# TARGET T0302 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 386 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.476 0.165 0.072 0.113 0.076 0.044 0.027 0.012 0.009 0.004 0.002 2 M 0.382 0.140 0.059 0.127 0.100 0.066 0.056 0.032 0.022 0.011 0.005 3 V 0.141 0.092 0.042 0.075 0.082 0.102 0.145 0.129 0.095 0.056 0.040 4 S 0.112 0.251 0.099 0.175 0.114 0.085 0.069 0.047 0.026 0.012 0.009 5 P 0.152 0.132 0.086 0.148 0.132 0.111 0.103 0.060 0.040 0.023 0.013 6 E 0.516 0.143 0.086 0.119 0.069 0.033 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 7 E 0.240 0.171 0.068 0.188 0.128 0.091 0.065 0.027 0.015 0.005 0.002 8 A 0.029 0.032 0.036 0.057 0.060 0.081 0.174 0.156 0.157 0.129 0.091 9 V 0.071 0.069 0.123 0.159 0.140 0.135 0.151 0.070 0.042 0.026 0.014 10 K 0.105 0.129 0.398 0.203 0.086 0.043 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 11 W 0.026 0.042 0.047 0.065 0.081 0.135 0.234 0.163 0.104 0.067 0.036 12 G 0.162 0.111 0.056 0.118 0.119 0.125 0.128 0.086 0.056 0.026 0.013 13 E 0.342 0.129 0.172 0.154 0.080 0.052 0.033 0.018 0.012 0.006 0.002 14 S 0.065 0.159 0.100 0.184 0.173 0.125 0.099 0.053 0.025 0.012 0.006 15 F 0.004 0.006 0.005 0.013 0.017 0.040 0.127 0.152 0.225 0.208 0.201 16 D 0.077 0.076 0.131 0.224 0.201 0.135 0.086 0.031 0.021 0.011 0.005 17 K 0.039 0.054 0.203 0.287 0.175 0.111 0.082 0.029 0.012 0.006 0.002 18 L 0.002 0.002 0.008 0.009 0.011 0.018 0.085 0.132 0.221 0.274 0.239 19 L 0.006 0.005 0.012 0.013 0.024 0.054 0.161 0.229 0.221 0.166 0.110 20 S 0.023 0.115 0.387 0.205 0.121 0.068 0.038 0.019 0.013 0.007 0.004 21 H 0.035 0.051 0.069 0.102 0.129 0.186 0.238 0.095 0.051 0.028 0.015 22 R 0.576 0.131 0.055 0.102 0.051 0.030 0.025 0.014 0.010 0.005 0.002 23 D 0.323 0.184 0.058 0.146 0.094 0.083 0.065 0.027 0.014 0.005 0.002 24 G 0.037 0.122 0.073 0.080 0.085 0.101 0.125 0.130 0.122 0.075 0.049 25 L 0.012 0.019 0.022 0.079 0.120 0.190 0.274 0.121 0.084 0.047 0.031 26 E 0.171 0.079 0.415 0.203 0.077 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 27 A 0.002 0.007 0.020 0.074 0.091 0.140 0.310 0.175 0.093 0.059 0.029 28 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.023 0.072 0.247 0.331 0.318 29 T 0.002 0.008 0.074 0.118 0.224 0.249 0.211 0.063 0.030 0.016 0.005 30 R 0.015 0.030 0.612 0.159 0.082 0.056 0.027 0.012 0.004 0.002 0.001 31 F 0.001 0.002 0.011 0.016 0.020 0.050 0.237 0.207 0.207 0.151 0.097 32 L 0.002 0.003 0.011 0.006 0.010 0.026 0.118 0.175 0.238 0.241 0.169 33 K 0.011 0.043 0.325 0.203 0.163 0.117 0.084 0.024 0.016 0.010 0.004 34 T 0.060 0.066 0.438 0.173 0.105 0.085 0.052 0.012 0.006 0.003 0.001 35 E 0.147 0.069 0.098 0.147 0.082 0.100 0.185 0.081 0.050 0.028 0.012 36 F 0.057 0.083 0.054 0.083 0.069 0.104 0.221 0.140 0.093 0.059 0.037 37 S 0.051 0.087 0.119 0.117 0.106 0.120 0.156 0.097 0.072 0.046 0.028 38 E 0.227 0.141 0.275 0.196 0.094 0.042 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 39 E 0.129 0.124 0.115 0.175 0.146 0.127 0.102 0.044 0.024 0.010 0.003 40 N 0.009 0.021 0.020 0.052 0.058 0.086 0.187 0.174 0.178 0.127 0.088 41 I 0.004 0.004 0.014 0.020 0.034 0.080 0.193 0.189 0.203 0.159 0.099 42 E 0.015 0.041 0.299 0.280 0.188 0.099 0.047 0.018 0.008 0.003 0.001 43 F 0.001 0.001 0.008 0.008 0.011 0.028 0.115 0.151 0.225 0.257 0.196 44 W 0.001 0.001 0.008 0.011 0.019 0.037 0.133 0.168 0.243 0.224 0.156 45 I 0.011 0.014 0.156 0.098 0.094 0.117 0.187 0.124 0.095 0.072 0.032 46 A 0.006 0.045 0.134 0.193 0.182 0.185 0.155 0.065 0.023 0.009 0.003 47 C 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.013 0.079 0.111 0.242 0.282 0.259 48 E 0.089 0.064 0.136 0.190 0.175 0.125 0.131 0.041 0.025 0.017 0.007 49 D 0.070 0.115 0.307 0.280 0.121 0.059 0.031 0.010 0.004 0.002 0.001 50 F 0.009 0.006 0.017 0.015 0.024 0.059 0.207 0.180 0.193 0.162 0.127 51 K 0.142 0.131 0.120 0.177 0.115 0.098 0.117 0.045 0.029 0.016 0.009 52 K 0.128 0.128 0.353 0.204 0.096 0.045 0.029 0.009 0.005 0.002 0.001 53 S 0.200 0.079 0.101 0.088 0.089 0.103 0.155 0.090 0.047 0.029 0.018 54 K 0.484 0.238 0.055 0.096 0.050 0.035 0.022 0.011 0.006 0.002 0.001 55 G 0.303 0.288 0.116 0.093 0.066 0.048 0.033 0.025 0.017 0.007 0.003 56 P 0.212 0.158 0.056 0.149 0.147 0.114 0.093 0.039 0.019 0.008 0.006 57 Q 0.623 0.128 0.101 0.084 0.036 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 58 Q 0.125 0.105 0.140 0.248 0.147 0.108 0.078 0.028 0.014 0.006 0.002 59 I 0.005 0.024 0.042 0.028 0.033 0.074 0.172 0.188 0.205 0.144 0.083 60 H 0.005 0.020 0.063 0.154 0.197 0.225 0.216 0.069 0.030 0.016 0.006 61 L 0.087 0.041 0.660 0.118 0.039 0.026 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 62 K 0.011 0.051 0.075 0.190 0.182 0.211 0.183 0.069 0.021 0.006 0.001 63 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.052 0.106 0.265 0.301 0.261 64 K 0.014 0.033 0.146 0.243 0.269 0.169 0.096 0.018 0.007 0.004 0.001 65 A 0.039 0.049 0.608 0.186 0.064 0.033 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 66 I 0.001 0.001 0.006 0.005 0.007 0.022 0.125 0.168 0.234 0.231 0.199 67 Y 0.003 0.008 0.015 0.016 0.030 0.083 0.217 0.214 0.196 0.142 0.077 68 E 0.007 0.025 0.433 0.215 0.145 0.084 0.050 0.014 0.013 0.010 0.004 69 K 0.038 0.041 0.325 0.231 0.137 0.115 0.090 0.017 0.005 0.002 0.001 70 F 0.005 0.004 0.011 0.021 0.017 0.032 0.159 0.187 0.211 0.217 0.134 71 I 0.004 0.007 0.010 0.011 0.018 0.043 0.154 0.220 0.209 0.178 0.147 72 Q 0.046 0.108 0.287 0.195 0.140 0.084 0.059 0.032 0.023 0.015 0.010 73 T 0.196 0.149 0.172 0.174 0.130 0.087 0.055 0.018 0.011 0.006 0.003 74 D 0.486 0.187 0.047 0.113 0.069 0.039 0.028 0.015 0.010 0.004 0.002 75 A 0.077 0.051 0.008 0.040 0.050 0.084 0.184 0.185 0.151 0.099 0.071 76 P 0.199 0.198 0.104 0.164 0.120 0.076 0.050 0.034 0.027 0.015 0.011 77 K 0.087 0.093 0.129 0.201 0.146 0.111 0.110 0.047 0.037 0.025 0.014 78 E 0.100 0.088 0.096 0.194 0.176 0.125 0.101 0.054 0.035 0.021 0.010 79 V 0.009 0.008 0.009 0.021 0.026 0.051 0.157 0.164 0.212 0.192 0.149 80 N 0.092 0.135 0.112 0.220 0.144 0.097 0.081 0.058 0.032 0.019 0.011 81 L 0.008 0.015 0.016 0.021 0.031 0.058 0.123 0.168 0.206 0.195 0.160 82 D 0.206 0.218 0.076 0.188 0.146 0.086 0.045 0.020 0.011 0.004 0.002 83 F 0.352 0.097 0.060 0.124 0.083 0.068 0.077 0.047 0.045 0.030 0.016 84 H 0.284 0.193 0.057 0.167 0.115 0.077 0.058 0.026 0.014 0.006 0.003 85 T 0.025 0.088 0.040 0.065 0.057 0.080 0.147 0.151 0.170 0.110 0.068 86 K 0.022 0.040 0.046 0.129 0.186 0.214 0.202 0.078 0.043 0.026 0.014 87 E 0.268 0.094 0.378 0.165 0.055 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 88 V 0.014 0.026 0.044 0.151 0.154 0.185 0.259 0.104 0.038 0.017 0.006 89 I 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.007 0.041 0.092 0.236 0.310 0.304 90 T 0.009 0.025 0.107 0.175 0.246 0.198 0.158 0.044 0.020 0.013 0.004 91 N 0.043 0.049 0.694 0.125 0.047 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 92 S 0.029 0.030 0.045 0.098 0.098 0.147 0.294 0.141 0.069 0.034 0.015 93 I 0.026 0.018 0.013 0.016 0.024 0.053 0.158 0.212 0.210 0.161 0.110 94 T 0.131 0.142 0.191 0.234 0.132 0.072 0.051 0.022 0.014 0.007 0.004 95 Q 0.323 0.178 0.223 0.140 0.074 0.035 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 96 P 0.091 0.072 0.022 0.063 0.075 0.098 0.165 0.141 0.126 0.084 0.062 97 T 0.228 0.270 0.048 0.134 0.103 0.084 0.061 0.037 0.023 0.008 0.004 98 L 0.137 0.070 0.067 0.154 0.143 0.127 0.119 0.069 0.057 0.036 0.020 99 H 0.346 0.144 0.150 0.177 0.088 0.049 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 100 S 0.004 0.024 0.015 0.044 0.051 0.075 0.170 0.196 0.196 0.140 0.087 101 F 0.002 0.005 0.008 0.013 0.024 0.059 0.147 0.192 0.218 0.174 0.157 102 D 0.089 0.072 0.284 0.253 0.159 0.079 0.038 0.014 0.007 0.003 0.001 103 A 0.046 0.056 0.170 0.301 0.182 0.136 0.076 0.024 0.007 0.002 0.001 104 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.026 0.069 0.263 0.337 0.295 105 Q 0.001 0.005 0.015 0.037 0.093 0.229 0.362 0.139 0.068 0.037 0.014 106 S 0.008 0.020 0.780 0.114 0.041 0.021 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 107 R 0.004 0.013 0.067 0.135 0.138 0.248 0.304 0.074 0.012 0.004 0.001 108 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.025 0.067 0.254 0.345 0.299 109 Y 0.003 0.006 0.048 0.052 0.118 0.221 0.321 0.112 0.063 0.041 0.015 110 Q 0.009 0.032 0.662 0.165 0.072 0.034 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 111 L 0.003 0.006 0.036 0.042 0.049 0.123 0.344 0.186 0.111 0.067 0.032 112 M 0.006 0.008 0.030 0.019 0.016 0.031 0.122 0.137 0.219 0.236 0.177 113 E 0.013 0.031 0.183 0.143 0.149 0.163 0.189 0.054 0.037 0.027 0.011 114 Q 0.041 0.067 0.442 0.197 0.103 0.071 0.049 0.015 0.008 0.005 0.002 115 D 0.070 0.059 0.090 0.119 0.093 0.137 0.227 0.105 0.057 0.031 0.013 116 S 0.075 0.092 0.064 0.083 0.068 0.087 0.158 0.141 0.108 0.076 0.048 117 Y 0.066 0.070 0.068 0.103 0.110 0.133 0.166 0.105 0.084 0.054 0.039 118 T 0.206 0.143 0.205 0.188 0.114 0.064 0.040 0.016 0.013 0.007 0.004 119 R 0.086 0.077 0.067 0.192 0.163 0.135 0.151 0.062 0.039 0.020 0.009 120 F 0.027 0.016 0.027 0.035 0.033 0.045 0.119 0.126 0.202 0.198 0.172 121 L 0.036 0.052 0.078 0.130 0.109 0.126 0.191 0.108 0.079 0.054 0.037 122 K 0.024 0.116 0.195 0.168 0.135 0.116 0.106 0.063 0.040 0.024 0.011 123 S 0.034 0.036 0.041 0.087 0.099 0.148 0.226 0.137 0.096 0.059 0.037 124 D 0.497 0.132 0.109 0.119 0.067 0.037 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 125 I 0.046 0.069 0.055 0.143 0.137 0.147 0.186 0.102 0.066 0.034 0.016 126 Y 0.007 0.015 0.028 0.029 0.033 0.052 0.139 0.144 0.207 0.184 0.161 127 L 0.018 0.023 0.099 0.136 0.169 0.175 0.208 0.073 0.051 0.034 0.015 128 D 0.051 0.059 0.532 0.207 0.080 0.040 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 129 L 0.005 0.008 0.024 0.037 0.040 0.083 0.283 0.195 0.148 0.113 0.065 130 M 0.018 0.020 0.030 0.026 0.037 0.069 0.189 0.203 0.178 0.141 0.090 131 E 0.111 0.148 0.307 0.225 0.112 0.054 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 132 G 0.280 0.151 0.244 0.122 0.090 0.059 0.031 0.013 0.007 0.003 0.001