# TARGET T0301 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 115 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.110 0.169 0.089 0.031 0.190 0.016 0.022 0.076 0.079 0.160 0.058 2 A 0.100 0.165 0.104 0.054 0.170 0.036 0.062 0.114 0.067 0.085 0.045 3 H 0.063 0.257 0.287 0.058 0.134 0.013 0.011 0.040 0.031 0.073 0.033 4 P 0.068 0.301 0.157 0.036 0.158 0.025 0.039 0.113 0.053 0.024 0.024 5 P 0.099 0.215 0.095 0.013 0.214 0.013 0.032 0.128 0.085 0.068 0.036 6 Q 0.135 0.106 0.032 0.019 0.201 0.021 0.038 0.132 0.152 0.104 0.061 7 I 0.101 0.252 0.076 0.016 0.280 0.013 0.028 0.107 0.058 0.050 0.021 8 R 0.149 0.172 0.064 0.009 0.263 0.007 0.033 0.076 0.056 0.118 0.052 9 I 0.139 0.335 0.126 0.014 0.287 0.006 0.006 0.028 0.013 0.014 0.033 10 P 0.136 0.222 0.062 0.019 0.338 0.028 0.040 0.067 0.024 0.019 0.044 11 A 0.232 0.116 0.020 0.006 0.525 0.004 0.006 0.032 0.018 0.013 0.029 12 T 0.186 0.115 0.014 0.008 0.510 0.015 0.036 0.064 0.020 0.012 0.019 13 Y 0.261 0.100 0.014 0.007 0.444 0.010 0.016 0.032 0.015 0.036 0.066 14 L 0.200 0.122 0.045 0.045 0.303 0.020 0.031 0.036 0.021 0.063 0.114 15 R 0.050 0.175 0.239 0.194 0.099 0.049 0.043 0.041 0.033 0.048 0.029 16 G 0.033 0.105 0.095 0.111 0.071 0.102 0.137 0.114 0.109 0.094 0.029 17 G 0.067 0.052 0.054 0.075 0.068 0.041 0.073 0.077 0.132 0.254 0.106 18 T 0.095 0.216 0.171 0.072 0.132 0.039 0.028 0.037 0.045 0.112 0.053 19 S 0.073 0.129 0.042 0.034 0.145 0.100 0.126 0.157 0.075 0.090 0.029 20 K 0.134 0.025 0.017 0.038 0.084 0.027 0.032 0.044 0.059 0.381 0.159 21 G 0.010 0.113 0.181 0.561 0.048 0.034 0.005 0.015 0.010 0.014 0.007 22 V 0.179 0.169 0.037 0.003 0.440 0.002 0.009 0.080 0.032 0.016 0.033 23 F 0.278 0.090 0.022 0.003 0.323 0.006 0.030 0.074 0.047 0.052 0.075 24 F 0.154 0.274 0.043 0.007 0.364 0.015 0.029 0.046 0.017 0.019 0.031 25 R 0.106 0.413 0.110 0.012 0.219 0.007 0.008 0.013 0.012 0.051 0.049 26 L 0.035 0.028 0.009 0.010 0.071 0.011 0.014 0.225 0.538 0.042 0.017 27 E 0.002 0.007 0.006 0.008 0.005 0.016 0.048 0.497 0.372 0.035 0.004 28 D 0.023 0.017 0.007 0.006 0.024 0.006 0.044 0.102 0.109 0.632 0.028 29 L 0.032 0.428 0.176 0.021 0.091 0.007 0.012 0.089 0.052 0.070 0.021 30 P 0.036 0.304 0.136 0.025 0.113 0.010 0.018 0.201 0.094 0.037 0.027 31 E 0.013 0.122 0.068 0.012 0.043 0.024 0.068 0.402 0.164 0.069 0.013 32 S 0.092 0.064 0.022 0.005 0.111 0.006 0.024 0.308 0.153 0.159 0.055 33 C 0.016 0.030 0.011 0.007 0.038 0.009 0.017 0.504 0.285 0.068 0.015 34 R 0.016 0.063 0.024 0.007 0.035 0.018 0.056 0.488 0.140 0.131 0.021 35 V 0.058 0.203 0.066 0.008 0.119 0.005 0.014 0.272 0.062 0.154 0.038 36 P 0.011 0.183 0.072 0.007 0.039 0.013 0.026 0.504 0.092 0.043 0.009 37 G 0.029 0.058 0.020 0.007 0.055 0.005 0.007 0.633 0.118 0.045 0.023 38 E 0.003 0.011 0.005 0.003 0.010 0.008 0.017 0.831 0.091 0.018 0.004 39 A 0.005 0.009 0.003 0.001 0.008 0.001 0.008 0.831 0.082 0.045 0.007 40 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.823 0.130 0.036 0.002 41 D 0.001 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.010 0.859 0.108 0.005 0.001 42 R 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.003 0.048 0.818 0.103 0.016 0.001 43 L 0.006 0.004 0.003 0.002 0.007 0.005 0.049 0.697 0.129 0.091 0.007 44 F 0.014 0.012 0.003 0.002 0.016 0.002 0.010 0.563 0.239 0.120 0.020 45 M 0.003 0.009 0.003 0.002 0.007 0.006 0.026 0.614 0.307 0.022 0.002 46 R 0.006 0.010 0.009 0.007 0.013 0.008 0.095 0.557 0.251 0.041 0.004 47 V 0.027 0.011 0.006 0.008 0.029 0.020 0.198 0.461 0.137 0.093 0.011 48 I 0.033 0.173 0.087 0.047 0.133 0.037 0.120 0.197 0.086 0.073 0.014 49 G 0.077 0.092 0.081 0.147 0.108 0.059 0.026 0.070 0.061 0.189 0.091 50 S 0.069 0.152 0.102 0.039 0.237 0.032 0.076 0.107 0.071 0.086 0.031 51 P 0.068 0.115 0.047 0.031 0.102 0.030 0.071 0.111 0.111 0.243 0.072 52 D 0.110 0.183 0.100 0.024 0.282 0.015 0.035 0.072 0.043 0.081 0.053 53 P 0.044 0.108 0.071 0.060 0.084 0.039 0.042 0.153 0.159 0.191 0.049 54 Y 0.083 0.178 0.164 0.050 0.166 0.023 0.034 0.092 0.071 0.098 0.042 55 A 0.043 0.113 0.054 0.032 0.074 0.028 0.052 0.215 0.200 0.154 0.034 56 A 0.123 0.124 0.028 0.011 0.183 0.010 0.047 0.117 0.096 0.173 0.086 57 H 0.116 0.249 0.083 0.033 0.275 0.028 0.025 0.068 0.036 0.050 0.037 58 I 0.191 0.159 0.048 0.023 0.253 0.025 0.040 0.103 0.041 0.045 0.072 59 D 0.065 0.085 0.098 0.135 0.080 0.105 0.122 0.088 0.068 0.105 0.048 60 G 0.064 0.135 0.171 0.118 0.103 0.027 0.027 0.087 0.095 0.129 0.045 61 M 0.075 0.161 0.130 0.098 0.133 0.051 0.067 0.081 0.063 0.095 0.046 62 G 0.033 0.089 0.088 0.203 0.062 0.128 0.108 0.056 0.054 0.135 0.044 63 G 0.087 0.096 0.078 0.084 0.129 0.045 0.047 0.071 0.089 0.206 0.069 64 A 0.134 0.183 0.116 0.051 0.181 0.019 0.024 0.042 0.057 0.106 0.087 65 T 0.069 0.304 0.162 0.032 0.237 0.017 0.023 0.036 0.043 0.042 0.035 66 S 0.120 0.123 0.049 0.013 0.237 0.013 0.025 0.109 0.167 0.103 0.041 67 S 0.128 0.053 0.021 0.014 0.150 0.025 0.108 0.129 0.146 0.159 0.068 68 T 0.189 0.095 0.021 0.019 0.200 0.019 0.019 0.037 0.053 0.228 0.121 69 S 0.113 0.283 0.045 0.015 0.427 0.011 0.013 0.023 0.013 0.038 0.017 70 K 0.376 0.042 0.008 0.015 0.389 0.019 0.022 0.022 0.009 0.031 0.066 71 C 0.188 0.128 0.009 0.004 0.637 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.026 72 V 0.062 0.196 0.014 0.001 0.723 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 73 I 0.363 0.044 0.004 0.001 0.570 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 74 L 0.228 0.030 0.009 0.053 0.162 0.144 0.098 0.035 0.013 0.072 0.155 75 S 0.015 0.466 0.317 0.050 0.108 0.003 0.007 0.013 0.005 0.010 0.006 76 K 0.056 0.300 0.206 0.020 0.144 0.007 0.010 0.072 0.099 0.061 0.025 77 S 0.073 0.309 0.157 0.006 0.255 0.006 0.028 0.101 0.044 0.009 0.013 78 S 0.034 0.055 0.013 0.007 0.068 0.025 0.212 0.223 0.198 0.140 0.023 79 Q 0.099 0.297 0.291 0.036 0.170 0.006 0.004 0.020 0.017 0.024 0.037 80 P 0.004 0.017 0.009 0.020 0.013 0.249 0.256 0.224 0.178 0.027 0.004 81 G 0.182 0.019 0.010 0.002 0.069 0.001 0.002 0.007 0.034 0.444 0.232 82 H 0.149 0.393 0.052 0.006 0.339 0.004 0.001 0.003 0.003 0.017 0.032 83 D 0.245 0.090 0.028 0.007 0.491 0.008 0.015 0.025 0.011 0.016 0.062 84 V 0.254 0.164 0.028 0.015 0.329 0.005 0.004 0.058 0.059 0.035 0.048 85 D 0.194 0.087 0.014 0.015 0.304 0.036 0.077 0.143 0.037 0.046 0.047 86 Y 0.274 0.129 0.012 0.004 0.477 0.006 0.010 0.031 0.011 0.012 0.033 87 L 0.367 0.032 0.006 0.009 0.406 0.010 0.023 0.036 0.015 0.014 0.081 88 Y 0.218 0.079 0.025 0.067 0.305 0.081 0.038 0.035 0.025 0.050 0.076 89 G 0.160 0.179 0.045 0.022 0.415 0.014 0.018 0.031 0.019 0.043 0.054 90 Q 0.293 0.086 0.015 0.006 0.337 0.006 0.017 0.029 0.027 0.081 0.103 91 V 0.096 0.320 0.112 0.035 0.336 0.011 0.013 0.016 0.010 0.021 0.029 92 S 0.146 0.292 0.153 0.019 0.307 0.006 0.006 0.015 0.008 0.017 0.031 93 I 0.052 0.078 0.037 0.035 0.078 0.050 0.111 0.290 0.188 0.053 0.027 94 D 0.031 0.066 0.070 0.100 0.046 0.072 0.080 0.099 0.101 0.286 0.050 95 K 0.068 0.194 0.108 0.048 0.165 0.018 0.029 0.088 0.132 0.111 0.038 96 P 0.054 0.123 0.071 0.036 0.102 0.025 0.071 0.207 0.162 0.108 0.041 97 F 0.094 0.156 0.045 0.010 0.237 0.014 0.067 0.164 0.104 0.076 0.033 98 V 0.157 0.223 0.037 0.009 0.365 0.015 0.018 0.035 0.029 0.052 0.061 99 D 0.337 0.066 0.036 0.014 0.336 0.011 0.021 0.031 0.023 0.026 0.101 100 W 0.057 0.094 0.058 0.040 0.083 0.019 0.022 0.106 0.175 0.290 0.056 101 S 0.044 0.237 0.122 0.076 0.130 0.039 0.080 0.111 0.075 0.067 0.019 102 G 0.035 0.079 0.056 0.076 0.058 0.079 0.116 0.189 0.139 0.132 0.042 103 N 0.048 0.048 0.072 0.087 0.057 0.057 0.118 0.156 0.104 0.182 0.071 104 C 0.060 0.134 0.091 0.050 0.096 0.027 0.042 0.201 0.157 0.110 0.031 105 G 0.014 0.056 0.058 0.060 0.031 0.045 0.074 0.292 0.206 0.140 0.026 106 N 0.042 0.042 0.017 0.007 0.062 0.008 0.037 0.363 0.262 0.129 0.030 107 L 0.026 0.029 0.016 0.009 0.036 0.008 0.030 0.511 0.241 0.076 0.019 108 S 0.018 0.020 0.012 0.013 0.030 0.016 0.076 0.542 0.214 0.050 0.008 109 T 0.024 0.046 0.023 0.022 0.046 0.020 0.078 0.448 0.214 0.064 0.014 110 G 0.020 0.033 0.020 0.013 0.042 0.007 0.031 0.616 0.136 0.068 0.014 111 A 0.015 0.052 0.028 0.008 0.024 0.005 0.019 0.647 0.147 0.045 0.009 112 G 0.005 0.027 0.037 0.014 0.014 0.009 0.029 0.742 0.104 0.017 0.003 113 A 0.008 0.009 0.006 0.003 0.013 0.004 0.025 0.837 0.083 0.009 0.003 114 F 0.002 0.009 0.006 0.002 0.010 0.002 0.005 0.853 0.100 0.010 0.002 115 A 0.005 0.006 0.002 0.001 0.012 0.002 0.016 0.876 0.068 0.011 0.002 116 L 0.014 0.017 0.007 0.001 0.018 0.003 0.026 0.698 0.185 0.022 0.007 117 H 0.017 0.020 0.007 0.003 0.024 0.011 0.155 0.664 0.076 0.018 0.005 118 A 0.004 0.610 0.259 0.031 0.042 0.008 0.011 0.014 0.008 0.010 0.002 119 G 0.070 0.037 0.028 0.034 0.038 0.008 0.008 0.029 0.024 0.415 0.307 120 L 0.147 0.183 0.054 0.012 0.239 0.020 0.047 0.096 0.065 0.087 0.048 121 V 0.050 0.476 0.132 0.017 0.242 0.006 0.008 0.020 0.010 0.023 0.016 122 D 0.138 0.288 0.168 0.018 0.264 0.010 0.012 0.037 0.015 0.015 0.036 123 P 0.059 0.167 0.099 0.029 0.151 0.022 0.037 0.166 0.137 0.101 0.033 124 A 0.054 0.248 0.178 0.024 0.172 0.010 0.028 0.125 0.065 0.068 0.028 125 R 0.089 0.239 0.089 0.010 0.219 0.017 0.053 0.104 0.061 0.095 0.024 126 I 0.070 0.378 0.217 0.024 0.168 0.014 0.023 0.044 0.019 0.020 0.024 127 P 0.080 0.183 0.133 0.040 0.140 0.051 0.095 0.143 0.062 0.036 0.037 128 E 0.029 0.089 0.127 0.147 0.050 0.138 0.121 0.122 0.088 0.064 0.026 129 D 0.033 0.172 0.125 0.124 0.087 0.077 0.068 0.059 0.068 0.151 0.035 130 G 0.054 0.068 0.067 0.059 0.076 0.027 0.037 0.035 0.062 0.408 0.105 131 I 0.223 0.181 0.050 0.009 0.328 0.006 0.010 0.016 0.022 0.070 0.084 132 C 0.103 0.283 0.045 0.007 0.512 0.004 0.003 0.005 0.003 0.015 0.021 133 E 0.377 0.041 0.003 0.001 0.543 0.001 0.003 0.003 0.001 0.003 0.024 134 V 0.222 0.090 0.003 0.001 0.673 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 135 R 0.176 0.092 0.006 0.001 0.714 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 136 I 0.677 0.012 0.001 0.001 0.256 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 137 W 0.177 0.112 0.021 0.069 0.277 0.131 0.069 0.025 0.008 0.021 0.091 138 Q 0.276 0.117 0.045 0.011 0.400 0.008 0.007 0.016 0.011 0.028 0.081 139 A 0.200 0.099 0.046 0.063 0.214 0.074 0.075 0.104 0.052 0.031 0.043 140 N 0.144 0.043 0.043 0.123 0.129 0.132 0.112 0.055 0.037 0.130 0.053 141 I 0.068 0.296 0.118 0.111 0.112 0.036 0.066 0.075 0.066 0.038 0.014 142 G 0.050 0.016 0.022 0.079 0.023 0.024 0.034 0.035 0.040 0.474 0.202 143 K 0.056 0.537 0.078 0.012 0.281 0.006 0.009 0.006 0.003 0.006 0.007 144 T 0.318 0.064 0.003 0.001 0.598 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 145 I 0.361 0.058 0.008 0.012 0.483 0.029 0.016 0.006 0.002 0.004 0.023 146 I 0.522 0.034 0.005 0.004 0.319 0.011 0.004 0.002 0.001 0.004 0.094 147 A 0.179 0.200 0.021 0.007 0.505 0.005 0.003 0.006 0.007 0.015 0.053 148 H 0.434 0.041 0.012 0.002 0.379 0.002 0.002 0.002 0.005 0.030 0.091 149 V 0.105 0.337 0.040 0.001 0.502 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 150 P 0.151 0.232 0.010 0.002 0.545 0.002 0.001 0.003 0.002 0.012 0.040 151 V 0.108 0.276 0.485 0.022 0.072 0.003 0.002 0.006 0.006 0.004 0.016 152 S 0.002 0.002 0.016 0.049 0.002 0.133 0.124 0.457 0.208 0.006 0.002 153 G 0.001 0.395 0.321 0.247 0.012 0.005 0.003 0.005 0.003 0.008 0.001 154 G 0.007 0.021 0.026 0.027 0.011 0.003 0.002 0.011 0.015 0.684 0.193 155 Q 0.029 0.580 0.091 0.001 0.268 0.002 0.004 0.011 0.004 0.006 0.004 156 V 0.317 0.163 0.016 0.001 0.449 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.043 157 Q 0.071 0.371 0.271 0.020 0.217 0.013 0.013 0.006 0.002 0.003 0.011 158 E 0.274 0.168 0.074 0.025 0.271 0.023 0.026 0.053 0.026 0.010 0.049 159 T 0.041 0.111 0.112 0.143 0.084 0.084 0.128 0.085 0.075 0.097 0.040 160 G 0.040 0.162 0.106 0.257 0.078 0.102 0.037 0.040 0.040 0.103 0.033 161 D 0.222 0.080 0.017 0.011 0.231 0.015 0.028 0.065 0.095 0.139 0.096 162 F 0.183 0.216 0.037 0.005 0.418 0.002 0.003 0.013 0.020 0.048 0.055 163 E 0.263 0.175 0.057 0.007 0.382 0.005 0.005 0.011 0.010 0.018 0.067 164 L 0.154 0.195 0.161 0.090 0.211 0.036 0.013 0.024 0.020 0.031 0.065 165 D 0.025 0.122 0.090 0.168 0.067 0.085 0.184 0.087 0.086 0.068 0.020 166 G 0.061 0.039 0.051 0.087 0.048 0.051 0.044 0.043 0.089 0.406 0.081 167 V 0.071 0.328 0.189 0.053 0.221 0.020 0.026 0.026 0.018 0.021 0.027 168 T 0.061 0.104 0.063 0.107 0.100 0.146 0.169 0.044 0.047 0.096 0.062 169 F 0.057 0.102 0.195 0.194 0.125 0.034 0.030 0.025 0.039 0.149 0.050 170 P 0.115 0.161 0.087 0.029 0.165 0.018 0.034 0.058 0.073 0.170 0.089 171 A 0.050 0.128 0.186 0.124 0.085 0.043 0.033 0.030 0.051 0.203 0.067 172 A 0.048 0.369 0.215 0.036 0.202 0.014 0.024 0.031 0.020 0.027 0.013 173 E 0.263 0.154 0.030 0.005 0.441 0.006 0.011 0.017 0.011 0.016 0.049 174 I 0.158 0.267 0.025 0.004 0.501 0.005 0.003 0.007 0.003 0.005 0.022 175 V 0.287 0.091 0.011 0.001 0.546 0.004 0.006 0.005 0.002 0.007 0.042 176 L 0.318 0.135 0.014 0.007 0.452 0.006 0.005 0.007 0.005 0.007 0.045 177 E 0.250 0.117 0.028 0.017 0.415 0.011 0.013 0.016 0.010 0.031 0.093 178 F 0.196 0.198 0.051 0.009 0.433 0.005 0.009 0.021 0.010 0.021 0.048 179 L 0.109 0.213 0.068 0.043 0.248 0.051 0.052 0.058 0.048 0.059 0.049 180 D 0.191 0.175 0.145 0.043 0.269 0.016 0.018 0.030 0.026 0.026 0.062 181 P 0.056 0.054 0.047 0.043 0.058 0.033 0.052 0.193 0.254 0.167 0.044 182 S 0.024 0.216 0.146 0.069 0.080 0.051 0.123 0.128 0.071 0.076 0.015 183 D 0.036 0.069 0.117 0.192 0.056 0.086 0.037 0.068 0.053 0.209 0.077