# TARGET T0303 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0303.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.889 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.508 0.234 0.116 0.071 0.040 0.025 0.006 2 S 0.170 0.190 0.212 0.196 0.126 0.082 0.024 3 L 0.142 0.149 0.154 0.209 0.188 0.124 0.033 4 P 0.080 0.122 0.146 0.194 0.227 0.174 0.057 5 D 0.064 0.092 0.139 0.188 0.215 0.214 0.090 6 L 0.019 0.026 0.032 0.060 0.141 0.367 0.356 7 A 0.011 0.030 0.058 0.128 0.234 0.352 0.186 8 L 0.011 0.047 0.127 0.233 0.276 0.220 0.085 9 S 0.004 0.009 0.024 0.080 0.224 0.457 0.202 10 I 0.002 0.003 0.003 0.012 0.066 0.390 0.524 11 N 0.010 0.053 0.122 0.270 0.293 0.202 0.050 12 S 0.015 0.116 0.284 0.344 0.179 0.054 0.008 13 A 0.006 0.013 0.030 0.126 0.334 0.449 0.042 14 L 0.006 0.026 0.081 0.248 0.429 0.202 0.009 15 K 0.153 0.391 0.281 0.130 0.038 0.006 0.001 16 D 0.286 0.379 0.233 0.085 0.016 0.002 0.001 17 V 0.110 0.178 0.271 0.289 0.128 0.023 0.001 18 N 0.559 0.286 0.095 0.040 0.015 0.004 0.001 19 L 0.224 0.211 0.234 0.209 0.100 0.021 0.001 20 P 0.413 0.292 0.165 0.086 0.034 0.010 0.001 21 Q 0.612 0.245 0.087 0.041 0.012 0.003 0.001 22 A 0.431 0.244 0.164 0.104 0.047 0.010 0.001 23 S 0.572 0.234 0.107 0.062 0.019 0.004 0.001 24 E 0.442 0.261 0.163 0.096 0.033 0.006 0.001 25 N 0.604 0.270 0.089 0.029 0.007 0.001 0.001 26 L 0.243 0.308 0.250 0.146 0.041 0.010 0.001 27 V 0.068 0.072 0.117 0.244 0.318 0.169 0.012 28 M 0.132 0.235 0.276 0.232 0.100 0.023 0.002 29 T 0.282 0.356 0.185 0.098 0.048 0.027 0.003 30 W 0.082 0.103 0.185 0.258 0.223 0.130 0.019 31 I 0.066 0.095 0.132 0.212 0.241 0.212 0.043 32 G 0.063 0.111 0.163 0.261 0.242 0.133 0.027 33 N 0.075 0.196 0.246 0.234 0.169 0.071 0.010 34 G 0.013 0.037 0.110 0.206 0.316 0.271 0.047 35 A 0.003 0.005 0.008 0.035 0.171 0.556 0.221 36 D 0.010 0.063 0.165 0.303 0.303 0.133 0.023 37 V 0.004 0.026 0.115 0.312 0.350 0.168 0.024 38 L 0.001 0.002 0.004 0.015 0.084 0.529 0.366 39 S 0.001 0.001 0.004 0.026 0.147 0.515 0.307 40 Q 0.001 0.019 0.082 0.216 0.306 0.279 0.096 41 R 0.001 0.011 0.077 0.292 0.365 0.228 0.027 42 A 0.001 0.004 0.013 0.055 0.204 0.580 0.143 43 V 0.002 0.013 0.045 0.174 0.414 0.311 0.041 44 D 0.094 0.274 0.274 0.201 0.111 0.040 0.006 45 W 0.036 0.147 0.282 0.327 0.162 0.043 0.003 46 A 0.137 0.211 0.240 0.240 0.129 0.041 0.003 47 C 0.208 0.277 0.249 0.178 0.074 0.014 0.001 48 T 0.529 0.261 0.122 0.062 0.022 0.004 0.001 49 Q 0.420 0.303 0.165 0.081 0.026 0.005 0.001 50 A 0.254 0.227 0.240 0.193 0.075 0.011 0.001 51 E 0.482 0.305 0.142 0.054 0.014 0.002 0.001 52 K 0.717 0.204 0.058 0.017 0.003 0.001 0.001 53 E 0.473 0.322 0.130 0.057 0.016 0.002 0.001 54 L 0.029 0.099 0.265 0.402 0.186 0.019 0.001 55 T 0.265 0.411 0.228 0.077 0.016 0.002 0.001 56 E 0.732 0.219 0.041 0.007 0.001 0.001 0.001 57 D 0.637 0.253 0.076 0.027 0.006 0.001 0.001 58 E 0.108 0.228 0.271 0.269 0.107 0.016 0.001 59 F 0.018 0.083 0.245 0.417 0.204 0.034 0.001 60 K 0.392 0.447 0.126 0.030 0.004 0.001 0.001 61 Y 0.091 0.281 0.349 0.207 0.062 0.009 0.001 62 F 0.012 0.021 0.055 0.186 0.397 0.312 0.018 63 K 0.016 0.080 0.213 0.343 0.251 0.092 0.006 64 R 0.109 0.378 0.321 0.146 0.037 0.008 0.001 65 Q 0.019 0.070 0.164 0.297 0.314 0.130 0.006 66 F 0.012 0.011 0.020 0.072 0.248 0.524 0.112 67 G 0.023 0.096 0.200 0.315 0.241 0.115 0.010 68 F 0.130 0.339 0.282 0.166 0.063 0.017 0.003 69 Y 0.026 0.073 0.159 0.326 0.283 0.122 0.011 70 Y 0.057 0.048 0.071 0.148 0.299 0.328 0.050 71 G 0.213 0.268 0.227 0.177 0.087 0.025 0.003 72 E 0.319 0.373 0.185 0.084 0.029 0.009 0.001 73 N 0.142 0.146 0.201 0.264 0.175 0.062 0.008 74 L 0.169 0.166 0.169 0.204 0.167 0.109 0.015 75 C 0.324 0.195 0.152 0.154 0.119 0.050 0.006 76 N 0.502 0.281 0.128 0.060 0.022 0.006 0.001 77 I 0.353 0.240 0.172 0.136 0.069 0.027 0.004 78 S 0.313 0.194 0.176 0.172 0.104 0.037 0.005 79 R 0.569 0.236 0.110 0.053 0.022 0.008 0.002