# TARGET T0301 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 115 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 A 0.006 0.052 0.008 0.012 0.012 0.052 0.859 3 H 0.004 0.020 0.008 0.016 0.434 0.043 0.475 4 P 0.006 0.012 0.038 0.038 0.127 0.134 0.646 5 P 0.019 0.035 0.085 0.046 0.093 0.189 0.533 6 Q 0.036 0.041 0.256 0.064 0.111 0.160 0.332 7 I 0.076 0.046 0.112 0.066 0.206 0.115 0.378 8 R 0.100 0.031 0.058 0.061 0.168 0.141 0.440 9 I 0.151 0.049 0.005 0.031 0.326 0.023 0.415 10 P 0.215 0.008 0.008 0.034 0.096 0.032 0.607 11 A 0.596 0.027 0.019 0.041 0.036 0.032 0.248 12 T 0.814 0.005 0.019 0.036 0.053 0.018 0.055 13 Y 0.872 0.020 0.014 0.022 0.012 0.010 0.050 14 L 0.762 0.020 0.008 0.022 0.024 0.015 0.149 15 R 0.400 0.011 0.013 0.017 0.175 0.091 0.293 16 G 0.085 0.003 0.020 0.012 0.305 0.192 0.383 17 G 0.054 0.015 0.066 0.017 0.353 0.262 0.232 18 T 0.074 0.026 0.068 0.038 0.276 0.152 0.366 19 S 0.073 0.038 0.093 0.070 0.229 0.168 0.328 20 K 0.094 0.018 0.076 0.089 0.190 0.312 0.221 21 G 0.151 0.019 0.105 0.104 0.149 0.219 0.252 22 V 0.307 0.022 0.094 0.112 0.106 0.068 0.291 23 F 0.643 0.032 0.057 0.065 0.030 0.048 0.125 24 F 0.504 0.054 0.060 0.072 0.072 0.063 0.176 25 R 0.348 0.042 0.050 0.061 0.105 0.048 0.345 26 L 0.013 0.003 0.618 0.179 0.024 0.094 0.069 27 E 0.003 0.001 0.679 0.079 0.032 0.176 0.030 28 D 0.001 0.005 0.636 0.058 0.038 0.230 0.032 29 L 0.005 0.025 0.032 0.029 0.562 0.036 0.311 30 P 0.004 0.009 0.082 0.042 0.104 0.144 0.614 31 E 0.005 0.009 0.221 0.083 0.120 0.218 0.345 32 S 0.002 0.003 0.371 0.103 0.068 0.123 0.330 33 C 0.002 0.002 0.420 0.175 0.120 0.141 0.139 34 R 0.004 0.006 0.221 0.215 0.156 0.231 0.166 35 V 0.003 0.020 0.132 0.252 0.138 0.113 0.343 36 P 0.002 0.005 0.044 0.466 0.068 0.139 0.276 37 G 0.003 0.002 0.025 0.754 0.031 0.090 0.095 38 E 0.003 0.002 0.018 0.883 0.020 0.032 0.043 39 A 0.002 0.002 0.019 0.912 0.012 0.020 0.033 40 R 0.001 0.001 0.019 0.947 0.003 0.020 0.008 41 D 0.001 0.001 0.010 0.954 0.005 0.026 0.005 42 R 0.001 0.001 0.009 0.946 0.003 0.036 0.006 43 L 0.001 0.001 0.008 0.896 0.010 0.073 0.012 44 F 0.001 0.001 0.015 0.865 0.022 0.066 0.029 45 M 0.002 0.001 0.108 0.771 0.021 0.070 0.026 46 R 0.003 0.001 0.130 0.709 0.028 0.112 0.017 47 V 0.006 0.024 0.225 0.553 0.017 0.149 0.026 48 I 0.032 0.044 0.048 0.251 0.245 0.285 0.093 49 G 0.031 0.016 0.018 0.050 0.173 0.376 0.336 50 S 0.009 0.023 0.010 0.011 0.245 0.048 0.654 51 P 0.011 0.036 0.113 0.019 0.271 0.229 0.322 52 D 0.007 0.015 0.152 0.017 0.248 0.284 0.276 53 P 0.004 0.020 0.208 0.027 0.243 0.326 0.172 54 Y 0.009 0.014 0.114 0.022 0.268 0.265 0.308 55 A 0.021 0.012 0.240 0.036 0.166 0.310 0.215 56 A 0.066 0.064 0.199 0.034 0.186 0.172 0.279 57 H 0.112 0.114 0.143 0.040 0.217 0.109 0.264 58 I 0.189 0.123 0.075 0.029 0.114 0.095 0.375 59 D 0.140 0.029 0.040 0.012 0.165 0.196 0.418 60 G 0.125 0.053 0.053 0.014 0.170 0.273 0.311 61 M 0.105 0.091 0.048 0.013 0.234 0.167 0.343 62 G 0.062 0.019 0.029 0.006 0.374 0.258 0.252 63 G 0.051 0.032 0.024 0.006 0.270 0.222 0.396 64 A 0.031 0.119 0.042 0.014 0.299 0.145 0.350 65 T 0.022 0.057 0.064 0.023 0.354 0.154 0.326 66 S 0.022 0.027 0.109 0.026 0.206 0.426 0.184 67 S 0.028 0.031 0.063 0.027 0.096 0.628 0.127 68 T 0.067 0.109 0.055 0.024 0.151 0.427 0.166 69 S 0.114 0.014 0.012 0.007 0.264 0.078 0.511 70 K 0.265 0.008 0.010 0.004 0.382 0.110 0.222 71 C 0.845 0.031 0.003 0.002 0.023 0.018 0.078 72 V 0.956 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.029 73 I 0.970 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 74 L 0.882 0.013 0.001 0.001 0.009 0.001 0.094 75 S 0.427 0.014 0.001 0.001 0.076 0.008 0.473 76 K 0.134 0.026 0.016 0.005 0.294 0.072 0.452 77 S 0.038 0.027 0.035 0.006 0.267 0.145 0.482 78 S 0.012 0.034 0.057 0.014 0.303 0.157 0.423 79 Q 0.004 0.011 0.052 0.016 0.213 0.071 0.632 80 P 0.004 0.005 0.058 0.034 0.159 0.636 0.102 81 G 0.008 0.010 0.046 0.027 0.122 0.659 0.129 82 H 0.019 0.026 0.005 0.015 0.324 0.017 0.594 83 D 0.140 0.027 0.003 0.012 0.179 0.032 0.607 84 V 0.648 0.036 0.002 0.014 0.019 0.013 0.268 85 D 0.861 0.005 0.002 0.010 0.037 0.006 0.078 86 Y 0.958 0.004 0.002 0.005 0.007 0.002 0.023 87 L 0.958 0.001 0.003 0.006 0.005 0.004 0.024 88 Y 0.910 0.004 0.006 0.009 0.017 0.006 0.048 89 G 0.866 0.002 0.008 0.014 0.025 0.008 0.078 90 Q 0.868 0.006 0.006 0.008 0.023 0.007 0.082 91 V 0.865 0.018 0.003 0.007 0.018 0.004 0.085 92 S 0.735 0.014 0.004 0.006 0.023 0.019 0.198 93 I 0.430 0.024 0.017 0.015 0.121 0.143 0.249 94 D 0.207 0.015 0.018 0.010 0.231 0.200 0.319 95 K 0.106 0.009 0.046 0.034 0.407 0.164 0.234 96 P 0.180 0.017 0.060 0.050 0.252 0.150 0.291 97 F 0.336 0.047 0.051 0.039 0.112 0.063 0.352 98 V 0.453 0.095 0.018 0.034 0.082 0.017 0.300 99 D 0.260 0.020 0.014 0.032 0.087 0.050 0.538 100 W 0.066 0.009 0.054 0.117 0.184 0.229 0.341 101 S 0.023 0.010 0.082 0.089 0.221 0.121 0.453 102 G 0.011 0.003 0.125 0.056 0.301 0.375 0.128 103 N 0.012 0.006 0.174 0.119 0.150 0.449 0.090 104 C 0.035 0.038 0.046 0.169 0.230 0.103 0.380 105 G 0.063 0.026 0.043 0.332 0.102 0.110 0.325 106 N 0.110 0.017 0.069 0.502 0.053 0.097 0.153 107 L 0.061 0.012 0.077 0.695 0.023 0.049 0.083 108 S 0.040 0.004 0.065 0.776 0.028 0.045 0.043 109 T 0.057 0.002 0.052 0.770 0.021 0.065 0.033 110 G 0.028 0.005 0.038 0.785 0.016 0.091 0.037 111 A 0.012 0.010 0.012 0.862 0.024 0.039 0.041 112 G 0.006 0.002 0.006 0.828 0.044 0.023 0.089 113 A 0.003 0.001 0.006 0.914 0.021 0.029 0.027 114 F 0.005 0.002 0.005 0.951 0.009 0.017 0.011 115 A 0.004 0.001 0.010 0.949 0.010 0.013 0.012 116 L 0.006 0.001 0.025 0.911 0.009 0.034 0.013 117 H 0.008 0.002 0.035 0.773 0.015 0.144 0.022 118 A 0.006 0.003 0.023 0.268 0.026 0.642 0.032 119 G 0.011 0.005 0.012 0.049 0.138 0.533 0.252 120 L 0.034 0.010 0.013 0.009 0.148 0.027 0.760 121 V 0.128 0.085 0.028 0.018 0.191 0.013 0.538 122 D 0.110 0.027 0.026 0.018 0.064 0.019 0.736 123 P 0.024 0.006 0.336 0.089 0.053 0.160 0.332 124 A 0.042 0.007 0.264 0.082 0.104 0.341 0.160 125 R 0.066 0.014 0.243 0.067 0.167 0.246 0.197 126 I 0.088 0.024 0.050 0.038 0.231 0.083 0.486 127 P 0.053 0.020 0.054 0.016 0.162 0.188 0.507 128 E 0.041 0.012 0.076 0.008 0.200 0.451 0.211 129 D 0.047 0.006 0.064 0.005 0.266 0.474 0.137 130 G 0.165 0.016 0.031 0.003 0.325 0.184 0.276 131 I 0.506 0.008 0.003 0.001 0.045 0.014 0.423 132 C 0.877 0.006 0.001 0.001 0.020 0.001 0.095 133 E 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 134 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 135 R 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 136 I 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 137 W 0.939 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.045 138 Q 0.806 0.007 0.004 0.004 0.033 0.005 0.141 139 A 0.390 0.006 0.023 0.010 0.122 0.099 0.351 140 N 0.236 0.011 0.038 0.013 0.147 0.351 0.205 141 I 0.061 0.006 0.039 0.008 0.239 0.544 0.104 142 G 0.051 0.004 0.029 0.004 0.344 0.407 0.160 143 K 0.257 0.017 0.011 0.001 0.219 0.030 0.463 144 T 0.765 0.012 0.002 0.001 0.026 0.005 0.190 145 I 0.942 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.048 146 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 147 A 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 148 H 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 149 V 0.930 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.062 150 P 0.910 0.013 0.001 0.001 0.009 0.001 0.067 151 V 0.559 0.011 0.001 0.001 0.010 0.003 0.416 152 S 0.096 0.003 0.011 0.001 0.127 0.669 0.094 153 G 0.006 0.001 0.006 0.001 0.061 0.918 0.008 154 G 0.116 0.006 0.012 0.001 0.359 0.288 0.218 155 Q 0.488 0.022 0.002 0.001 0.055 0.009 0.423 156 V 0.857 0.047 0.001 0.001 0.011 0.002 0.083 157 Q 0.860 0.008 0.002 0.001 0.015 0.005 0.109 158 E 0.803 0.014 0.006 0.003 0.030 0.031 0.114 159 T 0.376 0.008 0.021 0.010 0.185 0.220 0.181 160 G 0.220 0.009 0.022 0.006 0.318 0.238 0.187 161 D 0.339 0.008 0.020 0.005 0.135 0.066 0.427 162 F 0.780 0.021 0.005 0.003 0.044 0.018 0.129 163 E 0.873 0.030 0.004 0.003 0.015 0.010 0.064 164 L 0.810 0.026 0.005 0.003 0.022 0.017 0.117 165 D 0.347 0.014 0.012 0.003 0.154 0.251 0.219 166 G 0.127 0.011 0.023 0.002 0.288 0.380 0.169 167 V 0.244 0.060 0.018 0.003 0.217 0.046 0.412 168 T 0.213 0.056 0.032 0.005 0.199 0.077 0.419 169 F 0.154 0.035 0.061 0.009 0.251 0.144 0.346 170 P 0.117 0.053 0.056 0.009 0.203 0.134 0.428 171 A 0.135 0.029 0.051 0.015 0.253 0.166 0.351 172 A 0.176 0.022 0.030 0.014 0.199 0.085 0.474 173 E 0.277 0.014 0.013 0.006 0.125 0.067 0.498 174 I 0.543 0.016 0.004 0.006 0.029 0.008 0.394 175 V 0.854 0.011 0.002 0.004 0.019 0.003 0.108 176 L 0.876 0.006 0.002 0.003 0.005 0.003 0.105 177 E 0.900 0.006 0.003 0.004 0.015 0.005 0.067 178 F 0.768 0.007 0.005 0.009 0.044 0.007 0.161 179 L 0.564 0.018 0.008 0.012 0.081 0.010 0.307 180 D 0.368 0.018 0.015 0.024 0.098 0.028 0.450 181 P 0.178 0.011 0.034 0.034 0.130 0.209 0.404 182 S 0.083 0.028 0.023 0.041 0.125 0.243 0.457 183 D 0.009 0.003 0.007 0.013 0.061 0.030 0.877