# TARGET T0301 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 115 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.795 0.154 0.040 0.010 0.001 0.001 0.001 2 A 0.693 0.181 0.074 0.040 0.011 0.001 0.001 3 H 0.644 0.203 0.082 0.045 0.021 0.005 0.001 4 P 0.607 0.216 0.094 0.054 0.022 0.007 0.001 5 P 0.590 0.235 0.104 0.050 0.016 0.004 0.001 6 Q 0.416 0.243 0.157 0.113 0.052 0.016 0.003 7 I 0.437 0.299 0.148 0.082 0.029 0.004 0.001 8 R 0.295 0.368 0.191 0.104 0.034 0.007 0.001 9 I 0.205 0.157 0.148 0.239 0.182 0.063 0.006 10 P 0.165 0.252 0.264 0.210 0.087 0.020 0.002 11 A 0.224 0.137 0.125 0.167 0.189 0.132 0.026 12 T 0.118 0.109 0.139 0.201 0.210 0.171 0.052 13 Y 0.082 0.089 0.108 0.174 0.202 0.219 0.126 14 L 0.111 0.143 0.125 0.145 0.143 0.159 0.174 15 R 0.049 0.079 0.089 0.137 0.186 0.216 0.244 16 G 0.051 0.068 0.079 0.117 0.145 0.255 0.285 17 G 0.061 0.067 0.071 0.131 0.194 0.260 0.216 18 T 0.045 0.059 0.080 0.125 0.190 0.269 0.232 19 S 0.039 0.048 0.063 0.112 0.175 0.272 0.291 20 K 0.023 0.051 0.080 0.132 0.167 0.255 0.293 21 G 0.012 0.021 0.037 0.082 0.150 0.303 0.395 22 V 0.006 0.011 0.022 0.052 0.115 0.339 0.455 23 F 0.009 0.013 0.031 0.076 0.161 0.401 0.310 24 F 0.007 0.018 0.035 0.085 0.208 0.419 0.228 25 R 0.016 0.061 0.153 0.280 0.290 0.172 0.028 26 L 0.035 0.102 0.158 0.271 0.292 0.126 0.016 27 E 0.248 0.402 0.230 0.091 0.023 0.006 0.001 28 D 0.138 0.249 0.271 0.225 0.093 0.023 0.001 29 L 0.058 0.091 0.177 0.306 0.285 0.082 0.002 30 P 0.308 0.290 0.197 0.136 0.056 0.012 0.001 31 E 0.635 0.235 0.086 0.032 0.009 0.002 0.001 32 S 0.429 0.316 0.155 0.074 0.021 0.004 0.001 33 C 0.326 0.326 0.199 0.111 0.032 0.006 0.001 34 R 0.485 0.285 0.125 0.066 0.029 0.009 0.001 35 V 0.244 0.243 0.226 0.169 0.091 0.025 0.003 36 P 0.143 0.198 0.222 0.235 0.147 0.050 0.005 37 G 0.173 0.329 0.241 0.163 0.073 0.018 0.002 38 E 0.201 0.318 0.250 0.159 0.057 0.013 0.002 39 A 0.019 0.042 0.081 0.187 0.337 0.283 0.051 40 R 0.012 0.024 0.051 0.133 0.279 0.385 0.116 41 D 0.050 0.152 0.233 0.274 0.192 0.087 0.012 42 R 0.038 0.083 0.143 0.255 0.266 0.180 0.035 43 L 0.009 0.009 0.013 0.038 0.135 0.425 0.370 44 F 0.011 0.016 0.033 0.088 0.202 0.370 0.279 45 M 0.047 0.125 0.190 0.247 0.198 0.128 0.065 46 R 0.033 0.065 0.101 0.174 0.241 0.218 0.169 47 V 0.016 0.023 0.028 0.052 0.107 0.290 0.484 48 I 0.034 0.059 0.088 0.132 0.160 0.223 0.304 49 G 0.077 0.097 0.096 0.131 0.146 0.189 0.265 50 S 0.080 0.084 0.074 0.109 0.165 0.235 0.253 51 P 0.117 0.137 0.134 0.183 0.178 0.148 0.104 52 D 0.114 0.183 0.193 0.205 0.152 0.096 0.056 53 P 0.108 0.118 0.123 0.187 0.202 0.167 0.096 54 Y 0.045 0.097 0.119 0.185 0.206 0.217 0.130 55 A 0.048 0.079 0.128 0.188 0.208 0.209 0.139 56 A 0.015 0.037 0.069 0.132 0.249 0.285 0.213 57 H 0.006 0.015 0.028 0.058 0.121 0.348 0.424 58 I 0.006 0.010 0.019 0.055 0.144 0.372 0.395 59 D 0.013 0.025 0.043 0.077 0.125 0.286 0.431 60 G 0.015 0.018 0.028 0.070 0.152 0.279 0.439 61 M 0.016 0.026 0.040 0.062 0.117 0.271 0.468 62 G 0.034 0.054 0.072 0.119 0.157 0.256 0.309 63 G 0.027 0.042 0.058 0.107 0.177 0.259 0.330 64 A 0.050 0.062 0.066 0.102 0.150 0.242 0.328 65 T 0.073 0.086 0.106 0.147 0.171 0.202 0.215 66 S 0.070 0.068 0.076 0.127 0.170 0.248 0.242 67 S 0.072 0.085 0.081 0.129 0.177 0.235 0.222 68 T 0.017 0.035 0.058 0.118 0.171 0.275 0.327 69 S 0.008 0.014 0.028 0.068 0.156 0.310 0.417 70 K 0.005 0.012 0.019 0.043 0.100 0.283 0.538 71 C 0.004 0.006 0.015 0.039 0.084 0.307 0.545 72 V 0.004 0.006 0.015 0.043 0.099 0.308 0.525 73 I 0.003 0.005 0.010 0.028 0.100 0.393 0.459 74 L 0.008 0.013 0.030 0.097 0.243 0.450 0.159 75 S 0.035 0.119 0.182 0.243 0.265 0.138 0.017 76 K 0.095 0.194 0.280 0.282 0.114 0.031 0.004 77 S 0.250 0.249 0.185 0.163 0.116 0.034 0.003 78 S 0.371 0.309 0.189 0.100 0.027 0.005 0.001 79 Q 0.435 0.254 0.158 0.103 0.039 0.010 0.001 80 P 0.697 0.207 0.065 0.022 0.006 0.002 0.001 81 G 0.551 0.274 0.115 0.044 0.012 0.002 0.001 82 H 0.124 0.116 0.155 0.262 0.241 0.088 0.012 83 D 0.164 0.218 0.189 0.194 0.136 0.083 0.017 84 V 0.090 0.065 0.067 0.130 0.186 0.303 0.158 85 D 0.065 0.096 0.152 0.212 0.223 0.179 0.072 86 Y 0.045 0.040 0.058 0.099 0.194 0.356 0.208 87 L 0.027 0.026 0.045 0.095 0.150 0.325 0.332 88 Y 0.028 0.028 0.050 0.101 0.154 0.305 0.334 89 G 0.019 0.027 0.036 0.072 0.158 0.370 0.319 90 Q 0.024 0.029 0.047 0.097 0.217 0.404 0.181 91 V 0.029 0.046 0.074 0.143 0.209 0.368 0.130 92 S 0.045 0.093 0.174 0.291 0.259 0.122 0.016 93 I 0.073 0.084 0.125 0.231 0.334 0.141 0.011 94 D 0.484 0.300 0.129 0.065 0.017 0.004 0.001 95 K 0.626 0.263 0.075 0.027 0.007 0.002 0.001 96 P 0.412 0.298 0.163 0.089 0.031 0.007 0.001 97 F 0.148 0.247 0.229 0.221 0.123 0.030 0.002 98 V 0.103 0.099 0.148 0.225 0.253 0.154 0.020 99 D 0.078 0.150 0.183 0.233 0.209 0.124 0.023 100 W 0.148 0.133 0.138 0.172 0.194 0.167 0.047 101 S 0.136 0.173 0.174 0.195 0.165 0.113 0.045 102 G 0.105 0.152 0.171 0.203 0.178 0.130 0.061 103 N 0.062 0.107 0.122 0.174 0.207 0.199 0.130 104 C 0.027 0.058 0.088 0.159 0.210 0.238 0.219 105 G 0.042 0.058 0.064 0.091 0.145 0.241 0.358 106 N 0.053 0.053 0.053 0.086 0.130 0.231 0.394 107 L 0.046 0.041 0.046 0.074 0.112 0.261 0.420 108 S 0.028 0.031 0.041 0.083 0.137 0.250 0.429 109 T 0.021 0.029 0.034 0.063 0.111 0.246 0.497 110 G 0.011 0.015 0.021 0.045 0.094 0.234 0.580 111 A 0.015 0.026 0.036 0.063 0.114 0.242 0.504 112 G 0.010 0.019 0.030 0.064 0.097 0.241 0.538 113 A 0.008 0.013 0.019 0.044 0.091 0.263 0.563 114 F 0.010 0.014 0.024 0.055 0.125 0.328 0.443 115 A 0.009 0.020 0.045 0.102 0.173 0.304 0.347 116 L 0.009 0.013 0.027 0.065 0.154 0.352 0.380 117 H 0.015 0.030 0.041 0.087 0.182 0.393 0.251 118 A 0.020 0.056 0.120 0.216 0.264 0.257 0.067 119 G 0.021 0.076 0.154 0.259 0.247 0.198 0.045 120 L 0.014 0.037 0.077 0.189 0.321 0.313 0.050 121 V 0.031 0.053 0.091 0.204 0.360 0.242 0.018 122 D 0.131 0.291 0.289 0.205 0.071 0.012 0.001 123 P 0.348 0.302 0.204 0.101 0.035 0.008 0.001 124 A 0.504 0.288 0.127 0.058 0.019 0.004 0.001 125 R 0.447 0.297 0.145 0.082 0.024 0.004 0.001 126 I 0.212 0.232 0.261 0.205 0.076 0.013 0.001 127 P 0.607 0.247 0.090 0.042 0.012 0.002 0.001 128 E 0.749 0.180 0.050 0.018 0.004 0.001 0.001 129 D 0.709 0.217 0.055 0.015 0.003 0.001 0.001 130 G 0.301 0.394 0.191 0.093 0.018 0.002 0.001 131 I 0.071 0.343 0.327 0.201 0.051 0.007 0.001 132 C 0.006 0.021 0.054 0.188 0.428 0.286 0.017 133 E 0.004 0.047 0.219 0.415 0.251 0.060 0.004 134 V 0.004 0.010 0.023 0.077 0.244 0.495 0.147 135 R 0.006 0.045 0.137 0.296 0.303 0.183 0.031 136 I 0.003 0.008 0.019 0.060 0.178 0.504 0.228 137 W 0.015 0.053 0.093 0.215 0.283 0.274 0.067 138 Q 0.068 0.167 0.161 0.205 0.214 0.158 0.026 139 A 0.097 0.184 0.260 0.254 0.134 0.060 0.010 140 N 0.110 0.145 0.149 0.207 0.220 0.148 0.020 141 I 0.103 0.131 0.154 0.219 0.220 0.148 0.024 142 G 0.124 0.220 0.216 0.217 0.131 0.077 0.015 143 K 0.143 0.267 0.252 0.164 0.119 0.048 0.008 144 T 0.072 0.166 0.181 0.214 0.207 0.140 0.022 145 I 0.018 0.028 0.071 0.211 0.329 0.307 0.035 146 I 0.049 0.147 0.249 0.299 0.184 0.063 0.007 147 A 0.049 0.112 0.111 0.151 0.302 0.251 0.023 148 H 0.013 0.069 0.265 0.420 0.181 0.048 0.003 149 V 0.032 0.049 0.081 0.248 0.365 0.212 0.013 150 P 0.169 0.423 0.262 0.113 0.028 0.004 0.001 151 V 0.123 0.167 0.211 0.258 0.181 0.058 0.003 152 S 0.558 0.293 0.106 0.037 0.006 0.001 0.001 153 G 0.670 0.264 0.052 0.012 0.002 0.001 0.001 154 G 0.402 0.283 0.169 0.111 0.029 0.004 0.001 155 Q 0.255 0.434 0.216 0.077 0.015 0.002 0.001 156 V 0.056 0.065 0.125 0.280 0.331 0.132 0.010 157 Q 0.124 0.326 0.308 0.179 0.055 0.008 0.001 158 E 0.131 0.213 0.239 0.271 0.122 0.023 0.002 159 T 0.245 0.423 0.207 0.090 0.028 0.006 0.001 160 G 0.101 0.225 0.234 0.263 0.140 0.034 0.002 161 D 0.090 0.265 0.296 0.214 0.103 0.029 0.003 162 F 0.052 0.087 0.120 0.211 0.300 0.201 0.028 163 E 0.070 0.189 0.244 0.259 0.156 0.070 0.013 164 L 0.052 0.061 0.093 0.189 0.261 0.266 0.078 165 D 0.126 0.190 0.186 0.205 0.167 0.099 0.028 166 G 0.154 0.154 0.152 0.176 0.164 0.144 0.056 167 V 0.152 0.124 0.111 0.159 0.190 0.188 0.076 168 T 0.179 0.234 0.202 0.174 0.113 0.073 0.026 169 F 0.145 0.162 0.165 0.199 0.165 0.114 0.049 170 P 0.233 0.274 0.191 0.145 0.089 0.048 0.021 171 A 0.224 0.222 0.182 0.176 0.118 0.062 0.015 172 A 0.132 0.170 0.192 0.237 0.171 0.084 0.015 173 E 0.193 0.292 0.251 0.174 0.068 0.019 0.003 174 I 0.101 0.122 0.131 0.213 0.269 0.147 0.017 175 V 0.055 0.165 0.308 0.299 0.131 0.039 0.004 176 L 0.052 0.057 0.089 0.194 0.303 0.263 0.043 177 E 0.140 0.248 0.265 0.196 0.109 0.036 0.005 178 F 0.158 0.137 0.153 0.204 0.198 0.129 0.021 179 L 0.267 0.238 0.202 0.156 0.090 0.042 0.005 180 D 0.340 0.268 0.173 0.127 0.064 0.025 0.003 181 P 0.461 0.205 0.130 0.109 0.064 0.027 0.003 182 S 0.467 0.189 0.126 0.119 0.070 0.025 0.003 183 D 0.687 0.187 0.073 0.034 0.013 0.005 0.001