# TARGET T0301 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.54204 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.133 0.085 0.052 0.108 0.104 0.109 0.138 0.100 0.080 0.056 0.035 2 A 0.205 0.152 0.074 0.124 0.105 0.092 0.089 0.061 0.049 0.029 0.019 3 H 0.142 0.143 0.063 0.160 0.123 0.103 0.106 0.067 0.048 0.028 0.017 4 P 0.115 0.093 0.059 0.111 0.113 0.102 0.122 0.088 0.079 0.065 0.053 5 P 0.185 0.156 0.057 0.191 0.127 0.091 0.088 0.045 0.033 0.017 0.010 6 Q 0.154 0.112 0.081 0.173 0.131 0.095 0.086 0.056 0.050 0.038 0.023 7 I 0.030 0.036 0.019 0.058 0.074 0.105 0.197 0.144 0.136 0.118 0.081 8 R 0.097 0.171 0.073 0.239 0.169 0.099 0.060 0.046 0.026 0.014 0.006 9 I 0.004 0.004 0.003 0.007 0.016 0.044 0.104 0.179 0.224 0.233 0.184 10 P 0.125 0.215 0.058 0.239 0.182 0.092 0.038 0.028 0.014 0.006 0.003 11 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.051 0.081 0.207 0.295 0.339 12 T 0.042 0.056 0.039 0.132 0.142 0.106 0.125 0.103 0.100 0.079 0.075 13 Y 0.004 0.008 0.011 0.040 0.041 0.062 0.157 0.135 0.195 0.189 0.159 14 L 0.010 0.017 0.027 0.053 0.062 0.075 0.132 0.134 0.155 0.174 0.161 15 R 0.012 0.019 0.015 0.055 0.066 0.096 0.185 0.156 0.169 0.133 0.093 16 G 0.041 0.042 0.043 0.088 0.089 0.100 0.134 0.115 0.139 0.119 0.091 17 G 0.029 0.030 0.018 0.062 0.077 0.105 0.183 0.140 0.140 0.117 0.097 18 T 0.043 0.061 0.028 0.099 0.093 0.096 0.142 0.123 0.126 0.102 0.086 19 S 0.014 0.019 0.013 0.036 0.044 0.060 0.128 0.126 0.170 0.188 0.201 20 K 0.054 0.082 0.036 0.149 0.150 0.135 0.141 0.089 0.076 0.051 0.036 21 G 0.028 0.030 0.025 0.076 0.085 0.104 0.152 0.117 0.160 0.127 0.096 22 V 0.015 0.019 0.014 0.069 0.090 0.112 0.218 0.149 0.134 0.104 0.076 23 F 0.010 0.012 0.020 0.050 0.049 0.051 0.124 0.136 0.192 0.197 0.160 24 F 0.004 0.006 0.016 0.020 0.028 0.041 0.110 0.143 0.200 0.224 0.208 25 R 0.015 0.048 0.063 0.124 0.139 0.132 0.174 0.122 0.090 0.058 0.036 26 L 0.020 0.024 0.037 0.071 0.081 0.108 0.190 0.127 0.139 0.119 0.085 27 E 0.266 0.123 0.108 0.185 0.126 0.080 0.061 0.023 0.017 0.008 0.003 28 D 0.101 0.094 0.065 0.150 0.110 0.108 0.155 0.087 0.064 0.043 0.023 29 L 0.018 0.031 0.013 0.036 0.050 0.081 0.192 0.200 0.152 0.126 0.102 30 P 0.124 0.128 0.076 0.149 0.134 0.110 0.099 0.073 0.052 0.032 0.023 31 E 0.284 0.147 0.148 0.177 0.113 0.060 0.035 0.015 0.012 0.006 0.003 32 S 0.218 0.097 0.054 0.165 0.147 0.099 0.098 0.050 0.039 0.022 0.011 33 C 0.027 0.012 0.009 0.020 0.027 0.048 0.144 0.140 0.212 0.189 0.171 34 R 0.117 0.195 0.134 0.251 0.128 0.071 0.054 0.025 0.013 0.007 0.004 35 V 0.055 0.086 0.076 0.097 0.091 0.105 0.167 0.130 0.081 0.067 0.046 36 P 0.417 0.246 0.051 0.104 0.076 0.045 0.028 0.018 0.009 0.004 0.002 37 G 0.738 0.128 0.029 0.046 0.031 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 38 E 0.622 0.134 0.050 0.079 0.054 0.030 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 39 A 0.103 0.134 0.057 0.141 0.116 0.116 0.158 0.079 0.053 0.026 0.017 40 R 0.020 0.059 0.094 0.112 0.106 0.127 0.179 0.119 0.085 0.062 0.039 41 D 0.044 0.066 0.225 0.201 0.153 0.140 0.093 0.039 0.022 0.012 0.005 42 R 0.074 0.062 0.195 0.205 0.163 0.139 0.088 0.041 0.021 0.009 0.003 43 L 0.003 0.006 0.012 0.027 0.038 0.065 0.183 0.191 0.193 0.168 0.113 44 F 0.001 0.002 0.009 0.012 0.018 0.032 0.102 0.145 0.223 0.236 0.219 45 M 0.003 0.008 0.073 0.062 0.083 0.106 0.172 0.135 0.140 0.131 0.086 46 R 0.005 0.018 0.080 0.134 0.164 0.177 0.195 0.105 0.062 0.040 0.021 47 V 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 0.018 0.069 0.114 0.227 0.287 0.266 48 I 0.007 0.008 0.008 0.023 0.036 0.057 0.140 0.186 0.202 0.184 0.149 49 G 0.021 0.030 0.044 0.072 0.079 0.089 0.132 0.138 0.155 0.128 0.112 50 S 0.025 0.032 0.023 0.055 0.075 0.103 0.164 0.134 0.149 0.120 0.121 51 P 0.102 0.100 0.030 0.109 0.093 0.089 0.129 0.094 0.105 0.080 0.068 52 D 0.117 0.098 0.024 0.115 0.100 0.098 0.146 0.091 0.085 0.068 0.056 53 P 0.214 0.172 0.044 0.146 0.115 0.085 0.082 0.051 0.042 0.028 0.020 54 Y 0.132 0.116 0.035 0.122 0.111 0.102 0.118 0.083 0.084 0.058 0.039 55 A 0.129 0.096 0.052 0.147 0.136 0.118 0.118 0.066 0.063 0.044 0.031 56 A 0.053 0.050 0.053 0.134 0.115 0.116 0.173 0.090 0.089 0.075 0.052 57 H 0.030 0.049 0.055 0.129 0.124 0.116 0.157 0.122 0.094 0.078 0.046 58 I 0.003 0.004 0.006 0.011 0.017 0.037 0.096 0.151 0.212 0.239 0.224 59 D 0.047 0.070 0.062 0.133 0.136 0.130 0.127 0.102 0.085 0.060 0.047 60 G 0.023 0.033 0.027 0.077 0.088 0.100 0.151 0.123 0.144 0.131 0.102 61 M 0.031 0.025 0.013 0.047 0.059 0.072 0.127 0.124 0.172 0.165 0.164 62 G 0.040 0.038 0.017 0.076 0.078 0.093 0.163 0.125 0.147 0.122 0.102 63 G 0.046 0.056 0.038 0.119 0.108 0.095 0.130 0.104 0.112 0.104 0.088 64 A 0.022 0.019 0.013 0.031 0.041 0.058 0.125 0.131 0.184 0.189 0.186 65 T 0.099 0.119 0.045 0.151 0.128 0.108 0.116 0.080 0.070 0.047 0.036 66 S 0.082 0.074 0.039 0.097 0.092 0.099 0.140 0.099 0.109 0.093 0.076 67 S 0.130 0.128 0.036 0.140 0.131 0.108 0.116 0.077 0.061 0.043 0.030 68 T 0.110 0.096 0.035 0.128 0.111 0.110 0.128 0.091 0.090 0.061 0.041 69 S 0.036 0.045 0.029 0.096 0.106 0.113 0.154 0.107 0.120 0.106 0.088 70 K 0.012 0.026 0.021 0.091 0.119 0.142 0.203 0.127 0.119 0.085 0.055 71 C 0.002 0.004 0.008 0.027 0.037 0.056 0.138 0.145 0.202 0.204 0.177 72 V 0.002 0.003 0.008 0.023 0.041 0.061 0.171 0.198 0.184 0.171 0.140 73 I 0.001 0.002 0.010 0.017 0.020 0.022 0.070 0.128 0.217 0.256 0.258 74 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.011 0.019 0.067 0.118 0.226 0.266 0.280 75 S 0.032 0.046 0.078 0.140 0.157 0.131 0.165 0.094 0.079 0.049 0.029 76 K 0.080 0.087 0.079 0.178 0.152 0.135 0.144 0.064 0.045 0.024 0.012 77 S 0.173 0.098 0.044 0.088 0.084 0.092 0.147 0.102 0.083 0.055 0.034 78 S 0.268 0.219 0.036 0.138 0.095 0.075 0.080 0.046 0.024 0.012 0.007 79 Q 0.320 0.191 0.070 0.103 0.094 0.070 0.056 0.039 0.028 0.017 0.011 80 P 0.384 0.213 0.056 0.134 0.095 0.054 0.032 0.015 0.010 0.004 0.002 81 G 0.386 0.158 0.058 0.125 0.105 0.070 0.039 0.024 0.020 0.009 0.004 82 H 0.034 0.029 0.013 0.049 0.068 0.105 0.186 0.161 0.147 0.115 0.092 83 D 0.035 0.091 0.051 0.181 0.144 0.119 0.123 0.105 0.071 0.046 0.035 84 V 0.002 0.003 0.005 0.008 0.013 0.027 0.072 0.119 0.210 0.272 0.268 85 D 0.048 0.082 0.069 0.201 0.204 0.156 0.102 0.063 0.041 0.021 0.012 86 Y 0.003 0.005 0.007 0.028 0.037 0.058 0.144 0.137 0.199 0.206 0.174 87 L 0.008 0.015 0.012 0.048 0.060 0.067 0.145 0.165 0.181 0.167 0.133 88 Y 0.002 0.004 0.007 0.020 0.026 0.039 0.105 0.131 0.212 0.232 0.221 89 G 0.010 0.019 0.045 0.080 0.100 0.112 0.181 0.131 0.133 0.114 0.076 90 Q 0.011 0.018 0.029 0.098 0.121 0.126 0.189 0.142 0.123 0.091 0.053 91 V 0.004 0.003 0.005 0.007 0.013 0.026 0.092 0.135 0.232 0.257 0.226 92 S 0.065 0.121 0.057 0.209 0.162 0.112 0.111 0.080 0.043 0.024 0.015 93 I 0.006 0.009 0.007 0.012 0.020 0.037 0.100 0.144 0.196 0.228 0.241 94 D 0.263 0.273 0.048 0.174 0.118 0.058 0.033 0.017 0.010 0.004 0.003 95 K 0.289 0.143 0.041 0.144 0.116 0.088 0.071 0.037 0.037 0.022 0.012 96 P 0.276 0.119 0.042 0.124 0.113 0.091 0.092 0.049 0.046 0.030 0.018 97 F 0.077 0.077 0.029 0.143 0.121 0.116 0.158 0.113 0.082 0.054 0.032 98 V 0.008 0.009 0.011 0.015 0.024 0.047 0.101 0.159 0.205 0.217 0.204 99 D 0.071 0.131 0.104 0.197 0.136 0.108 0.092 0.062 0.044 0.029 0.027 100 W 0.038 0.048 0.032 0.081 0.085 0.099 0.157 0.116 0.126 0.122 0.098 101 S 0.206 0.136 0.035 0.125 0.107 0.087 0.089 0.068 0.065 0.047 0.034 102 G 0.192 0.136 0.031 0.138 0.112 0.107 0.102 0.063 0.062 0.036 0.022 103 N 0.100 0.103 0.041 0.124 0.117 0.109 0.113 0.084 0.089 0.071 0.049 104 C 0.020 0.025 0.014 0.064 0.074 0.103 0.181 0.132 0.142 0.128 0.118 105 G 0.018 0.031 0.033 0.088 0.095 0.109 0.161 0.125 0.135 0.115 0.090 106 N 0.005 0.010 0.016 0.056 0.065 0.088 0.167 0.140 0.153 0.157 0.144 107 L 0.002 0.003 0.005 0.014 0.023 0.037 0.098 0.129 0.212 0.245 0.232 108 S 0.002 0.003 0.006 0.025 0.041 0.060 0.143 0.165 0.199 0.185 0.169 109 T 0.001 0.002 0.007 0.013 0.020 0.029 0.082 0.118 0.218 0.247 0.262 110 G 0.001 0.003 0.006 0.022 0.040 0.058 0.147 0.175 0.201 0.185 0.162 111 A 0.001 0.002 0.005 0.011 0.018 0.027 0.081 0.122 0.221 0.248 0.264 112 G 0.001 0.003 0.006 0.018 0.035 0.065 0.160 0.168 0.216 0.176 0.153 113 A 0.005 0.008 0.017 0.049 0.069 0.091 0.186 0.163 0.176 0.135 0.103 114 F 0.003 0.004 0.010 0.028 0.041 0.061 0.176 0.170 0.193 0.170 0.143 115 A 0.004 0.006 0.013 0.023 0.026 0.033 0.104 0.136 0.207 0.225 0.222 116 L 0.003 0.008 0.016 0.030 0.046 0.062 0.163 0.157 0.177 0.179 0.158 117 H 0.028 0.059 0.070 0.146 0.153 0.144 0.167 0.095 0.068 0.045 0.025 118 A 0.080 0.066 0.065 0.167 0.159 0.151 0.143 0.068 0.053 0.031 0.016 119 G 0.152 0.078 0.068 0.134 0.114 0.108 0.144 0.077 0.065 0.041 0.018 120 L 0.024 0.027 0.017 0.062 0.068 0.081 0.172 0.183 0.144 0.131 0.092 121 V 0.007 0.011 0.008 0.012 0.025 0.050 0.112 0.200 0.206 0.185 0.185 122 D 0.102 0.209 0.092 0.254 0.143 0.077 0.052 0.031 0.019 0.011 0.009 123 P 0.196 0.089 0.044 0.117 0.125 0.102 0.108 0.062 0.067 0.054 0.036 124 A 0.476 0.130 0.031 0.124 0.081 0.046 0.046 0.021 0.023 0.014 0.008 125 R 0.255 0.173 0.033 0.160 0.105 0.079 0.087 0.049 0.033 0.018 0.009 126 I 0.058 0.056 0.017 0.041 0.056 0.080 0.143 0.184 0.145 0.120 0.100 127 P 0.338 0.305 0.078 0.133 0.069 0.035 0.019 0.012 0.007 0.003 0.002 128 E 0.461 0.208 0.054 0.106 0.081 0.043 0.023 0.012 0.008 0.004 0.002 129 D 0.598 0.149 0.032 0.072 0.060 0.036 0.022 0.013 0.011 0.005 0.003 130 G 0.233 0.166 0.032 0.141 0.118 0.103 0.096 0.050 0.037 0.016 0.008 131 I 0.083 0.097 0.088 0.173 0.130 0.109 0.109 0.078 0.061 0.043 0.028 132 C 0.009 0.017 0.027 0.045 0.060 0.097 0.182 0.166 0.150 0.137 0.107 133 E 0.028 0.076 0.088 0.209 0.196 0.166 0.107 0.067 0.037 0.017 0.008 134 V 0.002 0.002 0.007 0.011 0.016 0.033 0.091 0.127 0.223 0.262 0.227 135 R 0.024 0.036 0.032 0.135 0.172 0.158 0.182 0.128 0.072 0.039 0.023 136 I 0.001 0.002 0.006 0.009 0.009 0.014 0.051 0.089 0.217 0.295 0.306 137 W 0.008 0.014 0.025 0.047 0.079 0.107 0.187 0.161 0.152 0.124 0.096 138 Q 0.023 0.034 0.073 0.121 0.106 0.110 0.162 0.102 0.119 0.091 0.058 139 A 0.055 0.054 0.074 0.144 0.132 0.143 0.186 0.085 0.061 0.041 0.024 140 N 0.061 0.068 0.042 0.102 0.081 0.089 0.167 0.135 0.113 0.087 0.056 141 I 0.031 0.046 0.019 0.049 0.062 0.093 0.172 0.169 0.149 0.117 0.092 142 G 0.185 0.175 0.101 0.174 0.140 0.095 0.058 0.030 0.023 0.012 0.007 143 K 0.173 0.104 0.070 0.168 0.150 0.119 0.102 0.048 0.037 0.021 0.010 144 T 0.060 0.057 0.035 0.124 0.128 0.116 0.158 0.113 0.098 0.067 0.044 145 I 0.003 0.005 0.005 0.013 0.016 0.029 0.102 0.143 0.218 0.240 0.226 146 I 0.012 0.028 0.064 0.121 0.141 0.128 0.152 0.115 0.094 0.081 0.063 147 A 0.010 0.016 0.053 0.069 0.070 0.087 0.167 0.127 0.146 0.150 0.104 148 H 0.040 0.051 0.040 0.160 0.179 0.148 0.153 0.107 0.065 0.039 0.018 149 V 0.005 0.003 0.003 0.005 0.009 0.020 0.069 0.115 0.235 0.276 0.259 150 P 0.124 0.190 0.059 0.233 0.158 0.091 0.067 0.038 0.021 0.012 0.008 151 V 0.026 0.030 0.014 0.032 0.043 0.062 0.129 0.150 0.172 0.181 0.160 152 S 0.271 0.244 0.031 0.128 0.105 0.072 0.056 0.040 0.026 0.015 0.012 153 G 0.448 0.219 0.031 0.114 0.080 0.046 0.026 0.016 0.013 0.006 0.003 154 G 0.276 0.095 0.022 0.079 0.094 0.088 0.092 0.074 0.082 0.058 0.041 155 Q 0.172 0.145 0.038 0.177 0.133 0.099 0.097 0.054 0.044 0.023 0.017 156 V 0.015 0.020 0.022 0.048 0.049 0.064 0.145 0.132 0.169 0.181 0.155 157 Q 0.037 0.063 0.089 0.148 0.129 0.114 0.140 0.091 0.071 0.063 0.054 158 E 0.043 0.066 0.061 0.137 0.112 0.122 0.170 0.107 0.086 0.062 0.035 159 T 0.108 0.110 0.064 0.165 0.146 0.113 0.104 0.075 0.054 0.038 0.022 160 G 0.080 0.056 0.020 0.060 0.074 0.099 0.155 0.141 0.148 0.104 0.063 161 D 0.192 0.155 0.058 0.197 0.155 0.092 0.059 0.039 0.029 0.016 0.009 162 F 0.017 0.013 0.013 0.025 0.036 0.057 0.130 0.127 0.182 0.206 0.195 163 E 0.074 0.149 0.051 0.228 0.175 0.107 0.088 0.060 0.034 0.020 0.012 164 L 0.004 0.004 0.004 0.009 0.015 0.031 0.083 0.128 0.204 0.254 0.264 165 D 0.143 0.146 0.054 0.202 0.158 0.103 0.079 0.048 0.032 0.020 0.014 166 G 0.100 0.078 0.036 0.129 0.116 0.097 0.111 0.096 0.109 0.082 0.047 167 V 0.024 0.018 0.007 0.022 0.035 0.054 0.111 0.136 0.194 0.196 0.204 168 T 0.114 0.167 0.034 0.203 0.141 0.100 0.099 0.062 0.043 0.022 0.014 169 F 0.047 0.036 0.029 0.057 0.063 0.071 0.118 0.117 0.143 0.162 0.158 170 P 0.194 0.237 0.044 0.177 0.123 0.080 0.065 0.037 0.023 0.011 0.007 171 A 0.093 0.099 0.031 0.131 0.117 0.103 0.127 0.093 0.092 0.068 0.045 172 A 0.101 0.074 0.025 0.088 0.103 0.107 0.145 0.113 0.105 0.083 0.055 173 E 0.200 0.184 0.072 0.243 0.168 0.076 0.029 0.015 0.008 0.003 0.001 174 I 0.002 0.002 0.003 0.005 0.011 0.025 0.081 0.137 0.211 0.278 0.245 175 V 0.027 0.077 0.039 0.178 0.189 0.144 0.128 0.107 0.059 0.032 0.021 176 L 0.001 0.002 0.005 0.006 0.010 0.022 0.066 0.110 0.224 0.291 0.263 177 E 0.043 0.088 0.088 0.254 0.230 0.136 0.086 0.039 0.019 0.011 0.006 178 F 0.004 0.005 0.006 0.019 0.021 0.036 0.113 0.130 0.229 0.252 0.184 179 L 0.040 0.031 0.024 0.061 0.076 0.088 0.147 0.135 0.147 0.133 0.118 180 D 0.081 0.111 0.063 0.165 0.118 0.109 0.138 0.081 0.066 0.042 0.027 181 P 0.084 0.091 0.046 0.104 0.105 0.102 0.132 0.113 0.092 0.075 0.057 182 S 0.207 0.122 0.024 0.080 0.082 0.088 0.117 0.097 0.086 0.053 0.043 183 D 0.460 0.234 0.050 0.119 0.067 0.032 0.017 0.009 0.007 0.003 0.002