# TARGET T0301 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.8792 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.168 0.106 0.070 0.124 0.109 0.105 0.123 0.078 0.058 0.037 0.021 2 A 0.244 0.176 0.094 0.139 0.107 0.081 0.068 0.041 0.029 0.015 0.008 3 H 0.159 0.139 0.070 0.147 0.118 0.104 0.109 0.068 0.047 0.026 0.014 4 P 0.143 0.119 0.085 0.138 0.128 0.104 0.102 0.068 0.052 0.036 0.025 5 P 0.150 0.131 0.070 0.179 0.128 0.103 0.107 0.057 0.041 0.023 0.012 6 Q 0.126 0.104 0.102 0.186 0.143 0.102 0.088 0.054 0.044 0.032 0.019 7 I 0.023 0.030 0.023 0.058 0.071 0.106 0.210 0.149 0.136 0.117 0.077 8 R 0.078 0.157 0.084 0.247 0.175 0.103 0.063 0.048 0.025 0.014 0.006 9 I 0.003 0.003 0.003 0.005 0.014 0.041 0.100 0.182 0.230 0.238 0.181 10 P 0.141 0.232 0.062 0.242 0.173 0.082 0.030 0.021 0.011 0.004 0.002 11 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.017 0.062 0.093 0.215 0.288 0.308 12 T 0.059 0.073 0.044 0.147 0.140 0.097 0.113 0.093 0.091 0.072 0.071 13 Y 0.005 0.010 0.012 0.042 0.043 0.062 0.158 0.135 0.190 0.186 0.157 14 L 0.016 0.027 0.034 0.067 0.076 0.085 0.135 0.130 0.140 0.153 0.137 15 R 0.028 0.038 0.024 0.088 0.092 0.119 0.185 0.135 0.135 0.095 0.061 16 G 0.082 0.067 0.052 0.110 0.107 0.108 0.125 0.098 0.109 0.085 0.056 17 G 0.048 0.041 0.020 0.068 0.079 0.102 0.172 0.135 0.133 0.110 0.092 18 T 0.051 0.071 0.028 0.097 0.091 0.096 0.142 0.123 0.122 0.096 0.084 19 S 0.024 0.035 0.021 0.057 0.062 0.075 0.138 0.124 0.148 0.154 0.162 20 K 0.075 0.099 0.041 0.163 0.153 0.131 0.127 0.075 0.063 0.043 0.029 21 G 0.055 0.050 0.033 0.107 0.112 0.122 0.144 0.102 0.128 0.089 0.058 22 V 0.014 0.018 0.012 0.062 0.080 0.104 0.214 0.152 0.144 0.115 0.086 23 F 0.009 0.012 0.020 0.049 0.050 0.053 0.125 0.139 0.191 0.193 0.159 24 F 0.004 0.005 0.018 0.020 0.028 0.041 0.110 0.147 0.200 0.224 0.204 25 R 0.014 0.047 0.067 0.128 0.143 0.134 0.171 0.122 0.086 0.055 0.034 26 L 0.016 0.019 0.029 0.056 0.068 0.097 0.185 0.135 0.158 0.138 0.100 27 E 0.263 0.124 0.110 0.191 0.129 0.079 0.058 0.021 0.015 0.008 0.003 28 D 0.118 0.100 0.072 0.157 0.111 0.107 0.145 0.080 0.056 0.036 0.017 29 L 0.019 0.030 0.013 0.034 0.048 0.081 0.192 0.202 0.155 0.124 0.101 30 P 0.152 0.147 0.087 0.145 0.121 0.101 0.092 0.065 0.046 0.027 0.019 31 E 0.283 0.164 0.161 0.177 0.106 0.054 0.028 0.012 0.008 0.004 0.002 32 S 0.246 0.114 0.065 0.146 0.131 0.097 0.093 0.045 0.036 0.019 0.009 33 C 0.055 0.029 0.017 0.048 0.053 0.078 0.186 0.141 0.166 0.127 0.100 34 R 0.130 0.163 0.159 0.220 0.120 0.078 0.064 0.031 0.019 0.010 0.006 35 V 0.044 0.085 0.098 0.119 0.102 0.114 0.165 0.113 0.071 0.055 0.035 36 P 0.214 0.186 0.079 0.138 0.118 0.094 0.075 0.047 0.027 0.013 0.007 37 G 0.496 0.147 0.065 0.103 0.075 0.050 0.030 0.016 0.013 0.005 0.002 38 E 0.414 0.157 0.088 0.137 0.093 0.054 0.030 0.014 0.009 0.003 0.002 39 A 0.038 0.049 0.035 0.072 0.073 0.098 0.192 0.142 0.135 0.096 0.070 40 R 0.023 0.054 0.079 0.116 0.117 0.135 0.180 0.113 0.084 0.060 0.040 41 D 0.040 0.062 0.218 0.190 0.137 0.126 0.106 0.051 0.036 0.023 0.011 42 R 0.054 0.059 0.129 0.182 0.169 0.160 0.126 0.063 0.033 0.017 0.006 43 L 0.006 0.008 0.012 0.025 0.031 0.054 0.148 0.172 0.211 0.194 0.140 44 F 0.007 0.012 0.021 0.041 0.052 0.074 0.153 0.164 0.180 0.164 0.133 45 M 0.010 0.017 0.065 0.073 0.086 0.105 0.157 0.120 0.140 0.131 0.096 46 R 0.019 0.032 0.071 0.144 0.148 0.150 0.182 0.094 0.073 0.053 0.034 47 V 0.007 0.008 0.011 0.027 0.032 0.049 0.132 0.148 0.200 0.216 0.170 48 I 0.014 0.014 0.010 0.027 0.036 0.053 0.121 0.161 0.194 0.193 0.178 49 G 0.071 0.082 0.054 0.107 0.104 0.104 0.125 0.110 0.105 0.076 0.063 50 S 0.097 0.091 0.041 0.109 0.113 0.111 0.130 0.089 0.090 0.069 0.060 51 P 0.247 0.156 0.035 0.116 0.097 0.081 0.089 0.055 0.057 0.038 0.029 52 D 0.205 0.144 0.027 0.134 0.104 0.089 0.107 0.064 0.057 0.040 0.028 53 P 0.165 0.132 0.039 0.119 0.105 0.094 0.108 0.076 0.069 0.052 0.041 54 Y 0.121 0.128 0.047 0.148 0.126 0.107 0.112 0.073 0.065 0.044 0.030 55 A 0.105 0.083 0.061 0.142 0.130 0.118 0.123 0.074 0.073 0.055 0.038 56 A 0.051 0.046 0.047 0.121 0.111 0.115 0.170 0.096 0.098 0.084 0.061 57 H 0.031 0.049 0.045 0.123 0.121 0.116 0.159 0.124 0.102 0.082 0.049 58 I 0.004 0.005 0.006 0.012 0.019 0.037 0.095 0.145 0.209 0.240 0.227 59 D 0.050 0.071 0.059 0.131 0.134 0.128 0.127 0.102 0.086 0.062 0.050 60 G 0.025 0.034 0.026 0.076 0.087 0.099 0.149 0.124 0.146 0.132 0.103 61 M 0.031 0.027 0.014 0.048 0.060 0.074 0.127 0.123 0.169 0.162 0.165 62 G 0.036 0.038 0.016 0.076 0.080 0.095 0.164 0.126 0.147 0.121 0.101 63 G 0.044 0.053 0.036 0.117 0.108 0.096 0.129 0.104 0.115 0.108 0.091 64 A 0.018 0.015 0.011 0.028 0.038 0.056 0.122 0.129 0.189 0.198 0.194 65 T 0.069 0.095 0.039 0.145 0.132 0.116 0.128 0.093 0.083 0.057 0.043 66 S 0.032 0.032 0.022 0.054 0.059 0.077 0.139 0.120 0.158 0.158 0.149 67 S 0.083 0.102 0.034 0.140 0.139 0.118 0.132 0.091 0.071 0.051 0.038 68 T 0.057 0.060 0.028 0.104 0.095 0.102 0.142 0.113 0.127 0.100 0.073 69 S 0.024 0.033 0.021 0.075 0.091 0.104 0.155 0.116 0.138 0.129 0.114 70 K 0.011 0.024 0.017 0.086 0.114 0.138 0.203 0.130 0.128 0.090 0.059 71 C 0.002 0.003 0.007 0.024 0.034 0.052 0.133 0.142 0.203 0.210 0.190 72 V 0.001 0.002 0.006 0.019 0.036 0.054 0.162 0.197 0.190 0.179 0.152 73 I 0.001 0.002 0.008 0.015 0.017 0.018 0.062 0.121 0.216 0.264 0.276 74 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.011 0.019 0.069 0.120 0.225 0.263 0.281 75 S 0.030 0.044 0.082 0.143 0.157 0.129 0.165 0.093 0.079 0.049 0.030 76 K 0.072 0.081 0.071 0.176 0.155 0.140 0.153 0.069 0.046 0.024 0.011 77 S 0.139 0.077 0.035 0.069 0.072 0.088 0.156 0.125 0.110 0.078 0.052 78 S 0.274 0.239 0.035 0.145 0.095 0.070 0.068 0.038 0.019 0.009 0.006 79 Q 0.326 0.193 0.067 0.101 0.094 0.068 0.055 0.039 0.028 0.017 0.012 80 P 0.409 0.210 0.047 0.124 0.092 0.053 0.032 0.016 0.010 0.004 0.003 81 G 0.430 0.169 0.053 0.119 0.096 0.060 0.031 0.019 0.015 0.006 0.003 82 H 0.031 0.026 0.012 0.043 0.062 0.099 0.179 0.164 0.155 0.126 0.104 83 D 0.037 0.098 0.050 0.185 0.147 0.120 0.121 0.101 0.067 0.043 0.033 84 V 0.002 0.003 0.005 0.009 0.014 0.028 0.073 0.118 0.209 0.272 0.267 85 D 0.049 0.082 0.070 0.201 0.204 0.155 0.101 0.063 0.041 0.021 0.013 86 Y 0.003 0.005 0.007 0.028 0.037 0.059 0.146 0.139 0.200 0.205 0.171 87 L 0.007 0.014 0.011 0.046 0.058 0.065 0.141 0.163 0.184 0.173 0.139 88 Y 0.002 0.004 0.007 0.019 0.026 0.039 0.105 0.131 0.212 0.233 0.223 89 G 0.009 0.017 0.042 0.077 0.097 0.109 0.182 0.134 0.136 0.117 0.079 90 Q 0.009 0.015 0.025 0.085 0.108 0.117 0.188 0.149 0.135 0.104 0.065 91 V 0.004 0.003 0.005 0.008 0.013 0.026 0.091 0.134 0.232 0.256 0.227 92 S 0.062 0.114 0.056 0.202 0.161 0.114 0.115 0.085 0.046 0.027 0.017 93 I 0.007 0.009 0.006 0.012 0.021 0.037 0.101 0.145 0.196 0.226 0.240 94 D 0.268 0.275 0.046 0.171 0.116 0.057 0.032 0.017 0.010 0.004 0.003 95 K 0.280 0.139 0.039 0.141 0.116 0.090 0.075 0.040 0.040 0.025 0.014 96 P 0.279 0.122 0.042 0.125 0.114 0.091 0.090 0.047 0.045 0.029 0.017 97 F 0.075 0.075 0.029 0.143 0.122 0.116 0.159 0.113 0.082 0.054 0.032 98 V 0.008 0.009 0.011 0.015 0.024 0.047 0.100 0.157 0.204 0.218 0.207 99 D 0.066 0.124 0.099 0.192 0.134 0.110 0.098 0.067 0.049 0.032 0.030 100 W 0.035 0.046 0.031 0.079 0.084 0.097 0.156 0.118 0.128 0.125 0.101 101 S 0.192 0.127 0.035 0.122 0.107 0.089 0.094 0.073 0.071 0.052 0.039 102 G 0.195 0.142 0.033 0.144 0.116 0.107 0.097 0.058 0.056 0.032 0.020 103 N 0.089 0.091 0.037 0.115 0.111 0.108 0.119 0.090 0.099 0.082 0.058 104 C 0.019 0.025 0.014 0.064 0.075 0.103 0.182 0.132 0.141 0.127 0.118 105 G 0.017 0.030 0.033 0.087 0.094 0.108 0.161 0.125 0.136 0.117 0.091 106 N 0.004 0.009 0.016 0.053 0.063 0.086 0.166 0.140 0.154 0.160 0.149 107 L 0.002 0.003 0.005 0.014 0.023 0.037 0.099 0.130 0.213 0.243 0.230 108 S 0.001 0.003 0.006 0.023 0.038 0.057 0.137 0.163 0.203 0.192 0.177 109 T 0.001 0.002 0.007 0.014 0.021 0.031 0.084 0.120 0.217 0.244 0.259 110 G 0.001 0.003 0.007 0.023 0.040 0.059 0.149 0.175 0.199 0.183 0.161 111 A 0.001 0.002 0.004 0.011 0.018 0.028 0.083 0.121 0.218 0.248 0.265 112 G 0.001 0.003 0.005 0.016 0.032 0.061 0.156 0.167 0.220 0.182 0.158 113 A 0.003 0.006 0.013 0.044 0.065 0.090 0.191 0.167 0.180 0.137 0.105 114 F 0.002 0.003 0.008 0.021 0.035 0.053 0.168 0.175 0.201 0.181 0.153 115 A 0.002 0.003 0.010 0.018 0.022 0.027 0.093 0.136 0.214 0.236 0.239 116 L 0.001 0.003 0.009 0.012 0.022 0.034 0.112 0.144 0.204 0.232 0.226 117 H 0.018 0.047 0.068 0.138 0.161 0.152 0.177 0.102 0.069 0.044 0.024 118 A 0.060 0.063 0.071 0.166 0.161 0.158 0.146 0.072 0.055 0.031 0.016 119 G 0.134 0.069 0.061 0.122 0.107 0.110 0.162 0.086 0.077 0.050 0.023 120 L 0.037 0.038 0.020 0.085 0.087 0.096 0.181 0.171 0.120 0.101 0.064 121 V 0.006 0.008 0.006 0.009 0.021 0.045 0.106 0.194 0.213 0.197 0.195 122 D 0.100 0.209 0.086 0.258 0.145 0.079 0.054 0.032 0.019 0.011 0.009 123 P 0.167 0.075 0.043 0.105 0.114 0.098 0.118 0.071 0.083 0.073 0.053 124 A 0.468 0.143 0.033 0.134 0.081 0.044 0.043 0.018 0.019 0.011 0.007 125 R 0.275 0.188 0.031 0.153 0.100 0.073 0.080 0.045 0.030 0.016 0.008 126 I 0.085 0.071 0.017 0.045 0.061 0.082 0.139 0.172 0.133 0.107 0.088 127 P 0.418 0.313 0.067 0.111 0.051 0.021 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 128 E 0.478 0.193 0.050 0.097 0.080 0.045 0.026 0.014 0.010 0.004 0.002 129 D 0.587 0.154 0.034 0.075 0.061 0.037 0.022 0.013 0.010 0.005 0.003 130 G 0.191 0.152 0.037 0.145 0.123 0.113 0.109 0.058 0.043 0.019 0.010 131 I 0.070 0.090 0.101 0.182 0.135 0.113 0.109 0.077 0.056 0.040 0.026 132 C 0.007 0.013 0.023 0.037 0.052 0.089 0.178 0.170 0.162 0.151 0.117 133 E 0.024 0.067 0.079 0.202 0.199 0.174 0.114 0.072 0.040 0.019 0.009 134 V 0.002 0.002 0.006 0.009 0.014 0.030 0.087 0.124 0.225 0.266 0.234 135 R 0.018 0.028 0.027 0.120 0.163 0.157 0.194 0.142 0.080 0.045 0.026 136 I 0.001 0.001 0.005 0.007 0.007 0.011 0.042 0.080 0.212 0.303 0.330 137 W 0.006 0.010 0.021 0.039 0.070 0.098 0.183 0.167 0.163 0.135 0.107 138 Q 0.019 0.029 0.070 0.113 0.103 0.108 0.165 0.107 0.126 0.097 0.064 139 A 0.047 0.049 0.069 0.139 0.131 0.147 0.196 0.090 0.065 0.042 0.025 140 N 0.056 0.063 0.039 0.097 0.078 0.087 0.168 0.140 0.119 0.094 0.061 141 I 0.029 0.043 0.018 0.047 0.061 0.092 0.173 0.169 0.151 0.120 0.096 142 G 0.182 0.173 0.100 0.176 0.141 0.096 0.059 0.030 0.023 0.012 0.008 143 K 0.163 0.099 0.068 0.165 0.151 0.122 0.108 0.051 0.040 0.023 0.011 144 T 0.057 0.055 0.034 0.121 0.125 0.114 0.160 0.116 0.101 0.070 0.047 145 I 0.003 0.005 0.005 0.013 0.016 0.029 0.101 0.144 0.217 0.239 0.228 146 I 0.011 0.027 0.062 0.117 0.136 0.123 0.150 0.117 0.098 0.087 0.071 147 A 0.010 0.017 0.053 0.075 0.075 0.090 0.170 0.126 0.141 0.144 0.098 148 H 0.040 0.050 0.038 0.158 0.183 0.150 0.150 0.106 0.067 0.040 0.018 149 V 0.005 0.003 0.003 0.005 0.009 0.021 0.071 0.114 0.236 0.278 0.255 150 P 0.115 0.187 0.056 0.243 0.164 0.091 0.066 0.040 0.021 0.011 0.007 151 V 0.012 0.014 0.007 0.015 0.025 0.042 0.105 0.151 0.193 0.221 0.214 152 S 0.268 0.269 0.032 0.137 0.105 0.067 0.048 0.034 0.021 0.011 0.010 153 G 0.446 0.212 0.030 0.115 0.082 0.048 0.027 0.016 0.014 0.007 0.003 154 G 0.324 0.105 0.021 0.079 0.092 0.082 0.081 0.064 0.070 0.048 0.033 155 Q 0.180 0.149 0.032 0.171 0.128 0.098 0.099 0.056 0.047 0.024 0.017 156 V 0.015 0.019 0.021 0.045 0.046 0.062 0.139 0.130 0.171 0.187 0.164 157 Q 0.044 0.074 0.104 0.167 0.137 0.114 0.131 0.078 0.059 0.050 0.042 158 E 0.041 0.065 0.060 0.136 0.112 0.122 0.174 0.108 0.085 0.063 0.035 159 T 0.107 0.108 0.062 0.160 0.141 0.112 0.108 0.078 0.057 0.042 0.025 160 G 0.092 0.067 0.023 0.072 0.084 0.104 0.153 0.132 0.132 0.090 0.052 161 D 0.191 0.149 0.060 0.195 0.157 0.094 0.060 0.040 0.030 0.016 0.009 162 F 0.016 0.012 0.012 0.024 0.035 0.056 0.132 0.128 0.183 0.206 0.196 163 E 0.066 0.141 0.049 0.232 0.182 0.110 0.090 0.063 0.034 0.020 0.012 164 L 0.002 0.002 0.003 0.005 0.010 0.022 0.065 0.116 0.204 0.271 0.300 165 D 0.128 0.142 0.054 0.206 0.166 0.108 0.082 0.050 0.032 0.019 0.014 166 G 0.087 0.071 0.035 0.128 0.116 0.096 0.112 0.099 0.116 0.089 0.051 167 V 0.022 0.015 0.006 0.019 0.032 0.050 0.106 0.135 0.197 0.203 0.216 168 T 0.113 0.179 0.032 0.210 0.141 0.097 0.095 0.061 0.040 0.020 0.013 169 F 0.037 0.030 0.024 0.049 0.056 0.064 0.113 0.117 0.149 0.179 0.184 170 P 0.205 0.242 0.043 0.177 0.122 0.076 0.062 0.035 0.021 0.010 0.006 171 A 0.110 0.115 0.034 0.154 0.132 0.104 0.114 0.080 0.074 0.051 0.031 172 A 0.079 0.056 0.018 0.064 0.084 0.098 0.150 0.135 0.131 0.111 0.075 173 E 0.193 0.196 0.065 0.251 0.171 0.074 0.026 0.014 0.007 0.002 0.001 174 I 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.020 0.068 0.128 0.212 0.295 0.260 175 V 0.029 0.087 0.037 0.200 0.212 0.149 0.114 0.091 0.044 0.023 0.014 176 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.017 0.055 0.102 0.227 0.304 0.280 177 E 0.042 0.092 0.075 0.263 0.238 0.135 0.083 0.038 0.018 0.010 0.006 178 F 0.003 0.004 0.005 0.014 0.016 0.028 0.096 0.119 0.233 0.272 0.210 179 L 0.041 0.031 0.025 0.067 0.084 0.093 0.149 0.130 0.140 0.127 0.112 180 D 0.079 0.114 0.066 0.178 0.121 0.109 0.136 0.076 0.061 0.038 0.023 181 P 0.070 0.078 0.040 0.092 0.097 0.100 0.139 0.127 0.103 0.087 0.066 182 S 0.196 0.116 0.023 0.076 0.080 0.088 0.121 0.105 0.092 0.056 0.046 183 D 0.466 0.238 0.054 0.118 0.064 0.030 0.015 0.007 0.006 0.002 0.001