# TARGET T0301 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.8792 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.381 0.242 0.216 0.080 0.038 0.017 0.010 0.003 0.010 0.003 0.001 2 A 0.299 0.146 0.301 0.154 0.017 0.042 0.019 0.003 0.015 0.003 0.001 3 H 0.025 0.342 0.367 0.004 0.019 0.016 0.008 0.001 0.219 0.001 0.001 4 P 0.060 0.003 0.889 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 5 P 0.309 0.007 0.589 0.017 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 6 Q 0.225 0.295 0.232 0.101 0.042 0.048 0.017 0.007 0.031 0.001 0.001 7 I 0.078 0.440 0.276 0.098 0.045 0.036 0.008 0.001 0.016 0.002 0.001 8 R 0.052 0.402 0.340 0.037 0.037 0.063 0.022 0.002 0.043 0.002 0.001 9 I 0.006 0.565 0.249 0.001 0.016 0.022 0.002 0.001 0.139 0.001 0.001 10 P 0.031 0.012 0.876 0.001 0.001 0.060 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 11 A 0.144 0.300 0.344 0.027 0.096 0.050 0.006 0.007 0.019 0.004 0.003 12 T 0.149 0.527 0.105 0.065 0.102 0.025 0.004 0.002 0.019 0.003 0.001 13 Y 0.065 0.421 0.223 0.079 0.101 0.053 0.013 0.002 0.040 0.002 0.001 14 L 0.050 0.431 0.248 0.054 0.085 0.065 0.015 0.003 0.045 0.003 0.001 15 R 0.069 0.295 0.345 0.075 0.054 0.065 0.032 0.007 0.048 0.009 0.002 16 G 0.045 0.051 0.156 0.062 0.287 0.013 0.105 0.133 0.011 0.135 0.002 17 G 0.064 0.059 0.264 0.065 0.224 0.039 0.032 0.103 0.010 0.136 0.003 18 T 0.218 0.164 0.232 0.224 0.062 0.036 0.018 0.006 0.033 0.007 0.001 19 S 0.418 0.066 0.206 0.120 0.073 0.023 0.024 0.029 0.006 0.031 0.003 20 K 0.291 0.131 0.161 0.296 0.037 0.023 0.028 0.011 0.019 0.002 0.001 21 G 0.154 0.100 0.232 0.035 0.273 0.006 0.041 0.075 0.008 0.073 0.003 22 V 0.129 0.436 0.313 0.021 0.050 0.035 0.002 0.001 0.009 0.001 0.003 23 F 0.066 0.639 0.157 0.023 0.038 0.037 0.005 0.001 0.033 0.001 0.001 24 F 0.024 0.703 0.120 0.022 0.094 0.020 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 25 R 0.007 0.351 0.495 0.002 0.027 0.077 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 26 L 0.808 0.035 0.041 0.072 0.007 0.022 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 27 E 0.847 0.012 0.034 0.094 0.002 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 28 D 0.183 0.006 0.016 0.732 0.002 0.011 0.036 0.003 0.009 0.001 0.001 29 L 0.048 0.127 0.687 0.010 0.007 0.027 0.014 0.001 0.077 0.001 0.001 30 P 0.084 0.008 0.870 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 31 E 0.627 0.015 0.290 0.036 0.006 0.006 0.005 0.006 0.001 0.006 0.001 32 S 0.474 0.040 0.148 0.268 0.021 0.013 0.012 0.014 0.007 0.002 0.001 33 C 0.336 0.097 0.258 0.219 0.038 0.018 0.013 0.008 0.005 0.007 0.001 34 R 0.184 0.128 0.358 0.209 0.023 0.045 0.025 0.004 0.018 0.003 0.001 35 V 0.016 0.346 0.418 0.002 0.013 0.018 0.004 0.001 0.183 0.001 0.001 36 P 0.053 0.002 0.906 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 37 G 0.326 0.011 0.086 0.044 0.041 0.006 0.040 0.402 0.002 0.041 0.001 38 E 0.855 0.019 0.066 0.029 0.011 0.005 0.002 0.004 0.003 0.006 0.001 39 A 0.823 0.018 0.049 0.089 0.005 0.007 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 40 R 0.911 0.011 0.021 0.040 0.003 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 41 D 0.845 0.014 0.047 0.068 0.005 0.013 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 42 R 0.877 0.015 0.029 0.043 0.004 0.013 0.010 0.003 0.005 0.001 0.001 43 L 0.873 0.019 0.018 0.079 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 44 F 0.866 0.026 0.023 0.048 0.005 0.011 0.012 0.002 0.006 0.001 0.001 45 M 0.905 0.018 0.024 0.035 0.004 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 46 R 0.892 0.021 0.024 0.044 0.007 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 47 V 0.791 0.031 0.046 0.111 0.003 0.010 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 48 I 0.385 0.063 0.113 0.401 0.008 0.009 0.009 0.002 0.010 0.001 0.001 49 G 0.089 0.015 0.102 0.123 0.042 0.010 0.122 0.380 0.006 0.112 0.001 50 S 0.014 0.197 0.644 0.003 0.053 0.014 0.006 0.001 0.063 0.005 0.001 51 P 0.382 0.005 0.456 0.054 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 52 D 0.034 0.167 0.491 0.007 0.092 0.038 0.011 0.002 0.151 0.006 0.001 53 P 0.762 0.003 0.143 0.046 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 54 Y 0.560 0.038 0.112 0.198 0.019 0.020 0.019 0.013 0.017 0.004 0.001 55 A 0.604 0.038 0.138 0.155 0.018 0.017 0.014 0.006 0.006 0.002 0.002 56 A 0.447 0.119 0.166 0.195 0.031 0.011 0.012 0.008 0.008 0.003 0.001 57 H 0.176 0.136 0.286 0.171 0.030 0.096 0.042 0.005 0.056 0.002 0.001 58 I 0.154 0.385 0.201 0.091 0.014 0.080 0.006 0.001 0.065 0.001 0.001 59 D 0.092 0.073 0.176 0.303 0.024 0.111 0.142 0.004 0.070 0.005 0.001 60 G 0.042 0.011 0.056 0.041 0.091 0.005 0.072 0.479 0.002 0.200 0.001 61 M 0.199 0.165 0.173 0.383 0.023 0.018 0.011 0.005 0.021 0.002 0.001 62 G 0.045 0.021 0.138 0.043 0.106 0.004 0.058 0.173 0.003 0.409 0.001 63 G 0.100 0.037 0.147 0.118 0.103 0.016 0.064 0.280 0.008 0.126 0.002 64 A 0.146 0.169 0.357 0.135 0.088 0.034 0.018 0.016 0.016 0.019 0.001 65 T 0.105 0.247 0.284 0.077 0.154 0.047 0.027 0.007 0.035 0.015 0.002 66 S 0.344 0.072 0.343 0.079 0.089 0.033 0.008 0.009 0.009 0.010 0.005 67 S 0.415 0.059 0.107 0.275 0.062 0.034 0.014 0.013 0.014 0.005 0.002 68 T 0.205 0.143 0.091 0.440 0.053 0.026 0.014 0.004 0.021 0.002 0.001 69 S 0.081 0.352 0.246 0.106 0.167 0.012 0.013 0.007 0.011 0.004 0.001 70 K 0.058 0.465 0.273 0.043 0.104 0.028 0.011 0.002 0.012 0.001 0.001 71 C 0.011 0.758 0.137 0.007 0.070 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 72 V 0.004 0.880 0.051 0.002 0.037 0.007 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 73 I 0.005 0.620 0.311 0.001 0.005 0.040 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 74 L 0.028 0.629 0.216 0.029 0.020 0.052 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 75 S 0.008 0.434 0.294 0.004 0.204 0.022 0.004 0.001 0.026 0.003 0.001 76 K 0.379 0.173 0.237 0.121 0.026 0.027 0.005 0.002 0.027 0.002 0.001 77 S 0.310 0.095 0.320 0.144 0.079 0.016 0.008 0.008 0.005 0.014 0.001 78 S 0.326 0.050 0.145 0.383 0.031 0.018 0.015 0.011 0.010 0.010 0.001 79 Q 0.023 0.359 0.361 0.003 0.032 0.007 0.010 0.001 0.202 0.001 0.001 80 P 0.050 0.001 0.907 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 81 G 0.028 0.005 0.024 0.031 0.015 0.002 0.048 0.822 0.001 0.025 0.001 82 H 0.026 0.240 0.602 0.022 0.056 0.031 0.007 0.002 0.011 0.003 0.001 83 D 0.022 0.345 0.434 0.021 0.035 0.092 0.007 0.001 0.042 0.001 0.001 84 V 0.260 0.445 0.147 0.028 0.034 0.059 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 85 D 0.494 0.156 0.141 0.127 0.010 0.048 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 86 Y 0.069 0.652 0.071 0.023 0.149 0.012 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 87 L 0.111 0.520 0.263 0.022 0.024 0.043 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 88 Y 0.040 0.531 0.084 0.060 0.235 0.011 0.007 0.004 0.025 0.003 0.001 89 G 0.040 0.359 0.130 0.020 0.375 0.009 0.018 0.009 0.013 0.027 0.001 90 Q 0.049 0.440 0.353 0.016 0.037 0.065 0.008 0.001 0.029 0.001 0.003 91 V 0.054 0.707 0.128 0.025 0.028 0.023 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 92 S 0.032 0.249 0.539 0.014 0.016 0.124 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 93 I 0.120 0.482 0.209 0.054 0.051 0.038 0.007 0.001 0.038 0.001 0.001 94 D 0.252 0.044 0.101 0.401 0.030 0.074 0.055 0.007 0.026 0.006 0.003 95 K 0.048 0.335 0.375 0.009 0.053 0.018 0.019 0.001 0.139 0.001 0.002 96 P 0.293 0.009 0.622 0.012 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 97 F 0.100 0.284 0.267 0.115 0.115 0.030 0.025 0.009 0.050 0.002 0.003 98 V 0.055 0.431 0.322 0.061 0.036 0.066 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 99 D 0.017 0.163 0.311 0.041 0.068 0.274 0.007 0.001 0.115 0.004 0.001 100 W 0.427 0.032 0.032 0.421 0.010 0.029 0.029 0.006 0.012 0.002 0.001 101 S 0.450 0.049 0.133 0.266 0.028 0.011 0.022 0.016 0.016 0.009 0.001 102 G 0.262 0.012 0.071 0.083 0.086 0.003 0.032 0.234 0.002 0.215 0.001 103 N 0.272 0.052 0.155 0.271 0.029 0.067 0.089 0.013 0.029 0.017 0.004 104 C 0.292 0.118 0.213 0.264 0.029 0.025 0.023 0.012 0.017 0.006 0.001 105 G 0.260 0.003 0.020 0.014 0.025 0.001 0.037 0.187 0.001 0.453 0.001 106 N 0.646 0.019 0.049 0.184 0.010 0.051 0.014 0.004 0.011 0.002 0.008 107 L 0.810 0.041 0.037 0.070 0.006 0.019 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 108 S 0.916 0.012 0.020 0.034 0.004 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 109 T 0.782 0.060 0.020 0.097 0.021 0.008 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 110 G 0.790 0.033 0.026 0.087 0.018 0.016 0.013 0.006 0.007 0.004 0.001 111 A 0.608 0.125 0.046 0.154 0.025 0.017 0.007 0.003 0.014 0.002 0.001 112 G 0.836 0.032 0.040 0.023 0.017 0.007 0.020 0.012 0.004 0.009 0.001 113 A 0.946 0.013 0.016 0.016 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 F 0.935 0.018 0.011 0.025 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 115 A 0.936 0.016 0.012 0.022 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 116 L 0.924 0.022 0.011 0.034 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 H 0.875 0.027 0.020 0.057 0.006 0.004 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 118 A 0.310 0.052 0.068 0.516 0.020 0.005 0.016 0.003 0.010 0.001 0.001 119 G 0.021 0.002 0.014 0.009 0.036 0.001 0.131 0.589 0.001 0.194 0.001 120 L 0.221 0.134 0.360 0.143 0.031 0.069 0.015 0.001 0.008 0.003 0.015 121 V 0.028 0.614 0.204 0.029 0.049 0.047 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 122 D 0.005 0.123 0.580 0.002 0.010 0.092 0.004 0.001 0.182 0.001 0.001 123 P 0.800 0.007 0.136 0.033 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 124 A 0.667 0.047 0.071 0.167 0.017 0.012 0.006 0.006 0.006 0.002 0.001 125 R 0.186 0.094 0.176 0.468 0.021 0.022 0.010 0.003 0.018 0.001 0.002 126 I 0.023 0.245 0.501 0.008 0.024 0.033 0.013 0.001 0.150 0.002 0.001 127 P 0.075 0.008 0.850 0.014 0.001 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 128 E 0.555 0.067 0.085 0.172 0.023 0.026 0.022 0.024 0.012 0.012 0.001 129 D 0.065 0.030 0.075 0.529 0.015 0.008 0.237 0.012 0.026 0.003 0.001 130 G 0.009 0.004 0.060 0.016 0.052 0.001 0.057 0.674 0.001 0.127 0.001 131 I 0.028 0.596 0.256 0.036 0.068 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 132 C 0.006 0.702 0.164 0.007 0.083 0.010 0.002 0.001 0.023 0.002 0.001 133 E 0.005 0.581 0.375 0.001 0.013 0.020 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 134 V 0.003 0.813 0.133 0.001 0.017 0.013 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 135 R 0.005 0.645 0.302 0.001 0.006 0.027 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 136 I 0.042 0.715 0.159 0.001 0.010 0.043 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 137 W 0.277 0.475 0.095 0.040 0.031 0.051 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 138 Q 0.202 0.381 0.148 0.036 0.108 0.061 0.017 0.002 0.042 0.002 0.001 139 A 0.247 0.326 0.175 0.075 0.102 0.038 0.013 0.003 0.015 0.004 0.001 140 N 0.172 0.106 0.126 0.090 0.045 0.149 0.181 0.009 0.115 0.005 0.002 141 I 0.465 0.071 0.140 0.291 0.009 0.010 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 142 G 0.130 0.003 0.019 0.041 0.011 0.002 0.183 0.550 0.001 0.060 0.001 143 K 0.177 0.236 0.395 0.061 0.039 0.045 0.023 0.002 0.020 0.001 0.001 144 T 0.137 0.401 0.403 0.016 0.006 0.026 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 145 I 0.090 0.651 0.185 0.012 0.017 0.025 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 146 I 0.156 0.586 0.140 0.043 0.024 0.023 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 147 A 0.043 0.483 0.172 0.026 0.248 0.012 0.004 0.001 0.007 0.002 0.001 148 H 0.020 0.653 0.147 0.028 0.081 0.023 0.006 0.001 0.040 0.001 0.001 149 V 0.003 0.702 0.170 0.002 0.027 0.020 0.002 0.001 0.074 0.001 0.001 150 P 0.012 0.072 0.795 0.002 0.001 0.110 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 151 V 0.062 0.506 0.274 0.040 0.024 0.042 0.003 0.001 0.046 0.001 0.001 152 S 0.147 0.197 0.450 0.062 0.035 0.024 0.033 0.005 0.032 0.013 0.002 153 G 0.018 0.004 0.056 0.034 0.048 0.001 0.210 0.301 0.002 0.324 0.001 154 G 0.014 0.005 0.087 0.009 0.054 0.001 0.030 0.545 0.001 0.252 0.001 155 Q 0.045 0.350 0.474 0.038 0.040 0.031 0.006 0.001 0.013 0.001 0.002 156 V 0.028 0.421 0.461 0.007 0.013 0.055 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 157 Q 0.065 0.682 0.101 0.039 0.067 0.019 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 158 E 0.067 0.359 0.406 0.018 0.089 0.038 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 159 T 0.084 0.519 0.148 0.121 0.075 0.012 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 160 G 0.021 0.020 0.062 0.011 0.230 0.002 0.019 0.128 0.002 0.505 0.001 161 D 0.081 0.248 0.291 0.187 0.109 0.040 0.012 0.004 0.018 0.003 0.005 162 F 0.037 0.536 0.201 0.047 0.135 0.015 0.008 0.004 0.011 0.005 0.001 163 E 0.024 0.592 0.288 0.012 0.031 0.028 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 164 L 0.038 0.536 0.263 0.012 0.012 0.065 0.002 0.001 0.070 0.001 0.001 165 D 0.069 0.135 0.482 0.074 0.020 0.059 0.103 0.003 0.049 0.005 0.001 166 G 0.023 0.009 0.035 0.032 0.074 0.004 0.113 0.640 0.001 0.066 0.001 167 V 0.044 0.440 0.429 0.022 0.032 0.016 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 168 T 0.109 0.114 0.594 0.091 0.006 0.063 0.005 0.002 0.012 0.002 0.003 169 F 0.051 0.192 0.357 0.008 0.249 0.013 0.025 0.007 0.056 0.041 0.001 170 P 0.413 0.018 0.403 0.073 0.004 0.035 0.002 0.002 0.003 0.002 0.045 171 A 0.258 0.146 0.236 0.170 0.087 0.016 0.023 0.024 0.026 0.013 0.002 172 A 0.112 0.120 0.552 0.032 0.119 0.009 0.011 0.013 0.005 0.025 0.002 173 E 0.114 0.157 0.511 0.086 0.033 0.056 0.015 0.005 0.014 0.002 0.007 174 I 0.007 0.690 0.193 0.005 0.070 0.016 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 175 V 0.020 0.707 0.188 0.005 0.009 0.049 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 176 L 0.015 0.713 0.168 0.004 0.033 0.033 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 177 E 0.053 0.610 0.137 0.015 0.057 0.062 0.009 0.001 0.056 0.001 0.001 178 F 0.080 0.338 0.257 0.078 0.091 0.078 0.026 0.003 0.041 0.003 0.003 179 L 0.126 0.424 0.205 0.117 0.058 0.032 0.003 0.001 0.031 0.002 0.001 180 D 0.020 0.170 0.436 0.006 0.080 0.091 0.031 0.001 0.158 0.006 0.002 181 P 0.468 0.016 0.336 0.111 0.001 0.031 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 182 S 0.322 0.081 0.238 0.181 0.075 0.022 0.015 0.030 0.013 0.023 0.001 183 D 0.253 0.063 0.176 0.268 0.052 0.047 0.073 0.022 0.027 0.016 0.002