# TARGET T0303 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7784 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.418 0.176 0.060 0.119 0.072 0.048 0.045 0.022 0.019 0.011 0.009 2 S 0.125 0.253 0.049 0.135 0.115 0.095 0.090 0.051 0.043 0.026 0.018 3 L 0.087 0.057 0.020 0.094 0.144 0.173 0.167 0.101 0.080 0.051 0.026 4 P 0.144 0.101 0.039 0.105 0.134 0.145 0.156 0.076 0.058 0.027 0.016 5 D 0.009 0.047 0.054 0.158 0.152 0.146 0.169 0.107 0.078 0.049 0.032 6 L 0.005 0.006 0.009 0.018 0.016 0.023 0.079 0.116 0.236 0.255 0.237 7 A 0.033 0.023 0.063 0.066 0.071 0.117 0.219 0.137 0.135 0.090 0.046 8 L 0.003 0.014 0.095 0.210 0.175 0.164 0.173 0.073 0.051 0.030 0.012 9 S 0.001 0.001 0.018 0.006 0.005 0.006 0.034 0.062 0.164 0.268 0.435 10 I 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 0.016 0.073 0.118 0.238 0.290 0.247 11 N 0.002 0.010 0.273 0.127 0.103 0.136 0.187 0.068 0.054 0.028 0.014 12 S 0.001 0.005 0.041 0.063 0.129 0.225 0.298 0.110 0.063 0.043 0.024 13 A 0.001 0.001 0.009 0.005 0.003 0.006 0.040 0.079 0.224 0.305 0.326 14 L 0.001 0.001 0.006 0.008 0.010 0.025 0.106 0.142 0.228 0.252 0.221 15 K 0.007 0.040 0.346 0.224 0.177 0.111 0.062 0.018 0.009 0.004 0.002 16 D 0.036 0.068 0.129 0.122 0.144 0.175 0.202 0.064 0.035 0.016 0.010 17 V 0.034 0.018 0.017 0.036 0.035 0.055 0.173 0.172 0.202 0.162 0.096 18 N 0.515 0.281 0.072 0.071 0.030 0.017 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 19 L 0.033 0.027 0.021 0.043 0.052 0.073 0.136 0.139 0.194 0.150 0.131 20 P 0.392 0.274 0.056 0.098 0.063 0.046 0.038 0.014 0.010 0.005 0.003 21 Q 0.504 0.135 0.038 0.111 0.073 0.055 0.044 0.020 0.012 0.006 0.003 22 A 0.067 0.028 0.010 0.034 0.052 0.082 0.170 0.163 0.168 0.131 0.095 23 S 0.048 0.592 0.070 0.132 0.060 0.035 0.025 0.015 0.012 0.006 0.004 24 E 0.174 0.063 0.036 0.176 0.227 0.179 0.095 0.028 0.014 0.006 0.002 25 N 0.644 0.153 0.078 0.059 0.027 0.015 0.013 0.005 0.004 0.002 0.001 26 L 0.003 0.025 0.045 0.342 0.234 0.169 0.124 0.036 0.014 0.005 0.002 27 V 0.007 0.007 0.010 0.013 0.012 0.018 0.077 0.140 0.252 0.260 0.205 28 M 0.002 0.013 0.110 0.143 0.263 0.281 0.136 0.034 0.014 0.005 0.001 29 T 0.018 0.074 0.459 0.269 0.091 0.046 0.026 0.007 0.005 0.003 0.001 30 W 0.001 0.003 0.003 0.017 0.034 0.079 0.237 0.211 0.199 0.144 0.074 31 I 0.005 0.013 0.015 0.019 0.019 0.031 0.111 0.143 0.228 0.222 0.194 32 G 0.039 0.055 0.066 0.119 0.153 0.176 0.186 0.087 0.063 0.036 0.021 33 N 0.169 0.184 0.155 0.234 0.113 0.069 0.048 0.016 0.008 0.003 0.002 34 G 0.035 0.079 0.056 0.113 0.112 0.124 0.183 0.107 0.095 0.062 0.035 35 A 0.002 0.003 0.004 0.007 0.010 0.017 0.056 0.084 0.202 0.250 0.365 36 D 0.029 0.067 0.122 0.230 0.206 0.173 0.116 0.031 0.016 0.007 0.003 37 V 0.004 0.023 0.062 0.140 0.160 0.182 0.221 0.102 0.059 0.032 0.016 38 L 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.010 0.046 0.081 0.197 0.277 0.373 39 S 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.016 0.096 0.144 0.252 0.270 0.205 40 Q 0.001 0.007 0.118 0.165 0.215 0.213 0.154 0.055 0.040 0.022 0.010 41 R 0.001 0.003 0.025 0.033 0.061 0.128 0.293 0.177 0.130 0.093 0.055 42 A 0.001 0.001 0.006 0.006 0.005 0.009 0.054 0.104 0.235 0.310 0.269 43 V 0.001 0.002 0.013 0.009 0.009 0.020 0.087 0.122 0.227 0.271 0.240 44 D 0.002 0.014 0.132 0.220 0.240 0.176 0.118 0.050 0.031 0.012 0.004 45 W 0.010 0.020 0.056 0.056 0.083 0.154 0.302 0.148 0.099 0.052 0.018 46 A 0.049 0.049 0.069 0.099 0.072 0.083 0.176 0.130 0.137 0.090 0.046 47 C 0.019 0.017 0.023 0.032 0.043 0.090 0.209 0.156 0.172 0.141 0.098 48 T 0.100 0.178 0.229 0.233 0.120 0.061 0.043 0.017 0.011 0.005 0.002 49 Q 0.164 0.141 0.142 0.159 0.122 0.109 0.091 0.035 0.023 0.011 0.004 50 A 0.153 0.111 0.062 0.099 0.087 0.102 0.154 0.089 0.073 0.045 0.025 51 E 0.238 0.166 0.076 0.154 0.125 0.090 0.072 0.034 0.026 0.013 0.006 52 K 0.428 0.181 0.097 0.113 0.078 0.044 0.034 0.012 0.008 0.004 0.001 53 E 0.381 0.134 0.065 0.150 0.104 0.074 0.052 0.020 0.012 0.005 0.002 54 L 0.008 0.006 0.003 0.011 0.021 0.042 0.121 0.167 0.206 0.220 0.196 55 T 0.026 0.722 0.080 0.099 0.036 0.018 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 56 E 0.586 0.088 0.079 0.111 0.080 0.036 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 57 D 0.904 0.054 0.018 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.001 0.010 0.033 0.119 0.138 0.208 0.264 0.129 0.065 0.024 0.010 59 F 0.001 0.002 0.005 0.012 0.030 0.098 0.307 0.234 0.171 0.098 0.044 60 K 0.007 0.022 0.841 0.087 0.029 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Y 0.006 0.034 0.523 0.237 0.109 0.055 0.028 0.005 0.003 0.001 0.001 62 F 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.017 0.091 0.138 0.251 0.270 0.222 63 K 0.001 0.003 0.023 0.054 0.127 0.211 0.351 0.136 0.067 0.023 0.005 64 R 0.010 0.038 0.804 0.096 0.033 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.003 0.014 0.058 0.086 0.143 0.257 0.304 0.080 0.038 0.014 0.004 66 F 0.002 0.003 0.005 0.006 0.004 0.009 0.063 0.119 0.265 0.299 0.224 67 G 0.014 0.032 0.071 0.137 0.206 0.215 0.179 0.072 0.044 0.021 0.008 68 F 0.058 0.090 0.435 0.184 0.097 0.060 0.042 0.015 0.011 0.005 0.003 69 Y 0.009 0.012 0.015 0.039 0.063 0.123 0.271 0.190 0.151 0.089 0.037 70 Y 0.007 0.017 0.023 0.036 0.028 0.041 0.125 0.147 0.236 0.207 0.133 71 G 0.019 0.048 0.095 0.145 0.160 0.168 0.169 0.087 0.061 0.032 0.015 72 E 0.158 0.138 0.294 0.196 0.101 0.054 0.033 0.012 0.008 0.004 0.002 73 N 0.071 0.074 0.059 0.105 0.106 0.144 0.217 0.108 0.070 0.033 0.013 74 L 0.045 0.040 0.044 0.074 0.062 0.073 0.132 0.126 0.165 0.141 0.098 75 C 0.054 0.082 0.084 0.098 0.110 0.127 0.172 0.099 0.088 0.055 0.032 76 N 0.179 0.193 0.233 0.213 0.092 0.046 0.024 0.009 0.006 0.003 0.001 77 I 0.115 0.055 0.037 0.082 0.095 0.127 0.185 0.112 0.092 0.064 0.036 78 S 0.191 0.202 0.076 0.114 0.070 0.056 0.068 0.057 0.068 0.055 0.043 79 R 0.285 0.140 0.065 0.111 0.097 0.092 0.088 0.047 0.039 0.024 0.012