# TARGET T0301 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.35855 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.136 0.088 0.052 0.108 0.104 0.109 0.136 0.098 0.080 0.055 0.034 2 A 0.211 0.156 0.076 0.129 0.108 0.092 0.084 0.056 0.045 0.026 0.017 3 H 0.135 0.130 0.062 0.154 0.121 0.106 0.113 0.072 0.054 0.033 0.020 4 P 0.108 0.093 0.062 0.118 0.117 0.105 0.123 0.087 0.077 0.061 0.049 5 P 0.144 0.133 0.055 0.179 0.128 0.102 0.110 0.061 0.046 0.026 0.015 6 Q 0.132 0.104 0.082 0.172 0.132 0.098 0.092 0.061 0.055 0.043 0.028 7 I 0.031 0.038 0.022 0.064 0.078 0.108 0.197 0.139 0.132 0.114 0.077 8 R 0.094 0.163 0.072 0.235 0.170 0.102 0.064 0.049 0.028 0.015 0.007 9 I 0.004 0.004 0.003 0.007 0.016 0.044 0.105 0.179 0.226 0.232 0.182 10 P 0.126 0.215 0.059 0.239 0.181 0.091 0.037 0.027 0.014 0.006 0.003 11 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.014 0.053 0.083 0.207 0.293 0.336 12 T 0.043 0.058 0.040 0.134 0.143 0.106 0.125 0.102 0.098 0.077 0.073 13 Y 0.004 0.008 0.011 0.040 0.042 0.062 0.158 0.135 0.194 0.189 0.159 14 L 0.010 0.018 0.028 0.054 0.063 0.076 0.132 0.134 0.154 0.172 0.159 15 R 0.012 0.020 0.015 0.056 0.066 0.097 0.185 0.156 0.169 0.132 0.092 16 G 0.042 0.043 0.043 0.088 0.090 0.100 0.133 0.114 0.138 0.118 0.090 17 G 0.030 0.031 0.019 0.062 0.077 0.105 0.183 0.140 0.139 0.117 0.097 18 T 0.044 0.061 0.029 0.100 0.093 0.096 0.142 0.122 0.126 0.101 0.086 19 S 0.015 0.019 0.013 0.037 0.044 0.060 0.129 0.126 0.170 0.187 0.201 20 K 0.054 0.082 0.036 0.149 0.150 0.135 0.141 0.089 0.076 0.051 0.036 21 G 0.028 0.030 0.025 0.077 0.085 0.104 0.152 0.117 0.160 0.127 0.096 22 V 0.015 0.019 0.014 0.069 0.090 0.112 0.218 0.149 0.133 0.104 0.076 23 F 0.010 0.012 0.020 0.050 0.049 0.051 0.124 0.136 0.192 0.197 0.160 24 F 0.004 0.006 0.016 0.020 0.028 0.041 0.111 0.144 0.199 0.223 0.208 25 R 0.015 0.048 0.063 0.124 0.139 0.132 0.173 0.121 0.089 0.058 0.036 26 L 0.020 0.024 0.037 0.071 0.082 0.108 0.190 0.127 0.138 0.119 0.084 27 E 0.269 0.124 0.108 0.185 0.125 0.079 0.060 0.022 0.016 0.008 0.003 28 D 0.102 0.095 0.065 0.151 0.111 0.108 0.154 0.086 0.063 0.043 0.022 29 L 0.018 0.031 0.013 0.035 0.049 0.081 0.192 0.200 0.152 0.127 0.102 30 P 0.124 0.129 0.076 0.149 0.134 0.110 0.099 0.072 0.052 0.032 0.023 31 E 0.284 0.147 0.150 0.177 0.112 0.060 0.035 0.015 0.011 0.006 0.003 32 S 0.217 0.097 0.054 0.165 0.147 0.099 0.099 0.051 0.039 0.022 0.011 33 C 0.027 0.012 0.009 0.020 0.027 0.048 0.144 0.140 0.212 0.189 0.171 34 R 0.116 0.195 0.134 0.251 0.128 0.072 0.055 0.025 0.013 0.007 0.004 35 V 0.055 0.086 0.076 0.097 0.091 0.105 0.167 0.130 0.081 0.067 0.046 36 P 0.417 0.245 0.051 0.105 0.076 0.046 0.028 0.018 0.009 0.004 0.002 37 G 0.737 0.128 0.029 0.046 0.031 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 38 E 0.621 0.133 0.050 0.079 0.054 0.030 0.017 0.008 0.006 0.002 0.001 39 A 0.104 0.136 0.057 0.141 0.116 0.116 0.156 0.078 0.053 0.026 0.016 40 R 0.020 0.059 0.095 0.112 0.106 0.127 0.179 0.118 0.084 0.061 0.039 41 D 0.045 0.067 0.224 0.201 0.153 0.140 0.093 0.039 0.022 0.012 0.005 42 R 0.075 0.062 0.196 0.205 0.163 0.138 0.088 0.041 0.021 0.009 0.003 43 L 0.003 0.006 0.013 0.028 0.039 0.066 0.184 0.192 0.192 0.167 0.111 44 F 0.001 0.002 0.009 0.012 0.018 0.032 0.101 0.145 0.223 0.237 0.220 45 M 0.003 0.008 0.074 0.062 0.084 0.108 0.173 0.135 0.139 0.129 0.084 46 R 0.006 0.018 0.083 0.136 0.164 0.176 0.192 0.103 0.061 0.040 0.021 47 V 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 0.018 0.070 0.116 0.227 0.286 0.263 48 I 0.008 0.009 0.009 0.025 0.039 0.059 0.141 0.187 0.199 0.180 0.145 49 G 0.022 0.031 0.043 0.069 0.076 0.088 0.132 0.136 0.157 0.130 0.115 50 S 0.032 0.041 0.028 0.070 0.089 0.114 0.168 0.127 0.131 0.101 0.099 51 P 0.100 0.093 0.028 0.101 0.088 0.087 0.130 0.098 0.113 0.088 0.075 52 D 0.123 0.102 0.024 0.116 0.100 0.098 0.143 0.090 0.083 0.066 0.054 53 P 0.201 0.170 0.045 0.150 0.117 0.087 0.085 0.053 0.043 0.029 0.020 54 Y 0.124 0.110 0.036 0.121 0.111 0.102 0.120 0.085 0.088 0.062 0.042 55 A 0.129 0.095 0.053 0.148 0.137 0.119 0.118 0.065 0.063 0.043 0.030 56 A 0.051 0.048 0.052 0.132 0.115 0.116 0.173 0.091 0.091 0.077 0.053 57 H 0.027 0.045 0.051 0.121 0.119 0.114 0.160 0.126 0.100 0.084 0.051 58 I 0.003 0.004 0.006 0.011 0.018 0.037 0.097 0.151 0.212 0.238 0.222 59 D 0.046 0.069 0.063 0.133 0.136 0.131 0.127 0.102 0.085 0.060 0.048 60 G 0.024 0.033 0.027 0.077 0.089 0.101 0.152 0.123 0.144 0.130 0.101 61 M 0.031 0.025 0.013 0.047 0.058 0.072 0.127 0.124 0.173 0.165 0.164 62 G 0.041 0.038 0.017 0.077 0.079 0.093 0.163 0.124 0.146 0.121 0.101 63 G 0.047 0.057 0.039 0.120 0.108 0.095 0.130 0.103 0.111 0.103 0.087 64 A 0.022 0.019 0.013 0.032 0.041 0.059 0.126 0.131 0.183 0.188 0.185 65 T 0.100 0.120 0.045 0.152 0.128 0.108 0.116 0.079 0.070 0.047 0.036 66 S 0.084 0.075 0.039 0.098 0.093 0.099 0.139 0.098 0.108 0.091 0.074 67 S 0.132 0.129 0.037 0.140 0.131 0.108 0.115 0.076 0.061 0.042 0.030 68 T 0.113 0.097 0.035 0.128 0.110 0.109 0.127 0.090 0.090 0.061 0.041 69 S 0.036 0.047 0.030 0.096 0.107 0.114 0.153 0.107 0.119 0.104 0.087 70 K 0.012 0.027 0.021 0.092 0.118 0.142 0.202 0.126 0.119 0.085 0.056 71 C 0.002 0.004 0.008 0.028 0.038 0.057 0.140 0.146 0.201 0.202 0.174 72 V 0.002 0.003 0.008 0.023 0.041 0.061 0.171 0.198 0.183 0.170 0.141 73 I 0.001 0.002 0.010 0.017 0.019 0.021 0.068 0.126 0.217 0.258 0.260 74 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.011 0.019 0.067 0.117 0.226 0.266 0.281 75 S 0.033 0.047 0.083 0.146 0.158 0.129 0.161 0.090 0.076 0.048 0.029 76 K 0.075 0.085 0.075 0.179 0.155 0.138 0.147 0.067 0.045 0.023 0.011 77 S 0.143 0.081 0.037 0.072 0.073 0.089 0.155 0.122 0.106 0.074 0.049 78 S 0.279 0.236 0.036 0.143 0.095 0.070 0.068 0.039 0.019 0.010 0.006 79 Q 0.328 0.191 0.070 0.102 0.093 0.068 0.054 0.038 0.028 0.017 0.011 80 P 0.398 0.213 0.050 0.130 0.094 0.053 0.031 0.015 0.009 0.004 0.002 81 G 0.399 0.161 0.055 0.123 0.102 0.068 0.038 0.023 0.019 0.009 0.004 82 H 0.034 0.029 0.014 0.050 0.068 0.104 0.184 0.161 0.146 0.116 0.094 83 D 0.035 0.093 0.052 0.183 0.145 0.120 0.123 0.104 0.069 0.044 0.033 84 V 0.002 0.003 0.005 0.008 0.013 0.027 0.072 0.119 0.211 0.274 0.268 85 D 0.049 0.083 0.070 0.203 0.205 0.155 0.100 0.062 0.040 0.020 0.012 86 Y 0.003 0.005 0.007 0.028 0.037 0.058 0.144 0.137 0.199 0.207 0.174 87 L 0.008 0.015 0.012 0.049 0.060 0.067 0.145 0.165 0.180 0.166 0.132 88 Y 0.002 0.004 0.007 0.020 0.026 0.039 0.105 0.132 0.212 0.232 0.220 89 G 0.011 0.019 0.046 0.081 0.101 0.113 0.181 0.130 0.131 0.112 0.075 90 Q 0.011 0.019 0.029 0.099 0.122 0.126 0.188 0.142 0.122 0.090 0.053 91 V 0.004 0.003 0.005 0.008 0.013 0.026 0.092 0.135 0.232 0.256 0.226 92 S 0.066 0.122 0.057 0.208 0.161 0.112 0.111 0.080 0.043 0.024 0.016 93 I 0.007 0.009 0.007 0.012 0.021 0.037 0.101 0.144 0.195 0.228 0.240 94 D 0.263 0.273 0.048 0.174 0.118 0.058 0.033 0.017 0.010 0.004 0.003 95 K 0.288 0.142 0.041 0.144 0.116 0.089 0.071 0.038 0.038 0.023 0.012 96 P 0.276 0.119 0.042 0.124 0.113 0.091 0.092 0.049 0.046 0.030 0.018 97 F 0.076 0.077 0.029 0.143 0.122 0.116 0.158 0.113 0.082 0.054 0.032 98 V 0.008 0.009 0.011 0.015 0.024 0.047 0.101 0.159 0.205 0.217 0.204 99 D 0.071 0.131 0.104 0.197 0.136 0.108 0.092 0.061 0.044 0.029 0.027 100 W 0.038 0.048 0.032 0.080 0.085 0.099 0.157 0.116 0.126 0.122 0.098 101 S 0.208 0.136 0.036 0.125 0.107 0.087 0.089 0.068 0.064 0.046 0.034 102 G 0.192 0.136 0.031 0.138 0.112 0.107 0.102 0.063 0.062 0.036 0.022 103 N 0.102 0.104 0.041 0.125 0.118 0.109 0.113 0.083 0.088 0.069 0.048 104 C 0.020 0.025 0.014 0.064 0.074 0.102 0.181 0.132 0.142 0.128 0.118 105 G 0.019 0.032 0.033 0.088 0.096 0.109 0.161 0.125 0.134 0.114 0.089 106 N 0.005 0.010 0.016 0.056 0.066 0.089 0.168 0.140 0.152 0.156 0.143 107 L 0.002 0.003 0.005 0.014 0.023 0.037 0.098 0.129 0.212 0.245 0.233 108 S 0.002 0.003 0.006 0.026 0.042 0.061 0.144 0.166 0.199 0.184 0.168 109 T 0.001 0.002 0.007 0.014 0.021 0.030 0.083 0.119 0.217 0.246 0.261 110 G 0.001 0.003 0.006 0.021 0.040 0.058 0.147 0.175 0.201 0.186 0.162 111 A 0.001 0.002 0.005 0.011 0.017 0.026 0.079 0.121 0.223 0.250 0.266 112 G 0.001 0.003 0.006 0.018 0.036 0.067 0.164 0.169 0.214 0.173 0.149 113 A 0.005 0.008 0.018 0.052 0.072 0.093 0.188 0.164 0.172 0.131 0.098 114 F 0.003 0.004 0.009 0.025 0.037 0.055 0.165 0.166 0.198 0.181 0.158 115 A 0.004 0.005 0.013 0.021 0.024 0.031 0.099 0.134 0.210 0.230 0.229 116 L 0.004 0.011 0.020 0.040 0.060 0.076 0.182 0.157 0.162 0.156 0.134 117 H 0.030 0.062 0.071 0.145 0.147 0.141 0.167 0.096 0.070 0.046 0.025 118 A 0.086 0.067 0.061 0.167 0.160 0.150 0.143 0.067 0.053 0.031 0.016 119 G 0.167 0.081 0.073 0.134 0.111 0.103 0.139 0.073 0.062 0.039 0.017 120 L 0.026 0.030 0.019 0.072 0.077 0.086 0.175 0.181 0.134 0.119 0.081 121 V 0.006 0.009 0.007 0.009 0.021 0.044 0.105 0.202 0.211 0.193 0.194 122 D 0.109 0.236 0.091 0.265 0.138 0.068 0.041 0.024 0.014 0.008 0.006 123 P 0.214 0.090 0.045 0.117 0.129 0.103 0.103 0.057 0.062 0.048 0.032 124 A 0.511 0.128 0.031 0.122 0.075 0.041 0.040 0.017 0.019 0.011 0.006 125 R 0.256 0.179 0.033 0.169 0.109 0.077 0.081 0.046 0.028 0.015 0.007 126 I 0.034 0.033 0.011 0.023 0.038 0.065 0.132 0.207 0.174 0.151 0.132 127 P 0.324 0.336 0.083 0.139 0.064 0.028 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 128 E 0.446 0.197 0.057 0.107 0.086 0.048 0.027 0.015 0.010 0.005 0.002 129 D 0.631 0.147 0.029 0.067 0.054 0.030 0.017 0.010 0.008 0.004 0.002 130 G 0.239 0.171 0.030 0.140 0.115 0.103 0.096 0.049 0.036 0.014 0.007 131 I 0.080 0.095 0.092 0.173 0.129 0.107 0.107 0.079 0.062 0.046 0.030 132 C 0.009 0.018 0.029 0.047 0.063 0.101 0.188 0.166 0.147 0.131 0.101 133 E 0.028 0.076 0.093 0.214 0.200 0.166 0.103 0.063 0.035 0.016 0.007 134 V 0.002 0.002 0.006 0.010 0.015 0.033 0.092 0.128 0.223 0.262 0.228 135 R 0.021 0.033 0.030 0.131 0.171 0.160 0.186 0.133 0.073 0.040 0.022 136 I 0.001 0.001 0.005 0.007 0.007 0.012 0.044 0.082 0.213 0.303 0.326 137 W 0.006 0.012 0.024 0.043 0.075 0.103 0.187 0.165 0.157 0.128 0.101 138 Q 0.019 0.030 0.072 0.116 0.103 0.108 0.164 0.105 0.125 0.096 0.062 139 A 0.050 0.051 0.072 0.142 0.132 0.146 0.192 0.088 0.062 0.041 0.024 140 N 0.060 0.067 0.041 0.101 0.079 0.088 0.167 0.136 0.115 0.089 0.057 141 I 0.031 0.045 0.019 0.049 0.062 0.094 0.174 0.169 0.148 0.117 0.092 142 G 0.186 0.175 0.101 0.174 0.139 0.095 0.058 0.030 0.023 0.012 0.007 143 K 0.174 0.104 0.070 0.167 0.150 0.118 0.102 0.048 0.037 0.021 0.010 144 T 0.060 0.057 0.036 0.124 0.128 0.116 0.158 0.113 0.098 0.066 0.044 145 I 0.003 0.005 0.005 0.013 0.016 0.029 0.102 0.143 0.218 0.240 0.227 146 I 0.012 0.028 0.063 0.121 0.141 0.128 0.152 0.116 0.095 0.081 0.064 147 A 0.010 0.016 0.054 0.070 0.071 0.087 0.167 0.127 0.145 0.150 0.104 148 H 0.040 0.051 0.040 0.159 0.179 0.148 0.153 0.107 0.065 0.039 0.018 149 V 0.005 0.003 0.003 0.005 0.009 0.020 0.069 0.115 0.235 0.277 0.259 150 P 0.124 0.189 0.059 0.233 0.157 0.091 0.067 0.038 0.021 0.012 0.008 151 V 0.026 0.030 0.014 0.032 0.043 0.062 0.129 0.150 0.172 0.181 0.161 152 S 0.269 0.243 0.031 0.129 0.105 0.073 0.057 0.040 0.026 0.015 0.012 153 G 0.448 0.217 0.031 0.114 0.080 0.047 0.026 0.016 0.013 0.006 0.003 154 G 0.281 0.097 0.022 0.079 0.094 0.088 0.090 0.073 0.080 0.056 0.039 155 Q 0.173 0.146 0.038 0.175 0.132 0.098 0.097 0.055 0.045 0.024 0.017 156 V 0.015 0.020 0.022 0.048 0.049 0.064 0.145 0.132 0.170 0.180 0.154 157 Q 0.040 0.068 0.094 0.157 0.134 0.115 0.135 0.085 0.066 0.057 0.049 158 E 0.043 0.065 0.058 0.136 0.112 0.122 0.173 0.108 0.086 0.063 0.035 159 T 0.105 0.109 0.063 0.165 0.145 0.113 0.105 0.076 0.055 0.040 0.024 160 G 0.074 0.055 0.019 0.061 0.075 0.099 0.157 0.142 0.149 0.106 0.064 161 D 0.184 0.150 0.058 0.200 0.161 0.095 0.059 0.039 0.029 0.016 0.009 162 F 0.015 0.011 0.011 0.023 0.034 0.054 0.129 0.128 0.185 0.211 0.199 163 E 0.068 0.147 0.048 0.234 0.182 0.109 0.088 0.062 0.033 0.019 0.012 164 L 0.002 0.002 0.002 0.005 0.009 0.020 0.063 0.114 0.204 0.273 0.305 165 D 0.136 0.149 0.052 0.208 0.165 0.105 0.077 0.047 0.031 0.018 0.013 166 G 0.096 0.077 0.037 0.133 0.119 0.098 0.109 0.093 0.109 0.082 0.047 167 V 0.023 0.016 0.006 0.020 0.033 0.052 0.109 0.134 0.196 0.201 0.210 168 T 0.110 0.164 0.031 0.203 0.141 0.101 0.102 0.066 0.045 0.023 0.014 169 F 0.035 0.028 0.024 0.046 0.053 0.064 0.113 0.120 0.152 0.181 0.183 170 P 0.189 0.243 0.046 0.182 0.125 0.079 0.063 0.036 0.021 0.010 0.007 171 A 0.091 0.097 0.031 0.130 0.116 0.102 0.127 0.094 0.094 0.070 0.047 172 A 0.106 0.076 0.024 0.089 0.104 0.107 0.145 0.111 0.103 0.082 0.054 173 E 0.206 0.187 0.070 0.241 0.166 0.075 0.029 0.015 0.008 0.003 0.001 174 I 0.002 0.002 0.003 0.005 0.011 0.025 0.081 0.138 0.210 0.278 0.245 175 V 0.027 0.078 0.040 0.179 0.189 0.144 0.128 0.106 0.058 0.032 0.020 176 L 0.001 0.002 0.005 0.006 0.010 0.022 0.066 0.110 0.223 0.291 0.262 177 E 0.043 0.088 0.088 0.255 0.230 0.136 0.085 0.039 0.019 0.010 0.006 178 F 0.004 0.005 0.006 0.019 0.021 0.036 0.113 0.130 0.229 0.252 0.183 179 L 0.041 0.031 0.024 0.062 0.076 0.088 0.147 0.135 0.146 0.133 0.117 180 D 0.082 0.112 0.063 0.166 0.118 0.109 0.137 0.080 0.066 0.041 0.027 181 P 0.085 0.092 0.047 0.104 0.105 0.102 0.131 0.113 0.091 0.075 0.056 182 S 0.211 0.123 0.025 0.081 0.083 0.088 0.116 0.096 0.085 0.051 0.042 183 D 0.462 0.233 0.050 0.119 0.067 0.032 0.017 0.009 0.007 0.003 0.002