# TARGET T0302 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 386 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.813 0.133 0.037 0.012 0.004 0.001 0.001 2 M 0.630 0.193 0.102 0.050 0.019 0.006 0.001 3 V 0.566 0.196 0.127 0.074 0.029 0.008 0.001 4 S 0.660 0.216 0.078 0.032 0.010 0.003 0.001 5 P 0.634 0.245 0.086 0.027 0.006 0.001 0.001 6 E 0.810 0.135 0.037 0.013 0.004 0.001 0.001 7 E 0.526 0.269 0.140 0.052 0.011 0.001 0.001 8 A 0.304 0.264 0.228 0.152 0.045 0.006 0.001 9 V 0.524 0.292 0.123 0.049 0.011 0.001 0.001 10 K 0.695 0.234 0.053 0.015 0.003 0.001 0.001 11 W 0.217 0.206 0.229 0.234 0.097 0.017 0.001 12 G 0.154 0.250 0.277 0.209 0.085 0.023 0.001 13 E 0.387 0.351 0.161 0.069 0.024 0.006 0.001 14 S 0.069 0.242 0.322 0.244 0.098 0.025 0.001 15 F 0.008 0.017 0.049 0.186 0.405 0.311 0.024 16 D 0.086 0.312 0.359 0.184 0.049 0.010 0.001 17 K 0.119 0.391 0.304 0.139 0.038 0.008 0.001 18 L 0.040 0.060 0.104 0.277 0.342 0.166 0.011 19 L 0.043 0.099 0.174 0.287 0.271 0.119 0.008 20 S 0.245 0.363 0.222 0.119 0.038 0.011 0.001 21 H 0.147 0.236 0.240 0.221 0.111 0.040 0.004 22 R 0.305 0.264 0.214 0.132 0.058 0.025 0.003 23 D 0.264 0.349 0.214 0.110 0.046 0.016 0.002 24 G 0.068 0.103 0.121 0.191 0.263 0.229 0.025 25 L 0.019 0.053 0.127 0.269 0.328 0.188 0.016 26 E 0.077 0.300 0.356 0.188 0.064 0.014 0.001 27 A 0.032 0.047 0.131 0.312 0.325 0.141 0.012 28 F 0.011 0.008 0.006 0.020 0.135 0.620 0.200 29 T 0.016 0.047 0.182 0.402 0.271 0.078 0.003 30 R 0.061 0.295 0.345 0.218 0.064 0.016 0.001 31 F 0.025 0.036 0.083 0.270 0.353 0.219 0.013 32 L 0.020 0.023 0.057 0.221 0.424 0.246 0.010 33 K 0.279 0.429 0.217 0.063 0.011 0.001 0.001 34 T 0.449 0.364 0.134 0.043 0.009 0.002 0.001 35 E 0.220 0.263 0.223 0.180 0.082 0.029 0.003 36 F 0.213 0.242 0.223 0.185 0.094 0.039 0.005 37 S 0.218 0.203 0.199 0.194 0.119 0.059 0.007 38 E 0.353 0.303 0.186 0.098 0.043 0.016 0.002 39 E 0.222 0.271 0.228 0.165 0.082 0.029 0.003 40 N 0.086 0.090 0.107 0.171 0.263 0.240 0.041 41 I 0.107 0.113 0.163 0.265 0.243 0.101 0.008 42 E 0.081 0.250 0.322 0.230 0.090 0.025 0.002 43 F 0.020 0.014 0.025 0.103 0.313 0.468 0.057 44 W 0.017 0.041 0.079 0.148 0.278 0.382 0.056 45 I 0.108 0.208 0.270 0.232 0.124 0.052 0.006 46 A 0.015 0.062 0.226 0.390 0.244 0.060 0.003 47 C 0.006 0.008 0.017 0.090 0.353 0.484 0.042 48 E 0.106 0.245 0.293 0.241 0.097 0.017 0.001 49 D 0.216 0.450 0.235 0.082 0.015 0.002 0.001 50 F 0.035 0.079 0.216 0.424 0.220 0.026 0.001 51 K 0.240 0.336 0.257 0.135 0.029 0.003 0.001 52 K 0.654 0.263 0.065 0.015 0.002 0.001 0.001 53 S 0.667 0.200 0.083 0.038 0.010 0.001 0.001 54 K 0.755 0.173 0.051 0.016 0.003 0.001 0.001 55 G 0.702 0.204 0.066 0.023 0.005 0.001 0.001 56 P 0.618 0.258 0.090 0.028 0.006 0.001 0.001 57 Q 0.859 0.113 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.520 0.335 0.114 0.027 0.004 0.001 0.001 59 I 0.070 0.129 0.268 0.360 0.153 0.018 0.001 60 H 0.107 0.321 0.344 0.184 0.040 0.004 0.001 61 L 0.251 0.517 0.175 0.045 0.010 0.002 0.001 62 K 0.017 0.102 0.269 0.390 0.187 0.035 0.001 63 A 0.001 0.004 0.015 0.106 0.432 0.419 0.023 64 K 0.020 0.213 0.452 0.256 0.051 0.008 0.001 65 A 0.060 0.343 0.364 0.183 0.042 0.007 0.001 66 I 0.005 0.012 0.027 0.124 0.385 0.420 0.028 67 Y 0.006 0.023 0.084 0.266 0.389 0.222 0.010 68 E 0.142 0.409 0.277 0.129 0.034 0.008 0.001 69 K 0.139 0.267 0.300 0.220 0.062 0.011 0.001 70 F 0.026 0.064 0.152 0.304 0.296 0.148 0.011 71 I 0.094 0.155 0.191 0.229 0.215 0.109 0.009 72 Q 0.343 0.327 0.188 0.105 0.031 0.006 0.001 73 T 0.460 0.322 0.140 0.060 0.014 0.003 0.001 74 D 0.431 0.316 0.159 0.068 0.020 0.005 0.001 75 A 0.325 0.194 0.176 0.172 0.097 0.034 0.003 76 P 0.444 0.271 0.146 0.087 0.036 0.013 0.002 77 K 0.294 0.252 0.184 0.148 0.083 0.034 0.005 78 E 0.251 0.269 0.218 0.157 0.073 0.028 0.003 79 V 0.096 0.099 0.138 0.233 0.253 0.155 0.025 80 N 0.148 0.252 0.264 0.191 0.093 0.044 0.009 81 L 0.105 0.113 0.154 0.244 0.236 0.127 0.021 82 D 0.340 0.330 0.184 0.095 0.034 0.013 0.003 83 F 0.430 0.265 0.149 0.093 0.044 0.017 0.002 84 H 0.480 0.291 0.137 0.065 0.022 0.006 0.001 85 T 0.136 0.181 0.205 0.257 0.164 0.054 0.003 86 K 0.109 0.227 0.312 0.239 0.093 0.019 0.001 87 E 0.452 0.390 0.114 0.034 0.008 0.001 0.001 88 V 0.104 0.252 0.331 0.233 0.068 0.011 0.001 89 I 0.035 0.048 0.102 0.293 0.380 0.139 0.004 90 T 0.142 0.314 0.308 0.185 0.045 0.005 0.001 91 N 0.513 0.365 0.094 0.023 0.004 0.001 0.001 92 S 0.155 0.275 0.286 0.204 0.067 0.013 0.001 93 I 0.062 0.101 0.191 0.320 0.243 0.080 0.003 94 T 0.439 0.354 0.136 0.053 0.014 0.003 0.001 95 Q 0.436 0.288 0.151 0.086 0.031 0.008 0.001 96 P 0.205 0.249 0.241 0.189 0.088 0.025 0.002 97 T 0.182 0.277 0.252 0.175 0.082 0.029 0.003 98 L 0.209 0.239 0.226 0.190 0.099 0.034 0.003 99 H 0.321 0.372 0.175 0.082 0.036 0.012 0.001 100 S 0.059 0.102 0.177 0.307 0.251 0.097 0.008 101 F 0.022 0.054 0.119 0.254 0.325 0.209 0.017 102 D 0.109 0.345 0.347 0.160 0.033 0.005 0.001 103 A 0.080 0.360 0.353 0.166 0.037 0.005 0.001 104 A 0.005 0.016 0.030 0.132 0.402 0.396 0.019 105 Q 0.002 0.015 0.076 0.284 0.410 0.203 0.010 106 S 0.062 0.427 0.376 0.114 0.019 0.003 0.001 107 R 0.013 0.081 0.303 0.433 0.150 0.019 0.001 108 V 0.003 0.007 0.010 0.047 0.273 0.593 0.067 109 Y 0.006 0.044 0.183 0.380 0.296 0.088 0.003 110 Q 0.095 0.451 0.289 0.126 0.030 0.008 0.001 111 L 0.012 0.057 0.202 0.407 0.244 0.073 0.004 112 M 0.006 0.015 0.042 0.187 0.415 0.310 0.025 113 E 0.082 0.321 0.322 0.182 0.073 0.019 0.002 114 Q 0.360 0.380 0.164 0.071 0.019 0.004 0.001 115 D 0.128 0.274 0.307 0.200 0.069 0.020 0.002 116 S 0.129 0.150 0.187 0.246 0.198 0.084 0.006 117 Y 0.161 0.215 0.202 0.209 0.149 0.057 0.006 118 T 0.305 0.314 0.183 0.119 0.053 0.022 0.004 119 R 0.115 0.207 0.255 0.241 0.130 0.048 0.004 120 F 0.068 0.072 0.114 0.224 0.291 0.206 0.026 121 L 0.126 0.191 0.246 0.237 0.136 0.056 0.008 122 K 0.232 0.348 0.228 0.126 0.048 0.016 0.002 123 S 0.195 0.244 0.246 0.203 0.087 0.023 0.002 124 D 0.550 0.298 0.098 0.036 0.013 0.004 0.001 125 I 0.183 0.241 0.264 0.211 0.082 0.018 0.001 126 Y 0.148 0.089 0.113 0.248 0.284 0.113 0.004 127 L 0.253 0.337 0.257 0.125 0.025 0.003 0.001 128 D 0.486 0.352 0.119 0.035 0.007 0.001 0.001 129 L 0.237 0.166 0.205 0.236 0.122 0.034 0.001 130 M 0.253 0.175 0.226 0.221 0.101 0.023 0.001 131 E 0.747 0.200 0.042 0.010 0.002 0.001 0.001 132 G 0.823 0.128 0.034 0.011 0.002 0.001 0.001