# TARGET T0303 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7784 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.124 0.117 0.069 0.029 0.189 0.017 0.070 0.083 0.064 0.142 0.096 2 S 0.061 0.330 0.161 0.022 0.126 0.008 0.021 0.100 0.064 0.076 0.031 3 L 0.025 0.187 0.083 0.013 0.076 0.012 0.021 0.352 0.170 0.049 0.014 4 P 0.008 0.047 0.028 0.009 0.024 0.012 0.019 0.730 0.108 0.012 0.004 5 D 0.006 0.013 0.006 0.002 0.010 0.003 0.009 0.823 0.089 0.036 0.005 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.074 0.009 0.001 7 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.076 0.004 0.001 8 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.030 0.001 0.001 9 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.026 0.001 0.001 10 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.046 0.002 0.001 11 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.033 0.001 0.001 12 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.937 0.051 0.005 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.949 0.038 0.005 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.881 0.103 0.008 0.001 15 K 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.032 0.819 0.132 0.004 0.001 16 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.072 0.732 0.138 0.044 0.002 17 V 0.011 0.618 0.166 0.007 0.138 0.004 0.013 0.023 0.009 0.009 0.003 18 N 0.067 0.009 0.010 0.010 0.019 0.006 0.009 0.020 0.025 0.541 0.283 19 L 0.021 0.429 0.365 0.018 0.111 0.003 0.007 0.019 0.011 0.009 0.006 20 P 0.019 0.463 0.226 0.020 0.152 0.010 0.014 0.046 0.026 0.014 0.009 21 Q 0.141 0.245 0.091 0.006 0.160 0.011 0.041 0.064 0.074 0.097 0.070 22 A 0.022 0.428 0.320 0.019 0.135 0.007 0.014 0.020 0.008 0.015 0.011 23 S 0.007 0.610 0.317 0.004 0.044 0.001 0.001 0.006 0.002 0.006 0.002 24 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.590 0.392 0.005 0.001 25 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.855 0.117 0.013 0.002 26 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.766 0.145 0.079 0.001 27 V 0.013 0.004 0.001 0.001 0.017 0.001 0.003 0.808 0.121 0.028 0.005 28 M 0.004 0.012 0.004 0.004 0.012 0.010 0.034 0.715 0.166 0.037 0.002 29 T 0.010 0.037 0.017 0.006 0.028 0.011 0.130 0.633 0.093 0.030 0.005 30 W 0.044 0.040 0.020 0.011 0.049 0.014 0.113 0.490 0.107 0.082 0.030 31 I 0.044 0.066 0.024 0.032 0.047 0.047 0.117 0.270 0.156 0.147 0.048 32 G 0.026 0.150 0.145 0.123 0.062 0.108 0.043 0.091 0.052 0.160 0.041 33 N 0.020 0.156 0.208 0.141 0.066 0.064 0.098 0.121 0.041 0.064 0.022 34 G 0.059 0.057 0.059 0.043 0.045 0.011 0.012 0.144 0.073 0.340 0.156 35 A 0.004 0.010 0.002 0.001 0.013 0.002 0.004 0.713 0.235 0.013 0.003 36 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.953 0.026 0.001 0.001 37 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.916 0.058 0.014 0.001 38 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.973 0.018 0.001 0.001 39 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.043 0.004 0.001 40 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.950 0.033 0.004 0.001 41 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.914 0.055 0.011 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.916 0.056 0.010 0.001 43 V 0.004 0.008 0.002 0.001 0.005 0.002 0.010 0.848 0.099 0.020 0.002 44 D 0.004 0.007 0.002 0.001 0.008 0.004 0.024 0.864 0.078 0.007 0.002 45 W 0.006 0.018 0.008 0.002 0.013 0.004 0.022 0.803 0.096 0.026 0.004 46 A 0.014 0.011 0.005 0.003 0.013 0.006 0.029 0.732 0.114 0.066 0.008 47 C 0.041 0.055 0.011 0.004 0.065 0.004 0.013 0.560 0.142 0.085 0.020 48 T 0.018 0.054 0.022 0.009 0.039 0.017 0.063 0.572 0.154 0.043 0.010 49 Q 0.041 0.047 0.026 0.008 0.051 0.010 0.057 0.516 0.132 0.091 0.023 50 A 0.033 0.120 0.052 0.027 0.084 0.033 0.074 0.343 0.136 0.079 0.019 51 E 0.067 0.071 0.035 0.024 0.077 0.018 0.041 0.225 0.178 0.208 0.058 52 K 0.037 0.265 0.136 0.020 0.142 0.014 0.037 0.176 0.097 0.055 0.022 53 E 0.086 0.288 0.088 0.005 0.168 0.006 0.031 0.090 0.057 0.137 0.045 54 L 0.113 0.371 0.114 0.009 0.244 0.007 0.011 0.030 0.018 0.040 0.045 55 T 0.010 0.576 0.321 0.005 0.069 0.001 0.001 0.007 0.002 0.007 0.003 56 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.712 0.274 0.004 0.001 57 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.892 0.096 0.007 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.889 0.076 0.032 0.001 59 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.043 0.004 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.942 0.050 0.002 0.001 61 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.961 0.028 0.007 0.001 62 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.850 0.109 0.037 0.001 63 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.927 0.065 0.002 0.001 64 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.935 0.036 0.002 0.001 65 Q 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.005 0.048 0.884 0.043 0.010 0.001 66 F 0.009 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.824 0.107 0.036 0.006 67 G 0.003 0.005 0.001 0.002 0.004 0.004 0.008 0.837 0.127 0.009 0.002 68 F 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.004 0.037 0.880 0.055 0.008 0.002 69 Y 0.004 0.006 0.005 0.005 0.006 0.009 0.068 0.796 0.078 0.019 0.003 70 Y 0.023 0.024 0.007 0.006 0.022 0.006 0.016 0.619 0.153 0.103 0.022 71 G 0.015 0.037 0.011 0.009 0.026 0.016 0.031 0.632 0.175 0.038 0.009 72 E 0.014 0.018 0.009 0.011 0.020 0.032 0.140 0.620 0.097 0.030 0.009 73 N 0.050 0.047 0.035 0.019 0.059 0.017 0.067 0.427 0.117 0.128 0.033 74 L 0.050 0.037 0.009 0.009 0.052 0.015 0.034 0.460 0.191 0.112 0.032 75 C 0.057 0.120 0.025 0.016 0.115 0.028 0.052 0.365 0.136 0.062 0.024 76 N 0.068 0.059 0.030 0.014 0.093 0.019 0.067 0.322 0.131 0.145 0.051 77 I 0.096 0.113 0.046 0.018 0.142 0.017 0.066 0.218 0.124 0.110 0.050 78 S 0.083 0.249 0.095 0.027 0.186 0.014 0.021 0.117 0.075 0.091 0.042 79 R 0.043 0.157 0.093 0.031 0.094 0.024 0.036 0.257 0.151 0.090 0.022