# TARGET T0303 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 115 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.215 0.245 0.203 0.188 0.104 0.039 0.007 2 S 0.049 0.094 0.144 0.250 0.265 0.167 0.032 3 L 0.016 0.070 0.119 0.214 0.322 0.212 0.046 4 P 0.084 0.217 0.233 0.258 0.145 0.054 0.009 5 D 0.003 0.021 0.076 0.189 0.273 0.283 0.155 6 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.064 0.391 0.534 7 A 0.001 0.006 0.024 0.121 0.366 0.388 0.095 8 L 0.004 0.052 0.193 0.359 0.225 0.140 0.028 9 S 0.001 0.007 0.009 0.036 0.118 0.380 0.448 10 I 0.001 0.001 0.002 0.014 0.065 0.435 0.482 11 N 0.003 0.033 0.112 0.270 0.290 0.248 0.044 12 S 0.008 0.072 0.163 0.306 0.322 0.110 0.018 13 A 0.001 0.007 0.025 0.090 0.277 0.505 0.095 14 L 0.006 0.040 0.107 0.287 0.398 0.151 0.010 15 K 0.077 0.357 0.323 0.185 0.047 0.010 0.001 16 D 0.257 0.337 0.212 0.133 0.049 0.010 0.001 17 V 0.074 0.158 0.286 0.292 0.155 0.032 0.002 18 N 0.437 0.338 0.135 0.060 0.024 0.006 0.001 19 L 0.149 0.191 0.244 0.249 0.126 0.035 0.005 20 P 0.359 0.297 0.173 0.110 0.044 0.015 0.002 21 Q 0.310 0.283 0.183 0.124 0.071 0.025 0.003 22 A 0.154 0.185 0.217 0.242 0.149 0.047 0.005 23 S 0.284 0.361 0.192 0.114 0.040 0.008 0.001 24 E 0.187 0.284 0.273 0.184 0.061 0.011 0.001 25 N 0.556 0.335 0.082 0.021 0.005 0.001 0.001 26 L 0.118 0.305 0.323 0.191 0.055 0.008 0.001 27 V 0.036 0.045 0.088 0.246 0.383 0.191 0.011 28 M 0.078 0.252 0.298 0.243 0.105 0.023 0.001 29 T 0.165 0.390 0.255 0.127 0.048 0.014 0.001 30 W 0.041 0.084 0.162 0.297 0.299 0.110 0.007 31 I 0.035 0.056 0.107 0.223 0.292 0.254 0.031 32 G 0.061 0.217 0.265 0.258 0.149 0.044 0.006 33 N 0.100 0.308 0.305 0.202 0.072 0.014 0.001 34 G 0.010 0.035 0.079 0.206 0.333 0.289 0.048 35 A 0.002 0.007 0.011 0.047 0.201 0.519 0.213 36 D 0.002 0.033 0.132 0.348 0.362 0.114 0.009 37 V 0.004 0.047 0.170 0.354 0.292 0.124 0.009 38 L 0.001 0.002 0.003 0.017 0.101 0.517 0.359 39 S 0.001 0.001 0.002 0.020 0.116 0.526 0.334 40 Q 0.003 0.054 0.206 0.377 0.227 0.118 0.015 41 R 0.002 0.019 0.071 0.257 0.414 0.216 0.021 42 A 0.001 0.003 0.008 0.033 0.173 0.574 0.209 43 V 0.004 0.017 0.064 0.220 0.383 0.289 0.023 44 D 0.070 0.332 0.295 0.204 0.079 0.018 0.002 45 W 0.168 0.268 0.272 0.206 0.071 0.013 0.001 46 A 0.265 0.296 0.229 0.137 0.059 0.014 0.001 47 C 0.327 0.254 0.199 0.145 0.062 0.013 0.001 48 T 0.540 0.287 0.106 0.050 0.014 0.002 0.001 49 Q 0.533 0.267 0.125 0.056 0.016 0.003 0.001 50 A 0.623 0.205 0.095 0.053 0.019 0.004 0.001 51 E 0.659 0.197 0.079 0.043 0.017 0.004 0.001 52 K 0.527 0.253 0.124 0.067 0.022 0.005 0.001 53 E 0.520 0.249 0.121 0.071 0.029 0.009 0.001 54 L 0.458 0.285 0.130 0.075 0.035 0.014 0.003 55 T 0.193 0.234 0.223 0.191 0.113 0.041 0.006 56 E 0.098 0.172 0.214 0.253 0.185 0.070 0.008 57 D 0.249 0.287 0.208 0.151 0.073 0.028 0.004 58 E 0.156 0.223 0.225 0.197 0.128 0.062 0.010 59 F 0.037 0.048 0.076 0.175 0.320 0.301 0.044 60 K 0.060 0.106 0.173 0.251 0.240 0.147 0.023 61 Y 0.258 0.264 0.184 0.144 0.090 0.051 0.008 62 F 0.087 0.123 0.155 0.213 0.220 0.170 0.032 63 K 0.053 0.047 0.072 0.161 0.276 0.328 0.063 64 R 0.136 0.166 0.187 0.219 0.178 0.099 0.014 65 Q 0.262 0.250 0.181 0.152 0.100 0.050 0.006 66 F 0.140 0.159 0.163 0.212 0.197 0.113 0.016 67 G 0.160 0.154 0.170 0.210 0.182 0.109 0.015 68 F 0.435 0.258 0.136 0.098 0.051 0.018 0.002 69 Y 0.480 0.274 0.128 0.074 0.033 0.010 0.001 70 Y 0.385 0.233 0.168 0.130 0.065 0.017 0.001 71 G 0.411 0.237 0.168 0.121 0.050 0.013 0.001 72 E 0.540 0.238 0.117 0.069 0.029 0.007 0.001 73 N 0.390 0.284 0.180 0.098 0.038 0.009 0.001 74 L 0.190 0.226 0.191 0.187 0.142 0.059 0.005 75 C 0.126 0.092 0.154 0.218 0.225 0.162 0.024 76 N 0.275 0.273 0.188 0.151 0.078 0.032 0.003 77 I 0.239 0.144 0.162 0.204 0.165 0.078 0.009 78 S 0.257 0.202 0.190 0.198 0.115 0.034 0.003 79 R 0.615 0.250 0.089 0.034 0.010 0.003 0.001