# TARGET T0302 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 342 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.068 0.011 0.035 0.026 0.038 0.139 0.011 0.672 2 M 0.097 0.017 0.052 0.031 0.046 0.082 0.010 0.665 3 V 0.030 0.008 0.023 0.013 0.022 0.121 0.006 0.777 4 S 0.036 0.010 0.012 0.016 0.029 0.297 0.004 0.597 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 6 E 0.005 0.005 0.003 0.004 0.012 0.445 0.001 0.524 7 E 0.162 0.028 0.003 0.003 0.005 0.388 0.006 0.405 8 A 0.090 0.732 0.005 0.006 0.012 0.020 0.002 0.134 9 V 0.020 0.824 0.009 0.010 0.019 0.019 0.003 0.095 10 K 0.045 0.701 0.010 0.013 0.017 0.019 0.009 0.187 11 W 0.083 0.719 0.010 0.009 0.019 0.015 0.014 0.131 12 G 0.104 0.648 0.015 0.016 0.022 0.023 0.027 0.145 13 E 0.127 0.374 0.038 0.012 0.017 0.096 0.024 0.313 14 S 0.056 0.510 0.012 0.010 0.013 0.108 0.011 0.280 15 F 0.088 0.545 0.027 0.008 0.029 0.028 0.013 0.263 16 D 0.035 0.435 0.015 0.006 0.015 0.157 0.009 0.327 17 K 0.101 0.484 0.005 0.003 0.008 0.197 0.015 0.188 18 L 0.041 0.919 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.028 19 L 0.044 0.863 0.007 0.003 0.005 0.007 0.013 0.056 20 S 0.391 0.352 0.017 0.006 0.006 0.018 0.065 0.147 21 H 0.542 0.165 0.049 0.004 0.007 0.011 0.062 0.159 22 R 0.046 0.086 0.033 0.003 0.006 0.056 0.013 0.756 23 D 0.018 0.039 0.014 0.003 0.004 0.319 0.009 0.595 24 G 0.120 0.130 0.016 0.003 0.005 0.273 0.011 0.443 25 L 0.044 0.392 0.034 0.002 0.007 0.129 0.003 0.389 26 E 0.011 0.427 0.005 0.002 0.004 0.212 0.002 0.338 27 A 0.009 0.926 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.051 28 F 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 29 T 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 30 R 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 31 F 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 32 L 0.009 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 33 K 0.015 0.956 0.004 0.002 0.002 0.002 0.005 0.015 34 T 0.057 0.847 0.005 0.003 0.003 0.006 0.024 0.054 35 E 0.133 0.709 0.011 0.004 0.003 0.008 0.037 0.095 36 F 0.107 0.565 0.038 0.010 0.009 0.044 0.034 0.194 37 S 0.096 0.286 0.038 0.013 0.022 0.114 0.027 0.404 38 E 0.038 0.200 0.019 0.005 0.015 0.064 0.009 0.649 39 E 0.022 0.213 0.007 0.003 0.004 0.227 0.008 0.515 40 N 0.062 0.424 0.005 0.003 0.003 0.195 0.016 0.292 41 I 0.052 0.844 0.005 0.004 0.004 0.016 0.004 0.072 42 E 0.015 0.847 0.012 0.013 0.019 0.033 0.002 0.058 43 F 0.009 0.893 0.004 0.016 0.014 0.010 0.003 0.049 44 W 0.014 0.930 0.004 0.006 0.016 0.004 0.002 0.024 45 I 0.005 0.939 0.003 0.009 0.010 0.006 0.002 0.027 46 A 0.005 0.963 0.001 0.003 0.004 0.003 0.002 0.019 47 C 0.019 0.925 0.003 0.003 0.006 0.003 0.007 0.034 48 E 0.015 0.930 0.002 0.003 0.004 0.004 0.005 0.036 49 D 0.025 0.868 0.003 0.003 0.003 0.004 0.012 0.081 50 F 0.099 0.750 0.010 0.005 0.008 0.011 0.026 0.091 51 K 0.029 0.857 0.011 0.009 0.009 0.009 0.008 0.068 52 K 0.046 0.569 0.021 0.011 0.015 0.029 0.030 0.279 53 S 0.155 0.519 0.033 0.016 0.013 0.027 0.040 0.197 54 K 0.105 0.218 0.038 0.010 0.010 0.038 0.051 0.529 55 G 0.044 0.032 0.016 0.007 0.009 0.105 0.009 0.778 56 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 57 Q 0.007 0.010 0.004 0.003 0.007 0.202 0.002 0.766 58 Q 0.184 0.025 0.003 0.002 0.002 0.256 0.006 0.522 59 I 0.093 0.557 0.005 0.004 0.006 0.047 0.002 0.285 60 H 0.020 0.785 0.005 0.004 0.009 0.032 0.001 0.144 61 L 0.011 0.871 0.002 0.002 0.003 0.015 0.001 0.094 62 K 0.013 0.936 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.038 63 A 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 64 K 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 65 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 66 I 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 67 Y 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 68 E 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 69 K 0.009 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 70 F 0.021 0.949 0.004 0.002 0.002 0.001 0.009 0.013 71 I 0.028 0.874 0.025 0.012 0.011 0.005 0.011 0.033 72 Q 0.059 0.640 0.044 0.033 0.034 0.024 0.028 0.138 73 T 0.111 0.325 0.031 0.021 0.029 0.029 0.050 0.406 74 D 0.104 0.146 0.031 0.017 0.015 0.039 0.096 0.552 75 A 0.311 0.024 0.041 0.022 0.020 0.137 0.039 0.407 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 77 K 0.009 0.005 0.058 0.079 0.152 0.144 0.006 0.548 78 E 0.107 0.004 0.039 0.015 0.027 0.051 0.003 0.753 79 V 0.071 0.020 0.204 0.151 0.147 0.050 0.005 0.352 80 N 0.049 0.008 0.088 0.069 0.081 0.069 0.004 0.632 81 L 0.044 0.016 0.239 0.096 0.141 0.054 0.004 0.408 82 D 0.015 0.009 0.025 0.026 0.072 0.299 0.004 0.550 83 F 0.046 0.011 0.011 0.010 0.028 0.111 0.004 0.779 84 H 0.030 0.035 0.006 0.006 0.009 0.507 0.004 0.404 85 T 0.093 0.131 0.008 0.008 0.015 0.311 0.011 0.425 86 K 0.031 0.636 0.009 0.011 0.019 0.038 0.004 0.253 87 E 0.013 0.692 0.007 0.010 0.019 0.056 0.004 0.200 88 V 0.030 0.821 0.004 0.006 0.011 0.018 0.005 0.104 89 I 0.010 0.950 0.002 0.003 0.008 0.003 0.002 0.021 90 T 0.007 0.945 0.003 0.005 0.009 0.003 0.003 0.024 91 N 0.026 0.889 0.005 0.006 0.006 0.004 0.013 0.051 92 S 0.185 0.615 0.010 0.009 0.008 0.011 0.058 0.104 93 I 0.182 0.446 0.042 0.018 0.020 0.023 0.043 0.226 94 T 0.096 0.250 0.059 0.026 0.041 0.173 0.066 0.288 95 Q 0.209 0.102 0.045 0.026 0.023 0.076 0.024 0.495 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 97 T 0.024 0.027 0.032 0.016 0.034 0.220 0.006 0.641 98 L 0.081 0.064 0.040 0.009 0.016 0.050 0.007 0.733 99 H 0.046 0.100 0.015 0.011 0.021 0.302 0.006 0.500 100 S 0.200 0.164 0.013 0.006 0.012 0.330 0.006 0.270 101 F 0.044 0.804 0.010 0.005 0.007 0.023 0.003 0.104 102 D 0.017 0.712 0.008 0.004 0.010 0.052 0.005 0.192 103 A 0.019 0.819 0.002 0.002 0.003 0.033 0.003 0.118 104 A 0.013 0.945 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.026 105 Q 0.011 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 106 S 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 107 R 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 108 V 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 109 Y 0.001 0.985 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 110 Q 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 111 L 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 112 M 0.011 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 113 E 0.085 0.848 0.008 0.003 0.003 0.005 0.023 0.026 114 Q 0.090 0.776 0.021 0.006 0.004 0.005 0.035 0.062 115 D 0.339 0.346 0.020 0.009 0.007 0.015 0.088 0.176 116 S 0.230 0.167 0.099 0.017 0.015 0.075 0.065 0.331 117 Y 0.083 0.103 0.162 0.023 0.041 0.187 0.024 0.377 118 T 0.026 0.051 0.054 0.012 0.021 0.142 0.007 0.687 119 R 0.035 0.116 0.034 0.011 0.018 0.169 0.006 0.611 120 F 0.107 0.343 0.052 0.014 0.025 0.121 0.010 0.329 121 L 0.124 0.431 0.069 0.039 0.043 0.082 0.017 0.195 122 K 0.116 0.393 0.070 0.033 0.047 0.074 0.017 0.250 123 S 0.120 0.329 0.050 0.019 0.045 0.054 0.022 0.361 124 D 0.049 0.208 0.020 0.006 0.015 0.063 0.010 0.629 125 I 0.036 0.267 0.008 0.004 0.008 0.270 0.007 0.399 126 Y 0.052 0.438 0.007 0.003 0.010 0.247 0.009 0.235 127 L 0.012 0.917 0.002 0.001 0.003 0.006 0.001 0.058 128 D 0.003 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 129 L 0.015 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 130 M 0.032 0.944 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.013 131 E 0.117 0.769 0.010 0.005 0.006 0.007 0.038 0.048 132 G 0.519 0.235 0.011 0.003 0.002 0.005 0.096 0.129