# TARGET T0303 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2274 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 2 T 0.079 0.009 0.041 0.138 0.014 0.077 0.643 3 Q 0.142 0.019 0.085 0.048 0.202 0.249 0.255 4 F 0.279 0.003 0.003 0.001 0.056 0.008 0.650 5 K 0.499 0.001 0.001 0.001 0.210 0.015 0.273 6 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 7 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 8 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 10 D 0.650 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.337 11 L 0.226 0.005 0.005 0.002 0.227 0.110 0.424 12 D 0.042 0.015 0.021 0.003 0.282 0.534 0.103 13 G 0.067 0.003 0.030 0.004 0.328 0.462 0.106 14 T 0.189 0.048 0.031 0.010 0.235 0.079 0.407 15 L 0.424 0.090 0.048 0.015 0.091 0.119 0.213 16 V 0.293 0.039 0.068 0.020 0.128 0.180 0.272 17 N 0.160 0.032 0.037 0.024 0.139 0.166 0.443 18 S 0.034 0.022 0.018 0.037 0.350 0.125 0.416 19 L 0.008 0.007 0.014 0.409 0.183 0.044 0.334 20 P 0.001 0.001 0.012 0.914 0.020 0.033 0.020 21 D 0.001 0.001 0.007 0.964 0.005 0.013 0.009 22 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.004 0.003 23 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 24 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 25 S 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.005 0.003 26 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 27 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 28 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.007 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.002 30 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.001 31 K 0.001 0.001 0.004 0.976 0.002 0.017 0.001 32 D 0.001 0.001 0.007 0.881 0.005 0.102 0.004 33 V 0.001 0.001 0.006 0.423 0.015 0.541 0.014 34 N 0.001 0.002 0.003 0.049 0.057 0.761 0.127 35 L 0.002 0.003 0.003 0.004 0.136 0.009 0.844 36 P 0.014 0.012 0.011 0.007 0.070 0.015 0.871 37 Q 0.025 0.027 0.026 0.037 0.143 0.055 0.686 38 A 0.019 0.021 0.014 0.053 0.154 0.027 0.712 39 S 0.012 0.011 0.009 0.127 0.066 0.014 0.760 40 E 0.001 0.001 0.013 0.961 0.003 0.016 0.005 41 N 0.001 0.001 0.011 0.969 0.002 0.013 0.003 42 L 0.001 0.001 0.010 0.975 0.001 0.006 0.006 43 V 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.005 0.004 44 M 0.003 0.001 0.005 0.979 0.002 0.008 0.003 45 T 0.002 0.001 0.007 0.968 0.002 0.018 0.003 46 W 0.003 0.001 0.009 0.924 0.005 0.049 0.009 47 I 0.004 0.004 0.012 0.687 0.024 0.246 0.023 48 G 0.004 0.002 0.015 0.242 0.093 0.540 0.104 49 N 0.006 0.004 0.016 0.156 0.304 0.250 0.265 50 G 0.010 0.010 0.020 0.204 0.249 0.192 0.315 51 A 0.010 0.005 0.021 0.665 0.048 0.040 0.212 52 D 0.010 0.003 0.022 0.854 0.021 0.021 0.069 53 V 0.014 0.003 0.020 0.910 0.011 0.014 0.029 54 L 0.019 0.002 0.028 0.902 0.005 0.020 0.022 55 S 0.026 0.002 0.037 0.868 0.008 0.036 0.022 56 Q 0.025 0.001 0.044 0.835 0.016 0.060 0.019 57 R 0.024 0.002 0.042 0.803 0.016 0.084 0.029 58 A 0.020 0.004 0.026 0.811 0.018 0.076 0.045 59 V 0.016 0.002 0.021 0.797 0.029 0.064 0.071 60 D 0.017 0.002 0.027 0.765 0.031 0.082 0.077 61 W 0.011 0.003 0.024 0.846 0.015 0.069 0.031 62 A 0.014 0.004 0.017 0.827 0.018 0.070 0.050 63 C 0.024 0.004 0.023 0.773 0.026 0.065 0.085 64 T 0.021 0.003 0.026 0.771 0.033 0.064 0.083 65 Q 0.025 0.004 0.037 0.741 0.031 0.086 0.075 66 A 0.036 0.010 0.050 0.600 0.045 0.139 0.120 67 E 0.033 0.008 0.106 0.380 0.074 0.190 0.209 68 K 0.032 0.004 0.080 0.304 0.156 0.253 0.172 69 E 0.024 0.011 0.050 0.189 0.134 0.255 0.336 70 L 0.018 0.032 0.007 0.052 0.180 0.026 0.684 71 T 0.006 0.008 0.003 0.025 0.026 0.008 0.924 72 E 0.001 0.001 0.075 0.854 0.007 0.054 0.009 73 D 0.001 0.001 0.069 0.878 0.004 0.044 0.004 74 E 0.001 0.001 0.091 0.872 0.002 0.027 0.007 75 F 0.001 0.001 0.007 0.979 0.002 0.006 0.006 76 K 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.010 0.002 77 Y 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.013 0.001 78 F 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.012 0.004 79 K 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.008 0.003 80 R 0.001 0.001 0.004 0.975 0.002 0.016 0.003 81 Q 0.001 0.001 0.003 0.970 0.002 0.021 0.003 82 F 0.001 0.001 0.002 0.966 0.002 0.025 0.004 83 G 0.001 0.001 0.004 0.939 0.005 0.040 0.010 84 F 0.002 0.001 0.006 0.940 0.010 0.027 0.014 85 Y 0.003 0.001 0.007 0.943 0.008 0.024 0.015 86 Y 0.005 0.002 0.010 0.908 0.009 0.042 0.023 87 G 0.008 0.002 0.031 0.818 0.021 0.079 0.041 88 E 0.011 0.002 0.069 0.677 0.046 0.114 0.082 89 N 0.013 0.004 0.069 0.642 0.039 0.160 0.073 90 L 0.021 0.011 0.078 0.524 0.069 0.163 0.133 91 C 0.028 0.005 0.141 0.401 0.095 0.173 0.157 92 N 0.021 0.002 0.154 0.337 0.090 0.288 0.107 93 I 0.028 0.006 0.217 0.304 0.077 0.255 0.113 94 S 0.083 0.014 0.102 0.159 0.145 0.127 0.369 95 R 0.129 0.030 0.085 0.095 0.103 0.175 0.383 96 L 0.116 0.051 0.027 0.072 0.113 0.059 0.562 97 Y 0.040 0.019 0.006 0.024 0.073 0.013 0.824 98 P 0.008 0.004 0.041 0.265 0.162 0.468 0.051 99 N 0.007 0.010 0.024 0.256 0.100 0.502 0.100 100 V 0.001 0.001 0.010 0.935 0.005 0.012 0.037 101 K 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.002 0.006 102 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.002 0.002 103 T 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.002 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 105 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 106 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 108 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 109 A 0.001 0.001 0.003 0.931 0.002 0.062 0.001 110 Q 0.001 0.001 0.001 0.100 0.006 0.892 0.001 111 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.980 0.008 112 Y 0.019 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.970 113 I 0.685 0.001 0.001 0.001 0.090 0.001 0.224 114 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 115 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 116 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 117 V 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.049 118 T 0.442 0.002 0.001 0.001 0.055 0.012 0.488 119 N 0.046 0.005 0.001 0.001 0.688 0.012 0.248 120 K 0.023 0.025 0.005 0.005 0.555 0.027 0.359 121 P 0.020 0.013 0.067 0.075 0.179 0.174 0.471 122 T 0.010 0.006 0.226 0.360 0.082 0.132 0.185 123 K 0.009 0.003 0.202 0.581 0.053 0.102 0.050 124 H 0.010 0.005 0.088 0.767 0.014 0.079 0.037 125 V 0.009 0.002 0.016 0.923 0.006 0.017 0.028 126 Q 0.002 0.001 0.004 0.978 0.002 0.003 0.010 127 P 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.002 128 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 129 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 130 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 131 A 0.001 0.001 0.003 0.910 0.004 0.081 0.001 132 F 0.001 0.001 0.002 0.303 0.007 0.682 0.004 133 G 0.001 0.001 0.002 0.017 0.026 0.879 0.075 134 I 0.002 0.005 0.025 0.031 0.052 0.022 0.864 135 D 0.012 0.011 0.336 0.128 0.067 0.044 0.401 136 H 0.019 0.005 0.377 0.264 0.102 0.166 0.067 137 L 0.038 0.018 0.310 0.321 0.056 0.159 0.099 138 F 0.112 0.018 0.178 0.223 0.086 0.057 0.326 139 S 0.092 0.002 0.074 0.244 0.369 0.099 0.121 140 E 0.558 0.002 0.057 0.200 0.035 0.123 0.025 141 M 0.805 0.014 0.007 0.120 0.006 0.011 0.036 142 L 0.810 0.017 0.008 0.097 0.012 0.014 0.041 143 G 0.479 0.005 0.014 0.049 0.058 0.043 0.352 144 G 0.109 0.008 0.109 0.038 0.115 0.135 0.486 145 Q 0.035 0.007 0.114 0.019 0.310 0.202 0.314 146 S 0.031 0.027 0.150 0.017 0.245 0.177 0.353 147 L 0.035 0.014 0.047 0.012 0.329 0.033 0.531 148 P 0.035 0.020 0.064 0.017 0.110 0.102 0.653 149 E 0.070 0.026 0.063 0.013 0.215 0.167 0.444 150 I 0.107 0.046 0.030 0.013 0.190 0.096 0.518 151 K 0.076 0.044 0.006 0.004 0.231 0.030 0.609 152 P 0.040 0.055 0.005 0.006 0.171 0.048 0.675 153 H 0.013 0.021 0.002 0.005 0.147 0.025 0.787 154 P 0.002 0.004 0.029 0.692 0.059 0.082 0.132 155 A 0.001 0.001 0.020 0.934 0.011 0.018 0.017 156 P 0.001 0.001 0.009 0.981 0.001 0.003 0.004 157 F 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 158 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 159 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 160 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 161 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 162 G 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 163 K 0.001 0.001 0.003 0.913 0.004 0.076 0.002 164 F 0.001 0.001 0.004 0.303 0.013 0.672 0.007 165 G 0.001 0.001 0.003 0.007 0.071 0.789 0.129 166 L 0.008 0.018 0.001 0.001 0.144 0.004 0.824 167 Y 0.028 0.009 0.002 0.001 0.026 0.001 0.934 168 P 0.030 0.009 0.553 0.029 0.066 0.223 0.091 169 K 0.054 0.002 0.432 0.012 0.118 0.303 0.080 170 Q 0.284 0.003 0.233 0.013 0.134 0.094 0.239 171 I 0.929 0.007 0.004 0.004 0.006 0.004 0.047 172 L 0.979 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 173 F 0.986 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 174 V 0.945 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.040 175 G 0.645 0.006 0.005 0.004 0.085 0.046 0.210 176 D 0.169 0.019 0.008 0.006 0.222 0.063 0.513 177 S 0.033 0.012 0.006 0.012 0.364 0.053 0.521 178 Q 0.004 0.002 0.052 0.669 0.083 0.135 0.055 179 N 0.002 0.001 0.032 0.848 0.020 0.082 0.016 180 D 0.003 0.001 0.019 0.929 0.005 0.021 0.022 181 I 0.001 0.001 0.003 0.984 0.002 0.005 0.005 182 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 183 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 184 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 185 H 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 186 S 0.001 0.001 0.005 0.950 0.003 0.039 0.001 187 A 0.001 0.001 0.002 0.265 0.005 0.726 0.002 188 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.961 0.018 189 C 0.036 0.003 0.001 0.001 0.040 0.004 0.916 190 A 0.390 0.002 0.002 0.001 0.328 0.004 0.274 191 V 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.019 192 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 193 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 194 L 0.939 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.055 195 T 0.493 0.004 0.001 0.001 0.063 0.008 0.431 196 Y 0.155 0.008 0.007 0.005 0.366 0.099 0.360 197 G 0.054 0.020 0.020 0.005 0.299 0.176 0.426 198 Y 0.041 0.018 0.042 0.011 0.270 0.208 0.409 199 N 0.035 0.022 0.039 0.019 0.259 0.204 0.422 200 Y 0.042 0.014 0.036 0.026 0.261 0.193 0.426 201 N 0.067 0.024 0.043 0.050 0.254 0.156 0.406 202 I 0.094 0.022 0.021 0.062 0.357 0.025 0.418 203 P 0.106 0.053 0.037 0.098 0.050 0.043 0.614 204 I 0.068 0.025 0.199 0.224 0.052 0.079 0.354 205 A 0.051 0.011 0.299 0.196 0.075 0.129 0.238 206 Q 0.049 0.006 0.291 0.189 0.109 0.204 0.152 207 S 0.066 0.009 0.073 0.126 0.309 0.175 0.240 208 K 0.070 0.007 0.013 0.021 0.305 0.040 0.544 209 P 0.102 0.007 0.030 0.034 0.101 0.083 0.643 210 D 0.372 0.019 0.038 0.045 0.175 0.089 0.262 211 W 0.711 0.015 0.025 0.029 0.047 0.024 0.150 212 I 0.851 0.023 0.008 0.026 0.014 0.009 0.069 213 F 0.669 0.028 0.013 0.029 0.044 0.016 0.201 214 D 0.323 0.017 0.011 0.024 0.300 0.045 0.281 215 D 0.157 0.040 0.005 0.016 0.204 0.019 0.558 216 F 0.001 0.001 0.055 0.921 0.001 0.010 0.011 217 A 0.001 0.001 0.040 0.951 0.001 0.006 0.002 218 D 0.001 0.001 0.051 0.942 0.001 0.005 0.001 219 I 0.001 0.001 0.032 0.957 0.001 0.008 0.001 220 L 0.002 0.001 0.017 0.959 0.002 0.018 0.002 221 K 0.001 0.001 0.015 0.905 0.004 0.072 0.003 222 I 0.002 0.001 0.010 0.760 0.010 0.190 0.027 223 T 0.007 0.015 0.010 0.354 0.020 0.136 0.458 224 Q 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.003 0.984