# TARGET T0301 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.35855 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.585 0.220 0.101 0.059 0.026 0.008 0.001 2 A 0.543 0.233 0.115 0.069 0.030 0.009 0.001 3 H 0.491 0.255 0.138 0.080 0.027 0.008 0.001 4 P 0.519 0.249 0.125 0.069 0.029 0.007 0.001 5 P 0.507 0.259 0.138 0.066 0.024 0.006 0.001 6 Q 0.211 0.260 0.237 0.178 0.086 0.024 0.003 7 I 0.099 0.159 0.215 0.251 0.188 0.078 0.010 8 R 0.129 0.285 0.280 0.189 0.086 0.026 0.005 9 I 0.031 0.037 0.068 0.181 0.311 0.300 0.073 10 P 0.058 0.115 0.175 0.246 0.212 0.146 0.050 11 A 0.046 0.055 0.080 0.130 0.185 0.317 0.188 12 T 0.068 0.073 0.100 0.165 0.207 0.228 0.160 13 Y 0.089 0.089 0.099 0.138 0.165 0.228 0.192 14 L 0.078 0.068 0.070 0.110 0.149 0.249 0.276 15 R 0.084 0.094 0.102 0.127 0.143 0.217 0.233 16 G 0.111 0.101 0.103 0.133 0.152 0.206 0.194 17 G 0.101 0.089 0.090 0.126 0.152 0.224 0.218 18 T 0.081 0.108 0.120 0.151 0.143 0.196 0.200 19 S 0.051 0.054 0.078 0.145 0.185 0.279 0.209 20 K 0.038 0.057 0.085 0.127 0.175 0.297 0.220 21 G 0.039 0.068 0.093 0.138 0.193 0.294 0.176 22 V 0.014 0.040 0.078 0.150 0.252 0.342 0.123 23 F 0.005 0.015 0.037 0.107 0.268 0.450 0.117 24 F 0.007 0.017 0.044 0.133 0.325 0.414 0.060 25 R 0.024 0.133 0.228 0.280 0.233 0.097 0.005 26 L 0.027 0.127 0.294 0.359 0.165 0.027 0.002 27 E 0.426 0.425 0.114 0.028 0.006 0.001 0.001 28 D 0.231 0.359 0.255 0.125 0.027 0.003 0.001 29 L 0.027 0.041 0.113 0.374 0.369 0.076 0.001 30 P 0.089 0.262 0.371 0.214 0.060 0.005 0.001 31 E 0.612 0.299 0.069 0.016 0.003 0.001 0.001 32 S 0.400 0.285 0.183 0.095 0.031 0.007 0.001 33 C 0.155 0.178 0.276 0.263 0.113 0.015 0.001 34 R 0.512 0.303 0.118 0.049 0.014 0.003 0.001 35 V 0.381 0.258 0.181 0.125 0.046 0.008 0.001 36 P 0.652 0.236 0.073 0.029 0.008 0.002 0.001 37 G 0.808 0.153 0.029 0.008 0.002 0.001 0.001 38 E 0.785 0.163 0.038 0.011 0.003 0.001 0.001 39 A 0.317 0.363 0.194 0.093 0.027 0.005 0.001 40 R 0.046 0.118 0.213 0.344 0.225 0.051 0.003 41 D 0.102 0.260 0.296 0.233 0.088 0.018 0.002 42 R 0.085 0.344 0.326 0.173 0.058 0.013 0.001 43 L 0.004 0.013 0.048 0.198 0.399 0.304 0.035 44 F 0.002 0.006 0.015 0.057 0.194 0.507 0.219 45 M 0.005 0.030 0.090 0.202 0.252 0.290 0.130 46 R 0.008 0.022 0.060 0.143 0.238 0.353 0.175 47 V 0.004 0.008 0.012 0.029 0.100 0.428 0.419 48 I 0.013 0.016 0.020 0.043 0.119 0.348 0.442 49 G 0.022 0.035 0.046 0.090 0.180 0.324 0.303 50 S 0.020 0.031 0.045 0.107 0.215 0.341 0.241 51 P 0.033 0.081 0.138 0.236 0.242 0.190 0.080 52 D 0.107 0.232 0.222 0.198 0.136 0.075 0.029 53 P 0.106 0.165 0.180 0.192 0.186 0.118 0.052 54 Y 0.063 0.094 0.140 0.198 0.230 0.186 0.089 55 A 0.065 0.112 0.160 0.206 0.206 0.177 0.075 56 A 0.022 0.046 0.086 0.161 0.243 0.309 0.133 57 H 0.015 0.027 0.042 0.088 0.171 0.350 0.308 58 I 0.013 0.018 0.026 0.056 0.110 0.287 0.489 59 D 0.019 0.027 0.039 0.083 0.139 0.288 0.404 60 G 0.032 0.034 0.043 0.073 0.123 0.276 0.420 61 M 0.052 0.033 0.025 0.038 0.086 0.282 0.483 62 G 0.081 0.078 0.079 0.120 0.157 0.220 0.264 63 G 0.093 0.109 0.119 0.156 0.168 0.199 0.155 64 A 0.078 0.076 0.089 0.150 0.224 0.241 0.143 65 T 0.079 0.127 0.164 0.201 0.197 0.155 0.077 66 S 0.067 0.122 0.161 0.197 0.185 0.172 0.096 67 S 0.071 0.107 0.150 0.202 0.206 0.158 0.105 68 T 0.026 0.061 0.109 0.159 0.199 0.253 0.193 69 S 0.008 0.018 0.039 0.107 0.194 0.352 0.282 70 K 0.001 0.006 0.013 0.036 0.107 0.383 0.453 71 C 0.001 0.006 0.012 0.036 0.116 0.405 0.424 72 V 0.001 0.004 0.015 0.061 0.184 0.453 0.283 73 I 0.001 0.006 0.017 0.061 0.195 0.517 0.203 74 L 0.004 0.019 0.053 0.170 0.352 0.349 0.053 75 S 0.034 0.123 0.229 0.325 0.216 0.068 0.005 76 K 0.147 0.339 0.285 0.168 0.052 0.009 0.001 77 S 0.414 0.344 0.155 0.065 0.018 0.003 0.001 78 S 0.517 0.308 0.124 0.041 0.009 0.001 0.001 79 Q 0.452 0.283 0.169 0.076 0.018 0.002 0.001 80 P 0.659 0.217 0.080 0.032 0.010 0.002 0.001 81 G 0.417 0.332 0.168 0.063 0.016 0.003 0.001 82 H 0.052 0.133 0.248 0.310 0.194 0.060 0.003 83 D 0.061 0.152 0.214 0.256 0.223 0.086 0.008 84 V 0.023 0.033 0.074 0.173 0.319 0.310 0.069 85 D 0.058 0.128 0.196 0.249 0.196 0.135 0.038 86 Y 0.039 0.060 0.109 0.163 0.198 0.269 0.163 87 L 0.038 0.055 0.100 0.178 0.200 0.263 0.166 88 Y 0.051 0.061 0.069 0.114 0.155 0.305 0.244 89 G 0.043 0.079 0.100 0.168 0.173 0.265 0.173 90 Q 0.018 0.062 0.116 0.199 0.235 0.281 0.088 91 V 0.015 0.025 0.041 0.116 0.268 0.419 0.116 92 S 0.023 0.097 0.196 0.308 0.238 0.126 0.012 93 I 0.044 0.097 0.151 0.251 0.291 0.153 0.012 94 D 0.263 0.369 0.240 0.098 0.024 0.005 0.001 95 K 0.360 0.340 0.198 0.080 0.019 0.003 0.001 96 P 0.500 0.289 0.127 0.058 0.019 0.005 0.001 97 F 0.132 0.227 0.252 0.226 0.123 0.036 0.003 98 V 0.106 0.094 0.122 0.219 0.266 0.163 0.030 99 D 0.175 0.249 0.223 0.186 0.103 0.049 0.014 100 W 0.204 0.197 0.169 0.179 0.145 0.084 0.021 101 S 0.354 0.242 0.172 0.127 0.066 0.030 0.010 102 G 0.233 0.183 0.182 0.175 0.131 0.072 0.025 103 N 0.135 0.187 0.196 0.174 0.141 0.119 0.049 104 C 0.058 0.083 0.103 0.170 0.244 0.230 0.113 105 G 0.027 0.064 0.117 0.188 0.215 0.228 0.161 106 N 0.019 0.042 0.067 0.125 0.193 0.318 0.237 107 L 0.007 0.015 0.023 0.047 0.102 0.305 0.501 108 S 0.011 0.017 0.027 0.062 0.140 0.293 0.450 109 T 0.005 0.011 0.021 0.042 0.078 0.246 0.596 110 G 0.004 0.005 0.009 0.032 0.087 0.284 0.579 111 A 0.003 0.006 0.009 0.018 0.051 0.234 0.679 112 G 0.003 0.005 0.010 0.032 0.090 0.250 0.609 113 A 0.004 0.011 0.028 0.058 0.111 0.297 0.490 114 F 0.003 0.008 0.015 0.040 0.125 0.389 0.420 115 A 0.002 0.006 0.012 0.038 0.132 0.457 0.354 116 L 0.002 0.013 0.037 0.128 0.294 0.406 0.120 117 H 0.008 0.053 0.132 0.235 0.286 0.230 0.056 118 A 0.030 0.150 0.256 0.265 0.190 0.093 0.017 119 G 0.035 0.161 0.250 0.271 0.184 0.089 0.009 120 L 0.006 0.020 0.062 0.206 0.404 0.286 0.017 121 V 0.011 0.039 0.134 0.322 0.377 0.111 0.005 122 D 0.313 0.410 0.203 0.060 0.011 0.002 0.001 123 P 0.354 0.305 0.207 0.106 0.025 0.003 0.001 124 A 0.607 0.250 0.097 0.035 0.009 0.001 0.001 125 R 0.413 0.362 0.161 0.052 0.011 0.001 0.001 126 I 0.114 0.183 0.279 0.293 0.115 0.015 0.001 127 P 0.602 0.287 0.078 0.026 0.006 0.001 0.001 128 E 0.802 0.150 0.036 0.010 0.002 0.001 0.001 129 D 0.657 0.226 0.081 0.029 0.006 0.001 0.001 130 G 0.408 0.357 0.164 0.059 0.011 0.001 0.001 131 I 0.130 0.335 0.298 0.179 0.050 0.007 0.001 132 C 0.022 0.083 0.202 0.345 0.275 0.070 0.004 133 E 0.022 0.112 0.265 0.329 0.202 0.061 0.007 134 V 0.004 0.008 0.021 0.089 0.275 0.508 0.094 135 R 0.012 0.064 0.156 0.286 0.283 0.173 0.027 136 I 0.025 0.041 0.062 0.129 0.208 0.396 0.140 137 W 0.015 0.039 0.069 0.149 0.223 0.345 0.161 138 Q 0.049 0.111 0.154 0.196 0.203 0.207 0.081 139 A 0.128 0.216 0.211 0.210 0.135 0.078 0.021 140 N 0.138 0.174 0.203 0.209 0.167 0.091 0.018 141 I 0.235 0.213 0.184 0.156 0.120 0.077 0.016 142 G 0.220 0.227 0.199 0.185 0.118 0.045 0.006 143 K 0.234 0.297 0.236 0.139 0.064 0.024 0.006 144 T 0.098 0.178 0.206 0.242 0.179 0.084 0.013 145 I 0.018 0.037 0.067 0.160 0.296 0.334 0.088 146 I 0.033 0.116 0.193 0.285 0.214 0.124 0.035 147 A 0.040 0.091 0.123 0.186 0.246 0.245 0.069 148 H 0.029 0.147 0.274 0.320 0.167 0.055 0.010 149 V 0.020 0.029 0.062 0.186 0.354 0.298 0.050 150 P 0.084 0.267 0.284 0.217 0.106 0.036 0.005 151 V 0.102 0.152 0.195 0.248 0.202 0.091 0.010 152 S 0.266 0.302 0.234 0.132 0.049 0.015 0.002 153 G 0.315 0.307 0.208 0.116 0.042 0.011 0.002 154 G 0.250 0.212 0.188 0.173 0.121 0.051 0.007 155 Q 0.230 0.287 0.224 0.148 0.077 0.030 0.004 156 V 0.065 0.102 0.165 0.262 0.265 0.127 0.014 157 Q 0.116 0.234 0.265 0.219 0.121 0.040 0.005 158 E 0.142 0.238 0.238 0.201 0.126 0.049 0.006 159 T 0.270 0.295 0.206 0.139 0.064 0.022 0.004 160 G 0.073 0.150 0.233 0.299 0.182 0.059 0.005 161 D 0.195 0.368 0.245 0.130 0.045 0.014 0.003 162 F 0.016 0.041 0.109 0.266 0.362 0.187 0.019 163 E 0.077 0.216 0.300 0.242 0.119 0.040 0.006 164 L 0.023 0.037 0.064 0.138 0.283 0.372 0.083 165 D 0.095 0.231 0.228 0.200 0.136 0.087 0.023 166 G 0.049 0.112 0.179 0.244 0.224 0.152 0.040 167 V 0.043 0.059 0.087 0.187 0.279 0.267 0.078 168 T 0.123 0.219 0.214 0.195 0.130 0.091 0.027 169 F 0.095 0.140 0.167 0.219 0.201 0.134 0.044 170 P 0.211 0.282 0.223 0.158 0.081 0.034 0.011 171 A 0.139 0.228 0.216 0.182 0.137 0.076 0.021 172 A 0.051 0.115 0.171 0.245 0.237 0.151 0.029 173 E 0.060 0.282 0.332 0.214 0.082 0.024 0.005 174 I 0.008 0.020 0.053 0.173 0.331 0.355 0.061 175 V 0.007 0.050 0.146 0.272 0.289 0.199 0.037 176 L 0.009 0.016 0.031 0.082 0.221 0.491 0.151 177 E 0.035 0.137 0.227 0.298 0.197 0.088 0.018 178 F 0.035 0.052 0.089 0.204 0.294 0.277 0.048 179 L 0.131 0.214 0.221 0.204 0.140 0.077 0.013 180 D 0.315 0.298 0.191 0.122 0.055 0.017 0.002 181 P 0.413 0.255 0.168 0.101 0.045 0.015 0.002 182 S 0.531 0.185 0.122 0.093 0.051 0.015 0.002 183 D 0.686 0.190 0.077 0.032 0.011 0.003 0.001