 0.001 0.032 0.739 0.068 0.093 0.065 21 D 0.003 0.003 0.023 0.887 0.014 0.046 0.025 22 L 0.002 0.001 0.010 0.964 0.003 0.011 0.010 23 A 0.001 0.001 0.003 0.981 0.003 0.007 0.006 24 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.009 0.002 25 S 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.010 0.004 26 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 27 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 28 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 31 K 0.001 0.001 0.004 0.973 0.002 0.020 0.002 32 D 0.001 0.001 0.007 0.881 0.005 0.102 0.005 33 V 0.001 0.002 0.006 0.479 0.015 0.482 0.017 34 N 0.001 0.001 0.004 0.082 0.050 0.737 0.124 35 L 0.002 0.003 0.003 0.008 0.154 0.013 0.816 36 P 0.010 0.009 0.015 0.017 0.084 0.023 0.842 37 Q 0.020 0.019 0.040 0.087 0.187 0.081 0.568 38 A 0.019 0.020 0.026 0.131 0.150 0.040 0.614 39 S 0.015 0.011 0.018 0.281 0.056 0.026 0.593 40 E 0.002 0.001 0.018 0.940 0.006 0.019 0.015 41 N 0.003 0.001 0.016 0.950 0.005 0.017 0.009 42 L 0.004 0.001 0.014 0.957 0.003 0.010 0.011 43 V 0.005 0.001 0.007 0.970 0.002 0.008 0.007 44 M 0.009 0.001 0.009 0.959 0.003 0.013 0.005 45 T 0.008 0.001 0.011 0.946 0.003 0.024 0.007 46 W 0.007 0.002 0.014 0.901 0.009 0.054 0.014 47 I 0.008 0.005 0.018 0.656 0.031 0.247 0.035 48 G 0.006 0.002 0.020 0.246 0.076 0.551 0.098 49 N 0.008 0.004 0.018 0.187 0.241 0.316 0.226 50 G 0.012 0.009 0.019 0.219 0.222 0.246 0.274 51 A 0.014 0.006 0.015 0.543 0.066 0.049 0.306 52 D 0.021 0.005 0.017 0.762 0.035 0.027 0.133 53 V 0.020 0.004 0.011 0.891 0.020 0.013 0.041 54 L 0.021 0.003 0.016 0.905 0.007 0.016 0.032 55 S 0.016 0.001 0.016 0.912 0.006 0.023 0.025 56 Q 0.009 0.001 0.016 0.926 0.008 0.029 0.012 57 R 0.007 0.001 0.013 0.930 0.007 0.030 0.012 58 A 0.005 0.001 0.011 0.936 0.003 0.029 0.015 59 V 0.004 0.001 0.009 0.951 0.005 0.016 0.015 60 D 0.004 0.001 0.013 0.951 0.004 0.020 0.008 61 W 0.003 0.001 0.011 0.948 0.004 0.027 0.006 62 A 0.003 0.001 0.008 0.935 0.004 0.035 0.013 63 C 0.005 0.002 0.011 0.906 0.010 0.039 0.028 64 T 0.003 0.001 0.021 0.888 0.011 0.054 0.023 65 Q 0.003 0.001 0.031 0.843 0.014 0.086 0.023 66 A 0.006 0.005 0.036 0.709 0.027 0.163 0.054 67 E 0.012 0.008 0.096 0.381 0.069 0.252 0.181 68 K 0.016 0.004 0.087 0.267 0.157 0.308 0.161 69 E 0.016 0.009 0.045 0.129 0.119 0.326 0.357 70 L 0.010 0.025 0.002 0.014 0.125 0.008 0.816 71 T 0.003 0.007 0.001 0.007 0.010 0.002 0.971 72 E 0.001 0.001 0.036 0.937 0.003 0.021 0.004 73 D 0.001 0.001 0.030 0.954 0.001 0.014 0.001 74 E 0.001 0.001 0.036 0.954 0.001 0.008 0.002 75 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 76 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 77 Y 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.011 0.001 78 F 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.012 0.003 79 K 0.002 0.001 0.004 0.980 0.002 0.009 0.004 80 R 0.001 0.001 0.006 0.965 0.003 0.021 0.003 81 Q 0.001 0.001 0.007 0.947 0.003 0.037 0.005 82 F 0.002 0.001 0.009 0.909 0.006 0.064 0.009 83 G 0.008 0.001 0.020 0.789 0.018 0.134 0.030 84 F 0.015 0.002 0.039 0.768 0.031 0.095 0.050 85 Y 0.020 0.005 0.037 0.775 0.030 0.085 0.049 86 Y 0.034 0.011 0.042 0.537 0.053 0.237 0.086 87 G 0.036 0.005 0.066 0.268 0.085 0.406 0.134 88 E 0.055 0.005 0.080 0.213 0.169 0.237 0.241 89 N 0.113 0.019 0.075 0.271 0.126 0.194 0.201 90 L 0.165 0.031 0.068 0.276 0.096 0.152 0.213 91 C 0.174 0.017 0.083 0.226 0.083 0.150 0.266 92 N 0.133 0.009 0.101 0.221 0.095 0.201 0.240 93 I 0.096 0.010 0.166 0.226 0.092 0.164 0.246 94 S 0.136 0.011 0.124 0.146 0.114 0.143 0.326 95 R 0.161 0.025 0.105 0.100 0.111 0.188 0.310 96 L 0.121 0.048 0.034 0.082 0.130 0.069 0.517 97 Y 0.041 0.020 0.007 0.037 0.087 0.015 0.792 98 P 0.005 0.003 0.040 0.402 0.102 0.408 0.039 99 N 0.005 0.007 0.024 0.408 0.066 0.420 0.069 100 V 0.001 0.001 0.007 0.953 0.003 0.010 0.025 101 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.004 102 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 103 T 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 105 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 106 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 108 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 109 A 0.001 0.001 0.003 0.933 0.002 0.060 0.001 110 Q 0.001 0.001 0.001 0.098 0.006 0.894 0.001 111 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.980 0.009 112 Y 0.020 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.968 113 I 0.756 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 0.177 114 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 115 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 116 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 117 V 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 118 T 0.478 0.002 0.001 0.001 0.045 0.009 0.465 119 N 0.054 0.006 0.001 0.001 0.652 0.015 0.271 120 K 0.024 0.024 0.005 0.004 0.558 0.025 0.362 121 P 0.021 0.014 0.055 0.057 0.199 0.165 0.490 122 T 0.011 0.007 0.224 0.326 0.093 0.153 0.187 123 K 0.011 0.003 0.222 0.520 0.064 0.120 0.060 124 H 0.014 0.006 0.107 0.717 0.017 0.089 0.050 125 V 0.012 0.002 0.020 0.908 0.007 0.018 0.033 126 Q 0.002 0.001 0.005 0.975 0.003 0.004 0.011 127 P 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.002 128 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 129 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 130 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 131 A 0.001 0.001 0.002 0.931 0.003 0.061 0.001 132 F 0.001 0.001 0.002 0.369 0.007 0.618 0.004 133 G 0.001 0.001 0.001 0.017 0.025 0.870 0.086 134 I 0.002 0.004 0.010 0.021 0.039 0.012 0.911 135 D 0.023 0.014 0.156 0.137 0.069 0.030 0.570 136 H 0.031 0.009 0.228 0.392 0.120 0.114 0.107 137 L 0.043 0.013 0.153 0.523 0.053 0.100 0.114 138 F 0.067 0.013 0.141 0.525 0.041 0.058 0.154 139 S 0.073 0.003 0.095 0.521 0.120 0.102 0.086 140 E 0.234 0.003 0.102 0.439 0.044 0.140 0.038 141 M 0.479 0.023 0.031 0.337 0.021 0.055 0.054 142 L 0.514 0.031 0.028 0.234 0.031 0.077 0.086 143 G 0.341 0.012 0.024 0.090 0.087 0.140 0.305 144 G 0.127 0.015 0.049 0.034 0.144 0.127 0.504 145 Q 0.056 0.013 0.047 0.016 0.358 0.129 0.382 146 S 0.053 0.022 0.064 0.015 0.244 0.144 0.459 147 L 0.043 0.014 0.048 0.014 0.240 0.040 0.601 148 P 0.046 0.021 0.081 0.024 0.109 0.106 0.613 149 E 0.082 0.025 0.075 0.017 0.217 0.175 0.409 150 I 0.115 0.041 0.033 0.015 0.193 0.097 0.506 151 K 0.066 0.036 0.006 0.004 0.184 0.027 0.677 152 P 0.034 0.040 0.004 0.006 0.154 0.052 0.711 153 H 0.011 0.017 0.002 0.006 0.154 0.028 0.783 154 P 0.001 0.002 0.019 0.780 0.041 0.057 0.098 155 A 0.001 0.001 0.014 0.948 0.009 0.015 0.014 156 P 0.001 0.001 0.007 0.982 0.001 0.003 0.006 157 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 158 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 159 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 160 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 161 C 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 162 G 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.012 0.001 163 K 0.001 0.001 0.004 0.901 0.005 0.087 0.003 164 F 0.001 0.001 0.005 0.301 0.014 0.670 0.009 165 G 0.001 0.001 0.004 0.009 0.077 0.769 0.140 166 L 0.008 0.018 0.002 0.001 0.186 0.006 0.780 167 Y 0.024 0.007 0.002 0.001 0.033 0.001 0.933 168 P 0.028 0.008 0.479 0.031 0.080 0.278 0.096 169 K 0.060 0.002 0.359 0.014 0.128 0.354 0.083 170 Q 0.313 0.005 0.180 0.012 0.128 0.086 0.276 171 I 0.913 0.009 0.004 0.005 0.006 0.004 0.059 172 L 0.972 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.019 173 F 0.981 0.002 0.001 0.004 0.002 0.002 0.009 174 V 0.923 0.002 0.002 0.005 0.006 0.009 0.053 175 G 0.554 0.008 0.006 0.004 0.113 0.073 0.242 176 D 0.155 0.021 0.011 0.007 0.260 0.094 0.451 177 S 0.054 0.018 0.017 0.017 0.344 0.092 0.458 178 Q 0.007 0.002 0.150 0.541 0.063 0.192 0.046 179 N 0.004 0.001 0.092 0.709 0.022 0.148 0.024 180 D 0.005 0.001 0.063 0.837 0.007 0.043 0.044 181 I 0.001 0.001 0.009 0.970 0.002 0.009 0.008 182 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 183 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 184 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 185 H 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 186 S 0.001 0.001 0.004 0.951 0.002 0.041 0.001 187 A 0.001 0.001 0.002 0.333 0.005 0.658 0.002 188 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.953 0.023 189 C 0.037 0.004 0.001 0.001 0.046 0.005 0.907 190 A 0.436 0.004 0.003 0.001 0.232 0.006 0.319 191 V 0.956 0.001 0.002 0.001 0.010 0.002 0.029 192 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 193 G 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 194 L 0.944 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.049 195 T 0.597 0.004 0.002 0.002 0.050 0.011 0.334 196 Y 0.226 0.009 0.013 0.009 0.282 0.145 0.316 197 G 0.079 0.013 0.028 0.008 0.285 0.237 0.350 198 Y 0.072 0.019 0.045 0.015 0.270 0.178 0.401 199 N 0.076 0.026 0.035 0.026 0.215 0.165 0.456 200 Y 0.079 0.016 0.028 0.032 0.245 0.151 0.449 201 N 0.103 0.021 0.028 0.063 0.223 0.106 0.455 202 I 0.131 0.024 0.023 0.121 0.299 0.028 0.375 203 P 0.131 0.038 0.038 0.156 0.046 0.040 0.552 204 I 0.074 0.021 0.214 0.300 0.044 0.081 0.266 205 A 0.049 0.008 0.290 0.238 0.069 0.137 0.208 206 Q 0.046 0.005 0.277 0.220 0.108 0.211 0.132 207 S 0.056 0.010 0.053 0.117 0.354 0.159 0.252 208 K 0.050 0.006 0.018 0.027 0.218 0.072 0.608 209 P 0.082 0.007 0.032 0.041 0.094 0.070 0.674 210 D 0.307 0.027 0.053 0.060 0.134 0.085 0.335 211 W 0.591 0.023 0.041 0.047 0.071 0.033 0.193 212 I 0.727 0.034 0.018 0.050 0.031 0.020 0.119 213 F 0.504 0.034 0.028 0.054 0.078 0.030 0.272 214 D 0.213 0.019 0.021 0.040 0.371 0.066 0.270 215 D 0.116 0.044 0.009 0.029 0.243 0.027 0.534 216 F 0.001 0.001 0.051 0.928 0.001 0.010 0.008 217 A 0.001 0.001 0.047 0.943 0.001 0.007 0.002 218 D 0.001 0.001 0.065 0.924 0.001 0.008 0.002 219 I 0.002 0.001 0.045 0.939 0.001 0.012 0.002 220 L 0.005 0.001 0.023 0.935 0.003 0.029 0.004 221 K 0.006 0.001 0.016 0.875 0.006 0.090 0.007 222 I 0.010 0.001 0.012 0.763 0.019 0.111 0.084 223 T 0.034 0.026 0.012 0.462 0.029 0.131 0.306 224 Q 0.008 0.002 0.002 0.043 0.011 0.012 0.921