# TARGET T0303 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52.7971 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.033 0.072 0.031 0.104 0.121 0.123 0.147 0.123 0.112 0.080 0.054 2 S 0.018 0.076 0.018 0.069 0.085 0.105 0.153 0.139 0.133 0.112 0.092 3 L 0.029 0.014 0.006 0.032 0.076 0.118 0.209 0.179 0.168 0.105 0.064 4 P 0.235 0.070 0.035 0.103 0.121 0.121 0.127 0.068 0.063 0.036 0.023 5 D 0.002 0.017 0.018 0.106 0.125 0.125 0.184 0.156 0.120 0.081 0.066 6 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.024 0.072 0.180 0.287 0.422 7 A 0.014 0.007 0.035 0.052 0.072 0.131 0.245 0.153 0.132 0.098 0.061 8 L 0.003 0.017 0.161 0.194 0.170 0.144 0.156 0.073 0.045 0.024 0.013 9 S 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.007 0.044 0.083 0.159 0.264 0.433 10 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.031 0.080 0.205 0.305 0.371 11 N 0.002 0.005 0.138 0.089 0.110 0.185 0.238 0.091 0.070 0.043 0.028 12 S 0.001 0.003 0.041 0.066 0.131 0.225 0.315 0.111 0.056 0.032 0.020 13 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.023 0.062 0.180 0.308 0.418 14 L 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.023 0.096 0.147 0.239 0.254 0.221 15 K 0.005 0.015 0.321 0.192 0.182 0.145 0.093 0.029 0.012 0.005 0.002 16 D 0.011 0.030 0.105 0.090 0.143 0.217 0.270 0.075 0.035 0.015 0.008 17 V 0.015 0.009 0.008 0.020 0.023 0.040 0.140 0.173 0.225 0.219 0.128 18 N 0.627 0.225 0.038 0.053 0.025 0.014 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 19 L 0.027 0.027 0.024 0.057 0.069 0.085 0.172 0.167 0.176 0.129 0.067 20 P 0.339 0.267 0.061 0.125 0.080 0.052 0.042 0.016 0.009 0.005 0.003 21 Q 0.483 0.145 0.070 0.123 0.070 0.047 0.036 0.013 0.008 0.003 0.002 22 A 0.071 0.041 0.016 0.038 0.060 0.101 0.172 0.153 0.141 0.126 0.081 23 S 0.067 0.499 0.090 0.146 0.070 0.044 0.036 0.019 0.014 0.009 0.005 24 E 0.196 0.080 0.049 0.190 0.217 0.148 0.080 0.024 0.011 0.004 0.002 25 N 0.674 0.142 0.089 0.057 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 26 L 0.005 0.021 0.043 0.272 0.241 0.202 0.148 0.044 0.016 0.005 0.002 27 V 0.004 0.003 0.008 0.007 0.010 0.016 0.080 0.155 0.252 0.269 0.196 28 M 0.002 0.009 0.128 0.177 0.244 0.236 0.136 0.042 0.017 0.006 0.003 29 T 0.017 0.067 0.505 0.245 0.092 0.043 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 30 W 0.001 0.002 0.003 0.014 0.036 0.087 0.243 0.214 0.183 0.140 0.077 31 I 0.004 0.009 0.009 0.017 0.021 0.035 0.143 0.180 0.234 0.189 0.159 32 G 0.056 0.074 0.101 0.134 0.161 0.151 0.144 0.070 0.053 0.031 0.025 33 N 0.177 0.183 0.147 0.221 0.121 0.079 0.048 0.014 0.006 0.003 0.001 34 G 0.055 0.128 0.067 0.142 0.139 0.128 0.148 0.081 0.057 0.036 0.020 35 A 0.001 0.002 0.002 0.006 0.009 0.016 0.063 0.106 0.216 0.248 0.331 36 D 0.043 0.099 0.162 0.253 0.205 0.137 0.074 0.016 0.007 0.003 0.002 37 V 0.005 0.020 0.040 0.120 0.145 0.196 0.255 0.121 0.060 0.027 0.013 38 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.034 0.083 0.176 0.289 0.405 39 S 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.015 0.088 0.131 0.228 0.260 0.263 40 Q 0.002 0.008 0.181 0.190 0.180 0.172 0.122 0.057 0.046 0.028 0.015 41 R 0.001 0.003 0.022 0.036 0.067 0.153 0.340 0.181 0.100 0.064 0.034 42 A 0.001 0.001 0.006 0.005 0.004 0.006 0.039 0.099 0.222 0.323 0.295 43 V 0.001 0.002 0.011 0.014 0.025 0.056 0.178 0.167 0.207 0.191 0.148 44 D 0.017 0.044 0.280 0.234 0.184 0.118 0.073 0.027 0.015 0.006 0.002 45 W 0.026 0.029 0.051 0.060 0.088 0.175 0.287 0.128 0.083 0.052 0.021 46 A 0.128 0.088 0.059 0.087 0.063 0.057 0.129 0.106 0.120 0.101 0.062 47 C 0.032 0.024 0.021 0.041 0.055 0.095 0.203 0.163 0.157 0.129 0.080 48 T 0.199 0.232 0.167 0.172 0.095 0.054 0.044 0.018 0.011 0.006 0.003 49 Q 0.247 0.159 0.146 0.140 0.100 0.078 0.071 0.030 0.017 0.009 0.004 50 A 0.284 0.157 0.071 0.093 0.084 0.079 0.087 0.052 0.042 0.032 0.018 51 E 0.224 0.245 0.119 0.160 0.099 0.060 0.046 0.020 0.015 0.008 0.003 52 K 0.418 0.146 0.137 0.136 0.071 0.041 0.031 0.010 0.006 0.003 0.001 53 E 0.480 0.118 0.194 0.103 0.043 0.025 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 54 L 0.051 0.044 0.085 0.097 0.100 0.157 0.196 0.114 0.082 0.051 0.023 55 T 0.018 0.077 0.107 0.090 0.085 0.141 0.215 0.123 0.084 0.044 0.016 56 E 0.057 0.065 0.480 0.199 0.104 0.055 0.027 0.007 0.004 0.001 0.001 57 D 0.213 0.106 0.414 0.136 0.062 0.033 0.023 0.007 0.004 0.002 0.001 58 E 0.003 0.008 0.037 0.061 0.065 0.136 0.271 0.173 0.147 0.073 0.028 59 F 0.002 0.002 0.029 0.019 0.030 0.079 0.242 0.212 0.203 0.129 0.053 60 K 0.003 0.015 0.540 0.191 0.118 0.074 0.038 0.012 0.006 0.002 0.001 61 Y 0.005 0.024 0.299 0.172 0.155 0.150 0.111 0.042 0.026 0.012 0.003 62 F 0.001 0.001 0.009 0.008 0.011 0.027 0.129 0.164 0.264 0.246 0.138 63 K 0.005 0.008 0.062 0.083 0.103 0.142 0.269 0.163 0.108 0.045 0.012 64 R 0.003 0.015 0.458 0.181 0.127 0.082 0.062 0.032 0.024 0.011 0.004 65 Q 0.010 0.026 0.114 0.109 0.132 0.197 0.220 0.096 0.062 0.026 0.008 66 F 0.015 0.021 0.030 0.042 0.046 0.087 0.225 0.210 0.189 0.101 0.033 67 G 0.058 0.075 0.113 0.128 0.113 0.117 0.145 0.106 0.080 0.047 0.018 68 F 0.063 0.083 0.151 0.169 0.136 0.107 0.113 0.070 0.059 0.033 0.016 69 Y 0.115 0.103 0.080 0.131 0.122 0.109 0.123 0.081 0.076 0.039 0.021 70 Y 0.066 0.077 0.047 0.100 0.101 0.138 0.174 0.122 0.098 0.054 0.023 71 G 0.262 0.138 0.068 0.110 0.093 0.084 0.097 0.062 0.047 0.027 0.013 72 E 0.230 0.136 0.095 0.166 0.128 0.085 0.069 0.041 0.027 0.016 0.008 73 N 0.238 0.169 0.086 0.176 0.119 0.080 0.066 0.032 0.020 0.010 0.005 74 L 0.024 0.045 0.037 0.119 0.132 0.152 0.196 0.130 0.089 0.051 0.025 75 C 0.021 0.023 0.014 0.037 0.050 0.072 0.164 0.185 0.190 0.158 0.087 76 N 0.097 0.184 0.108 0.246 0.174 0.090 0.057 0.023 0.013 0.006 0.003 77 I 0.019 0.015 0.010 0.027 0.031 0.043 0.112 0.150 0.218 0.216 0.158 78 S 0.062 0.098 0.045 0.162 0.170 0.132 0.141 0.083 0.059 0.031 0.016 79 R 0.255 0.182 0.048 0.162 0.113 0.073 0.070 0.043 0.031 0.017 0.008