# TARGET T0303 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.889 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.270 0.174 0.054 0.134 0.101 0.075 0.068 0.046 0.036 0.024 0.016 2 S 0.044 0.196 0.030 0.129 0.125 0.112 0.121 0.090 0.069 0.051 0.033 3 L 0.037 0.026 0.009 0.055 0.119 0.169 0.202 0.153 0.123 0.068 0.037 4 P 0.320 0.088 0.030 0.089 0.114 0.110 0.110 0.055 0.046 0.024 0.013 5 D 0.004 0.033 0.030 0.167 0.178 0.144 0.168 0.120 0.080 0.044 0.032 6 L 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.010 0.039 0.094 0.196 0.278 0.366 7 A 0.029 0.013 0.042 0.074 0.103 0.178 0.238 0.126 0.097 0.064 0.038 8 L 0.006 0.027 0.166 0.256 0.184 0.136 0.128 0.052 0.027 0.013 0.006 9 S 0.001 0.001 0.006 0.005 0.006 0.010 0.050 0.093 0.170 0.263 0.397 10 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.036 0.083 0.201 0.295 0.373 11 N 0.002 0.005 0.159 0.103 0.129 0.192 0.220 0.080 0.057 0.033 0.020 12 S 0.001 0.004 0.054 0.082 0.148 0.242 0.286 0.096 0.047 0.026 0.015 13 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 0.034 0.079 0.199 0.308 0.367 14 L 0.001 0.001 0.005 0.006 0.009 0.021 0.092 0.144 0.237 0.257 0.227 15 K 0.006 0.018 0.328 0.192 0.183 0.139 0.088 0.027 0.011 0.004 0.002 16 D 0.020 0.047 0.159 0.120 0.157 0.192 0.205 0.056 0.027 0.012 0.007 17 V 0.024 0.013 0.011 0.027 0.032 0.054 0.169 0.177 0.207 0.186 0.101 18 N 0.667 0.206 0.036 0.046 0.020 0.010 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 19 L 0.021 0.024 0.020 0.049 0.066 0.082 0.176 0.171 0.184 0.135 0.071 20 P 0.377 0.283 0.064 0.118 0.067 0.040 0.029 0.011 0.006 0.004 0.002 21 Q 0.493 0.124 0.065 0.123 0.075 0.052 0.041 0.014 0.009 0.003 0.001 22 A 0.066 0.036 0.015 0.034 0.054 0.094 0.171 0.161 0.151 0.134 0.084 23 S 0.057 0.536 0.095 0.144 0.065 0.038 0.028 0.015 0.011 0.007 0.004 24 E 0.196 0.072 0.045 0.179 0.218 0.158 0.086 0.027 0.012 0.005 0.002 25 N 0.673 0.145 0.091 0.054 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 26 L 0.005 0.024 0.048 0.305 0.245 0.183 0.131 0.039 0.014 0.005 0.002 27 V 0.005 0.003 0.007 0.008 0.011 0.017 0.080 0.158 0.250 0.267 0.193 28 M 0.002 0.011 0.149 0.185 0.245 0.227 0.123 0.036 0.014 0.005 0.002 29 T 0.018 0.066 0.510 0.252 0.089 0.040 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 30 W 0.001 0.002 0.003 0.014 0.038 0.095 0.253 0.211 0.174 0.134 0.075 31 I 0.005 0.010 0.010 0.018 0.021 0.035 0.139 0.178 0.234 0.189 0.161 32 G 0.056 0.071 0.102 0.124 0.149 0.148 0.148 0.074 0.059 0.036 0.032 33 N 0.181 0.183 0.154 0.222 0.118 0.074 0.045 0.013 0.005 0.003 0.001 34 G 0.064 0.136 0.068 0.145 0.141 0.125 0.144 0.074 0.052 0.033 0.019 35 A 0.002 0.002 0.003 0.007 0.010 0.018 0.068 0.108 0.217 0.246 0.318 36 D 0.051 0.107 0.164 0.249 0.197 0.135 0.071 0.015 0.007 0.003 0.002 37 V 0.004 0.016 0.032 0.099 0.127 0.184 0.276 0.140 0.070 0.034 0.017 38 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.036 0.085 0.180 0.299 0.389 39 S 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.014 0.084 0.122 0.222 0.269 0.274 40 Q 0.001 0.007 0.146 0.186 0.174 0.166 0.126 0.073 0.059 0.039 0.023 41 R 0.001 0.002 0.015 0.023 0.043 0.108 0.302 0.213 0.142 0.101 0.050 42 A 0.001 0.001 0.006 0.006 0.005 0.008 0.046 0.109 0.225 0.319 0.275 43 V 0.001 0.002 0.013 0.018 0.031 0.067 0.189 0.166 0.212 0.179 0.122 44 D 0.012 0.036 0.150 0.200 0.183 0.160 0.134 0.064 0.038 0.016 0.006 45 W 0.021 0.025 0.043 0.054 0.070 0.133 0.245 0.155 0.126 0.092 0.036 46 A 0.165 0.120 0.079 0.107 0.074 0.063 0.109 0.085 0.090 0.068 0.040 47 C 0.086 0.058 0.046 0.085 0.082 0.104 0.160 0.124 0.117 0.088 0.049 48 T 0.161 0.114 0.097 0.151 0.122 0.097 0.112 0.060 0.046 0.026 0.012 49 Q 0.280 0.200 0.144 0.134 0.082 0.058 0.053 0.023 0.015 0.008 0.004 50 A 0.085 0.060 0.040 0.061 0.075 0.098 0.163 0.130 0.128 0.099 0.062 51 E 0.184 0.182 0.084 0.171 0.146 0.086 0.075 0.034 0.023 0.012 0.004 52 K 0.477 0.153 0.135 0.118 0.057 0.027 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 53 E 0.287 0.107 0.105 0.144 0.113 0.083 0.092 0.036 0.020 0.009 0.004 54 L 0.006 0.008 0.006 0.013 0.032 0.081 0.169 0.190 0.185 0.186 0.124 55 T 0.032 0.678 0.094 0.095 0.045 0.024 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 56 E 0.485 0.091 0.140 0.157 0.084 0.030 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 57 D 0.951 0.029 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.001 0.003 0.009 0.042 0.055 0.188 0.394 0.175 0.093 0.031 0.010 59 F 0.001 0.001 0.010 0.012 0.030 0.101 0.289 0.252 0.176 0.091 0.038 60 K 0.006 0.017 0.908 0.050 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Y 0.008 0.034 0.424 0.270 0.155 0.074 0.027 0.005 0.002 0.001 0.001 62 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.060 0.105 0.237 0.303 0.285 63 K 0.001 0.002 0.014 0.064 0.160 0.264 0.326 0.108 0.046 0.012 0.003 64 R 0.005 0.022 0.828 0.096 0.033 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.003 0.010 0.033 0.063 0.113 0.248 0.354 0.107 0.045 0.018 0.006 66 F 0.002 0.002 0.005 0.004 0.004 0.009 0.066 0.155 0.267 0.287 0.198 67 G 0.018 0.047 0.092 0.173 0.211 0.185 0.141 0.065 0.036 0.020 0.011 68 F 0.045 0.082 0.426 0.198 0.111 0.065 0.038 0.015 0.011 0.006 0.002 69 Y 0.009 0.014 0.016 0.048 0.085 0.139 0.273 0.175 0.130 0.074 0.037 70 Y 0.013 0.018 0.020 0.034 0.034 0.055 0.147 0.180 0.223 0.167 0.109 71 G 0.041 0.042 0.083 0.124 0.140 0.154 0.174 0.099 0.075 0.044 0.023 72 E 0.125 0.129 0.266 0.222 0.115 0.067 0.039 0.017 0.011 0.005 0.003 73 N 0.080 0.092 0.066 0.114 0.117 0.132 0.178 0.100 0.069 0.036 0.016 74 L 0.055 0.042 0.029 0.062 0.055 0.067 0.126 0.136 0.168 0.156 0.104 75 C 0.060 0.085 0.057 0.095 0.113 0.124 0.180 0.112 0.089 0.055 0.030 76 N 0.272 0.186 0.173 0.184 0.086 0.045 0.028 0.013 0.008 0.004 0.002 77 I 0.111 0.064 0.042 0.098 0.112 0.139 0.174 0.102 0.076 0.054 0.028 78 S 0.177 0.145 0.056 0.100 0.074 0.064 0.082 0.079 0.092 0.076 0.053 79 R 0.259 0.141 0.046 0.111 0.113 0.092 0.090 0.061 0.046 0.027 0.014