# TARGET T0303 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.889 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.120 0.120 0.090 0.026 0.185 0.012 0.036 0.084 0.067 0.166 0.095 2 S 0.029 0.415 0.150 0.007 0.088 0.004 0.011 0.137 0.074 0.072 0.012 3 L 0.030 0.125 0.050 0.006 0.083 0.006 0.016 0.498 0.147 0.023 0.016 4 P 0.004 0.047 0.025 0.006 0.014 0.010 0.014 0.799 0.070 0.007 0.002 5 D 0.004 0.014 0.006 0.001 0.009 0.001 0.005 0.863 0.064 0.031 0.003 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.064 0.006 0.001 7 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.050 0.002 0.001 8 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 9 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 10 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.052 0.004 0.001 11 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.028 0.001 0.001 12 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.027 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.030 0.003 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.890 0.099 0.006 0.001 15 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.818 0.154 0.004 0.001 16 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.086 0.755 0.114 0.033 0.001 17 V 0.003 0.672 0.178 0.006 0.071 0.005 0.018 0.028 0.010 0.008 0.002 18 N 0.054 0.004 0.003 0.006 0.009 0.005 0.012 0.022 0.029 0.565 0.292 19 L 0.023 0.474 0.293 0.017 0.130 0.004 0.011 0.021 0.011 0.011 0.007 20 P 0.017 0.524 0.200 0.013 0.159 0.006 0.010 0.035 0.017 0.009 0.009 21 Q 0.160 0.230 0.091 0.005 0.171 0.011 0.038 0.063 0.070 0.086 0.077 22 A 0.022 0.437 0.290 0.023 0.129 0.012 0.021 0.025 0.012 0.017 0.013 23 S 0.007 0.637 0.297 0.002 0.040 0.001 0.001 0.006 0.002 0.006 0.002 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.568 0.418 0.007 0.001 25 N 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.890 0.087 0.009 0.001 26 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.695 0.169 0.125 0.001 27 V 0.018 0.005 0.002 0.001 0.023 0.001 0.003 0.784 0.124 0.031 0.008 28 M 0.006 0.022 0.008 0.006 0.021 0.015 0.056 0.649 0.166 0.049 0.004 29 T 0.014 0.066 0.041 0.007 0.043 0.013 0.131 0.518 0.095 0.065 0.008 30 W 0.060 0.051 0.018 0.009 0.073 0.009 0.067 0.437 0.124 0.110 0.043 31 I 0.052 0.053 0.023 0.043 0.042 0.054 0.120 0.221 0.157 0.178 0.058 32 G 0.020 0.150 0.159 0.192 0.062 0.153 0.041 0.092 0.038 0.069 0.024 33 N 0.014 0.105 0.188 0.129 0.045 0.095 0.122 0.155 0.053 0.080 0.015 34 G 0.072 0.070 0.100 0.017 0.051 0.006 0.010 0.173 0.061 0.285 0.155 35 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.714 0.270 0.007 0.001 36 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.954 0.037 0.002 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.039 0.002 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.021 0.002 0.001 39 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.047 0.003 0.001 40 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.959 0.033 0.002 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.907 0.065 0.009 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.869 0.088 0.025 0.001 43 V 0.006 0.029 0.005 0.002 0.013 0.007 0.032 0.730 0.149 0.023 0.004 44 D 0.021 0.024 0.010 0.003 0.028 0.006 0.048 0.638 0.119 0.087 0.016 45 W 0.025 0.047 0.017 0.005 0.048 0.009 0.037 0.538 0.178 0.083 0.014 46 A 0.026 0.065 0.026 0.014 0.046 0.026 0.084 0.476 0.157 0.064 0.016 47 C 0.082 0.070 0.029 0.012 0.110 0.010 0.040 0.251 0.134 0.211 0.051 48 T 0.040 0.163 0.078 0.012 0.126 0.013 0.035 0.293 0.133 0.082 0.024 49 Q 0.090 0.090 0.039 0.011 0.105 0.015 0.046 0.299 0.113 0.137 0.056 50 A 0.040 0.140 0.056 0.026 0.090 0.023 0.044 0.304 0.144 0.106 0.025 51 E 0.034 0.072 0.047 0.026 0.067 0.019 0.040 0.312 0.233 0.123 0.027 52 K 0.025 0.148 0.080 0.014 0.082 0.015 0.048 0.331 0.161 0.078 0.018 53 E 0.077 0.182 0.044 0.003 0.142 0.005 0.034 0.202 0.079 0.182 0.050 54 L 0.102 0.350 0.093 0.008 0.227 0.010 0.018 0.047 0.024 0.067 0.053 55 T 0.019 0.548 0.313 0.003 0.090 0.001 0.001 0.010 0.004 0.009 0.004 56 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.709 0.281 0.005 0.001 57 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.894 0.097 0.005 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.881 0.086 0.030 0.001 59 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.062 0.005 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.922 0.069 0.002 0.001 61 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.918 0.049 0.025 0.001 62 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.870 0.103 0.023 0.001 63 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.893 0.093 0.003 0.001 64 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.896 0.052 0.003 0.001 65 Q 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.045 0.859 0.057 0.025 0.001 66 F 0.010 0.007 0.002 0.001 0.007 0.001 0.004 0.807 0.111 0.044 0.008 67 G 0.002 0.006 0.002 0.003 0.004 0.006 0.011 0.814 0.141 0.010 0.001 68 F 0.003 0.005 0.003 0.002 0.004 0.004 0.039 0.878 0.054 0.006 0.002 69 Y 0.003 0.006 0.006 0.006 0.005 0.008 0.056 0.802 0.075 0.030 0.002 70 Y 0.019 0.019 0.006 0.004 0.014 0.005 0.017 0.665 0.137 0.099 0.015 71 G 0.006 0.022 0.008 0.008 0.013 0.015 0.025 0.687 0.186 0.026 0.005 72 E 0.008 0.022 0.010 0.009 0.019 0.023 0.102 0.672 0.105 0.024 0.006 73 N 0.038 0.030 0.022 0.013 0.040 0.011 0.061 0.472 0.126 0.162 0.025 74 L 0.041 0.033 0.010 0.007 0.042 0.014 0.029 0.519 0.164 0.118 0.022 75 C 0.034 0.112 0.030 0.023 0.087 0.030 0.045 0.385 0.164 0.071 0.020 76 N 0.051 0.051 0.031 0.019 0.072 0.026 0.094 0.382 0.129 0.106 0.039 77 I 0.076 0.104 0.040 0.016 0.129 0.016 0.064 0.253 0.119 0.139 0.043 78 S 0.099 0.208 0.065 0.017 0.190 0.013 0.023 0.164 0.090 0.088 0.042 79 R 0.050 0.139 0.063 0.023 0.106 0.029 0.051 0.268 0.155 0.092 0.024