# TARGET T0303 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 115 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.046 0.045 0.021 0.016 0.070 0.014 0.032 0.231 0.241 0.230 0.053 2 S 0.018 0.126 0.133 0.023 0.040 0.004 0.011 0.245 0.197 0.188 0.015 3 L 0.026 0.144 0.081 0.009 0.056 0.006 0.019 0.519 0.109 0.023 0.007 4 P 0.003 0.033 0.016 0.007 0.010 0.019 0.054 0.778 0.070 0.006 0.003 5 D 0.025 0.041 0.015 0.001 0.041 0.001 0.006 0.757 0.081 0.021 0.011 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.874 0.119 0.005 0.001 7 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.044 0.001 0.001 8 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.956 0.034 0.003 0.001 9 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.024 0.002 0.001 10 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.054 0.006 0.001 11 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.949 0.041 0.006 0.001 12 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.028 0.002 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.028 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.938 0.044 0.005 0.001 15 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.858 0.101 0.003 0.001 16 D 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.004 0.082 0.808 0.087 0.010 0.001 17 V 0.001 0.771 0.201 0.001 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 18 N 0.045 0.003 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.004 0.009 0.576 0.349 19 L 0.019 0.542 0.283 0.015 0.090 0.006 0.005 0.010 0.010 0.015 0.006 20 P 0.014 0.491 0.297 0.015 0.105 0.006 0.010 0.029 0.015 0.006 0.010 21 Q 0.195 0.311 0.151 0.002 0.188 0.005 0.010 0.016 0.022 0.044 0.056 22 A 0.023 0.503 0.236 0.008 0.191 0.005 0.007 0.010 0.004 0.007 0.006 23 S 0.008 0.651 0.288 0.003 0.040 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 24 E 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.708 0.270 0.007 0.001 25 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.892 0.102 0.002 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.885 0.077 0.027 0.001 27 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.873 0.109 0.013 0.001 28 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.802 0.168 0.006 0.001 29 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.061 0.855 0.071 0.003 0.001 30 W 0.005 0.001 0.001 0.005 0.003 0.007 0.167 0.689 0.071 0.047 0.004 31 I 0.006 0.020 0.019 0.040 0.010 0.037 0.125 0.564 0.108 0.066 0.006 32 G 0.003 0.057 0.074 0.089 0.008 0.137 0.058 0.435 0.079 0.057 0.004 33 N 0.003 0.025 0.046 0.026 0.008 0.011 0.042 0.624 0.115 0.086 0.014 34 G 0.001 0.004 0.007 0.005 0.001 0.002 0.006 0.769 0.170 0.036 0.002 35 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.889 0.107 0.001 0.001 36 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.948 0.048 0.001 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.955 0.037 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.035 0.002 0.001 39 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.066 0.003 0.001 40 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.938 0.054 0.002 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.938 0.042 0.002 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.907 0.059 0.011 0.001 43 V 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.797 0.140 0.039 0.003 44 D 0.001 0.015 0.004 0.002 0.004 0.007 0.064 0.763 0.121 0.016 0.001 45 W 0.009 0.083 0.050 0.014 0.028 0.020 0.147 0.450 0.109 0.083 0.008 46 A 0.050 0.211 0.105 0.026 0.081 0.022 0.081 0.176 0.066 0.123 0.059 47 C 0.061 0.109 0.043 0.033 0.078 0.034 0.038 0.104 0.080 0.283 0.137 48 T 0.072 0.151 0.071 0.035 0.144 0.027 0.037 0.138 0.098 0.162 0.066 49 Q 0.040 0.258 0.140 0.025 0.098 0.021 0.031 0.134 0.080 0.134 0.037 50 A 0.059 0.302 0.108 0.015 0.157 0.012 0.022 0.179 0.066 0.049 0.031 51 E 0.028 0.154 0.073 0.017 0.063 0.021 0.030 0.366 0.127 0.095 0.028 52 K 0.051 0.090 0.043 0.008 0.092 0.007 0.014 0.482 0.112 0.074 0.027 53 E 0.011 0.045 0.014 0.004 0.022 0.009 0.010 0.701 0.129 0.046 0.010 54 L 0.012 0.044 0.013 0.004 0.028 0.006 0.012 0.764 0.073 0.035 0.009 55 T 0.006 0.022 0.010 0.003 0.011 0.003 0.007 0.792 0.079 0.059 0.008 56 E 0.005 0.017 0.006 0.002 0.010 0.005 0.007 0.861 0.062 0.020 0.005 57 D 0.003 0.016 0.004 0.004 0.008 0.008 0.012 0.868 0.059 0.014 0.004 58 E 0.003 0.008 0.004 0.002 0.008 0.003 0.011 0.863 0.063 0.032 0.005 59 F 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.844 0.088 0.049 0.004 60 K 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.920 0.057 0.006 0.001 61 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.944 0.043 0.003 0.001 62 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.942 0.047 0.005 0.001 63 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.052 0.004 0.001 64 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.930 0.060 0.003 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.939 0.042 0.003 0.001 66 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 0.892 0.062 0.013 0.001 67 G 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.013 0.799 0.138 0.029 0.003 68 F 0.003 0.008 0.002 0.001 0.006 0.004 0.029 0.786 0.138 0.021 0.002 69 Y 0.004 0.026 0.011 0.007 0.015 0.021 0.155 0.602 0.114 0.041 0.003 70 Y 0.054 0.026 0.015 0.012 0.042 0.017 0.089 0.387 0.124 0.178 0.057 71 G 0.055 0.083 0.032 0.018 0.073 0.017 0.038 0.308 0.210 0.123 0.043 72 E 0.023 0.095 0.048 0.046 0.056 0.047 0.085 0.332 0.170 0.083 0.015 73 N 0.039 0.076 0.039 0.025 0.066 0.039 0.102 0.244 0.167 0.169 0.032 74 L 0.124 0.063 0.028 0.017 0.131 0.009 0.021 0.077 0.087 0.330 0.115 75 C 0.118 0.180 0.064 0.041 0.244 0.036 0.060 0.078 0.066 0.073 0.041 76 N 0.111 0.250 0.150 0.023 0.310 0.006 0.009 0.034 0.026 0.044 0.036 77 I 0.168 0.185 0.074 0.023 0.241 0.028 0.055 0.075 0.051 0.045 0.055 78 S 0.068 0.287 0.261 0.036 0.206 0.014 0.017 0.035 0.020 0.028 0.028 79 R 0.080 0.213 0.109 0.030 0.167 0.035 0.058 0.116 0.073 0.068 0.051