# TARGET T0303 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52.7971 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.066 0.019 0.004 0.023 0.013 0.023 0.097 0.002 0.001 0.004 0.749 2 S 0.112 0.012 0.006 0.015 0.007 0.011 0.139 0.002 0.001 0.007 0.689 3 L 0.223 0.018 0.011 0.019 0.005 0.012 0.230 0.002 0.001 0.009 0.471 4 P 0.006 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.958 5 D 0.011 0.017 0.001 0.005 0.002 0.004 0.229 0.001 0.001 0.002 0.730 6 L 0.088 0.190 0.001 0.004 0.002 0.004 0.174 0.002 0.001 0.006 0.529 7 A 0.014 0.873 0.001 0.002 0.001 0.002 0.031 0.002 0.001 0.001 0.075 8 L 0.010 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.001 0.001 0.065 9 S 0.017 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 10 I 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 N 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 12 S 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 13 A 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 14 L 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 15 K 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 16 D 0.024 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.013 17 V 0.138 0.725 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.001 0.001 0.020 18 N 0.362 0.199 0.040 0.001 0.001 0.001 0.002 0.334 0.001 0.001 0.059 19 L 0.019 0.012 0.875 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.083 20 P 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.987 21 Q 0.118 0.001 0.005 0.038 0.001 0.002 0.039 0.001 0.001 0.003 0.791 22 A 0.296 0.011 0.008 0.087 0.005 0.009 0.114 0.001 0.001 0.007 0.463 23 S 0.085 0.020 0.001 0.089 0.011 0.013 0.305 0.001 0.001 0.003 0.470 24 E 0.015 0.009 0.001 0.028 0.002 0.003 0.029 0.001 0.001 0.002 0.912 25 N 0.021 0.028 0.001 0.020 0.010 0.017 0.450 0.001 0.001 0.016 0.436 26 L 0.097 0.088 0.002 0.023 0.024 0.053 0.549 0.007 0.001 0.050 0.106 27 V 0.071 0.778 0.004 0.021 0.021 0.037 0.009 0.003 0.001 0.002 0.053 28 M 0.012 0.830 0.001 0.022 0.027 0.063 0.004 0.004 0.001 0.001 0.037 29 T 0.053 0.662 0.002 0.008 0.022 0.037 0.007 0.018 0.001 0.001 0.191 30 W 0.133 0.645 0.006 0.030 0.041 0.033 0.005 0.035 0.001 0.001 0.071 31 I 0.031 0.743 0.013 0.040 0.042 0.053 0.017 0.012 0.001 0.001 0.047 32 G 0.044 0.405 0.011 0.040 0.065 0.132 0.070 0.019 0.001 0.003 0.210 33 N 0.087 0.251 0.013 0.026 0.015 0.052 0.174 0.014 0.001 0.004 0.363 34 G 0.332 0.055 0.026 0.013 0.005 0.007 0.104 0.019 0.001 0.016 0.423 35 A 0.089 0.032 0.647 0.013 0.003 0.008 0.073 0.001 0.001 0.009 0.125 36 D 0.008 0.048 0.004 0.049 0.020 0.028 0.168 0.002 0.001 0.001 0.672 37 V 0.034 0.142 0.001 0.017 0.007 0.005 0.037 0.001 0.001 0.001 0.756 38 L 0.007 0.672 0.001 0.004 0.003 0.006 0.032 0.001 0.001 0.001 0.275 39 S 0.006 0.651 0.001 0.009 0.017 0.042 0.204 0.003 0.001 0.003 0.065 40 Q 0.017 0.929 0.001 0.005 0.003 0.007 0.006 0.003 0.001 0.001 0.028 41 R 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 42 A 0.014 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.025 43 V 0.064 0.902 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.016 44 D 0.031 0.796 0.049 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 0.097 45 W 0.077 0.803 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 0.089 46 A 0.251 0.481 0.014 0.002 0.002 0.002 0.023 0.063 0.001 0.003 0.160 47 C 0.077 0.525 0.109 0.010 0.005 0.005 0.030 0.018 0.001 0.002 0.219 48 T 0.084 0.382 0.017 0.021 0.007 0.013 0.094 0.024 0.001 0.003 0.356 49 Q 0.171 0.205 0.020 0.010 0.003 0.004 0.046 0.008 0.001 0.003 0.530 50 A 0.076 0.245 0.010 0.008 0.003 0.004 0.097 0.005 0.001 0.003 0.547 51 E 0.099 0.206 0.011 0.010 0.006 0.009 0.191 0.013 0.001 0.011 0.445 52 K 0.156 0.376 0.007 0.006 0.002 0.005 0.110 0.009 0.001 0.007 0.324 53 E 0.113 0.460 0.005 0.004 0.002 0.003 0.081 0.018 0.001 0.005 0.310 54 L 0.171 0.548 0.011 0.001 0.001 0.001 0.049 0.008 0.001 0.003 0.205 55 T 0.075 0.614 0.007 0.002 0.001 0.002 0.053 0.018 0.001 0.002 0.225 56 E 0.044 0.724 0.004 0.001 0.001 0.001 0.036 0.010 0.001 0.002 0.177 57 D 0.019 0.711 0.003 0.001 0.001 0.001 0.046 0.004 0.001 0.001 0.216 58 E 0.013 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.007 0.001 0.001 0.069 59 F 0.015 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.019 60 K 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 61 Y 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 62 F 0.014 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 63 K 0.014 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.014 64 R 0.013 0.950 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.018 65 Q 0.031 0.915 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.001 0.001 0.029 66 F 0.043 0.871 0.008 0.003 0.003 0.003 0.004 0.016 0.001 0.001 0.049 67 G 0.062 0.745 0.014 0.006 0.007 0.006 0.007 0.022 0.001 0.001 0.131 68 F 0.073 0.691 0.029 0.013 0.012 0.018 0.019 0.019 0.001 0.002 0.125 69 Y 0.088 0.473 0.018 0.030 0.039 0.055 0.036 0.037 0.001 0.003 0.221 70 Y 0.144 0.317 0.027 0.033 0.035 0.045 0.048 0.026 0.001 0.004 0.321 71 G 0.115 0.175 0.025 0.039 0.046 0.061 0.057 0.017 0.001 0.006 0.459 72 E 0.053 0.052 0.019 0.027 0.024 0.046 0.067 0.006 0.001 0.005 0.702 73 N 0.082 0.034 0.009 0.031 0.044 0.057 0.114 0.008 0.001 0.009 0.612 74 L 0.258 0.051 0.016 0.051 0.052 0.071 0.081 0.005 0.001 0.014 0.402 75 C 0.066 0.050 0.011 0.072 0.091 0.120 0.114 0.004 0.001 0.006 0.468 76 N 0.040 0.025 0.005 0.073 0.104 0.151 0.081 0.002 0.001 0.004 0.514 77 I 0.051 0.028 0.007 0.073 0.092 0.189 0.090 0.002 0.001 0.007 0.459 78 S 0.039 0.025 0.004 0.075 0.145 0.215 0.172 0.002 0.001 0.006 0.317 79 R 0.018 0.011 0.003 0.024 0.027 0.042 0.056 0.001 0.001 0.004 0.815