# TARGET T0301 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.54204 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.003 0.005 0.015 0.028 0.025 0.909 2 A 0.040 0.030 0.010 0.028 0.054 0.064 0.773 3 H 0.041 0.022 0.010 0.020 0.184 0.048 0.675 4 P 0.021 0.004 0.026 0.027 0.084 0.042 0.796 5 P 0.051 0.010 0.090 0.065 0.119 0.094 0.572 6 Q 0.141 0.029 0.172 0.087 0.119 0.111 0.341 7 I 0.361 0.042 0.068 0.089 0.065 0.059 0.316 8 R 0.425 0.043 0.026 0.048 0.075 0.042 0.340 9 I 0.423 0.006 0.014 0.012 0.277 0.022 0.247 10 P 0.421 0.006 0.014 0.007 0.137 0.032 0.383 11 A 0.662 0.011 0.032 0.008 0.045 0.027 0.216 12 T 0.814 0.008 0.019 0.009 0.048 0.015 0.088 13 Y 0.901 0.005 0.011 0.010 0.013 0.009 0.051 14 L 0.890 0.008 0.005 0.011 0.009 0.011 0.065 15 R 0.717 0.019 0.007 0.014 0.048 0.040 0.154 16 G 0.438 0.021 0.015 0.015 0.135 0.138 0.239 17 G 0.155 0.015 0.033 0.015 0.216 0.262 0.304 18 T 0.109 0.032 0.045 0.019 0.253 0.252 0.289 19 S 0.048 0.030 0.038 0.034 0.323 0.187 0.341 20 K 0.024 0.012 0.047 0.104 0.322 0.280 0.211 21 G 0.041 0.008 0.107 0.255 0.164 0.169 0.256 22 V 0.112 0.012 0.123 0.402 0.089 0.081 0.180 23 F 0.294 0.048 0.125 0.260 0.081 0.093 0.100 24 F 0.343 0.082 0.091 0.184 0.078 0.138 0.085 25 R 0.194 0.039 0.068 0.187 0.045 0.214 0.251 26 L 0.014 0.004 0.437 0.312 0.017 0.126 0.090 27 E 0.004 0.001 0.489 0.171 0.034 0.269 0.033 28 D 0.006 0.011 0.520 0.146 0.026 0.238 0.053 29 L 0.023 0.033 0.068 0.110 0.318 0.040 0.406 30 P 0.015 0.007 0.144 0.106 0.034 0.071 0.622 31 E 0.009 0.008 0.318 0.237 0.074 0.288 0.066 32 S 0.009 0.006 0.320 0.123 0.049 0.352 0.141 33 C 0.024 0.015 0.179 0.067 0.150 0.122 0.444 34 R 0.034 0.030 0.038 0.052 0.121 0.140 0.584 35 V 0.013 0.012 0.004 0.007 0.244 0.012 0.708 36 P 0.009 0.012 0.007 0.029 0.068 0.059 0.816 37 G 0.006 0.006 0.052 0.293 0.144 0.259 0.240 38 E 0.005 0.004 0.041 0.651 0.104 0.097 0.098 39 A 0.006 0.006 0.062 0.748 0.028 0.050 0.099 40 R 0.005 0.006 0.037 0.822 0.025 0.037 0.068 41 D 0.005 0.004 0.032 0.855 0.020 0.026 0.060 42 R 0.002 0.001 0.037 0.913 0.007 0.034 0.008 43 L 0.003 0.001 0.019 0.893 0.007 0.069 0.009 44 F 0.005 0.003 0.015 0.918 0.008 0.032 0.019 45 M 0.008 0.001 0.023 0.938 0.005 0.015 0.010 46 R 0.015 0.002 0.025 0.913 0.004 0.033 0.008 47 V 0.019 0.007 0.044 0.846 0.007 0.060 0.016 48 I 0.056 0.021 0.058 0.529 0.063 0.188 0.085 49 G 0.090 0.016 0.031 0.163 0.157 0.316 0.228 50 S 0.056 0.019 0.006 0.023 0.225 0.051 0.620 51 P 0.021 0.041 0.006 0.057 0.341 0.041 0.494 52 D 0.005 0.015 0.004 0.014 0.326 0.009 0.627 53 P 0.001 0.001 0.131 0.212 0.042 0.586 0.027 54 Y 0.004 0.004 0.142 0.174 0.033 0.609 0.034 55 A 0.023 0.019 0.236 0.181 0.129 0.288 0.124 56 A 0.050 0.013 0.084 0.193 0.105 0.437 0.118 57 H 0.206 0.060 0.045 0.100 0.128 0.226 0.235 58 I 0.308 0.129 0.019 0.036 0.096 0.037 0.375 59 D 0.262 0.030 0.026 0.044 0.135 0.098 0.404 60 G 0.226 0.036 0.075 0.037 0.128 0.297 0.201 61 M 0.164 0.030 0.101 0.047 0.154 0.212 0.291 62 G 0.137 0.039 0.071 0.037 0.214 0.240 0.261 63 G 0.101 0.027 0.052 0.029 0.236 0.236 0.318 64 A 0.120 0.057 0.047 0.027 0.264 0.125 0.359 65 T 0.102 0.044 0.049 0.016 0.263 0.075 0.450 66 S 0.073 0.021 0.164 0.030 0.225 0.244 0.243 67 S 0.082 0.018 0.147 0.015 0.218 0.339 0.180 68 T 0.200 0.027 0.076 0.007 0.229 0.102 0.359 69 S 0.288 0.016 0.027 0.005 0.223 0.071 0.369 70 K 0.727 0.006 0.011 0.002 0.086 0.024 0.143 71 C 0.919 0.004 0.002 0.002 0.004 0.003 0.065 72 V 0.983 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 73 I 0.982 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 74 L 0.933 0.008 0.001 0.001 0.006 0.002 0.050 75 S 0.538 0.016 0.002 0.001 0.054 0.007 0.382 76 K 0.127 0.018 0.067 0.013 0.223 0.235 0.318 77 S 0.036 0.011 0.049 0.007 0.244 0.409 0.244 78 S 0.017 0.049 0.040 0.007 0.455 0.146 0.286 79 Q 0.011 0.014 0.006 0.001 0.434 0.018 0.516 80 P 0.007 0.006 0.027 0.009 0.106 0.767 0.078 81 G 0.010 0.009 0.021 0.009 0.148 0.720 0.083 82 H 0.083 0.044 0.009 0.023 0.319 0.053 0.469 83 D 0.243 0.039 0.007 0.030 0.123 0.034 0.525 84 V 0.568 0.030 0.022 0.042 0.084 0.037 0.216 85 D 0.610 0.011 0.024 0.036 0.132 0.018 0.168 86 Y 0.820 0.005 0.022 0.031 0.048 0.017 0.058 87 L 0.928 0.006 0.004 0.008 0.009 0.011 0.034 88 Y 0.931 0.006 0.002 0.009 0.008 0.008 0.036 89 G 0.908 0.001 0.002 0.010 0.017 0.013 0.050 90 Q 0.882 0.004 0.001 0.009 0.015 0.015 0.074 91 V 0.860 0.009 0.001 0.012 0.011 0.014 0.094 92 S 0.841 0.020 0.001 0.004 0.010 0.007 0.116 93 I 0.642 0.017 0.007 0.005 0.040 0.092 0.198 94 D 0.259 0.009 0.013 0.004 0.241 0.125 0.350 95 K 0.185 0.006 0.057 0.011 0.463 0.060 0.218 96 P 0.236 0.009 0.077 0.018 0.169 0.133 0.359 97 F 0.576 0.025 0.073 0.021 0.058 0.078 0.170 98 V 0.751 0.070 0.015 0.015 0.023 0.022 0.103 99 D 0.548 0.020 0.012 0.012 0.044 0.046 0.319 100 W 0.295 0.016 0.032 0.017 0.150 0.269 0.221 101 S 0.161 0.029 0.039 0.020 0.195 0.267 0.289 102 G 0.073 0.008 0.069 0.027 0.318 0.294 0.212 103 N 0.089 0.018 0.049 0.044 0.226 0.225 0.350 104 C 0.168 0.060 0.044 0.072 0.168 0.151 0.337 105 G 0.157 0.025 0.026 0.084 0.272 0.129 0.307 106 N 0.197 0.015 0.026 0.204 0.148 0.070 0.340 107 L 0.294 0.020 0.043 0.313 0.049 0.068 0.212 108 S 0.364 0.038 0.038 0.329 0.049 0.057 0.126 109 T 0.278 0.025 0.046 0.364 0.072 0.086 0.128 110 G 0.185 0.017 0.044 0.406 0.083 0.134 0.130 111 A 0.083 0.014 0.045 0.591 0.056 0.073 0.138 112 G 0.029 0.003 0.042 0.783 0.038 0.041 0.063 113 A 0.004 0.001 0.039 0.915 0.006 0.025 0.010 114 F 0.002 0.001 0.020 0.958 0.003 0.014 0.004 115 A 0.004 0.001 0.026 0.950 0.003 0.012 0.005 116 L 0.008 0.001 0.026 0.923 0.004 0.032 0.006 117 H 0.012 0.004 0.029 0.829 0.009 0.106 0.012 118 A 0.004 0.001 0.034 0.166 0.016 0.762 0.017 119 G 0.002 0.001 0.010 0.013 0.035 0.906 0.034 120 L 0.048 0.029 0.016 0.005 0.201 0.084 0.616 121 V 0.182 0.179 0.007 0.003 0.204 0.015 0.410 122 D 0.087 0.026 0.005 0.001 0.049 0.006 0.826 123 P 0.026 0.010 0.540 0.038 0.042 0.204 0.140 124 A 0.037 0.008 0.396 0.051 0.104 0.247 0.156 125 R 0.104 0.073 0.279 0.051 0.115 0.112 0.266 126 I 0.088 0.119 0.010 0.004 0.164 0.015 0.601 127 P 0.047 0.014 0.027 0.003 0.060 0.190 0.659 128 E 0.015 0.008 0.059 0.004 0.121 0.723 0.070 129 D 0.015 0.002 0.050 0.004 0.322 0.520 0.087 130 G 0.096 0.003 0.028 0.001 0.433 0.219 0.220 131 I 0.705 0.056 0.002 0.001 0.018 0.007 0.211 132 C 0.927 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.057 133 E 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 134 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 135 R 0.990 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 136 I 0.965 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.022 137 W 0.872 0.002 0.002 0.019 0.021 0.010 0.073 138 Q 0.694 0.005 0.010 0.049 0.074 0.023 0.144 139 A 0.258 0.010 0.057 0.210 0.166 0.121 0.178 140 N 0.203 0.016 0.050 0.153 0.153 0.162 0.262 141 I 0.118 0.008 0.052 0.122 0.138 0.391 0.170 142 G 0.151 0.003 0.030 0.067 0.238 0.380 0.131 143 K 0.501 0.007 0.026 0.074 0.134 0.039 0.219 144 T 0.861 0.011 0.008 0.036 0.021 0.011 0.052 145 I 0.930 0.009 0.002 0.020 0.005 0.004 0.029 146 I 0.954 0.003 0.001 0.008 0.006 0.004 0.024 147 A 0.920 0.001 0.002 0.006 0.007 0.015 0.049 148 H 0.871 0.004 0.002 0.008 0.017 0.030 0.068 149 V 0.910 0.007 0.001 0.002 0.019 0.003 0.059 150 P 0.881 0.012 0.001 0.001 0.009 0.003 0.093 151 V 0.503 0.041 0.003 0.001 0.036 0.016 0.400 152 S 0.231 0.011 0.008 0.002 0.127 0.420 0.201 153 G 0.029 0.001 0.008 0.001 0.284 0.595 0.082 154 G 0.175 0.007 0.012 0.003 0.374 0.118 0.312 155 Q 0.642 0.024 0.007 0.005 0.071 0.016 0.235 156 V 0.886 0.036 0.003 0.002 0.013 0.003 0.056 157 Q 0.884 0.006 0.003 0.003 0.009 0.006 0.090 158 E 0.869 0.012 0.004 0.004 0.022 0.019 0.070 159 T 0.607 0.007 0.008 0.003 0.088 0.161 0.126 160 G 0.431 0.005 0.009 0.002 0.246 0.164 0.144 161 D 0.566 0.009 0.012 0.005 0.150 0.050 0.208 162 F 0.813 0.013 0.007 0.003 0.054 0.014 0.095 163 E 0.884 0.012 0.004 0.003 0.012 0.009 0.076 164 L 0.869 0.047 0.003 0.002 0.008 0.005 0.066 165 D 0.633 0.010 0.006 0.005 0.051 0.130 0.166 166 G 0.196 0.005 0.012 0.003 0.173 0.467 0.144 167 V 0.317 0.038 0.013 0.007 0.228 0.124 0.274 168 T 0.301 0.094 0.012 0.005 0.176 0.050 0.362 169 F 0.146 0.036 0.031 0.006 0.300 0.087 0.394 170 P 0.114 0.020 0.049 0.011 0.185 0.243 0.378 171 A 0.079 0.017 0.162 0.058 0.199 0.200 0.285 172 A 0.186 0.021 0.067 0.057 0.222 0.058 0.388 173 E 0.437 0.016 0.050 0.057 0.077 0.047 0.315 174 I 0.867 0.017 0.008 0.021 0.011 0.006 0.070 175 V 0.893 0.014 0.003 0.025 0.004 0.005 0.056 176 L 0.913 0.003 0.007 0.016 0.005 0.011 0.045 177 E 0.876 0.009 0.008 0.014 0.018 0.012 0.064 178 F 0.798 0.011 0.011 0.012 0.024 0.017 0.127 179 L 0.409 0.052 0.025 0.019 0.188 0.028 0.279 180 D 0.084 0.018 0.013 0.003 0.250 0.014 0.618 181 P 0.013 0.005 0.070 0.012 0.125 0.565 0.209 182 S 0.009 0.014 0.058 0.013 0.155 0.565 0.188 183 D 0.018 0.007 0.038 0.011 0.406 0.101 0.418