# TARGET T0303 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 115 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.007 0.015 0.010 0.010 0.177 0.031 0.751 2 S 0.009 0.012 0.024 0.077 0.170 0.138 0.571 3 L 0.002 0.004 0.034 0.676 0.104 0.087 0.094 4 P 0.001 0.002 0.016 0.858 0.050 0.036 0.038 5 D 0.001 0.004 0.008 0.918 0.012 0.025 0.032 6 L 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.007 0.006 7 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 0.002 8 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 9 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 10 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 11 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 12 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 15 K 0.001 0.001 0.003 0.973 0.001 0.021 0.001 16 D 0.001 0.001 0.005 0.845 0.004 0.142 0.003 17 V 0.001 0.001 0.006 0.359 0.033 0.581 0.019 18 N 0.001 0.002 0.006 0.023 0.068 0.783 0.117 19 L 0.003 0.010 0.009 0.004 0.209 0.034 0.731 20 P 0.015 0.014 0.021 0.004 0.187 0.037 0.722 21 Q 0.031 0.040 0.055 0.013 0.171 0.080 0.608 22 A 0.029 0.067 0.015 0.008 0.235 0.029 0.618 23 S 0.047 0.031 0.007 0.026 0.198 0.017 0.675 24 E 0.001 0.001 0.056 0.923 0.004 0.013 0.003 25 N 0.001 0.001 0.077 0.903 0.003 0.015 0.002 26 L 0.001 0.001 0.089 0.877 0.002 0.028 0.003 27 V 0.002 0.001 0.018 0.956 0.005 0.013 0.005 28 M 0.003 0.001 0.024 0.947 0.004 0.015 0.006 29 T 0.004 0.001 0.030 0.923 0.005 0.034 0.004 30 W 0.005 0.001 0.036 0.896 0.006 0.052 0.005 31 I 0.010 0.007 0.021 0.804 0.032 0.109 0.018 32 G 0.005 0.002 0.023 0.555 0.091 0.231 0.093 33 N 0.001 0.003 0.022 0.328 0.141 0.440 0.065 34 G 0.003 0.006 0.018 0.438 0.147 0.249 0.138 35 A 0.001 0.001 0.010 0.871 0.019 0.017 0.081 36 D 0.001 0.001 0.003 0.990 0.002 0.004 0.002 37 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.001 38 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 39 S 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.001 40 Q 0.001 0.001 0.003 0.972 0.002 0.019 0.002 41 R 0.001 0.001 0.006 0.925 0.005 0.056 0.006 42 A 0.002 0.002 0.008 0.893 0.014 0.059 0.022 43 V 0.003 0.004 0.018 0.820 0.033 0.061 0.060 44 D 0.002 0.002 0.043 0.754 0.036 0.122 0.041 45 W 0.002 0.002 0.045 0.623 0.052 0.221 0.056 46 A 0.002 0.006 0.056 0.417 0.074 0.336 0.109 47 C 0.004 0.007 0.048 0.156 0.142 0.424 0.220 48 T 0.006 0.009 0.065 0.111 0.187 0.179 0.443 49 Q 0.005 0.010 0.050 0.136 0.266 0.074 0.459 50 A 0.004 0.005 0.078 0.281 0.137 0.134 0.361 51 E 0.002 0.003 0.090 0.402 0.085 0.136 0.282 52 K 0.002 0.003 0.073 0.530 0.065 0.097 0.231 53 E 0.001 0.002 0.040 0.702 0.048 0.094 0.113 54 L 0.002 0.002 0.020 0.793 0.040 0.068 0.075 55 T 0.001 0.002 0.012 0.820 0.039 0.047 0.080 56 E 0.001 0.001 0.004 0.908 0.023 0.023 0.040 57 D 0.001 0.001 0.002 0.938 0.012 0.022 0.024 58 E 0.001 0.001 0.001 0.954 0.007 0.023 0.014 59 F 0.001 0.001 0.001 0.960 0.006 0.019 0.013 60 K 0.001 0.001 0.001 0.976 0.005 0.011 0.006 61 Y 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.007 0.004 62 F 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.005 0.004 63 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 0.002 64 R 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.008 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.978 0.002 0.016 0.002 66 F 0.001 0.001 0.002 0.958 0.004 0.028 0.007 67 G 0.001 0.001 0.007 0.916 0.008 0.052 0.015 68 F 0.002 0.001 0.027 0.833 0.015 0.102 0.020 69 Y 0.002 0.001 0.045 0.714 0.027 0.182 0.028 70 Y 0.003 0.004 0.053 0.521 0.056 0.287 0.076 71 G 0.008 0.010 0.066 0.316 0.112 0.281 0.207 72 E 0.015 0.007 0.143 0.186 0.129 0.346 0.175 73 N 0.024 0.004 0.152 0.141 0.195 0.319 0.166 74 L 0.076 0.013 0.057 0.086 0.187 0.181 0.399 75 C 0.199 0.022 0.017 0.035 0.166 0.055 0.507 76 N 0.297 0.034 0.007 0.014 0.133 0.035 0.479 77 I 0.198 0.040 0.006 0.014 0.129 0.028 0.586 78 S 0.057 0.022 0.002 0.005 0.006 0.018 0.890 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999