# TARGET T0302 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 386 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 2 M 0.040 0.040 0.004 0.005 0.008 0.014 0.889 3 V 0.052 0.030 0.004 0.008 0.118 0.024 0.763 4 S 0.031 0.012 0.003 0.007 0.059 0.017 0.872 5 P 0.026 0.007 0.034 0.480 0.111 0.077 0.264 6 E 0.014 0.002 0.032 0.717 0.079 0.037 0.119 7 E 0.022 0.006 0.057 0.693 0.029 0.032 0.160 8 A 0.033 0.017 0.045 0.635 0.026 0.030 0.215 9 V 0.050 0.015 0.066 0.538 0.061 0.078 0.192 10 K 0.043 0.017 0.071 0.378 0.081 0.261 0.150 11 W 0.041 0.008 0.033 0.197 0.176 0.312 0.232 12 G 0.049 0.012 0.038 0.063 0.242 0.151 0.445 13 E 0.034 0.021 0.014 0.046 0.360 0.038 0.487 14 S 0.008 0.043 0.004 0.065 0.061 0.017 0.802 15 F 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.004 0.002 16 D 0.001 0.001 0.007 0.991 0.001 0.001 0.001 17 K 0.001 0.001 0.018 0.980 0.001 0.002 0.001 18 L 0.001 0.001 0.025 0.964 0.001 0.010 0.001 19 L 0.001 0.001 0.021 0.820 0.001 0.154 0.001 20 S 0.001 0.001 0.012 0.351 0.007 0.623 0.005 21 H 0.001 0.001 0.002 0.052 0.359 0.044 0.542 22 R 0.001 0.001 0.050 0.654 0.048 0.197 0.050 23 D 0.001 0.002 0.066 0.743 0.020 0.154 0.015 24 G 0.001 0.002 0.042 0.886 0.006 0.042 0.020 25 L 0.001 0.001 0.003 0.983 0.002 0.005 0.006 26 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 28 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 29 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 30 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 31 F 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 32 L 0.001 0.001 0.003 0.964 0.002 0.027 0.004 33 K 0.001 0.001 0.010 0.870 0.011 0.094 0.013 34 T 0.001 0.001 0.017 0.695 0.044 0.203 0.040 35 E 0.001 0.003 0.012 0.497 0.066 0.319 0.102 36 F 0.001 0.007 0.012 0.246 0.146 0.296 0.290 37 S 0.002 0.003 0.014 0.086 0.097 0.042 0.756 38 E 0.001 0.001 0.179 0.697 0.025 0.082 0.017 39 E 0.001 0.001 0.121 0.764 0.013 0.088 0.013 40 N 0.001 0.001 0.044 0.916 0.003 0.025 0.011 41 I 0.001 0.001 0.003 0.980 0.002 0.004 0.008 42 E 0.002 0.001 0.002 0.987 0.002 0.004 0.003 43 F 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 44 W 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 45 I 0.003 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.001 46 A 0.002 0.001 0.002 0.981 0.001 0.012 0.003 47 C 0.002 0.001 0.006 0.963 0.002 0.018 0.009 48 E 0.005 0.001 0.020 0.921 0.010 0.034 0.010 49 D 0.010 0.002 0.034 0.831 0.009 0.098 0.017 50 F 0.012 0.004 0.066 0.692 0.020 0.146 0.061 51 K 0.022 0.013 0.058 0.497 0.079 0.192 0.140 52 K 0.021 0.005 0.061 0.297 0.120 0.213 0.283 53 S 0.017 0.006 0.025 0.205 0.204 0.138 0.405 54 K 0.010 0.006 0.008 0.138 0.332 0.115 0.392 55 G 0.005 0.003 0.002 0.046 0.199 0.018 0.728 56 P 0.001 0.001 0.019 0.794 0.023 0.084 0.077 57 Q 0.001 0.001 0.008 0.933 0.014 0.026 0.017 58 Q 0.002 0.001 0.009 0.952 0.004 0.007 0.025 59 I 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.004 0.010 60 H 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.004 0.006 61 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 0.001 62 K 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.003 63 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.002 64 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 68 E 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.009 0.001 69 K 0.001 0.001 0.004 0.930 0.001 0.063 0.001 70 F 0.001 0.001 0.017 0.725 0.007 0.235 0.015 71 I 0.003 0.016 0.017 0.585 0.083 0.171 0.126 72 Q 0.004 0.004 0.035 0.104 0.086 0.086 0.683 73 T 0.001 0.001 0.110 0.180 0.108 0.557 0.043 74 D 0.002 0.003 0.095 0.046 0.112 0.659 0.083 75 A 0.011 0.012 0.025 0.008 0.187 0.024 0.733 76 P 0.034 0.019 0.031 0.021 0.090 0.049 0.756 77 K 0.227 0.017 0.058 0.043 0.231 0.066 0.357 78 E 0.375 0.029 0.054 0.060 0.068 0.036 0.378 79 V 0.442 0.053 0.019 0.045 0.057 0.023 0.361 80 N 0.171 0.016 0.004 0.016 0.024 0.027 0.742 81 L 0.041 0.013 0.005 0.019 0.075 0.051 0.797 82 D 0.019 0.011 0.005 0.059 0.055 0.049 0.801 83 F 0.002 0.001 0.016 0.786 0.049 0.124 0.023 84 H 0.002 0.001 0.007 0.906 0.010 0.050 0.023 85 T 0.002 0.001 0.004 0.965 0.003 0.009 0.016 86 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.002 0.005 87 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 88 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 89 I 0.002 0.001 0.002 0.983 0.001 0.007 0.004 90 T 0.005 0.001 0.007 0.957 0.005 0.019 0.006 91 N 0.004 0.001 0.010 0.858 0.005 0.115 0.008 92 S 0.003 0.001 0.014 0.700 0.014 0.226 0.041 93 I 0.014 0.014 0.020 0.371 0.143 0.147 0.292 94 T 0.026 0.010 0.023 0.193 0.195 0.219 0.334 95 Q 0.021 0.010 0.011 0.041 0.292 0.078 0.546 96 P 0.013 0.013 0.008 0.018 0.180 0.062 0.706 97 T 0.010 0.014 0.008 0.013 0.116 0.033 0.807 98 L 0.002 0.003 0.221 0.535 0.039 0.154 0.045 99 H 0.001 0.002 0.213 0.553 0.026 0.170 0.037 100 S 0.002 0.007 0.159 0.661 0.030 0.080 0.062 101 F 0.001 0.002 0.008 0.932 0.011 0.012 0.035 102 D 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.002 103 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 105 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 106 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 107 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 108 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 110 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 112 M 0.001 0.001 0.004 0.966 0.002 0.024 0.003 113 E 0.001 0.001 0.011 0.842 0.007 0.130 0.009 114 Q 0.001 0.001 0.017 0.632 0.026 0.305 0.019 115 D 0.002 0.002 0.013 0.350 0.179 0.279 0.176 116 S 0.004 0.013 0.020 0.232 0.176 0.194 0.361 117 Y 0.009 0.010 0.039 0.367 0.159 0.062 0.354 118 T 0.005 0.002 0.233 0.502 0.048 0.082 0.127 119 R 0.007 0.002 0.312 0.513 0.035 0.096 0.035 120 F 0.010 0.005 0.405 0.379 0.025 0.143 0.032 121 L 0.020 0.034 0.187 0.375 0.050 0.261 0.074 122 K 0.013 0.009 0.068 0.304 0.088 0.356 0.162 123 S 0.012 0.004 0.013 0.156 0.325 0.049 0.442 124 D 0.001 0.001 0.031 0.872 0.017 0.064 0.014 125 I 0.002 0.001 0.021 0.912 0.007 0.048 0.009 126 Y 0.001 0.001 0.013 0.965 0.001 0.011 0.007 127 L 0.003 0.001 0.025 0.950 0.002 0.013 0.006 128 D 0.006 0.001 0.035 0.888 0.006 0.052 0.012 129 L 0.008 0.002 0.081 0.740 0.020 0.117 0.033 130 M 0.014 0.016 0.030 0.609 0.085 0.175 0.072 131 E 0.008 0.006 0.013 0.331 0.017 0.479 0.146 132 G 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.007 0.967