# TARGET T0301 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.54204 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.005 0.005 0.008 0.113 0.848 2 A 0.040 0.013 0.006 0.013 0.128 0.799 3 H 0.033 0.021 0.004 0.007 0.136 0.800 4 P 0.028 0.013 0.010 0.007 0.222 0.720 5 P 0.056 0.011 0.047 0.012 0.264 0.610 6 Q 0.237 0.016 0.096 0.013 0.237 0.401 7 I 0.441 0.014 0.056 0.020 0.173 0.295 8 R 0.533 0.023 0.015 0.010 0.106 0.313 9 I 0.413 0.010 0.005 0.004 0.143 0.424 10 P 0.327 0.005 0.007 0.003 0.175 0.482 11 A 0.687 0.021 0.015 0.004 0.089 0.183 12 T 0.832 0.016 0.015 0.007 0.052 0.078 13 Y 0.866 0.011 0.015 0.010 0.036 0.062 14 L 0.702 0.032 0.013 0.016 0.087 0.151 15 R 0.465 0.032 0.013 0.013 0.229 0.247 16 G 0.229 0.015 0.020 0.019 0.435 0.282 17 G 0.105 0.029 0.023 0.017 0.496 0.331 18 T 0.091 0.065 0.018 0.020 0.559 0.246 19 S 0.051 0.028 0.019 0.019 0.626 0.257 20 K 0.087 0.022 0.032 0.048 0.611 0.199 21 G 0.203 0.016 0.084 0.067 0.440 0.190 22 V 0.493 0.013 0.118 0.074 0.186 0.115 23 F 0.596 0.033 0.084 0.077 0.099 0.112 24 F 0.546 0.066 0.040 0.073 0.098 0.176 25 R 0.452 0.031 0.039 0.051 0.169 0.258 26 L 0.031 0.004 0.601 0.089 0.222 0.052 27 E 0.017 0.005 0.630 0.084 0.213 0.053 28 D 0.009 0.008 0.518 0.073 0.304 0.088 29 L 0.007 0.029 0.028 0.031 0.373 0.533 30 P 0.004 0.015 0.070 0.073 0.438 0.401 31 E 0.002 0.008 0.394 0.183 0.336 0.078 32 S 0.003 0.007 0.405 0.117 0.416 0.051 33 C 0.005 0.022 0.279 0.081 0.524 0.089 34 R 0.009 0.023 0.068 0.052 0.640 0.208 35 V 0.006 0.014 0.026 0.051 0.735 0.168 36 P 0.003 0.005 0.025 0.077 0.649 0.241 37 G 0.004 0.010 0.026 0.140 0.440 0.380 38 E 0.005 0.010 0.016 0.541 0.192 0.236 39 A 0.002 0.003 0.019 0.910 0.032 0.035 40 R 0.003 0.002 0.015 0.933 0.022 0.025 41 D 0.007 0.002 0.023 0.891 0.035 0.043 42 R 0.005 0.001 0.012 0.951 0.017 0.014 43 L 0.012 0.001 0.008 0.948 0.020 0.010 44 F 0.014 0.002 0.011 0.937 0.026 0.011 45 M 0.018 0.001 0.017 0.936 0.019 0.009 46 R 0.019 0.001 0.024 0.935 0.014 0.007 47 V 0.024 0.002 0.021 0.924 0.015 0.013 48 I 0.032 0.006 0.033 0.790 0.046 0.094 49 G 0.057 0.025 0.032 0.236 0.171 0.479 50 S 0.059 0.033 0.019 0.092 0.296 0.501 51 P 0.029 0.029 0.012 0.053 0.317 0.561 52 D 0.011 0.015 0.006 0.018 0.470 0.479 53 P 0.003 0.007 0.143 0.229 0.517 0.101 54 Y 0.005 0.006 0.224 0.296 0.406 0.063 55 A 0.009 0.007 0.245 0.235 0.452 0.052 56 A 0.031 0.015 0.109 0.173 0.469 0.203 57 H 0.082 0.050 0.087 0.189 0.325 0.267 58 I 0.149 0.044 0.082 0.164 0.336 0.224 59 D 0.165 0.022 0.072 0.099 0.345 0.298 60 G 0.222 0.026 0.062 0.066 0.307 0.316 61 M 0.190 0.093 0.040 0.034 0.381 0.261 62 G 0.163 0.040 0.023 0.014 0.493 0.266 63 G 0.088 0.020 0.020 0.012 0.536 0.325 64 A 0.064 0.040 0.016 0.009 0.397 0.473 65 T 0.053 0.046 0.016 0.010 0.525 0.349 66 S 0.044 0.025 0.030 0.019 0.691 0.191 67 S 0.039 0.018 0.050 0.010 0.715 0.168 68 T 0.129 0.029 0.045 0.009 0.649 0.140 69 S 0.328 0.013 0.032 0.004 0.403 0.220 70 K 0.688 0.010 0.009 0.003 0.125 0.164 71 C 0.943 0.004 0.002 0.001 0.018 0.032 72 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 73 I 0.976 0.002 0.001 0.001 0.005 0.015 74 L 0.918 0.005 0.001 0.001 0.012 0.063 75 S 0.671 0.008 0.003 0.002 0.141 0.176 76 K 0.112 0.007 0.031 0.005 0.768 0.076 77 S 0.027 0.005 0.036 0.005 0.852 0.075 78 S 0.018 0.022 0.031 0.008 0.827 0.094 79 Q 0.015 0.027 0.007 0.003 0.823 0.125 80 P 0.011 0.012 0.041 0.036 0.642 0.257 81 G 0.011 0.009 0.230 0.119 0.534 0.097 82 H 0.064 0.020 0.180 0.088 0.525 0.122 83 D 0.152 0.026 0.096 0.072 0.270 0.384 84 V 0.391 0.021 0.039 0.053 0.207 0.290 85 D 0.519 0.012 0.021 0.025 0.173 0.250 86 Y 0.817 0.007 0.012 0.010 0.069 0.085 87 L 0.877 0.004 0.006 0.007 0.044 0.062 88 Y 0.920 0.002 0.009 0.010 0.021 0.038 89 G 0.932 0.002 0.006 0.010 0.013 0.037 90 Q 0.925 0.002 0.005 0.009 0.013 0.045 91 V 0.870 0.007 0.005 0.011 0.021 0.086 92 S 0.714 0.013 0.004 0.008 0.104 0.157 93 I 0.401 0.012 0.006 0.007 0.239 0.335 94 D 0.168 0.018 0.011 0.007 0.409 0.387 95 K 0.084 0.018 0.046 0.007 0.564 0.281 96 P 0.126 0.008 0.068 0.012 0.406 0.378 97 F 0.306 0.039 0.110 0.019 0.290 0.236 98 V 0.350 0.112 0.023 0.027 0.167 0.321 99 D 0.261 0.096 0.014 0.039 0.203 0.386 100 W 0.075 0.020 0.023 0.097 0.384 0.400 101 S 0.043 0.025 0.030 0.072 0.503 0.327 102 G 0.020 0.022 0.049 0.108 0.604 0.197 103 N 0.017 0.015 0.052 0.100 0.572 0.244 104 C 0.040 0.056 0.062 0.224 0.407 0.210 105 G 0.064 0.027 0.094 0.258 0.372 0.185 106 N 0.070 0.033 0.099 0.334 0.279 0.185 107 L 0.047 0.019 0.146 0.527 0.168 0.093 108 S 0.034 0.006 0.154 0.620 0.110 0.076 109 T 0.027 0.003 0.157 0.712 0.070 0.031 110 G 0.011 0.003 0.074 0.873 0.025 0.015 111 A 0.007 0.003 0.033 0.929 0.012 0.016 112 G 0.003 0.001 0.016 0.950 0.010 0.019 113 A 0.002 0.001 0.022 0.949 0.016 0.011 114 F 0.005 0.001 0.032 0.937 0.020 0.005 115 A 0.003 0.001 0.025 0.952 0.017 0.002 116 L 0.002 0.001 0.022 0.960 0.014 0.002 117 H 0.002 0.001 0.027 0.942 0.021 0.006 118 A 0.002 0.002 0.038 0.860 0.053 0.045 119 G 0.005 0.004 0.018 0.042 0.152 0.778 120 L 0.021 0.038 0.012 0.005 0.198 0.726 121 V 0.082 0.099 0.015 0.003 0.307 0.493 122 D 0.057 0.015 0.026 0.005 0.715 0.182 123 P 0.008 0.002 0.409 0.023 0.518 0.040 124 A 0.016 0.005 0.441 0.034 0.453 0.051 125 R 0.091 0.052 0.310 0.044 0.434 0.068 126 I 0.100 0.107 0.019 0.013 0.376 0.384 127 P 0.050 0.046 0.029 0.012 0.787 0.077 128 E 0.028 0.013 0.047 0.007 0.849 0.056 129 D 0.017 0.002 0.029 0.002 0.902 0.048 130 G 0.106 0.007 0.011 0.001 0.727 0.148 131 I 0.653 0.019 0.002 0.001 0.066 0.259 132 C 0.951 0.005 0.001 0.001 0.010 0.034 133 E 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 134 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 135 R 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 136 I 0.978 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 137 W 0.922 0.002 0.001 0.007 0.016 0.051 138 Q 0.717 0.005 0.004 0.015 0.097 0.162 139 A 0.287 0.010 0.018 0.044 0.331 0.310 140 N 0.122 0.013 0.052 0.036 0.576 0.200 141 I 0.101 0.013 0.052 0.054 0.643 0.136 142 G 0.075 0.004 0.032 0.036 0.642 0.212 143 K 0.482 0.011 0.013 0.022 0.317 0.155 144 T 0.837 0.006 0.004 0.017 0.059 0.077 145 I 0.943 0.002 0.003 0.013 0.016 0.022 146 I 0.951 0.001 0.003 0.020 0.009 0.017 147 A 0.943 0.001 0.002 0.018 0.011 0.025 148 H 0.900 0.001 0.001 0.008 0.019 0.071 149 V 0.821 0.005 0.001 0.003 0.026 0.144 150 P 0.786 0.014 0.001 0.001 0.043 0.155 151 V 0.538 0.033 0.003 0.001 0.366 0.059 152 S 0.143 0.006 0.003 0.001 0.807 0.039 153 G 0.029 0.002 0.004 0.001 0.933 0.032 154 G 0.156 0.010 0.003 0.002 0.784 0.047 155 Q 0.711 0.019 0.003 0.003 0.117 0.146 156 V 0.886 0.031 0.003 0.004 0.029 0.046 157 Q 0.864 0.015 0.005 0.005 0.055 0.055 158 E 0.759 0.006 0.007 0.005 0.121 0.102 159 T 0.501 0.006 0.010 0.005 0.298 0.180 160 G 0.399 0.013 0.013 0.005 0.356 0.214 161 D 0.539 0.025 0.012 0.006 0.178 0.241 162 F 0.745 0.020 0.014 0.005 0.088 0.129 163 E 0.755 0.026 0.009 0.005 0.078 0.126 164 L 0.636 0.029 0.016 0.008 0.223 0.088 165 D 0.311 0.013 0.013 0.009 0.501 0.152 166 G 0.118 0.007 0.011 0.007 0.623 0.234 167 V 0.296 0.059 0.005 0.008 0.410 0.222 168 T 0.295 0.063 0.004 0.007 0.184 0.447 169 F 0.180 0.025 0.010 0.009 0.405 0.371 170 P 0.099 0.010 0.034 0.015 0.469 0.372 171 A 0.177 0.014 0.118 0.029 0.398 0.264 172 A 0.390 0.012 0.093 0.027 0.283 0.196 173 E 0.620 0.006 0.032 0.018 0.124 0.201 174 I 0.817 0.009 0.007 0.013 0.041 0.112 175 V 0.907 0.005 0.002 0.009 0.023 0.053 176 L 0.921 0.003 0.002 0.010 0.020 0.044 177 E 0.892 0.005 0.004 0.011 0.031 0.057 178 F 0.836 0.014 0.005 0.016 0.048 0.081 179 L 0.481 0.016 0.011 0.015 0.170 0.307 180 D 0.142 0.015 0.012 0.008 0.310 0.514 181 P 0.036 0.018 0.020 0.014 0.396 0.517 182 S 0.020 0.032 0.010 0.013 0.275 0.651 183 D 0.006 0.006 0.001 0.001 0.116 0.870