# TARGET T0301 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.35855 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.003 0.005 0.016 0.029 0.026 0.906 2 A 0.042 0.029 0.009 0.028 0.053 0.062 0.777 3 H 0.047 0.023 0.009 0.021 0.200 0.041 0.659 4 P 0.025 0.004 0.024 0.032 0.086 0.041 0.789 5 P 0.065 0.011 0.078 0.069 0.112 0.079 0.587 6 Q 0.173 0.031 0.153 0.090 0.114 0.095 0.345 7 I 0.400 0.041 0.073 0.092 0.063 0.062 0.269 8 R 0.446 0.042 0.031 0.054 0.077 0.044 0.305 9 I 0.408 0.006 0.016 0.013 0.291 0.023 0.243 10 P 0.404 0.006 0.017 0.008 0.147 0.037 0.382 11 A 0.631 0.012 0.039 0.009 0.049 0.032 0.228 12 T 0.789 0.009 0.023 0.010 0.055 0.018 0.095 13 Y 0.884 0.006 0.014 0.013 0.015 0.011 0.057 14 L 0.879 0.010 0.005 0.014 0.010 0.013 0.070 15 R 0.704 0.021 0.008 0.016 0.050 0.044 0.158 16 G 0.429 0.022 0.016 0.016 0.135 0.143 0.239 17 G 0.152 0.015 0.033 0.016 0.217 0.267 0.302 18 T 0.110 0.032 0.045 0.019 0.254 0.251 0.290 19 S 0.049 0.030 0.037 0.033 0.323 0.185 0.343 20 K 0.025 0.012 0.047 0.103 0.322 0.281 0.210 21 G 0.042 0.008 0.108 0.252 0.164 0.170 0.255 22 V 0.117 0.012 0.123 0.396 0.090 0.081 0.181 23 F 0.306 0.048 0.122 0.253 0.080 0.091 0.100 24 F 0.357 0.082 0.089 0.178 0.077 0.134 0.085 25 R 0.204 0.040 0.067 0.183 0.046 0.210 0.251 26 L 0.015 0.004 0.434 0.311 0.018 0.126 0.092 27 E 0.004 0.001 0.487 0.168 0.035 0.271 0.034 28 D 0.007 0.011 0.518 0.144 0.026 0.241 0.054 29 L 0.024 0.033 0.068 0.108 0.317 0.040 0.409 30 P 0.016 0.007 0.144 0.105 0.034 0.071 0.624 31 E 0.009 0.008 0.319 0.235 0.075 0.288 0.067 32 S 0.010 0.006 0.319 0.122 0.050 0.351 0.142 33 C 0.025 0.015 0.177 0.067 0.150 0.120 0.446 34 R 0.034 0.031 0.038 0.052 0.121 0.138 0.585 35 V 0.014 0.012 0.004 0.007 0.242 0.012 0.709 36 P 0.010 0.012 0.008 0.030 0.069 0.062 0.809 37 G 0.007 0.006 0.051 0.286 0.147 0.261 0.242 38 E 0.005 0.004 0.041 0.644 0.108 0.097 0.101 39 A 0.006 0.007 0.061 0.747 0.029 0.050 0.100 40 R 0.005 0.006 0.037 0.820 0.025 0.037 0.070 41 D 0.005 0.004 0.030 0.856 0.020 0.025 0.061 42 R 0.002 0.001 0.035 0.917 0.007 0.032 0.008 43 L 0.003 0.001 0.018 0.898 0.006 0.065 0.008 44 F 0.005 0.003 0.015 0.921 0.008 0.031 0.017 45 M 0.008 0.001 0.023 0.939 0.005 0.015 0.009 46 R 0.016 0.002 0.024 0.912 0.004 0.035 0.008 47 V 0.021 0.008 0.041 0.845 0.007 0.062 0.017 48 I 0.062 0.021 0.053 0.515 0.068 0.186 0.096 49 G 0.100 0.017 0.026 0.153 0.176 0.286 0.244 50 S 0.065 0.020 0.005 0.020 0.216 0.045 0.628 51 P 0.024 0.046 0.005 0.047 0.326 0.039 0.512 52 D 0.006 0.015 0.003 0.012 0.298 0.009 0.656 53 P 0.001 0.001 0.128 0.194 0.047 0.601 0.028 54 Y 0.004 0.004 0.135 0.165 0.033 0.625 0.034 55 A 0.024 0.019 0.230 0.175 0.135 0.288 0.129 56 A 0.059 0.015 0.083 0.192 0.112 0.410 0.130 57 H 0.236 0.065 0.044 0.102 0.121 0.197 0.234 58 I 0.342 0.135 0.020 0.038 0.088 0.036 0.342 59 D 0.283 0.031 0.025 0.047 0.128 0.098 0.388 60 G 0.231 0.034 0.071 0.038 0.127 0.297 0.203 61 M 0.165 0.030 0.099 0.048 0.154 0.214 0.290 62 G 0.136 0.039 0.071 0.038 0.211 0.248 0.256 63 G 0.099 0.027 0.053 0.029 0.238 0.240 0.316 64 A 0.117 0.058 0.047 0.027 0.266 0.125 0.361 65 T 0.100 0.044 0.048 0.015 0.264 0.074 0.454 66 S 0.071 0.021 0.164 0.030 0.225 0.247 0.242 67 S 0.080 0.018 0.146 0.016 0.218 0.343 0.180 68 T 0.195 0.028 0.076 0.007 0.229 0.103 0.362 69 S 0.286 0.017 0.028 0.005 0.221 0.071 0.373 70 K 0.723 0.006 0.012 0.002 0.088 0.026 0.143 71 C 0.919 0.005 0.003 0.002 0.004 0.003 0.064 72 V 0.982 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 73 I 0.980 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 74 L 0.928 0.007 0.001 0.001 0.007 0.002 0.055 75 S 0.532 0.017 0.003 0.001 0.068 0.008 0.371 76 K 0.136 0.021 0.053 0.010 0.235 0.163 0.382 77 S 0.037 0.012 0.040 0.005 0.256 0.357 0.292 78 S 0.017 0.051 0.033 0.006 0.461 0.144 0.288 79 Q 0.011 0.011 0.005 0.001 0.475 0.015 0.482 80 P 0.007 0.006 0.027 0.008 0.111 0.757 0.084 81 G 0.010 0.010 0.021 0.009 0.153 0.711 0.087 82 H 0.082 0.044 0.009 0.021 0.315 0.052 0.477 83 D 0.238 0.038 0.007 0.029 0.119 0.034 0.536 84 V 0.568 0.030 0.022 0.040 0.085 0.036 0.219 85 D 0.610 0.011 0.024 0.035 0.131 0.017 0.171 86 Y 0.824 0.004 0.021 0.029 0.047 0.017 0.058 87 L 0.929 0.006 0.004 0.008 0.008 0.011 0.034 88 Y 0.931 0.006 0.002 0.009 0.008 0.008 0.036 89 G 0.907 0.001 0.002 0.009 0.017 0.013 0.051 90 Q 0.882 0.004 0.001 0.009 0.015 0.015 0.074 91 V 0.860 0.010 0.001 0.011 0.011 0.013 0.094 92 S 0.841 0.020 0.001 0.004 0.010 0.007 0.116 93 I 0.641 0.017 0.007 0.005 0.040 0.092 0.198 94 D 0.259 0.009 0.013 0.003 0.241 0.125 0.349 95 K 0.185 0.006 0.056 0.010 0.465 0.059 0.218 96 P 0.239 0.009 0.076 0.017 0.169 0.131 0.360 97 F 0.581 0.025 0.071 0.020 0.057 0.076 0.169 98 V 0.753 0.071 0.015 0.015 0.023 0.021 0.102 99 D 0.548 0.020 0.012 0.012 0.043 0.045 0.321 100 W 0.295 0.015 0.032 0.017 0.148 0.274 0.218 101 S 0.162 0.029 0.039 0.020 0.193 0.276 0.282 102 G 0.075 0.008 0.068 0.026 0.321 0.292 0.211 103 N 0.092 0.018 0.048 0.042 0.227 0.221 0.353 104 C 0.175 0.060 0.043 0.069 0.167 0.149 0.336 105 G 0.160 0.025 0.026 0.081 0.273 0.128 0.307 106 N 0.199 0.015 0.026 0.199 0.149 0.070 0.342 107 L 0.298 0.020 0.044 0.308 0.049 0.068 0.213 108 S 0.373 0.038 0.037 0.322 0.048 0.056 0.125 109 T 0.293 0.026 0.045 0.350 0.073 0.085 0.128 110 G 0.195 0.017 0.045 0.394 0.083 0.134 0.132 111 A 0.085 0.013 0.047 0.585 0.057 0.075 0.139 112 G 0.029 0.003 0.043 0.782 0.039 0.040 0.063 113 A 0.003 0.001 0.038 0.916 0.006 0.025 0.010 114 F 0.002 0.001 0.018 0.960 0.003 0.013 0.004 115 A 0.004 0.001 0.024 0.954 0.003 0.011 0.004 116 L 0.008 0.001 0.026 0.925 0.004 0.031 0.005 117 H 0.011 0.004 0.029 0.823 0.009 0.114 0.010 118 A 0.003 0.001 0.032 0.140 0.015 0.794 0.015 119 G 0.002 0.001 0.009 0.010 0.036 0.911 0.032 120 L 0.050 0.030 0.017 0.005 0.199 0.080 0.619 121 V 0.192 0.201 0.007 0.003 0.192 0.013 0.391 122 D 0.089 0.024 0.006 0.001 0.045 0.005 0.831 123 P 0.020 0.007 0.627 0.036 0.030 0.174 0.105 124 A 0.029 0.006 0.484 0.052 0.082 0.239 0.109 125 R 0.087 0.059 0.361 0.051 0.106 0.116 0.220 126 I 0.089 0.121 0.012 0.004 0.180 0.016 0.578 127 P 0.051 0.014 0.027 0.003 0.057 0.163 0.686 128 E 0.015 0.008 0.069 0.004 0.116 0.719 0.070 129 D 0.015 0.002 0.058 0.004 0.300 0.536 0.086 130 G 0.095 0.003 0.033 0.001 0.430 0.213 0.223 131 I 0.710 0.054 0.002 0.001 0.018 0.008 0.206 132 C 0.928 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.056 133 E 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 134 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 135 R 0.990 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 136 I 0.969 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.019 137 W 0.885 0.002 0.002 0.018 0.018 0.009 0.065 138 Q 0.708 0.005 0.009 0.049 0.070 0.021 0.139 139 A 0.264 0.009 0.058 0.214 0.163 0.119 0.174 140 N 0.201 0.016 0.051 0.154 0.153 0.162 0.263 141 I 0.115 0.008 0.054 0.122 0.139 0.391 0.171 142 G 0.147 0.003 0.030 0.066 0.240 0.383 0.131 143 K 0.496 0.007 0.026 0.073 0.135 0.040 0.223 144 T 0.859 0.011 0.008 0.037 0.021 0.011 0.053 145 I 0.929 0.009 0.002 0.021 0.005 0.004 0.029 146 I 0.954 0.003 0.001 0.009 0.006 0.004 0.024 147 A 0.919 0.001 0.002 0.006 0.007 0.015 0.049 148 H 0.868 0.004 0.002 0.008 0.017 0.031 0.070 149 V 0.908 0.007 0.001 0.002 0.019 0.003 0.061 150 P 0.881 0.013 0.001 0.001 0.009 0.003 0.092 151 V 0.490 0.040 0.003 0.001 0.035 0.016 0.414 152 S 0.232 0.011 0.009 0.003 0.128 0.401 0.217 153 G 0.027 0.001 0.009 0.001 0.272 0.608 0.083 154 G 0.142 0.006 0.012 0.003 0.410 0.141 0.285 155 Q 0.585 0.027 0.008 0.005 0.086 0.020 0.269 156 V 0.863 0.045 0.003 0.002 0.016 0.004 0.067 157 Q 0.865 0.007 0.004 0.003 0.011 0.007 0.104 158 E 0.860 0.013 0.005 0.005 0.024 0.021 0.072 159 T 0.602 0.007 0.009 0.003 0.089 0.166 0.123 160 G 0.446 0.005 0.009 0.001 0.238 0.158 0.143 161 D 0.570 0.009 0.012 0.004 0.148 0.045 0.214 162 F 0.828 0.012 0.007 0.002 0.049 0.012 0.091 163 E 0.904 0.011 0.003 0.002 0.009 0.007 0.063 164 L 0.894 0.039 0.002 0.002 0.005 0.004 0.055 165 D 0.693 0.009 0.004 0.004 0.041 0.095 0.155 166 G 0.245 0.005 0.011 0.003 0.164 0.428 0.144 167 V 0.359 0.035 0.012 0.006 0.218 0.116 0.255 168 T 0.335 0.082 0.012 0.004 0.173 0.046 0.348 169 F 0.160 0.036 0.029 0.005 0.276 0.077 0.418 170 P 0.125 0.021 0.044 0.010 0.179 0.206 0.415 171 A 0.082 0.016 0.160 0.056 0.205 0.183 0.297 172 A 0.183 0.019 0.071 0.056 0.226 0.059 0.386 173 E 0.437 0.015 0.053 0.058 0.079 0.049 0.310 174 I 0.867 0.017 0.008 0.021 0.011 0.006 0.071 175 V 0.894 0.014 0.003 0.025 0.004 0.005 0.056 176 L 0.913 0.003 0.007 0.016 0.005 0.011 0.046 177 E 0.875 0.009 0.008 0.014 0.018 0.012 0.064 178 F 0.796 0.011 0.011 0.012 0.024 0.017 0.129 179 L 0.408 0.052 0.025 0.018 0.189 0.028 0.280 180 D 0.084 0.018 0.013 0.003 0.249 0.014 0.619 181 P 0.013 0.005 0.070 0.012 0.125 0.564 0.209 182 S 0.009 0.014 0.058 0.012 0.154 0.565 0.188 183 D 0.018 0.007 0.038 0.011 0.406 0.101 0.418