# TARGET T0303 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7784 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.008 0.019 0.001 0.022 0.005 0.016 0.180 0.003 0.001 0.053 0.692 2 S 0.073 0.490 0.001 0.005 0.004 0.005 0.067 0.003 0.001 0.051 0.301 3 L 0.039 0.750 0.001 0.002 0.003 0.004 0.030 0.008 0.001 0.046 0.116 4 P 0.022 0.853 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.034 0.070 5 D 0.007 0.318 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.633 0.023 6 L 0.003 0.783 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.187 0.018 7 A 0.004 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.062 0.009 8 L 0.004 0.526 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.449 0.014 9 S 0.001 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.041 0.016 10 I 0.002 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 11 N 0.005 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.020 0.018 12 S 0.007 0.932 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.007 0.040 13 A 0.043 0.787 0.013 0.001 0.001 0.001 0.012 0.023 0.005 0.067 0.048 14 L 0.018 0.042 0.392 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.373 0.116 0.031 15 K 0.606 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.059 0.012 0.003 0.034 0.242 16 D 0.070 0.007 0.002 0.005 0.001 0.001 0.063 0.003 0.002 0.041 0.805 17 V 0.020 0.003 0.001 0.010 0.001 0.003 0.177 0.001 0.001 0.022 0.762 18 N 0.009 0.006 0.001 0.019 0.002 0.006 0.103 0.002 0.001 0.025 0.827 19 L 0.124 0.005 0.001 0.005 0.008 0.008 0.157 0.014 0.001 0.070 0.608 20 P 0.077 0.010 0.001 0.024 0.003 0.008 0.132 0.003 0.001 0.050 0.693 21 Q 0.078 0.017 0.001 0.023 0.003 0.010 0.117 0.001 0.001 0.044 0.705 22 A 0.036 0.132 0.003 0.038 0.007 0.012 0.127 0.006 0.001 0.070 0.568 23 S 0.121 0.632 0.002 0.006 0.003 0.005 0.036 0.008 0.001 0.020 0.166 24 E 0.109 0.526 0.004 0.015 0.009 0.013 0.041 0.011 0.001 0.036 0.236 25 N 0.057 0.253 0.003 0.020 0.029 0.050 0.091 0.005 0.001 0.159 0.333 26 L 0.071 0.348 0.007 0.035 0.043 0.078 0.078 0.015 0.002 0.126 0.199 27 V 0.100 0.199 0.009 0.047 0.057 0.090 0.080 0.018 0.002 0.094 0.304 28 M 0.052 0.081 0.003 0.072 0.118 0.204 0.077 0.004 0.001 0.094 0.293 29 T 0.019 0.022 0.004 0.100 0.099 0.221 0.093 0.002 0.002 0.090 0.347 30 W 0.022 0.008 0.033 0.102 0.069 0.127 0.112 0.004 0.013 0.117 0.393 31 I 0.312 0.017 0.005 0.034 0.042 0.059 0.086 0.010 0.005 0.086 0.344 32 G 0.241 0.048 0.001 0.010 0.003 0.007 0.064 0.003 0.001 0.048 0.574 33 N 0.017 0.071 0.001 0.008 0.003 0.006 0.081 0.002 0.001 0.023 0.789 34 G 0.018 0.234 0.001 0.014 0.009 0.016 0.112 0.008 0.001 0.042 0.546 35 A 0.007 0.267 0.001 0.019 0.026 0.012 0.049 0.001 0.001 0.424 0.193 36 D 0.002 0.841 0.001 0.007 0.007 0.009 0.006 0.001 0.001 0.095 0.030 37 V 0.006 0.699 0.001 0.010 0.005 0.006 0.004 0.001 0.001 0.236 0.033 38 L 0.001 0.935 0.002 0.006 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.036 0.013 39 S 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 40 Q 0.004 0.912 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.057 0.015 41 R 0.010 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 0.019 42 A 0.015 0.861 0.010 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.003 0.043 0.048 43 V 0.063 0.762 0.009 0.002 0.001 0.001 0.018 0.012 0.003 0.067 0.063 44 D 0.037 0.133 0.009 0.005 0.001 0.001 0.034 0.003 0.004 0.639 0.134 45 W 0.036 0.553 0.010 0.004 0.001 0.002 0.053 0.010 0.003 0.083 0.245 46 A 0.123 0.463 0.020 0.005 0.002 0.004 0.044 0.019 0.008 0.053 0.259 47 C 0.122 0.277 0.050 0.009 0.003 0.009 0.069 0.016 0.030 0.063 0.351 48 T 0.265 0.120 0.004 0.003 0.003 0.008 0.057 0.009 0.003 0.028 0.499 49 Q 0.223 0.059 0.011 0.008 0.002 0.007 0.067 0.013 0.006 0.058 0.546 50 A 0.126 0.038 0.004 0.015 0.003 0.007 0.106 0.006 0.002 0.033 0.661 51 E 0.047 0.023 0.001 0.015 0.003 0.009 0.095 0.002 0.001 0.023 0.781 52 K 0.020 0.005 0.001 0.014 0.015 0.013 0.133 0.002 0.001 0.033 0.764 53 E 0.010 0.010 0.001 0.029 0.010 0.013 0.157 0.001 0.001 0.059 0.709 54 L 0.006 0.079 0.001 0.017 0.008 0.008 0.124 0.006 0.001 0.052 0.699 55 T 0.033 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.009 0.029 56 E 0.020 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 0.026 57 D 0.013 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.051 0.042 58 E 0.010 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.033 0.018 59 F 0.006 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.016 0.012 60 K 0.007 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.064 0.023 61 Y 0.003 0.920 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.044 0.023 62 F 0.009 0.936 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.026 0.015 63 K 0.022 0.680 0.004 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.247 0.034 64 R 0.013 0.727 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.155 0.085 65 Q 0.016 0.865 0.006 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.001 0.031 0.061 66 F 0.023 0.902 0.006 0.002 0.001 0.001 0.007 0.011 0.001 0.011 0.037 67 G 0.060 0.764 0.003 0.002 0.001 0.002 0.017 0.005 0.001 0.031 0.115 68 F 0.045 0.595 0.010 0.004 0.001 0.002 0.037 0.007 0.005 0.072 0.222 69 Y 0.138 0.249 0.054 0.010 0.002 0.004 0.075 0.021 0.021 0.207 0.218 70 Y 0.242 0.199 0.019 0.018 0.004 0.009 0.088 0.021 0.010 0.108 0.282 71 G 0.130 0.099 0.007 0.021 0.008 0.018 0.103 0.007 0.004 0.047 0.557 72 E 0.050 0.027 0.008 0.035 0.011 0.030 0.139 0.004 0.003 0.054 0.640 73 N 0.057 0.026 0.003 0.059 0.037 0.089 0.134 0.012 0.001 0.112 0.469 74 L 0.108 0.012 0.004 0.046 0.019 0.046 0.122 0.004 0.002 0.077 0.560 75 C 0.031 0.004 0.002 0.080 0.055 0.113 0.117 0.005 0.001 0.049 0.543 76 N 0.060 0.007 0.001 0.041 0.024 0.054 0.103 0.002 0.001 0.046 0.661 77 I 0.029 0.003 0.001 0.043 0.059 0.075 0.131 0.007 0.001 0.052 0.598 78 S 0.065 0.012 0.001 0.028 0.026 0.039 0.137 0.004 0.001 0.041 0.647 79 R 0.045 0.007 0.002 0.028 0.037 0.059 0.137 0.010 0.001 0.042 0.632