# TARGET T0302 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 386 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.064 0.014 0.003 0.017 0.022 0.025 0.035 0.005 0.001 0.001 0.813 2 M 0.122 0.010 0.004 0.019 0.011 0.020 0.054 0.005 0.001 0.004 0.750 3 V 0.125 0.008 0.015 0.041 0.017 0.032 0.104 0.004 0.001 0.008 0.647 4 S 0.087 0.004 0.004 0.019 0.015 0.016 0.276 0.001 0.001 0.003 0.575 5 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.990 6 E 0.005 0.001 0.001 0.017 0.007 0.019 0.419 0.001 0.001 0.004 0.527 7 E 0.334 0.005 0.001 0.012 0.007 0.013 0.287 0.001 0.001 0.029 0.312 8 A 0.176 0.169 0.002 0.056 0.016 0.027 0.049 0.001 0.001 0.003 0.502 9 V 0.105 0.224 0.002 0.061 0.033 0.058 0.081 0.002 0.001 0.006 0.428 10 K 0.187 0.200 0.002 0.022 0.017 0.032 0.053 0.006 0.001 0.004 0.478 11 W 0.221 0.273 0.009 0.017 0.016 0.027 0.030 0.015 0.001 0.002 0.391 12 G 0.285 0.178 0.020 0.018 0.008 0.020 0.064 0.022 0.001 0.007 0.377 13 E 0.153 0.081 0.043 0.020 0.009 0.021 0.085 0.007 0.001 0.007 0.575 14 S 0.053 0.039 0.004 0.007 0.004 0.005 0.167 0.005 0.001 0.001 0.715 15 F 0.036 0.078 0.005 0.008 0.002 0.003 0.048 0.001 0.001 0.002 0.817 16 D 0.010 0.199 0.001 0.006 0.005 0.011 0.245 0.001 0.001 0.005 0.515 17 K 0.053 0.217 0.001 0.004 0.008 0.017 0.539 0.007 0.001 0.015 0.138 18 L 0.120 0.824 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.044 19 L 0.035 0.933 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.020 20 S 0.081 0.777 0.006 0.002 0.002 0.005 0.006 0.032 0.001 0.001 0.088 21 H 0.321 0.448 0.015 0.002 0.001 0.002 0.007 0.060 0.001 0.001 0.142 22 R 0.087 0.247 0.057 0.003 0.001 0.001 0.014 0.016 0.001 0.001 0.575 23 D 0.028 0.060 0.007 0.004 0.001 0.002 0.265 0.008 0.001 0.003 0.622 24 G 0.186 0.149 0.018 0.006 0.001 0.002 0.196 0.008 0.001 0.007 0.426 25 L 0.045 0.742 0.002 0.003 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 0.002 0.147 26 E 0.011 0.693 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 0.001 0.001 0.260 27 A 0.024 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.077 28 F 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 29 T 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 30 R 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 31 F 0.026 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.008 32 L 0.025 0.951 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.011 33 K 0.023 0.924 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.021 34 T 0.091 0.740 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.001 0.001 0.115 35 E 0.207 0.549 0.011 0.003 0.001 0.001 0.006 0.063 0.001 0.001 0.158 36 F 0.226 0.357 0.086 0.007 0.004 0.004 0.080 0.033 0.001 0.007 0.198 37 S 0.064 0.322 0.077 0.009 0.003 0.005 0.149 0.011 0.001 0.002 0.358 38 E 0.023 0.287 0.005 0.010 0.002 0.003 0.033 0.004 0.001 0.002 0.630 39 E 0.055 0.223 0.003 0.003 0.003 0.004 0.283 0.004 0.001 0.010 0.412 40 N 0.121 0.420 0.004 0.007 0.006 0.010 0.265 0.028 0.001 0.017 0.121 41 I 0.027 0.916 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.040 42 E 0.005 0.904 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.003 0.001 0.001 0.067 43 F 0.017 0.922 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.001 0.001 0.038 44 W 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 45 I 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 46 A 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 47 C 0.014 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 48 E 0.014 0.966 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 49 D 0.022 0.859 0.006 0.001 0.001 0.002 0.005 0.033 0.001 0.001 0.072 50 F 0.129 0.808 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.039 51 K 0.074 0.742 0.022 0.003 0.003 0.004 0.010 0.034 0.001 0.001 0.107 52 K 0.104 0.520 0.054 0.004 0.003 0.007 0.015 0.030 0.001 0.001 0.263 53 S 0.292 0.285 0.010 0.010 0.003 0.004 0.009 0.052 0.001 0.001 0.336 54 K 0.254 0.127 0.031 0.019 0.004 0.005 0.033 0.026 0.001 0.003 0.497 55 G 0.086 0.021 0.027 0.008 0.003 0.005 0.171 0.005 0.001 0.002 0.671 56 P 0.005 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.972 57 Q 0.010 0.011 0.001 0.008 0.001 0.003 0.275 0.001 0.001 0.003 0.688 58 Q 0.142 0.054 0.001 0.005 0.002 0.003 0.396 0.001 0.001 0.012 0.385 59 I 0.073 0.733 0.001 0.004 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.162 60 H 0.032 0.901 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.053 61 L 0.017 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.087 62 K 0.020 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.062 63 A 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 64 K 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 65 A 0.020 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.022 66 I 0.018 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 67 Y 0.007 0.976 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 68 E 0.007 0.954 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.022 69 K 0.045 0.877 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.034 0.001 0.001 0.032 70 F 0.116 0.768 0.007 0.004 0.004 0.004 0.003 0.050 0.001 0.001 0.044 71 I 0.069 0.745 0.033 0.034 0.014 0.016 0.004 0.038 0.001 0.001 0.046 72 Q 0.093 0.400 0.031 0.038 0.043 0.061 0.053 0.055 0.001 0.002 0.225 73 T 0.053 0.028 0.017 0.014 0.005 0.011 0.016 0.010 0.001 0.001 0.847 74 D 0.132 0.016 0.014 0.047 0.016 0.023 0.144 0.018 0.001 0.006 0.584 75 A 0.437 0.006 0.044 0.021 0.009 0.009 0.152 0.002 0.001 0.024 0.297 76 P 0.005 0.001 0.006 0.010 0.002 0.004 0.023 0.001 0.001 0.001 0.947 77 K 0.026 0.002 0.001 0.119 0.054 0.080 0.173 0.001 0.001 0.005 0.539 78 E 0.271 0.007 0.002 0.069 0.025 0.041 0.086 0.001 0.001 0.012 0.488 79 V 0.045 0.023 0.003 0.174 0.082 0.139 0.076 0.001 0.001 0.004 0.452 80 N 0.040 0.009 0.002 0.125 0.077 0.137 0.147 0.001 0.001 0.005 0.457 81 L 0.047 0.008 0.004 0.133 0.041 0.070 0.087 0.001 0.001 0.007 0.602 82 D 0.024 0.008 0.003 0.056 0.019 0.045 0.315 0.001 0.001 0.005 0.524 83 F 0.023 0.005 0.003 0.020 0.004 0.006 0.080 0.001 0.001 0.005 0.854 84 H 0.027 0.017 0.001 0.008 0.003 0.006 0.496 0.001 0.001 0.010 0.432 85 T 0.086 0.078 0.003 0.009 0.006 0.011 0.425 0.001 0.001 0.015 0.367 86 K 0.028 0.671 0.001 0.008 0.004 0.007 0.050 0.001 0.001 0.003 0.228 87 E 0.018 0.678 0.001 0.001 0.002 0.004 0.066 0.002 0.001 0.003 0.226 88 V 0.032 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.069 89 I 0.016 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 90 T 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 91 N 0.027 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.037 92 S 0.142 0.784 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.033 93 I 0.212 0.617 0.043 0.001 0.001 0.002 0.005 0.036 0.001 0.001 0.081 94 T 0.131 0.268 0.099 0.009 0.006 0.008 0.032 0.093 0.001 0.002 0.352 95 Q 0.346 0.086 0.091 0.017 0.003 0.009 0.037 0.017 0.001 0.003 0.392 96 P 0.008 0.003 0.009 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.966 97 T 0.046 0.005 0.005 0.043 0.007 0.014 0.182 0.002 0.001 0.003 0.693 98 L 0.030 0.003 0.003 0.009 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.928 99 H 0.027 0.020 0.001 0.026 0.003 0.006 0.286 0.001 0.001 0.002 0.628 100 S 0.209 0.039 0.002 0.011 0.002 0.004 0.280 0.001 0.001 0.010 0.442 101 F 0.102 0.483 0.001 0.034 0.007 0.010 0.127 0.002 0.001 0.004 0.228 102 D 0.023 0.638 0.001 0.002 0.001 0.002 0.072 0.001 0.001 0.002 0.259 103 A 0.020 0.716 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.232 104 A 0.032 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 0.001 0.002 0.033 105 Q 0.025 0.934 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.001 0.001 0.014 106 S 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 107 R 0.009 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.031 108 V 0.009 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 109 Y 0.005 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.008 110 Q 0.012 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 111 L 0.032 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.019 112 M 0.042 0.900 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.043 113 E 0.053 0.778 0.012 0.002 0.002 0.004 0.006 0.036 0.001 0.001 0.106 114 Q 0.144 0.658 0.016 0.003 0.002 0.005 0.008 0.027 0.001 0.001 0.137 115 D 0.156 0.527 0.010 0.005 0.003 0.002 0.012 0.039 0.001 0.001 0.245 116 S 0.186 0.316 0.039 0.011 0.006 0.007 0.048 0.017 0.001 0.004 0.366 117 Y 0.083 0.228 0.039 0.027 0.018 0.031 0.136 0.015 0.001 0.005 0.417 118 T 0.072 0.233 0.017 0.030 0.013 0.028 0.066 0.005 0.001 0.004 0.533 119 R 0.045 0.220 0.003 0.016 0.014 0.015 0.075 0.004 0.001 0.002 0.605 120 F 0.187 0.311 0.005 0.019 0.013 0.024 0.111 0.010 0.001 0.009 0.311 121 L 0.188 0.458 0.015 0.038 0.017 0.036 0.057 0.014 0.001 0.005 0.173 122 K 0.119 0.392 0.011 0.024 0.022 0.037 0.061 0.015 0.001 0.005 0.314 123 S 0.184 0.289 0.012 0.008 0.004 0.010 0.059 0.013 0.001 0.003 0.418 124 D 0.049 0.193 0.007 0.006 0.003 0.003 0.043 0.011 0.001 0.002 0.684 125 I 0.042 0.224 0.009 0.004 0.004 0.005 0.391 0.005 0.001 0.016 0.301 126 Y 0.026 0.413 0.006 0.007 0.012 0.027 0.369 0.010 0.001 0.011 0.120 127 L 0.016 0.912 0.001 0.005 0.005 0.007 0.009 0.003 0.001 0.001 0.042 128 D 0.020 0.893 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.005 0.001 0.001 0.063 129 L 0.053 0.892 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.011 0.001 0.001 0.031 130 M 0.049 0.890 0.007 0.002 0.003 0.004 0.003 0.019 0.001 0.001 0.024 131 E 0.048 0.776 0.013 0.006 0.007 0.011 0.010 0.044 0.001 0.001 0.083 132 G 0.204 0.369 0.021 0.008 0.008 0.012 0.023 0.089 0.001 0.004 0.262