# TARGET T0302 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 386 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.523 0.174 0.058 0.091 0.053 0.035 0.029 0.013 0.012 0.007 0.004 2 M 0.381 0.131 0.034 0.124 0.090 0.070 0.071 0.045 0.029 0.016 0.009 3 V 0.109 0.066 0.020 0.058 0.082 0.106 0.174 0.144 0.123 0.078 0.041 4 S 0.049 0.687 0.067 0.121 0.040 0.017 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 5 P 0.323 0.101 0.053 0.157 0.151 0.101 0.060 0.026 0.016 0.008 0.003 6 E 0.831 0.103 0.026 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.052 0.178 0.173 0.377 0.128 0.052 0.027 0.008 0.003 0.001 0.001 8 A 0.142 0.057 0.031 0.068 0.064 0.108 0.187 0.123 0.106 0.073 0.041 9 V 0.070 0.115 0.230 0.201 0.155 0.120 0.076 0.020 0.009 0.003 0.001 10 K 0.057 0.140 0.492 0.192 0.066 0.029 0.015 0.004 0.003 0.002 0.001 11 W 0.031 0.034 0.040 0.084 0.100 0.148 0.227 0.119 0.103 0.072 0.040 12 G 0.107 0.081 0.051 0.099 0.106 0.127 0.195 0.106 0.071 0.038 0.020 13 E 0.189 0.154 0.205 0.218 0.115 0.058 0.038 0.012 0.007 0.003 0.001 14 S 0.026 0.139 0.102 0.169 0.164 0.156 0.137 0.052 0.032 0.015 0.007 15 F 0.006 0.004 0.006 0.015 0.029 0.049 0.129 0.179 0.245 0.190 0.148 16 D 0.131 0.105 0.115 0.222 0.173 0.129 0.090 0.020 0.010 0.003 0.001 17 K 0.008 0.076 0.185 0.412 0.180 0.085 0.038 0.010 0.004 0.002 0.001 18 L 0.001 0.002 0.010 0.008 0.007 0.013 0.075 0.124 0.255 0.267 0.237 19 L 0.002 0.003 0.012 0.015 0.031 0.071 0.193 0.200 0.206 0.156 0.110 20 S 0.009 0.090 0.445 0.228 0.124 0.056 0.030 0.008 0.006 0.003 0.001 21 H 0.004 0.019 0.017 0.059 0.099 0.205 0.312 0.145 0.084 0.042 0.015 22 R 0.708 0.118 0.044 0.052 0.025 0.018 0.018 0.008 0.005 0.003 0.001 23 D 0.341 0.190 0.058 0.127 0.089 0.070 0.072 0.028 0.015 0.007 0.003 24 G 0.009 0.016 0.016 0.034 0.047 0.082 0.153 0.163 0.235 0.163 0.084 25 L 0.004 0.006 0.016 0.054 0.113 0.227 0.308 0.137 0.084 0.037 0.014 26 E 0.033 0.083 0.537 0.194 0.084 0.039 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 27 A 0.001 0.006 0.040 0.085 0.126 0.206 0.297 0.131 0.072 0.028 0.009 28 F 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.005 0.035 0.089 0.230 0.319 0.313 29 T 0.001 0.003 0.084 0.132 0.228 0.254 0.221 0.051 0.020 0.006 0.001 30 R 0.002 0.020 0.529 0.245 0.122 0.055 0.021 0.004 0.002 0.001 0.001 31 F 0.001 0.002 0.011 0.010 0.021 0.068 0.304 0.227 0.198 0.116 0.043 32 L 0.001 0.003 0.023 0.013 0.013 0.028 0.179 0.206 0.261 0.187 0.086 33 K 0.006 0.042 0.394 0.296 0.166 0.063 0.024 0.006 0.003 0.001 0.001 34 T 0.033 0.084 0.265 0.194 0.171 0.140 0.081 0.019 0.009 0.003 0.001 35 E 0.143 0.084 0.089 0.087 0.072 0.093 0.187 0.105 0.082 0.041 0.017 36 F 0.095 0.094 0.063 0.081 0.089 0.136 0.207 0.102 0.068 0.041 0.023 37 S 0.058 0.141 0.133 0.137 0.114 0.113 0.135 0.071 0.055 0.030 0.013 38 E 0.271 0.115 0.127 0.163 0.143 0.099 0.054 0.015 0.009 0.003 0.001 39 E 0.194 0.143 0.118 0.164 0.116 0.104 0.095 0.035 0.020 0.008 0.003 40 N 0.007 0.020 0.035 0.083 0.079 0.103 0.197 0.160 0.160 0.102 0.054 41 I 0.021 0.028 0.109 0.063 0.047 0.075 0.193 0.150 0.156 0.106 0.053 42 E 0.014 0.049 0.298 0.278 0.194 0.096 0.046 0.014 0.007 0.003 0.001 43 F 0.001 0.005 0.035 0.029 0.035 0.063 0.207 0.188 0.226 0.147 0.065 44 W 0.001 0.002 0.015 0.023 0.031 0.054 0.162 0.163 0.219 0.199 0.133 45 I 0.012 0.022 0.202 0.107 0.112 0.139 0.213 0.094 0.058 0.030 0.011 46 A 0.001 0.012 0.072 0.177 0.212 0.215 0.193 0.066 0.034 0.013 0.004 47 C 0.001 0.001 0.010 0.006 0.006 0.010 0.057 0.104 0.249 0.295 0.261 48 E 0.007 0.013 0.045 0.116 0.171 0.210 0.247 0.101 0.057 0.025 0.008 49 D 0.023 0.085 0.395 0.225 0.128 0.075 0.045 0.014 0.007 0.002 0.001 50 F 0.004 0.009 0.021 0.034 0.044 0.089 0.246 0.178 0.184 0.129 0.064 51 K 0.039 0.041 0.035 0.075 0.095 0.121 0.200 0.138 0.133 0.081 0.042 52 K 0.129 0.125 0.162 0.202 0.151 0.103 0.072 0.027 0.017 0.008 0.003 53 S 0.089 0.105 0.087 0.148 0.121 0.134 0.157 0.080 0.048 0.022 0.009 54 K 0.519 0.186 0.055 0.084 0.055 0.039 0.034 0.013 0.008 0.004 0.002 55 G 0.221 0.449 0.050 0.091 0.054 0.039 0.037 0.020 0.019 0.013 0.008 56 P 0.269 0.170 0.088 0.169 0.141 0.085 0.045 0.016 0.010 0.004 0.001 57 Q 0.722 0.147 0.044 0.053 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.053 0.147 0.137 0.360 0.169 0.078 0.039 0.012 0.004 0.001 0.001 59 I 0.007 0.009 0.015 0.019 0.029 0.077 0.210 0.202 0.205 0.146 0.082 60 H 0.007 0.017 0.100 0.136 0.229 0.268 0.185 0.040 0.014 0.004 0.001 61 L 0.030 0.054 0.728 0.128 0.034 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 62 K 0.001 0.007 0.037 0.093 0.156 0.245 0.301 0.094 0.044 0.016 0.006 63 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.054 0.119 0.251 0.304 0.263 64 K 0.001 0.004 0.128 0.251 0.297 0.209 0.092 0.014 0.005 0.001 0.001 65 A 0.002 0.028 0.616 0.181 0.095 0.051 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 66 I 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.030 0.195 0.203 0.263 0.193 0.100 67 Y 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.014 0.143 0.213 0.287 0.221 0.111 68 E 0.001 0.012 0.410 0.313 0.177 0.061 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 69 K 0.006 0.042 0.258 0.212 0.195 0.161 0.098 0.018 0.007 0.002 0.001 70 F 0.001 0.002 0.008 0.008 0.010 0.026 0.148 0.202 0.312 0.209 0.073 71 I 0.001 0.004 0.011 0.015 0.026 0.060 0.198 0.179 0.205 0.173 0.129 72 Q 0.010 0.071 0.352 0.222 0.170 0.095 0.054 0.016 0.007 0.003 0.001 73 T 0.165 0.142 0.114 0.187 0.129 0.118 0.098 0.028 0.013 0.005 0.002 74 D 0.599 0.153 0.038 0.076 0.045 0.035 0.030 0.011 0.007 0.004 0.002 75 A 0.036 0.031 0.012 0.031 0.036 0.057 0.127 0.129 0.185 0.172 0.184 76 P 0.224 0.242 0.083 0.157 0.112 0.078 0.052 0.023 0.016 0.008 0.004 77 K 0.234 0.149 0.091 0.170 0.118 0.094 0.073 0.032 0.022 0.011 0.006 78 E 0.061 0.074 0.046 0.162 0.163 0.158 0.155 0.079 0.052 0.030 0.019 79 V 0.016 0.011 0.009 0.026 0.036 0.060 0.150 0.165 0.210 0.184 0.132 80 N 0.099 0.167 0.120 0.209 0.156 0.103 0.080 0.031 0.020 0.010 0.005 81 L 0.005 0.007 0.006 0.011 0.016 0.027 0.074 0.106 0.216 0.265 0.267 82 D 0.090 0.256 0.092 0.249 0.147 0.082 0.053 0.016 0.009 0.004 0.002 83 F 0.336 0.126 0.064 0.146 0.102 0.079 0.079 0.033 0.019 0.010 0.004 84 H 0.494 0.192 0.080 0.110 0.054 0.030 0.021 0.008 0.006 0.003 0.002 85 T 0.006 0.022 0.011 0.037 0.056 0.109 0.219 0.179 0.184 0.114 0.064 86 K 0.011 0.016 0.030 0.099 0.181 0.236 0.233 0.092 0.059 0.030 0.013 87 E 0.161 0.143 0.477 0.150 0.045 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 88 V 0.004 0.018 0.065 0.156 0.181 0.229 0.220 0.074 0.035 0.013 0.005 89 I 0.002 0.003 0.011 0.009 0.009 0.016 0.064 0.107 0.217 0.271 0.291 90 T 0.005 0.025 0.198 0.197 0.248 0.179 0.108 0.025 0.010 0.003 0.001 91 N 0.045 0.086 0.576 0.187 0.063 0.027 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 92 S 0.057 0.062 0.037 0.083 0.110 0.173 0.255 0.102 0.066 0.036 0.017 93 I 0.037 0.025 0.015 0.029 0.032 0.058 0.158 0.154 0.198 0.170 0.124 94 T 0.395 0.270 0.125 0.109 0.051 0.026 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 95 Q 0.315 0.176 0.096 0.135 0.081 0.069 0.059 0.029 0.022 0.012 0.006 96 P 0.111 0.077 0.028 0.078 0.100 0.130 0.177 0.106 0.093 0.060 0.040 97 T 0.095 0.225 0.071 0.182 0.128 0.094 0.088 0.045 0.035 0.022 0.015 98 L 0.108 0.074 0.041 0.121 0.167 0.173 0.158 0.075 0.049 0.024 0.010 99 H 0.346 0.164 0.098 0.156 0.094 0.061 0.049 0.018 0.009 0.004 0.002 100 S 0.002 0.012 0.017 0.059 0.071 0.098 0.201 0.173 0.178 0.115 0.073 101 F 0.003 0.006 0.016 0.024 0.035 0.064 0.190 0.182 0.207 0.163 0.110 102 D 0.058 0.063 0.276 0.338 0.160 0.069 0.030 0.005 0.002 0.001 0.001 103 A 0.017 0.074 0.293 0.233 0.163 0.117 0.076 0.019 0.006 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.013 0.007 0.009 0.021 0.115 0.162 0.275 0.235 0.160 105 Q 0.001 0.001 0.024 0.025 0.046 0.131 0.438 0.179 0.099 0.044 0.013 106 S 0.001 0.014 0.761 0.158 0.046 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 107 R 0.001 0.006 0.032 0.095 0.198 0.312 0.273 0.056 0.020 0.006 0.001 108 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.026 0.085 0.277 0.332 0.269 109 Y 0.001 0.001 0.024 0.056 0.163 0.317 0.325 0.075 0.027 0.009 0.002 110 Q 0.003 0.024 0.813 0.113 0.032 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.001 0.005 0.025 0.040 0.080 0.197 0.418 0.140 0.066 0.023 0.006 112 M 0.002 0.003 0.015 0.007 0.007 0.014 0.083 0.137 0.279 0.278 0.177 113 E 0.009 0.041 0.180 0.263 0.241 0.153 0.086 0.018 0.007 0.002 0.001 114 Q 0.030 0.091 0.435 0.228 0.115 0.065 0.027 0.006 0.002 0.001 0.001 115 D 0.077 0.093 0.057 0.099 0.105 0.147 0.227 0.097 0.062 0.027 0.010 116 S 0.075 0.065 0.031 0.055 0.057 0.084 0.181 0.143 0.146 0.103 0.060 117 Y 0.024 0.022 0.021 0.041 0.068 0.106 0.205 0.174 0.170 0.110 0.058 118 T 0.217 0.199 0.155 0.225 0.097 0.050 0.031 0.012 0.009 0.004 0.002 119 R 0.044 0.062 0.039 0.152 0.169 0.188 0.191 0.082 0.047 0.021 0.007 120 F 0.023 0.019 0.021 0.042 0.039 0.057 0.137 0.159 0.219 0.174 0.109 121 L 0.011 0.019 0.029 0.051 0.080 0.130 0.240 0.179 0.145 0.079 0.036 122 K 0.027 0.160 0.218 0.259 0.155 0.085 0.056 0.019 0.012 0.006 0.002 123 S 0.007 0.017 0.012 0.043 0.072 0.122 0.253 0.190 0.157 0.088 0.040 124 D 0.713 0.131 0.059 0.064 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 125 I 0.029 0.062 0.054 0.161 0.177 0.187 0.202 0.075 0.037 0.013 0.004 126 Y 0.007 0.012 0.023 0.038 0.042 0.067 0.149 0.155 0.217 0.175 0.114 127 L 0.011 0.027 0.053 0.205 0.233 0.203 0.161 0.058 0.032 0.013 0.004 128 D 0.076 0.158 0.436 0.193 0.081 0.034 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 129 L 0.014 0.021 0.040 0.059 0.075 0.130 0.245 0.160 0.131 0.083 0.043 130 M 0.046 0.057 0.062 0.089 0.085 0.106 0.191 0.128 0.118 0.077 0.041 131 E 0.118 0.189 0.268 0.203 0.111 0.057 0.032 0.010 0.006 0.003 0.001 132 G 0.308 0.163 0.133 0.151 0.091 0.066 0.047 0.019 0.013 0.007 0.003