# TARGET T0301 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.35855 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.005 0.005 0.009 0.120 0.838 2 A 0.040 0.012 0.006 0.014 0.132 0.795 3 H 0.035 0.020 0.004 0.007 0.137 0.797 4 P 0.031 0.013 0.009 0.007 0.204 0.736 5 P 0.071 0.013 0.041 0.012 0.238 0.625 6 Q 0.289 0.018 0.086 0.012 0.212 0.382 7 I 0.488 0.013 0.052 0.018 0.156 0.273 8 R 0.571 0.021 0.014 0.010 0.101 0.283 9 I 0.436 0.009 0.005 0.004 0.145 0.399 10 P 0.338 0.005 0.008 0.003 0.178 0.468 11 A 0.683 0.022 0.016 0.005 0.092 0.181 12 T 0.824 0.017 0.016 0.008 0.055 0.080 13 Y 0.858 0.012 0.016 0.012 0.038 0.064 14 L 0.690 0.033 0.014 0.018 0.091 0.155 15 R 0.461 0.033 0.014 0.014 0.231 0.248 16 G 0.228 0.015 0.020 0.020 0.434 0.283 17 G 0.105 0.029 0.023 0.017 0.493 0.332 18 T 0.092 0.065 0.018 0.021 0.556 0.248 19 S 0.052 0.027 0.019 0.019 0.625 0.258 20 K 0.089 0.022 0.032 0.048 0.609 0.199 21 G 0.208 0.016 0.083 0.066 0.438 0.190 22 V 0.503 0.013 0.115 0.073 0.182 0.114 23 F 0.605 0.032 0.081 0.076 0.096 0.110 24 F 0.555 0.065 0.039 0.072 0.096 0.174 25 R 0.460 0.031 0.038 0.050 0.165 0.256 26 L 0.032 0.004 0.598 0.090 0.223 0.053 27 E 0.017 0.005 0.628 0.084 0.213 0.054 28 D 0.009 0.008 0.518 0.073 0.304 0.088 29 L 0.007 0.029 0.028 0.031 0.372 0.533 30 P 0.004 0.015 0.069 0.072 0.438 0.402 31 E 0.002 0.008 0.394 0.182 0.337 0.078 32 S 0.003 0.007 0.407 0.117 0.415 0.051 33 C 0.006 0.022 0.281 0.081 0.522 0.089 34 R 0.009 0.023 0.068 0.052 0.634 0.213 35 V 0.006 0.015 0.026 0.051 0.732 0.171 36 P 0.003 0.005 0.025 0.077 0.647 0.244 37 G 0.004 0.010 0.026 0.140 0.439 0.381 38 E 0.005 0.010 0.016 0.541 0.193 0.235 39 A 0.002 0.003 0.019 0.909 0.033 0.035 40 R 0.003 0.002 0.015 0.932 0.022 0.026 41 D 0.007 0.002 0.023 0.891 0.035 0.043 42 R 0.005 0.001 0.012 0.951 0.017 0.014 43 L 0.012 0.001 0.008 0.948 0.020 0.011 44 F 0.014 0.002 0.011 0.937 0.026 0.011 45 M 0.018 0.001 0.018 0.936 0.019 0.009 46 R 0.020 0.001 0.024 0.934 0.014 0.007 47 V 0.025 0.002 0.021 0.922 0.016 0.014 48 I 0.033 0.006 0.032 0.783 0.049 0.097 49 G 0.058 0.026 0.032 0.235 0.172 0.478 50 S 0.057 0.033 0.019 0.091 0.299 0.502 51 P 0.025 0.027 0.011 0.051 0.314 0.571 52 D 0.010 0.015 0.006 0.018 0.456 0.496 53 P 0.003 0.006 0.135 0.279 0.480 0.097 54 Y 0.005 0.006 0.204 0.361 0.368 0.057 55 A 0.008 0.007 0.220 0.290 0.427 0.049 56 A 0.031 0.015 0.102 0.206 0.451 0.195 57 H 0.082 0.050 0.083 0.230 0.309 0.246 58 I 0.143 0.039 0.087 0.206 0.319 0.206 59 D 0.154 0.020 0.078 0.131 0.329 0.287 60 G 0.204 0.026 0.067 0.083 0.296 0.323 61 M 0.175 0.090 0.041 0.041 0.381 0.272 62 G 0.152 0.038 0.024 0.016 0.499 0.271 63 G 0.085 0.019 0.020 0.013 0.541 0.322 64 A 0.064 0.040 0.016 0.009 0.400 0.470 65 T 0.053 0.046 0.016 0.010 0.530 0.344 66 S 0.044 0.026 0.029 0.019 0.695 0.187 67 S 0.039 0.018 0.048 0.010 0.720 0.166 68 T 0.125 0.028 0.043 0.008 0.656 0.140 69 S 0.322 0.013 0.031 0.004 0.409 0.220 70 K 0.680 0.011 0.009 0.003 0.128 0.170 71 C 0.944 0.004 0.002 0.001 0.018 0.032 72 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 73 I 0.978 0.002 0.001 0.001 0.005 0.014 74 L 0.923 0.004 0.001 0.001 0.012 0.059 75 S 0.672 0.007 0.002 0.002 0.118 0.199 76 K 0.135 0.009 0.020 0.004 0.728 0.104 77 S 0.031 0.007 0.026 0.004 0.826 0.106 78 S 0.018 0.021 0.025 0.007 0.805 0.125 79 Q 0.014 0.025 0.007 0.003 0.824 0.128 80 P 0.011 0.011 0.040 0.032 0.625 0.281 81 G 0.011 0.009 0.236 0.113 0.526 0.105 82 H 0.061 0.019 0.184 0.093 0.514 0.128 83 D 0.148 0.025 0.098 0.075 0.269 0.386 84 V 0.380 0.020 0.040 0.054 0.207 0.298 85 D 0.512 0.012 0.021 0.026 0.173 0.256 86 Y 0.814 0.007 0.012 0.011 0.070 0.087 87 L 0.877 0.004 0.006 0.007 0.044 0.062 88 Y 0.921 0.002 0.008 0.010 0.021 0.038 89 G 0.933 0.002 0.006 0.010 0.013 0.036 90 Q 0.926 0.002 0.005 0.009 0.013 0.044 91 V 0.871 0.007 0.005 0.011 0.021 0.085 92 S 0.714 0.014 0.004 0.008 0.105 0.157 93 I 0.399 0.012 0.006 0.007 0.242 0.335 94 D 0.167 0.018 0.011 0.007 0.410 0.387 95 K 0.084 0.018 0.044 0.007 0.562 0.285 96 P 0.127 0.008 0.065 0.012 0.403 0.385 97 F 0.309 0.040 0.106 0.019 0.286 0.240 98 V 0.352 0.113 0.023 0.027 0.165 0.320 99 D 0.263 0.096 0.014 0.039 0.203 0.385 100 W 0.076 0.019 0.024 0.098 0.387 0.397 101 S 0.043 0.024 0.031 0.072 0.505 0.324 102 G 0.020 0.023 0.049 0.107 0.605 0.195 103 N 0.017 0.016 0.053 0.099 0.570 0.245 104 C 0.042 0.057 0.062 0.221 0.406 0.212 105 G 0.066 0.027 0.094 0.255 0.372 0.185 106 N 0.074 0.034 0.099 0.327 0.281 0.186 107 L 0.050 0.019 0.150 0.512 0.172 0.096 108 S 0.037 0.006 0.156 0.607 0.115 0.078 109 T 0.030 0.003 0.166 0.691 0.076 0.034 110 G 0.012 0.003 0.077 0.867 0.026 0.015 111 A 0.008 0.003 0.034 0.927 0.012 0.016 112 G 0.003 0.001 0.017 0.949 0.010 0.019 113 A 0.003 0.001 0.023 0.946 0.017 0.012 114 F 0.006 0.001 0.034 0.930 0.023 0.005 115 A 0.003 0.001 0.026 0.949 0.018 0.003 116 L 0.002 0.001 0.024 0.957 0.014 0.002 117 H 0.003 0.001 0.031 0.936 0.023 0.007 118 A 0.003 0.002 0.040 0.853 0.056 0.046 119 G 0.006 0.004 0.017 0.036 0.149 0.788 120 L 0.021 0.040 0.011 0.004 0.184 0.741 121 V 0.088 0.107 0.014 0.003 0.300 0.489 122 D 0.064 0.016 0.028 0.004 0.705 0.183 123 P 0.006 0.001 0.491 0.020 0.449 0.031 124 A 0.013 0.003 0.512 0.031 0.402 0.039 125 R 0.081 0.037 0.382 0.043 0.404 0.053 126 I 0.129 0.122 0.024 0.017 0.357 0.351 127 P 0.078 0.053 0.031 0.015 0.754 0.070 128 E 0.042 0.014 0.060 0.008 0.825 0.051 129 D 0.022 0.002 0.034 0.002 0.893 0.047 130 G 0.133 0.007 0.013 0.001 0.715 0.132 131 I 0.700 0.019 0.002 0.001 0.056 0.224 132 C 0.957 0.004 0.001 0.001 0.009 0.030 133 E 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 134 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 135 R 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 136 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 137 W 0.939 0.001 0.001 0.006 0.012 0.041 138 Q 0.738 0.005 0.003 0.013 0.085 0.157 139 A 0.280 0.009 0.014 0.041 0.329 0.326 140 N 0.113 0.013 0.048 0.034 0.589 0.203 141 I 0.097 0.013 0.050 0.052 0.654 0.133 142 G 0.075 0.004 0.032 0.036 0.644 0.209 143 K 0.484 0.011 0.013 0.021 0.316 0.155 144 T 0.839 0.006 0.004 0.017 0.058 0.076 145 I 0.944 0.002 0.003 0.013 0.016 0.021 146 I 0.952 0.001 0.003 0.019 0.009 0.016 147 A 0.943 0.001 0.002 0.018 0.011 0.025 148 H 0.901 0.001 0.001 0.008 0.018 0.070 149 V 0.828 0.005 0.001 0.003 0.025 0.138 150 P 0.798 0.013 0.001 0.001 0.041 0.145 151 V 0.554 0.034 0.003 0.001 0.353 0.055 152 S 0.145 0.006 0.004 0.001 0.809 0.036 153 G 0.027 0.002 0.004 0.001 0.937 0.029 154 G 0.140 0.010 0.003 0.002 0.802 0.044 155 Q 0.698 0.022 0.003 0.003 0.124 0.149 156 V 0.878 0.034 0.003 0.004 0.031 0.049 157 Q 0.849 0.017 0.006 0.005 0.061 0.061 158 E 0.741 0.007 0.008 0.005 0.129 0.110 159 T 0.490 0.007 0.011 0.005 0.305 0.182 160 G 0.391 0.013 0.014 0.005 0.361 0.216 161 D 0.526 0.025 0.013 0.005 0.185 0.245 162 F 0.734 0.020 0.014 0.005 0.094 0.133 163 E 0.753 0.025 0.009 0.005 0.080 0.128 164 L 0.647 0.029 0.014 0.008 0.211 0.091 165 D 0.336 0.014 0.012 0.009 0.471 0.159 166 G 0.135 0.007 0.010 0.007 0.593 0.247 167 V 0.322 0.057 0.005 0.008 0.384 0.225 168 T 0.317 0.060 0.004 0.008 0.176 0.435 169 F 0.194 0.025 0.010 0.009 0.384 0.378 170 P 0.106 0.011 0.032 0.014 0.453 0.385 171 A 0.181 0.014 0.116 0.027 0.394 0.268 172 A 0.396 0.012 0.091 0.026 0.277 0.198 173 E 0.634 0.006 0.032 0.017 0.121 0.190 174 I 0.823 0.009 0.007 0.013 0.040 0.108 175 V 0.909 0.005 0.002 0.009 0.023 0.052 176 L 0.921 0.003 0.002 0.010 0.020 0.044 177 E 0.892 0.005 0.004 0.011 0.031 0.057 178 F 0.835 0.015 0.005 0.017 0.048 0.081 179 L 0.479 0.016 0.011 0.016 0.170 0.309 180 D 0.141 0.015 0.012 0.008 0.310 0.514 181 P 0.035 0.017 0.020 0.014 0.398 0.515 182 S 0.020 0.032 0.010 0.013 0.276 0.649 183 D 0.006 0.006 0.001 0.001 0.117 0.870