# TARGET T0302 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 342 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.016 0.008 0.017 0.019 0.050 0.128 0.027 0.736 2 M 0.012 0.013 0.016 0.035 0.062 0.183 0.017 0.663 3 V 0.014 0.024 0.013 0.017 0.016 0.118 0.014 0.783 4 S 0.162 0.634 0.005 0.008 0.007 0.029 0.034 0.122 5 P 0.114 0.746 0.004 0.003 0.003 0.018 0.024 0.087 6 E 0.063 0.702 0.011 0.007 0.008 0.026 0.039 0.144 7 E 0.076 0.665 0.012 0.010 0.011 0.032 0.055 0.140 8 A 0.076 0.491 0.015 0.014 0.026 0.062 0.119 0.198 9 V 0.132 0.384 0.011 0.013 0.024 0.052 0.074 0.311 10 K 0.056 0.122 0.009 0.019 0.022 0.066 0.341 0.364 11 W 0.027 0.370 0.005 0.007 0.009 0.067 0.165 0.350 12 G 0.050 0.623 0.005 0.007 0.010 0.051 0.037 0.218 13 E 0.023 0.516 0.009 0.014 0.009 0.060 0.028 0.339 14 S 0.020 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.015 15 F 0.064 0.891 0.003 0.001 0.001 0.004 0.020 0.015 16 D 0.085 0.519 0.033 0.010 0.007 0.028 0.180 0.139 17 K 0.089 0.306 0.030 0.007 0.008 0.051 0.280 0.228 18 L 0.246 0.232 0.041 0.005 0.009 0.088 0.126 0.253 19 L 0.069 0.099 0.045 0.012 0.016 0.115 0.075 0.568 20 S 0.010 0.062 0.007 0.002 0.003 0.057 0.042 0.816 21 H 0.092 0.736 0.002 0.001 0.001 0.023 0.039 0.105 22 R 0.043 0.803 0.004 0.001 0.001 0.030 0.018 0.099 23 D 0.008 0.851 0.005 0.001 0.001 0.016 0.026 0.092 24 G 0.010 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.006 25 L 0.008 0.346 0.004 0.001 0.001 0.004 0.628 0.009 26 E 0.002 0.636 0.005 0.001 0.001 0.004 0.335 0.015 27 A 0.003 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.010 28 F 0.006 0.967 0.005 0.001 0.001 0.002 0.012 0.007 29 T 0.038 0.882 0.006 0.002 0.002 0.006 0.035 0.028 30 R 0.028 0.200 0.015 0.003 0.002 0.024 0.621 0.105 31 F 0.029 0.310 0.026 0.005 0.004 0.039 0.507 0.080 32 L 0.187 0.357 0.023 0.004 0.006 0.062 0.092 0.269 33 K 0.102 0.123 0.014 0.005 0.007 0.068 0.070 0.612 34 T 0.045 0.212 0.017 0.004 0.007 0.062 0.109 0.545 35 E 0.042 0.210 0.019 0.007 0.009 0.179 0.048 0.487 36 F 0.034 0.073 0.048 0.010 0.007 0.100 0.196 0.532 37 S 0.298 0.435 0.007 0.003 0.003 0.028 0.092 0.133 38 E 0.123 0.541 0.012 0.001 0.002 0.034 0.047 0.240 39 E 0.009 0.533 0.018 0.010 0.018 0.061 0.028 0.323 40 N 0.010 0.780 0.008 0.003 0.011 0.022 0.053 0.112 41 I 0.005 0.899 0.004 0.007 0.006 0.009 0.041 0.029 42 E 0.004 0.832 0.023 0.012 0.019 0.007 0.084 0.018 43 F 0.005 0.926 0.005 0.005 0.006 0.002 0.043 0.008 44 W 0.020 0.873 0.025 0.008 0.011 0.004 0.043 0.015 45 I 0.021 0.647 0.054 0.057 0.031 0.015 0.110 0.064 46 A 0.013 0.873 0.006 0.003 0.004 0.011 0.018 0.071 47 C 0.062 0.816 0.012 0.004 0.004 0.010 0.036 0.056 48 E 0.040 0.749 0.009 0.010 0.007 0.023 0.036 0.126 49 D 0.091 0.251 0.016 0.005 0.008 0.033 0.321 0.274 50 F 0.150 0.184 0.026 0.015 0.009 0.053 0.376 0.186 51 K 0.196 0.077 0.021 0.016 0.017 0.059 0.102 0.512 52 K 0.073 0.017 0.005 0.002 0.003 0.063 0.019 0.817 53 S 0.021 0.017 0.008 0.005 0.006 0.124 0.026 0.793 54 K 0.022 0.023 0.005 0.002 0.002 0.099 0.011 0.835 55 G 0.217 0.337 0.003 0.002 0.002 0.050 0.050 0.338 56 P 0.079 0.649 0.005 0.002 0.002 0.035 0.053 0.176 57 Q 0.015 0.849 0.004 0.002 0.003 0.015 0.023 0.089 58 Q 0.011 0.883 0.006 0.003 0.003 0.011 0.026 0.058 59 I 0.008 0.948 0.002 0.001 0.001 0.004 0.021 0.015 60 H 0.007 0.942 0.002 0.001 0.001 0.002 0.038 0.008 61 L 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 62 K 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 63 A 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 64 K 0.002 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.033 0.004 65 A 0.005 0.955 0.003 0.001 0.001 0.002 0.026 0.008 66 I 0.022 0.904 0.008 0.001 0.001 0.004 0.047 0.012 67 Y 0.059 0.761 0.011 0.002 0.003 0.013 0.087 0.064 68 E 0.045 0.451 0.015 0.004 0.005 0.030 0.125 0.325 69 K 0.048 0.167 0.035 0.012 0.013 0.089 0.288 0.349 70 F 0.038 0.041 0.077 0.035 0.031 0.118 0.350 0.309 71 I 0.173 0.013 0.029 0.014 0.018 0.092 0.044 0.618 72 Q 0.438 0.005 0.011 0.007 0.007 0.059 0.044 0.428 73 T 0.010 0.002 0.005 0.003 0.005 0.117 0.012 0.846 74 D 0.007 0.001 0.006 0.002 0.005 0.097 0.007 0.875 75 A 0.149 0.010 0.012 0.018 0.014 0.132 0.062 0.604 76 P 0.079 0.011 0.025 0.017 0.019 0.117 0.078 0.654 77 K 0.044 0.013 0.068 0.037 0.083 0.106 0.054 0.595 78 E 0.014 0.004 0.065 0.046 0.083 0.079 0.040 0.668 79 V 0.011 0.008 0.143 0.092 0.104 0.112 0.035 0.495 80 N 0.031 0.027 0.109 0.052 0.100 0.111 0.056 0.514 81 L 0.062 0.041 0.071 0.043 0.039 0.094 0.197 0.454 82 D 0.089 0.345 0.034 0.018 0.021 0.067 0.113 0.314 83 F 0.047 0.511 0.018 0.012 0.019 0.064 0.026 0.304 84 H 0.018 0.655 0.021 0.018 0.026 0.037 0.031 0.194 85 T 0.050 0.802 0.006 0.005 0.010 0.014 0.061 0.052 86 K 0.014 0.115 0.009 0.010 0.011 0.017 0.777 0.048 87 E 0.007 0.173 0.014 0.018 0.026 0.031 0.649 0.083 88 V 0.062 0.240 0.041 0.031 0.051 0.069 0.308 0.198 89 I 0.135 0.168 0.038 0.047 0.075 0.093 0.146 0.299 90 T 0.064 0.030 0.022 0.018 0.039 0.061 0.290 0.475 91 N 0.055 0.025 0.015 0.023 0.039 0.146 0.109 0.588 92 S 0.104 0.010 0.018 0.018 0.030 0.162 0.042 0.617 93 I 0.020 0.004 0.014 0.018 0.024 0.173 0.033 0.715 94 T 0.026 0.011 0.024 0.008 0.027 0.128 0.047 0.729 95 Q 0.053 0.026 0.037 0.026 0.029 0.174 0.056 0.599 96 P 0.021 0.024 0.038 0.015 0.014 0.107 0.072 0.711 97 T 0.127 0.361 0.026 0.010 0.013 0.066 0.159 0.239 98 L 0.069 0.521 0.025 0.006 0.009 0.061 0.054 0.254 99 H 0.018 0.749 0.026 0.008 0.008 0.029 0.027 0.135 100 S 0.007 0.948 0.003 0.001 0.002 0.005 0.013 0.021 101 F 0.016 0.927 0.003 0.001 0.001 0.004 0.039 0.011 102 D 0.010 0.454 0.003 0.001 0.001 0.005 0.512 0.014 103 A 0.003 0.620 0.002 0.001 0.001 0.006 0.353 0.015 104 A 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 105 Q 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.007 106 S 0.004 0.901 0.002 0.001 0.002 0.005 0.065 0.019 107 R 0.004 0.959 0.002 0.001 0.001 0.003 0.024 0.007 108 V 0.014 0.928 0.006 0.002 0.002 0.005 0.032 0.012 109 Y 0.035 0.819 0.027 0.006 0.005 0.013 0.053 0.043 110 Q 0.039 0.569 0.072 0.012 0.012 0.028 0.126 0.142 111 L 0.118 0.264 0.136 0.010 0.010 0.059 0.147 0.255 112 M 0.202 0.093 0.063 0.018 0.014 0.082 0.225 0.304 113 E 0.069 0.044 0.007 0.003 0.004 0.062 0.056 0.755 114 Q 0.042 0.038 0.010 0.003 0.006 0.086 0.090 0.725 115 D 0.030 0.087 0.016 0.013 0.013 0.159 0.083 0.599 116 S 0.041 0.195 0.019 0.008 0.011 0.108 0.036 0.581 117 Y 0.094 0.476 0.016 0.010 0.010 0.062 0.036 0.295 118 T 0.193 0.469 0.022 0.006 0.008 0.040 0.067 0.195 119 R 0.084 0.186 0.040 0.012 0.014 0.066 0.367 0.232 120 F 0.033 0.166 0.055 0.008 0.012 0.089 0.361 0.277 121 L 0.039 0.356 0.035 0.011 0.013 0.100 0.100 0.346 122 K 0.026 0.720 0.009 0.004 0.005 0.025 0.030 0.181 123 S 0.018 0.916 0.001 0.001 0.002 0.008 0.017 0.037 124 D 0.010 0.918 0.004 0.002 0.003 0.009 0.023 0.031 125 I 0.006 0.948 0.003 0.002 0.003 0.005 0.016 0.017 126 Y 0.018 0.906 0.009 0.003 0.003 0.005 0.038 0.017 127 L 0.049 0.735 0.028 0.015 0.013 0.013 0.098 0.050 128 D 0.091 0.256 0.083 0.037 0.043 0.039 0.227 0.224 129 L 0.245 0.047 0.045 0.025 0.030 0.083 0.161 0.363 130 M 0.157 0.014 0.015 0.027 0.027 0.078 0.075 0.608 131 E 0.014 0.003 0.003 0.004 0.010 0.056 0.011 0.901 132 G 0.020 0.006 0.006 0.011 0.022 0.094 0.023 0.818