# TARGET T0303 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7784 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.658 0.189 0.083 0.042 0.019 0.007 0.002 2 S 0.304 0.231 0.197 0.136 0.080 0.043 0.008 3 L 0.111 0.115 0.158 0.197 0.203 0.164 0.051 4 P 0.143 0.171 0.185 0.195 0.162 0.109 0.036 5 D 0.124 0.128 0.138 0.169 0.192 0.182 0.067 6 L 0.052 0.039 0.037 0.063 0.148 0.387 0.274 7 A 0.024 0.036 0.073 0.164 0.259 0.321 0.122 8 L 0.030 0.087 0.197 0.278 0.236 0.139 0.035 9 S 0.010 0.009 0.020 0.088 0.265 0.455 0.154 10 I 0.010 0.010 0.009 0.017 0.074 0.418 0.463 11 N 0.027 0.057 0.154 0.302 0.274 0.164 0.023 12 S 0.025 0.143 0.303 0.326 0.159 0.040 0.004 13 A 0.012 0.020 0.041 0.160 0.343 0.371 0.052 14 L 0.016 0.040 0.078 0.221 0.387 0.243 0.014 15 K 0.167 0.368 0.287 0.143 0.031 0.004 0.001 16 D 0.288 0.389 0.221 0.084 0.016 0.002 0.001 17 V 0.118 0.199 0.275 0.263 0.115 0.030 0.001 18 N 0.589 0.269 0.090 0.037 0.012 0.003 0.001 19 L 0.377 0.252 0.182 0.129 0.048 0.011 0.001 20 P 0.504 0.272 0.133 0.062 0.021 0.007 0.001 21 Q 0.559 0.260 0.113 0.050 0.014 0.003 0.001 22 A 0.393 0.221 0.180 0.136 0.054 0.014 0.001 23 S 0.553 0.263 0.106 0.054 0.019 0.005 0.001 24 E 0.486 0.270 0.142 0.072 0.024 0.006 0.001 25 N 0.601 0.259 0.093 0.036 0.009 0.002 0.001 26 L 0.243 0.289 0.244 0.151 0.058 0.014 0.001 27 V 0.078 0.081 0.115 0.230 0.288 0.190 0.018 28 M 0.143 0.253 0.248 0.197 0.108 0.045 0.006 29 T 0.206 0.240 0.208 0.176 0.096 0.059 0.015 30 W 0.069 0.093 0.140 0.208 0.233 0.205 0.051 31 I 0.053 0.081 0.105 0.155 0.218 0.284 0.105 32 G 0.077 0.118 0.152 0.208 0.214 0.173 0.058 33 N 0.093 0.196 0.221 0.204 0.146 0.109 0.030 34 G 0.025 0.051 0.100 0.208 0.286 0.261 0.070 35 A 0.004 0.008 0.016 0.056 0.209 0.494 0.212 36 D 0.007 0.051 0.158 0.326 0.291 0.145 0.021 37 V 0.005 0.020 0.087 0.258 0.372 0.223 0.035 38 L 0.002 0.003 0.004 0.011 0.065 0.413 0.502 39 S 0.001 0.003 0.008 0.033 0.141 0.493 0.321 40 Q 0.001 0.014 0.075 0.231 0.334 0.273 0.073 41 R 0.001 0.009 0.048 0.192 0.364 0.326 0.059 42 A 0.001 0.002 0.005 0.017 0.093 0.554 0.328 43 V 0.002 0.006 0.021 0.083 0.266 0.475 0.147 44 D 0.024 0.144 0.240 0.278 0.210 0.086 0.017 45 W 0.038 0.142 0.220 0.305 0.212 0.073 0.010 46 A 0.032 0.106 0.180 0.280 0.261 0.131 0.009 47 C 0.081 0.162 0.275 0.281 0.160 0.039 0.002 48 T 0.530 0.332 0.101 0.030 0.007 0.001 0.001 49 Q 0.365 0.303 0.212 0.094 0.022 0.003 0.001 50 A 0.489 0.244 0.147 0.084 0.030 0.006 0.001 51 E 0.690 0.213 0.064 0.024 0.007 0.001 0.001 52 K 0.709 0.180 0.076 0.029 0.006 0.001 0.001 53 E 0.650 0.259 0.066 0.020 0.004 0.001 0.001 54 L 0.105 0.157 0.343 0.304 0.083 0.008 0.001 55 T 0.661 0.249 0.069 0.018 0.003 0.001 0.001 56 E 0.769 0.195 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 57 D 0.850 0.109 0.025 0.011 0.004 0.001 0.001 58 E 0.252 0.314 0.225 0.153 0.051 0.006 0.001 59 F 0.044 0.117 0.314 0.392 0.118 0.014 0.001 60 K 0.334 0.462 0.166 0.034 0.004 0.001 0.001 61 Y 0.114 0.319 0.347 0.170 0.043 0.006 0.001 62 F 0.011 0.020 0.046 0.173 0.437 0.304 0.009 63 K 0.009 0.047 0.159 0.348 0.307 0.123 0.007 64 R 0.122 0.392 0.308 0.134 0.035 0.009 0.001 65 Q 0.022 0.065 0.178 0.351 0.278 0.101 0.005 66 F 0.010 0.011 0.015 0.057 0.246 0.546 0.115 67 G 0.031 0.112 0.253 0.328 0.196 0.074 0.006 68 F 0.105 0.303 0.303 0.204 0.067 0.016 0.001 69 Y 0.028 0.048 0.098 0.283 0.353 0.179 0.012 70 Y 0.065 0.079 0.121 0.238 0.299 0.186 0.012 71 G 0.338 0.318 0.199 0.107 0.032 0.007 0.001 72 E 0.477 0.331 0.131 0.048 0.011 0.002 0.001 73 N 0.181 0.222 0.249 0.215 0.098 0.032 0.003 74 L 0.260 0.198 0.164 0.161 0.132 0.077 0.008 75 C 0.344 0.214 0.177 0.153 0.079 0.029 0.003 76 N 0.558 0.257 0.112 0.052 0.016 0.005 0.001 77 I 0.398 0.247 0.178 0.116 0.046 0.013 0.001 78 S 0.494 0.203 0.132 0.100 0.050 0.019 0.002 79 R 0.686 0.192 0.072 0.034 0.012 0.004 0.001