# TARGET T0301 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 115 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.010 0.011 0.025 0.170 0.761 2 A 0.046 0.025 0.016 0.031 0.186 0.695 3 H 0.064 0.044 0.018 0.022 0.326 0.526 4 P 0.061 0.017 0.030 0.027 0.377 0.489 5 P 0.066 0.012 0.034 0.027 0.354 0.508 6 Q 0.197 0.034 0.049 0.024 0.381 0.314 7 I 0.307 0.031 0.024 0.022 0.260 0.357 8 R 0.335 0.033 0.011 0.016 0.179 0.426 9 I 0.318 0.029 0.007 0.011 0.179 0.457 10 P 0.233 0.006 0.008 0.013 0.132 0.608 11 A 0.646 0.008 0.026 0.038 0.092 0.190 12 T 0.876 0.009 0.009 0.019 0.032 0.056 13 Y 0.887 0.011 0.008 0.021 0.033 0.040 14 L 0.746 0.008 0.010 0.026 0.071 0.139 15 R 0.452 0.017 0.014 0.034 0.185 0.297 16 G 0.176 0.019 0.014 0.028 0.316 0.447 17 G 0.095 0.017 0.016 0.027 0.360 0.485 18 T 0.072 0.020 0.023 0.022 0.301 0.561 19 S 0.096 0.029 0.038 0.129 0.338 0.369 20 K 0.115 0.012 0.059 0.204 0.447 0.164 21 G 0.152 0.017 0.054 0.130 0.469 0.178 22 V 0.237 0.011 0.073 0.172 0.382 0.126 23 F 0.334 0.019 0.082 0.113 0.361 0.091 24 F 0.520 0.073 0.030 0.059 0.198 0.120 25 R 0.286 0.026 0.017 0.049 0.364 0.257 26 L 0.028 0.008 0.280 0.086 0.517 0.081 27 E 0.012 0.004 0.236 0.045 0.609 0.095 28 D 0.013 0.010 0.208 0.037 0.597 0.136 29 L 0.020 0.014 0.008 0.012 0.418 0.527 30 P 0.011 0.012 0.007 0.014 0.225 0.730 31 E 0.017 0.018 0.032 0.082 0.344 0.508 32 S 0.013 0.004 0.051 0.151 0.311 0.470 33 C 0.007 0.004 0.110 0.544 0.206 0.130 34 R 0.005 0.003 0.087 0.661 0.135 0.110 35 V 0.003 0.004 0.082 0.705 0.112 0.093 36 P 0.001 0.001 0.043 0.810 0.067 0.079 37 G 0.001 0.001 0.026 0.785 0.060 0.129 38 E 0.001 0.001 0.035 0.941 0.014 0.010 39 A 0.001 0.001 0.036 0.948 0.012 0.004 40 R 0.001 0.001 0.033 0.945 0.017 0.004 41 D 0.001 0.001 0.026 0.934 0.028 0.012 42 R 0.001 0.001 0.020 0.887 0.058 0.035 43 L 0.001 0.009 0.030 0.881 0.054 0.025 44 F 0.005 0.025 0.071 0.673 0.166 0.061 45 M 0.005 0.001 0.153 0.622 0.157 0.062 46 R 0.007 0.003 0.161 0.553 0.162 0.113 47 V 0.009 0.014 0.079 0.482 0.284 0.133 48 I 0.012 0.011 0.024 0.221 0.339 0.393 49 G 0.003 0.007 0.009 0.017 0.226 0.737 50 S 0.006 0.022 0.006 0.010 0.245 0.711 51 P 0.006 0.013 0.006 0.007 0.120 0.848 52 D 0.030 0.066 0.023 0.010 0.465 0.405 53 P 0.054 0.015 0.057 0.014 0.644 0.216 54 Y 0.033 0.024 0.100 0.014 0.639 0.190 55 A 0.047 0.017 0.097 0.021 0.622 0.195 56 A 0.123 0.058 0.095 0.029 0.351 0.343 57 H 0.148 0.064 0.103 0.031 0.409 0.245 58 I 0.115 0.029 0.155 0.041 0.494 0.166 59 D 0.075 0.015 0.129 0.033 0.492 0.256 60 G 0.056 0.006 0.073 0.031 0.602 0.232 61 M 0.064 0.026 0.043 0.030 0.542 0.295 62 G 0.094 0.026 0.030 0.017 0.557 0.275 63 G 0.132 0.022 0.043 0.023 0.584 0.195 64 A 0.143 0.045 0.076 0.020 0.495 0.221 65 T 0.137 0.033 0.101 0.017 0.495 0.218 66 S 0.122 0.009 0.147 0.013 0.500 0.209 67 S 0.154 0.018 0.131 0.012 0.481 0.205 68 T 0.277 0.052 0.041 0.005 0.414 0.210 69 S 0.223 0.008 0.023 0.004 0.371 0.372 70 K 0.545 0.006 0.011 0.005 0.167 0.265 71 C 0.909 0.009 0.002 0.002 0.030 0.048 72 V 0.961 0.002 0.001 0.002 0.011 0.024 73 I 0.974 0.002 0.001 0.001 0.005 0.018 74 L 0.941 0.002 0.001 0.001 0.010 0.045 75 S 0.792 0.008 0.002 0.003 0.059 0.135 76 K 0.378 0.018 0.012 0.008 0.233 0.351 77 S 0.166 0.023 0.036 0.010 0.428 0.337 78 S 0.091 0.034 0.044 0.011 0.414 0.406 79 Q 0.037 0.015 0.021 0.008 0.819 0.100 80 P 0.016 0.006 0.032 0.013 0.869 0.064 81 G 0.020 0.003 0.020 0.005 0.883 0.070 82 H 0.199 0.018 0.011 0.003 0.701 0.069 83 D 0.483 0.034 0.004 0.001 0.169 0.308 84 V 0.859 0.016 0.002 0.001 0.036 0.086 85 D 0.937 0.002 0.003 0.001 0.019 0.039 86 Y 0.939 0.001 0.002 0.001 0.016 0.041 87 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 88 Y 0.969 0.002 0.001 0.001 0.009 0.019 89 G 0.939 0.001 0.001 0.001 0.020 0.037 90 Q 0.931 0.002 0.002 0.001 0.020 0.044 91 V 0.909 0.007 0.001 0.001 0.020 0.063 92 S 0.786 0.017 0.001 0.001 0.079 0.116 93 I 0.378 0.022 0.004 0.001 0.295 0.299 94 D 0.140 0.015 0.012 0.003 0.451 0.380 95 K 0.166 0.009 0.083 0.009 0.563 0.170 96 P 0.254 0.013 0.110 0.021 0.362 0.240 97 F 0.401 0.057 0.096 0.026 0.270 0.151 98 V 0.429 0.113 0.029 0.022 0.220 0.187 99 D 0.213 0.063 0.023 0.027 0.423 0.250 100 W 0.057 0.009 0.093 0.045 0.658 0.138 101 S 0.022 0.008 0.103 0.021 0.723 0.122 102 G 0.017 0.010 0.073 0.011 0.805 0.084 103 N 0.031 0.011 0.026 0.019 0.656 0.258 104 C 0.040 0.022 0.016 0.046 0.556 0.320 105 G 0.074 0.019 0.013 0.051 0.476 0.367 106 N 0.091 0.035 0.033 0.226 0.345 0.270 107 L 0.088 0.017 0.100 0.313 0.288 0.194 108 S 0.124 0.018 0.105 0.366 0.242 0.145 109 T 0.145 0.009 0.122 0.412 0.187 0.124 110 G 0.108 0.010 0.106 0.583 0.114 0.079 111 A 0.071 0.019 0.089 0.658 0.095 0.067 112 G 0.037 0.002 0.046 0.775 0.090 0.050 113 A 0.009 0.001 0.027 0.928 0.027 0.008 114 F 0.016 0.002 0.037 0.885 0.046 0.013 115 A 0.015 0.001 0.042 0.878 0.050 0.014 116 L 0.035 0.003 0.050 0.820 0.065 0.027 117 H 0.034 0.004 0.038 0.823 0.068 0.033 118 A 0.039 0.004 0.027 0.629 0.143 0.158 119 G 0.066 0.002 0.012 0.069 0.224 0.626 120 L 0.253 0.039 0.012 0.057 0.228 0.410 121 V 0.355 0.059 0.013 0.041 0.199 0.333 122 D 0.283 0.014 0.066 0.037 0.332 0.268 123 P 0.206 0.012 0.237 0.023 0.313 0.208 124 A 0.182 0.010 0.153 0.017 0.383 0.255 125 R 0.274 0.034 0.056 0.007 0.296 0.332 126 I 0.219 0.160 0.010 0.004 0.202 0.404 127 P 0.040 0.021 0.016 0.008 0.784 0.131 128 E 0.006 0.002 0.073 0.014 0.870 0.035 129 D 0.008 0.002 0.025 0.003 0.936 0.025 130 G 0.080 0.018 0.013 0.002 0.813 0.075 131 I 0.381 0.008 0.001 0.001 0.075 0.536 132 C 0.910 0.015 0.001 0.001 0.014 0.061 133 E 0.971 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 134 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 135 R 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 136 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 137 W 0.974 0.002 0.001 0.001 0.008 0.015 138 Q 0.925 0.004 0.001 0.001 0.036 0.033 139 A 0.609 0.008 0.012 0.005 0.292 0.075 140 N 0.332 0.014 0.023 0.006 0.542 0.081 141 I 0.209 0.015 0.018 0.006 0.675 0.077 142 G 0.169 0.004 0.015 0.006 0.610 0.197 143 K 0.778 0.005 0.004 0.003 0.096 0.115 144 T 0.966 0.007 0.001 0.001 0.010 0.016 145 I 0.984 0.002 0.001 0.001 0.004 0.010 146 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 147 A 0.967 0.001 0.001 0.001 0.009 0.022 148 H 0.925 0.001 0.001 0.001 0.018 0.055 149 V 0.877 0.003 0.001 0.001 0.033 0.086 150 P 0.849 0.030 0.001 0.001 0.036 0.085 151 V 0.428 0.072 0.003 0.001 0.448 0.047 152 S 0.077 0.003 0.008 0.002 0.866 0.044 153 G 0.033 0.001 0.003 0.001 0.925 0.038 154 G 0.184 0.015 0.002 0.001 0.734 0.064 155 Q 0.636 0.015 0.001 0.001 0.067 0.281 156 V 0.914 0.021 0.001 0.001 0.013 0.051 157 Q 0.903 0.003 0.001 0.001 0.032 0.060 158 E 0.876 0.006 0.002 0.001 0.048 0.068 159 T 0.506 0.008 0.002 0.002 0.171 0.311 160 G 0.332 0.019 0.002 0.003 0.259 0.385 161 D 0.283 0.009 0.003 0.004 0.171 0.530 162 F 0.666 0.040 0.006 0.008 0.073 0.208 163 E 0.771 0.058 0.005 0.008 0.091 0.068 164 L 0.629 0.025 0.008 0.011 0.234 0.093 165 D 0.167 0.006 0.010 0.014 0.619 0.185 166 G 0.078 0.038 0.018 0.013 0.684 0.169 167 V 0.096 0.038 0.035 0.030 0.590 0.212 168 T 0.064 0.031 0.052 0.026 0.612 0.215 169 F 0.053 0.024 0.056 0.015 0.682 0.171 170 P 0.066 0.027 0.045 0.009 0.665 0.188 171 A 0.102 0.018 0.055 0.007 0.567 0.251 172 A 0.297 0.012 0.020 0.005 0.366 0.300 173 E 0.544 0.009 0.013 0.003 0.145 0.285 174 I 0.855 0.015 0.004 0.002 0.043 0.081 175 V 0.924 0.008 0.003 0.002 0.019 0.045 176 L 0.907 0.003 0.002 0.002 0.019 0.067 177 E 0.878 0.004 0.003 0.003 0.031 0.083 178 F 0.811 0.012 0.011 0.008 0.060 0.098 179 L 0.597 0.012 0.020 0.013 0.154 0.203 180 D 0.261 0.022 0.046 0.015 0.340 0.316 181 P 0.086 0.021 0.047 0.019 0.365 0.461 182 S 0.027 0.015 0.023 0.033 0.264 0.638 183 D 0.003 0.005 0.004 0.007 0.117 0.864