# TARGET T0303 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2274 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.615 0.245 0.093 0.037 0.010 0.001 0.001 2 T 0.439 0.382 0.133 0.039 0.007 0.001 0.001 3 Q 0.115 0.382 0.315 0.161 0.025 0.002 0.001 4 F 0.001 0.007 0.053 0.276 0.516 0.143 0.003 5 K 0.010 0.061 0.210 0.382 0.265 0.066 0.006 6 L 0.001 0.001 0.005 0.024 0.151 0.667 0.152 7 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.387 0.578 8 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.179 0.780 9 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.193 0.776 10 D 0.001 0.001 0.001 0.009 0.063 0.386 0.541 11 L 0.001 0.001 0.002 0.010 0.055 0.324 0.607 12 D 0.001 0.007 0.021 0.059 0.117 0.325 0.471 13 G 0.002 0.007 0.026 0.081 0.178 0.331 0.375 14 T 0.001 0.003 0.006 0.018 0.073 0.385 0.515 15 L 0.002 0.004 0.008 0.031 0.117 0.416 0.422 16 V 0.003 0.010 0.022 0.055 0.135 0.403 0.373 17 N 0.003 0.021 0.066 0.181 0.274 0.320 0.135 18 S 0.003 0.010 0.026 0.074 0.218 0.464 0.205 19 L 0.009 0.047 0.107 0.226 0.297 0.250 0.065 20 P 0.070 0.195 0.221 0.197 0.164 0.116 0.036 21 D 0.025 0.097 0.191 0.266 0.228 0.153 0.040 22 L 0.017 0.021 0.030 0.073 0.187 0.403 0.269 23 A 0.009 0.047 0.114 0.234 0.287 0.264 0.045 24 L 0.017 0.078 0.227 0.316 0.249 0.097 0.016 25 S 0.004 0.008 0.017 0.050 0.198 0.529 0.194 26 I 0.001 0.002 0.003 0.015 0.102 0.501 0.376 27 N 0.004 0.040 0.161 0.332 0.281 0.159 0.023 28 S 0.006 0.081 0.277 0.395 0.200 0.038 0.004 29 A 0.002 0.007 0.019 0.092 0.300 0.515 0.065 30 L 0.003 0.015 0.057 0.234 0.486 0.197 0.009 31 K 0.157 0.427 0.293 0.099 0.022 0.003 0.001 32 D 0.236 0.366 0.251 0.114 0.028 0.004 0.001 33 V 0.039 0.100 0.232 0.344 0.222 0.060 0.003 34 N 0.399 0.330 0.152 0.075 0.033 0.011 0.001 35 L 0.162 0.155 0.210 0.261 0.168 0.042 0.002 36 P 0.388 0.315 0.160 0.084 0.037 0.014 0.002 37 Q 0.378 0.271 0.159 0.112 0.054 0.022 0.003 38 A 0.287 0.200 0.166 0.169 0.120 0.052 0.007 39 S 0.339 0.267 0.183 0.125 0.061 0.021 0.004 40 E 0.273 0.284 0.218 0.146 0.059 0.018 0.003 41 N 0.338 0.327 0.179 0.096 0.042 0.016 0.003 42 L 0.088 0.155 0.220 0.247 0.182 0.094 0.014 43 V 0.047 0.057 0.095 0.207 0.286 0.262 0.045 44 M 0.066 0.151 0.232 0.269 0.181 0.088 0.013 45 T 0.121 0.213 0.212 0.195 0.140 0.095 0.024 46 W 0.025 0.042 0.082 0.183 0.291 0.304 0.073 47 I 0.055 0.085 0.145 0.218 0.243 0.205 0.049 48 G 0.191 0.248 0.205 0.168 0.107 0.065 0.016 49 N 0.278 0.275 0.181 0.127 0.083 0.043 0.013 50 G 0.166 0.197 0.189 0.185 0.141 0.099 0.023 51 A 0.067 0.092 0.134 0.208 0.240 0.207 0.051 52 D 0.154 0.233 0.241 0.190 0.113 0.056 0.014 53 V 0.107 0.246 0.252 0.200 0.125 0.058 0.013 54 L 0.021 0.031 0.059 0.150 0.318 0.345 0.075 55 S 0.027 0.051 0.097 0.195 0.272 0.292 0.065 56 Q 0.074 0.225 0.279 0.231 0.124 0.059 0.009 57 R 0.021 0.080 0.197 0.313 0.252 0.119 0.018 58 A 0.011 0.014 0.025 0.074 0.243 0.493 0.140 59 V 0.026 0.078 0.164 0.277 0.271 0.160 0.023 60 D 0.184 0.300 0.237 0.150 0.078 0.042 0.009 61 W 0.050 0.104 0.174 0.261 0.253 0.141 0.018 62 A 0.110 0.144 0.190 0.249 0.201 0.097 0.011 63 C 0.162 0.233 0.240 0.203 0.118 0.039 0.004 64 T 0.484 0.275 0.138 0.069 0.026 0.006 0.001 65 Q 0.359 0.272 0.179 0.123 0.053 0.013 0.001 66 A 0.294 0.229 0.220 0.172 0.072 0.013 0.001 67 E 0.547 0.272 0.122 0.045 0.012 0.002 0.001 68 K 0.629 0.249 0.090 0.027 0.005 0.001 0.001 69 E 0.498 0.327 0.116 0.045 0.012 0.002 0.001 70 L 0.039 0.097 0.256 0.394 0.189 0.023 0.001 71 T 0.402 0.352 0.163 0.065 0.016 0.002 0.001 72 E 0.609 0.273 0.089 0.024 0.004 0.001 0.001 73 D 0.521 0.286 0.119 0.054 0.016 0.003 0.001 74 E 0.158 0.329 0.273 0.173 0.058 0.009 0.001 75 F 0.018 0.083 0.262 0.393 0.206 0.037 0.001 76 K 0.487 0.381 0.098 0.027 0.006 0.001 0.001 77 Y 0.089 0.262 0.322 0.223 0.083 0.019 0.001 78 F 0.018 0.031 0.070 0.243 0.378 0.242 0.018 79 K 0.058 0.186 0.290 0.268 0.139 0.053 0.007 80 R 0.227 0.376 0.231 0.110 0.038 0.015 0.003 81 Q 0.083 0.152 0.180 0.225 0.206 0.133 0.021 82 F 0.046 0.054 0.092 0.185 0.266 0.283 0.073 83 G 0.084 0.168 0.210 0.225 0.161 0.120 0.031 84 F 0.161 0.286 0.237 0.169 0.089 0.045 0.012 85 Y 0.056 0.105 0.145 0.212 0.243 0.192 0.046 86 Y 0.046 0.058 0.087 0.149 0.244 0.316 0.101 87 G 0.069 0.122 0.175 0.236 0.221 0.142 0.034 88 E 0.142 0.284 0.248 0.180 0.095 0.041 0.010 89 N 0.071 0.152 0.213 0.262 0.194 0.091 0.018 90 L 0.041 0.065 0.107 0.204 0.290 0.244 0.048 91 C 0.086 0.130 0.188 0.261 0.224 0.097 0.015 92 N 0.272 0.340 0.211 0.108 0.045 0.018 0.005 93 I 0.070 0.164 0.234 0.255 0.175 0.089 0.014 94 S 0.022 0.042 0.099 0.213 0.330 0.255 0.038 95 R 0.073 0.212 0.245 0.213 0.155 0.081 0.021 96 L 0.012 0.051 0.109 0.236 0.335 0.230 0.027 97 Y 0.010 0.075 0.183 0.323 0.285 0.114 0.010 98 P 0.089 0.339 0.320 0.160 0.071 0.019 0.002 99 N 0.020 0.244 0.376 0.253 0.084 0.019 0.002 100 V 0.001 0.001 0.005 0.064 0.371 0.511 0.049 101 K 0.003 0.078 0.325 0.383 0.175 0.034 0.001 102 E 0.014 0.262 0.436 0.224 0.056 0.007 0.001 103 T 0.001 0.001 0.007 0.057 0.306 0.588 0.040 104 L 0.001 0.003 0.020 0.150 0.493 0.319 0.015 105 E 0.036 0.475 0.351 0.114 0.021 0.004 0.001 106 A 0.002 0.088 0.389 0.430 0.084 0.006 0.001 107 L 0.001 0.001 0.010 0.103 0.451 0.420 0.014 108 K 0.020 0.246 0.418 0.257 0.056 0.003 0.001 109 A 0.395 0.471 0.110 0.021 0.003 0.001 0.001 110 Q 0.071 0.307 0.409 0.179 0.032 0.002 0.001 111 G 0.087 0.481 0.290 0.117 0.021 0.003 0.001 112 Y 0.001 0.009 0.053 0.275 0.501 0.156 0.005 113 I 0.001 0.008 0.047 0.201 0.408 0.294 0.041 114 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.055 0.545 0.393 115 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.221 0.766 116 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.139 0.850 117 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.152 0.837 118 T 0.001 0.001 0.001 0.005 0.046 0.409 0.539 119 N 0.001 0.004 0.022 0.121 0.335 0.404 0.114 120 K 0.008 0.100 0.211 0.274 0.227 0.135 0.045 121 P 0.043 0.158 0.201 0.251 0.207 0.119 0.022 122 T 0.036 0.143 0.235 0.265 0.206 0.103 0.012 123 K 0.208 0.310 0.246 0.133 0.070 0.027 0.007 124 H 0.037 0.182 0.286 0.255 0.155 0.072 0.013 125 V 0.004 0.008 0.020 0.101 0.324 0.459 0.084 126 Q 0.023 0.143 0.288 0.319 0.157 0.063 0.008 127 P 0.079 0.354 0.314 0.171 0.059 0.021 0.003 128 I 0.012 0.043 0.125 0.299 0.350 0.160 0.011 129 L 0.015 0.020 0.057 0.194 0.410 0.278 0.026 130 T 0.172 0.399 0.278 0.117 0.027 0.006 0.001 131 A 0.220 0.381 0.223 0.116 0.042 0.015 0.002 132 F 0.039 0.099 0.199 0.293 0.258 0.102 0.010 133 G 0.104 0.292 0.282 0.189 0.090 0.037 0.007 134 I 0.025 0.029 0.058 0.175 0.337 0.314 0.062 135 D 0.093 0.265 0.281 0.202 0.105 0.046 0.008 136 H 0.095 0.311 0.286 0.182 0.087 0.032 0.006 137 L 0.013 0.031 0.079 0.212 0.355 0.261 0.048 138 F 0.008 0.018 0.047 0.136 0.281 0.398 0.111 139 S 0.058 0.189 0.252 0.251 0.152 0.081 0.017 140 E 0.031 0.065 0.143 0.251 0.275 0.196 0.038 141 M 0.016 0.024 0.033 0.061 0.168 0.469 0.229 142 L 0.021 0.026 0.036 0.085 0.205 0.431 0.196 143 G 0.036 0.060 0.096 0.183 0.251 0.268 0.106 144 G 0.039 0.072 0.118 0.235 0.300 0.191 0.045 145 Q 0.218 0.324 0.230 0.141 0.059 0.023 0.006 146 S 0.231 0.324 0.223 0.140 0.061 0.019 0.003 147 L 0.137 0.145 0.195 0.242 0.196 0.074 0.010 148 P 0.422 0.284 0.158 0.082 0.037 0.014 0.003 149 E 0.240 0.260 0.227 0.159 0.078 0.031 0.006 150 I 0.080 0.153 0.186 0.235 0.196 0.129 0.020 151 K 0.020 0.065 0.120 0.209 0.278 0.253 0.055 152 P 0.010 0.039 0.095 0.209 0.280 0.284 0.083 153 H 0.035 0.110 0.164 0.208 0.213 0.189 0.081 154 P 0.046 0.123 0.171 0.222 0.221 0.167 0.050 155 A 0.065 0.180 0.262 0.237 0.153 0.080 0.022 156 P 0.010 0.027 0.051 0.112 0.240 0.432 0.128 157 F 0.005 0.010 0.017 0.064 0.216 0.453 0.235 158 Y 0.014 0.085 0.206 0.304 0.225 0.140 0.026 159 Y 0.012 0.064 0.184 0.326 0.278 0.118 0.016 160 L 0.005 0.008 0.016 0.059 0.222 0.568 0.122 161 C 0.007 0.022 0.070 0.230 0.398 0.245 0.028 162 G 0.085 0.337 0.301 0.175 0.073 0.026 0.004 163 K 0.057 0.200 0.295 0.279 0.128 0.037 0.004 164 F 0.009 0.029 0.088 0.235 0.353 0.255 0.031 165 G 0.145 0.369 0.248 0.138 0.067 0.029 0.005 166 L 0.029 0.060 0.135 0.289 0.353 0.125 0.008 167 Y 0.104 0.327 0.287 0.183 0.078 0.019 0.002 168 P 0.035 0.119 0.215 0.334 0.223 0.068 0.006 169 K 0.052 0.225 0.249 0.228 0.165 0.069 0.012 170 Q 0.002 0.020 0.100 0.318 0.384 0.157 0.018 171 I 0.001 0.001 0.005 0.030 0.142 0.561 0.262 172 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.388 0.575 173 F 0.001 0.001 0.001 0.010 0.052 0.274 0.663 174 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.189 0.794 175 G 0.001 0.001 0.007 0.037 0.145 0.409 0.401 176 D 0.001 0.003 0.014 0.057 0.204 0.484 0.239 177 S 0.002 0.018 0.059 0.151 0.290 0.361 0.120 178 Q 0.039 0.131 0.204 0.248 0.206 0.133 0.038 179 N 0.023 0.080 0.143 0.195 0.209 0.233 0.117 180 D 0.022 0.040 0.070 0.152 0.253 0.307 0.156 181 I 0.018 0.030 0.051 0.105 0.195 0.361 0.240 182 F 0.070 0.102 0.109 0.140 0.178 0.230 0.170 183 A 0.021 0.029 0.051 0.089 0.142 0.304 0.363 184 A 0.012 0.013 0.019 0.057 0.164 0.363 0.372 185 H 0.021 0.087 0.144 0.200 0.196 0.214 0.138 186 S 0.020 0.065 0.090 0.167 0.246 0.267 0.144 187 A 0.007 0.029 0.065 0.125 0.214 0.299 0.262 188 G 0.005 0.047 0.115 0.219 0.216 0.233 0.164 189 C 0.001 0.002 0.006 0.030 0.138 0.426 0.399 190 A 0.001 0.003 0.014 0.069 0.214 0.394 0.306 191 V 0.001 0.001 0.003 0.010 0.039 0.262 0.685 192 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.020 0.178 0.795 193 G 0.001 0.001 0.002 0.012 0.058 0.251 0.675 194 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.064 0.364 0.560 195 T 0.001 0.009 0.038 0.152 0.312 0.388 0.100 196 Y 0.004 0.031 0.089 0.216 0.340 0.278 0.042 197 G 0.040 0.132 0.207 0.248 0.213 0.138 0.022 198 Y 0.072 0.117 0.183 0.258 0.240 0.118 0.011 199 N 0.166 0.228 0.230 0.196 0.118 0.054 0.009 200 Y 0.184 0.202 0.217 0.201 0.136 0.055 0.006 201 N 0.287 0.282 0.198 0.132 0.071 0.027 0.003 202 I 0.241 0.260 0.229 0.166 0.078 0.023 0.002 203 P 0.395 0.317 0.157 0.080 0.036 0.013 0.002 204 I 0.086 0.121 0.191 0.298 0.220 0.079 0.005 205 A 0.309 0.326 0.211 0.108 0.037 0.008 0.001 206 Q 0.512 0.281 0.123 0.057 0.020 0.006 0.001 207 S 0.279 0.219 0.213 0.179 0.086 0.022 0.002 208 K 0.263 0.331 0.225 0.121 0.044 0.015 0.002 209 P 0.078 0.096 0.163 0.280 0.264 0.110 0.009 210 D 0.146 0.296 0.274 0.170 0.081 0.030 0.004 211 W 0.024 0.052 0.109 0.224 0.313 0.242 0.036 212 I 0.011 0.046 0.097 0.203 0.303 0.298 0.043 213 F 0.019 0.049 0.119 0.243 0.327 0.222 0.022 214 D 0.125 0.312 0.277 0.182 0.078 0.023 0.003 215 D 0.030 0.132 0.230 0.285 0.210 0.103 0.010 216 F 0.005 0.013 0.039 0.162 0.392 0.352 0.037 217 A 0.165 0.377 0.257 0.138 0.049 0.013 0.001 218 D 0.055 0.220 0.354 0.271 0.081 0.017 0.001 219 I 0.018 0.025 0.052 0.190 0.406 0.295 0.015 220 L 0.062 0.162 0.309 0.312 0.133 0.022 0.001 221 K 0.496 0.389 0.086 0.022 0.006 0.001 0.001 222 I 0.206 0.244 0.277 0.192 0.067 0.013 0.001 223 T 0.277 0.172 0.187 0.212 0.117 0.033 0.002 224 Q 0.695 0.199 0.065 0.028 0.010 0.003 0.001