# TARGET T0302 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 386 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.030 0.005 0.018 0.015 0.019 0.067 0.006 0.839 2 M 0.037 0.006 0.024 0.017 0.028 0.046 0.005 0.838 3 V 0.044 0.006 0.028 0.022 0.037 0.078 0.007 0.777 4 S 0.029 0.006 0.015 0.024 0.036 0.136 0.003 0.751 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 6 E 0.008 0.003 0.006 0.008 0.022 0.435 0.002 0.517 7 E 0.247 0.014 0.005 0.005 0.008 0.318 0.009 0.394 8 A 0.215 0.342 0.019 0.017 0.035 0.054 0.004 0.313 9 V 0.063 0.427 0.043 0.044 0.069 0.076 0.008 0.269 10 K 0.087 0.276 0.030 0.035 0.049 0.058 0.016 0.449 11 W 0.147 0.302 0.028 0.023 0.054 0.043 0.020 0.383 12 G 0.184 0.198 0.032 0.029 0.048 0.073 0.034 0.402 13 E 0.120 0.085 0.039 0.012 0.019 0.112 0.017 0.597 14 S 0.057 0.123 0.013 0.010 0.015 0.210 0.010 0.561 15 F 0.127 0.225 0.035 0.011 0.042 0.062 0.012 0.486 16 D 0.035 0.199 0.018 0.007 0.019 0.267 0.007 0.448 17 K 0.086 0.257 0.005 0.003 0.010 0.398 0.010 0.231 18 L 0.040 0.911 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.036 19 L 0.032 0.892 0.006 0.003 0.005 0.007 0.009 0.046 20 S 0.365 0.420 0.016 0.006 0.006 0.015 0.064 0.110 21 H 0.624 0.146 0.036 0.004 0.006 0.008 0.065 0.111 22 R 0.055 0.078 0.036 0.004 0.006 0.042 0.014 0.766 23 D 0.013 0.035 0.014 0.003 0.004 0.225 0.007 0.699 24 G 0.095 0.105 0.017 0.003 0.006 0.287 0.010 0.477 25 L 0.050 0.337 0.033 0.002 0.007 0.134 0.003 0.435 26 E 0.013 0.388 0.005 0.002 0.003 0.225 0.002 0.361 27 A 0.011 0.905 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.067 28 F 0.006 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 29 T 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 30 R 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 31 F 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 32 L 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 33 K 0.013 0.959 0.004 0.002 0.002 0.002 0.005 0.015 34 T 0.054 0.860 0.005 0.002 0.002 0.006 0.024 0.047 35 E 0.117 0.752 0.010 0.004 0.002 0.007 0.033 0.076 36 F 0.108 0.564 0.035 0.010 0.008 0.041 0.036 0.197 37 S 0.107 0.300 0.041 0.013 0.022 0.112 0.029 0.375 38 E 0.045 0.218 0.021 0.006 0.017 0.067 0.010 0.616 39 E 0.024 0.221 0.008 0.003 0.005 0.215 0.009 0.515 40 N 0.069 0.395 0.006 0.004 0.003 0.181 0.018 0.325 41 I 0.070 0.798 0.007 0.005 0.006 0.021 0.005 0.089 42 E 0.021 0.791 0.016 0.018 0.027 0.047 0.003 0.077 43 F 0.011 0.859 0.006 0.024 0.022 0.013 0.004 0.062 44 W 0.015 0.909 0.006 0.010 0.024 0.005 0.002 0.028 45 I 0.004 0.927 0.004 0.015 0.015 0.006 0.002 0.028 46 A 0.006 0.954 0.002 0.004 0.007 0.003 0.002 0.021 47 C 0.020 0.916 0.003 0.005 0.012 0.004 0.008 0.033 48 E 0.021 0.903 0.004 0.005 0.007 0.006 0.008 0.047 49 D 0.052 0.784 0.004 0.005 0.005 0.007 0.023 0.120 50 F 0.180 0.611 0.015 0.007 0.010 0.014 0.038 0.126 51 K 0.066 0.685 0.019 0.014 0.013 0.026 0.019 0.158 52 K 0.075 0.297 0.025 0.011 0.015 0.047 0.042 0.489 53 S 0.195 0.282 0.039 0.013 0.013 0.047 0.040 0.370 54 K 0.076 0.106 0.034 0.007 0.008 0.063 0.032 0.675 55 G 0.029 0.021 0.011 0.005 0.006 0.123 0.005 0.800 56 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 57 Q 0.008 0.010 0.004 0.003 0.009 0.329 0.002 0.636 58 Q 0.206 0.034 0.002 0.002 0.002 0.353 0.005 0.395 59 I 0.049 0.779 0.003 0.003 0.004 0.021 0.001 0.140 60 H 0.011 0.875 0.003 0.002 0.006 0.017 0.001 0.086 61 L 0.010 0.915 0.002 0.002 0.002 0.010 0.001 0.058 62 K 0.015 0.944 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.030 63 A 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 64 K 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 65 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 66 I 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 67 Y 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 68 E 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 69 K 0.013 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 70 F 0.035 0.921 0.005 0.003 0.002 0.001 0.013 0.018 71 I 0.041 0.813 0.043 0.017 0.015 0.007 0.016 0.048 72 Q 0.067 0.520 0.059 0.044 0.048 0.034 0.032 0.196 73 T 0.093 0.225 0.035 0.021 0.032 0.032 0.040 0.522 74 D 0.073 0.103 0.029 0.016 0.015 0.046 0.073 0.646 75 A 0.324 0.019 0.041 0.022 0.019 0.119 0.036 0.421 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 77 K 0.009 0.004 0.068 0.088 0.167 0.133 0.005 0.526 78 E 0.100 0.004 0.043 0.015 0.028 0.048 0.003 0.758 79 V 0.066 0.019 0.236 0.147 0.145 0.047 0.005 0.336 80 N 0.041 0.007 0.085 0.057 0.063 0.069 0.004 0.674 81 L 0.047 0.015 0.243 0.074 0.120 0.061 0.004 0.435 82 D 0.014 0.008 0.021 0.016 0.052 0.349 0.003 0.537 83 F 0.045 0.010 0.008 0.006 0.017 0.112 0.004 0.799 84 H 0.027 0.035 0.004 0.003 0.005 0.518 0.003 0.404 85 T 0.091 0.157 0.006 0.005 0.010 0.318 0.010 0.402 86 K 0.023 0.729 0.007 0.006 0.012 0.025 0.003 0.196 87 E 0.007 0.775 0.004 0.005 0.010 0.040 0.003 0.155 88 V 0.020 0.875 0.002 0.003 0.005 0.011 0.003 0.081 89 I 0.007 0.968 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.016 90 T 0.004 0.970 0.002 0.002 0.004 0.002 0.002 0.014 91 N 0.016 0.939 0.002 0.003 0.002 0.002 0.008 0.027 92 S 0.167 0.698 0.007 0.005 0.004 0.005 0.054 0.060 93 I 0.156 0.562 0.037 0.014 0.014 0.013 0.043 0.161 94 T 0.088 0.305 0.070 0.027 0.040 0.117 0.069 0.285 95 Q 0.161 0.104 0.051 0.026 0.022 0.066 0.023 0.546 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 97 T 0.026 0.021 0.037 0.017 0.032 0.221 0.007 0.641 98 L 0.076 0.033 0.034 0.007 0.012 0.045 0.006 0.788 99 H 0.045 0.065 0.015 0.012 0.019 0.276 0.006 0.562 100 S 0.194 0.081 0.012 0.005 0.011 0.329 0.006 0.363 101 F 0.064 0.645 0.018 0.008 0.012 0.042 0.004 0.206 102 D 0.020 0.490 0.011 0.005 0.015 0.109 0.006 0.344 103 A 0.026 0.672 0.002 0.002 0.004 0.063 0.003 0.227 104 A 0.013 0.930 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.039 105 Q 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 106 S 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 107 R 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 108 V 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 109 Y 0.001 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 110 Q 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 111 L 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 112 M 0.012 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 113 E 0.093 0.844 0.008 0.003 0.002 0.004 0.023 0.024 114 Q 0.112 0.753 0.020 0.005 0.003 0.005 0.042 0.061 115 D 0.369 0.306 0.024 0.007 0.006 0.014 0.092 0.182 116 S 0.176 0.157 0.104 0.015 0.013 0.069 0.056 0.411 117 Y 0.063 0.081 0.160 0.018 0.034 0.239 0.021 0.384 118 T 0.032 0.049 0.052 0.011 0.019 0.200 0.007 0.630 119 R 0.040 0.135 0.036 0.010 0.016 0.185 0.006 0.574 120 F 0.094 0.379 0.050 0.013 0.023 0.119 0.009 0.313 121 L 0.112 0.454 0.066 0.038 0.043 0.075 0.017 0.195 122 K 0.104 0.422 0.057 0.034 0.048 0.070 0.017 0.248 123 S 0.112 0.342 0.049 0.021 0.049 0.052 0.024 0.351 124 D 0.054 0.202 0.019 0.007 0.016 0.048 0.011 0.644 125 I 0.038 0.229 0.010 0.005 0.009 0.262 0.009 0.439 126 Y 0.057 0.397 0.008 0.004 0.011 0.275 0.010 0.237 127 L 0.016 0.909 0.003 0.001 0.004 0.007 0.001 0.059 128 D 0.004 0.950 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.037 129 L 0.024 0.932 0.003 0.001 0.002 0.003 0.007 0.028 130 M 0.057 0.908 0.002 0.002 0.003 0.002 0.009 0.016 131 E 0.154 0.671 0.020 0.010 0.013 0.016 0.048 0.067 132 G 0.342 0.335 0.015 0.006 0.006 0.011 0.070 0.214