# TARGET T0301 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.54204 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.223 0.319 0.264 0.078 0.058 0.021 0.012 0.005 0.016 0.004 0.001 2 A 0.206 0.186 0.392 0.112 0.020 0.047 0.013 0.003 0.015 0.004 0.002 3 H 0.022 0.368 0.344 0.004 0.025 0.019 0.009 0.001 0.208 0.001 0.001 4 P 0.058 0.004 0.884 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.004 0.002 0.038 5 P 0.308 0.005 0.568 0.018 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 6 Q 0.237 0.252 0.224 0.126 0.045 0.048 0.024 0.011 0.030 0.001 0.002 7 I 0.082 0.401 0.270 0.120 0.062 0.032 0.012 0.002 0.017 0.002 0.001 8 R 0.062 0.330 0.348 0.059 0.046 0.066 0.041 0.005 0.040 0.003 0.001 9 I 0.005 0.589 0.232 0.001 0.020 0.020 0.002 0.001 0.131 0.001 0.001 10 P 0.042 0.013 0.849 0.002 0.001 0.072 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 11 A 0.094 0.434 0.229 0.024 0.143 0.039 0.005 0.005 0.023 0.003 0.001 12 T 0.115 0.597 0.090 0.045 0.106 0.021 0.003 0.001 0.019 0.002 0.001 13 Y 0.051 0.484 0.205 0.054 0.106 0.049 0.010 0.001 0.039 0.001 0.001 14 L 0.053 0.468 0.198 0.060 0.084 0.073 0.014 0.003 0.044 0.003 0.001 15 R 0.057 0.395 0.222 0.069 0.084 0.062 0.033 0.007 0.061 0.009 0.001 16 G 0.051 0.075 0.177 0.068 0.340 0.018 0.088 0.068 0.014 0.100 0.002 17 G 0.066 0.060 0.259 0.058 0.257 0.045 0.024 0.082 0.010 0.135 0.004 18 T 0.279 0.119 0.145 0.324 0.037 0.037 0.017 0.005 0.029 0.004 0.001 19 S 0.372 0.089 0.207 0.105 0.105 0.020 0.024 0.030 0.007 0.039 0.002 20 K 0.396 0.108 0.141 0.239 0.028 0.027 0.028 0.012 0.015 0.002 0.002 21 G 0.245 0.146 0.241 0.042 0.205 0.008 0.033 0.036 0.010 0.031 0.003 22 V 0.202 0.391 0.293 0.022 0.038 0.039 0.003 0.001 0.008 0.001 0.003 23 F 0.148 0.555 0.158 0.032 0.036 0.036 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 24 F 0.044 0.685 0.106 0.035 0.095 0.018 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 25 R 0.012 0.336 0.517 0.003 0.025 0.070 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 26 L 0.827 0.029 0.033 0.072 0.007 0.017 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 27 E 0.856 0.013 0.031 0.086 0.003 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 28 D 0.210 0.005 0.016 0.718 0.002 0.011 0.026 0.003 0.008 0.001 0.001 29 L 0.056 0.127 0.659 0.014 0.010 0.036 0.017 0.001 0.080 0.001 0.001 30 P 0.108 0.011 0.825 0.009 0.001 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 31 E 0.648 0.026 0.233 0.043 0.015 0.005 0.008 0.010 0.002 0.010 0.001 32 S 0.506 0.042 0.125 0.255 0.020 0.013 0.014 0.015 0.008 0.002 0.001 33 C 0.319 0.114 0.231 0.243 0.038 0.020 0.014 0.008 0.007 0.006 0.001 34 R 0.203 0.131 0.270 0.239 0.021 0.062 0.039 0.004 0.027 0.003 0.001 35 V 0.019 0.368 0.377 0.003 0.019 0.020 0.007 0.001 0.186 0.001 0.001 36 P 0.043 0.002 0.891 0.004 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 37 G 0.372 0.020 0.127 0.054 0.049 0.006 0.031 0.284 0.003 0.054 0.001 38 E 0.821 0.020 0.081 0.038 0.011 0.006 0.004 0.007 0.002 0.009 0.001 39 A 0.775 0.022 0.078 0.092 0.008 0.008 0.004 0.003 0.005 0.004 0.001 40 R 0.945 0.004 0.011 0.031 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 41 D 0.921 0.004 0.020 0.038 0.001 0.011 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 42 R 0.947 0.005 0.009 0.026 0.001 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 43 L 0.972 0.003 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 F 0.980 0.004 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 M 0.992 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 R 0.989 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 V 0.955 0.004 0.003 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 I 0.531 0.013 0.024 0.422 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 49 G 0.097 0.006 0.058 0.135 0.019 0.006 0.200 0.396 0.005 0.079 0.001 50 S 0.024 0.136 0.721 0.004 0.045 0.018 0.009 0.001 0.033 0.010 0.001 51 P 0.402 0.008 0.409 0.102 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 52 D 0.020 0.161 0.382 0.006 0.087 0.067 0.013 0.001 0.259 0.004 0.001 53 P 0.851 0.003 0.075 0.035 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 54 Y 0.690 0.016 0.041 0.213 0.005 0.012 0.011 0.006 0.005 0.001 0.001 55 A 0.581 0.050 0.090 0.208 0.023 0.015 0.018 0.006 0.007 0.002 0.001 56 A 0.379 0.154 0.190 0.174 0.048 0.013 0.018 0.009 0.010 0.003 0.001 57 H 0.186 0.145 0.283 0.145 0.024 0.111 0.044 0.004 0.055 0.001 0.001 58 I 0.142 0.434 0.156 0.094 0.016 0.077 0.006 0.001 0.073 0.001 0.001 59 D 0.089 0.073 0.155 0.292 0.025 0.121 0.160 0.004 0.074 0.005 0.001 60 G 0.051 0.013 0.063 0.050 0.092 0.007 0.080 0.460 0.002 0.180 0.002 61 M 0.211 0.154 0.158 0.399 0.021 0.017 0.011 0.005 0.021 0.002 0.001 62 G 0.045 0.017 0.131 0.042 0.095 0.004 0.064 0.180 0.002 0.419 0.001 63 G 0.090 0.032 0.128 0.117 0.093 0.014 0.069 0.324 0.007 0.123 0.002 64 A 0.126 0.168 0.406 0.113 0.088 0.032 0.017 0.015 0.016 0.018 0.001 65 T 0.093 0.230 0.342 0.074 0.130 0.052 0.026 0.007 0.032 0.012 0.003 66 S 0.340 0.075 0.350 0.081 0.084 0.033 0.008 0.008 0.009 0.008 0.004 67 S 0.430 0.057 0.096 0.290 0.055 0.029 0.013 0.012 0.013 0.005 0.002 68 T 0.209 0.168 0.103 0.399 0.056 0.023 0.013 0.004 0.023 0.002 0.001 69 S 0.091 0.315 0.252 0.129 0.166 0.011 0.013 0.008 0.010 0.005 0.001 70 K 0.041 0.479 0.255 0.040 0.124 0.027 0.014 0.003 0.016 0.002 0.001 71 C 0.008 0.745 0.159 0.007 0.061 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 72 V 0.003 0.870 0.061 0.002 0.035 0.009 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 73 I 0.003 0.621 0.313 0.001 0.006 0.039 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 74 L 0.020 0.633 0.230 0.024 0.018 0.052 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 75 S 0.004 0.405 0.314 0.002 0.219 0.024 0.002 0.001 0.025 0.002 0.001 76 K 0.562 0.102 0.129 0.145 0.018 0.020 0.004 0.002 0.016 0.001 0.001 77 S 0.377 0.093 0.207 0.224 0.060 0.012 0.008 0.006 0.005 0.008 0.001 78 S 0.317 0.050 0.144 0.388 0.033 0.017 0.018 0.012 0.011 0.010 0.001 79 Q 0.027 0.326 0.398 0.004 0.028 0.008 0.011 0.001 0.195 0.001 0.001 80 P 0.051 0.001 0.913 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 81 G 0.029 0.004 0.024 0.034 0.013 0.002 0.048 0.822 0.001 0.023 0.001 82 H 0.026 0.227 0.622 0.021 0.054 0.028 0.007 0.001 0.010 0.003 0.001 83 D 0.020 0.342 0.446 0.020 0.035 0.089 0.007 0.001 0.038 0.001 0.001 84 V 0.255 0.447 0.156 0.025 0.033 0.058 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 85 D 0.537 0.133 0.127 0.132 0.008 0.044 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 86 Y 0.069 0.652 0.067 0.023 0.154 0.011 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 87 L 0.109 0.532 0.258 0.021 0.023 0.041 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 88 Y 0.037 0.546 0.080 0.060 0.229 0.010 0.006 0.003 0.026 0.003 0.001 89 G 0.037 0.330 0.131 0.019 0.401 0.008 0.017 0.011 0.012 0.033 0.001 90 Q 0.043 0.451 0.355 0.014 0.041 0.060 0.007 0.001 0.026 0.001 0.003 91 V 0.047 0.718 0.128 0.023 0.028 0.023 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 92 S 0.028 0.278 0.526 0.012 0.016 0.115 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 93 I 0.101 0.515 0.206 0.045 0.050 0.038 0.006 0.001 0.038 0.001 0.001 94 D 0.247 0.054 0.121 0.366 0.033 0.083 0.051 0.007 0.030 0.006 0.003 95 K 0.052 0.334 0.372 0.009 0.054 0.018 0.019 0.001 0.138 0.001 0.002 96 P 0.286 0.008 0.632 0.011 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 97 F 0.103 0.272 0.274 0.124 0.107 0.031 0.025 0.009 0.050 0.002 0.003 98 V 0.050 0.423 0.335 0.063 0.036 0.066 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 99 D 0.014 0.161 0.329 0.037 0.069 0.268 0.006 0.001 0.109 0.004 0.001 100 W 0.454 0.030 0.029 0.409 0.009 0.026 0.025 0.006 0.011 0.002 0.001 101 S 0.454 0.047 0.122 0.278 0.025 0.011 0.022 0.014 0.018 0.008 0.001 102 G 0.268 0.011 0.074 0.081 0.082 0.003 0.028 0.230 0.001 0.220 0.001 103 N 0.282 0.051 0.154 0.269 0.029 0.063 0.088 0.014 0.027 0.018 0.004 104 C 0.294 0.115 0.215 0.266 0.028 0.024 0.022 0.011 0.016 0.006 0.001 105 G 0.244 0.003 0.020 0.013 0.026 0.001 0.036 0.189 0.001 0.467 0.001 106 N 0.627 0.020 0.052 0.193 0.011 0.054 0.015 0.004 0.011 0.002 0.009 107 L 0.795 0.048 0.043 0.069 0.007 0.020 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 108 S 0.911 0.014 0.022 0.036 0.004 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 109 T 0.772 0.072 0.021 0.092 0.023 0.007 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 110 G 0.793 0.038 0.027 0.080 0.020 0.015 0.011 0.006 0.006 0.004 0.001 111 A 0.624 0.130 0.044 0.134 0.025 0.016 0.006 0.003 0.015 0.002 0.001 112 G 0.835 0.034 0.039 0.024 0.017 0.007 0.017 0.011 0.005 0.010 0.001 113 A 0.941 0.013 0.018 0.017 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 F 0.923 0.019 0.013 0.031 0.003 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 115 A 0.930 0.016 0.014 0.024 0.004 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 116 L 0.928 0.018 0.010 0.036 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 H 0.857 0.030 0.023 0.066 0.008 0.004 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 118 A 0.356 0.045 0.077 0.469 0.018 0.005 0.017 0.003 0.009 0.001 0.001 119 G 0.029 0.002 0.013 0.010 0.034 0.001 0.127 0.596 0.001 0.186 0.001 120 L 0.248 0.117 0.342 0.159 0.027 0.067 0.014 0.001 0.008 0.003 0.014 121 V 0.035 0.608 0.188 0.040 0.056 0.044 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 122 D 0.006 0.119 0.573 0.003 0.013 0.100 0.005 0.001 0.180 0.001 0.001 123 P 0.852 0.006 0.090 0.034 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 124 A 0.721 0.030 0.053 0.164 0.011 0.008 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 125 R 0.204 0.086 0.151 0.491 0.017 0.020 0.009 0.002 0.018 0.001 0.001 126 I 0.023 0.224 0.499 0.007 0.019 0.035 0.016 0.001 0.175 0.002 0.001 127 P 0.081 0.008 0.849 0.012 0.001 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 128 E 0.572 0.055 0.089 0.171 0.019 0.027 0.021 0.023 0.011 0.012 0.001 129 D 0.085 0.034 0.095 0.533 0.016 0.008 0.189 0.012 0.024 0.003 0.001 130 G 0.010 0.003 0.049 0.017 0.045 0.001 0.060 0.694 0.001 0.120 0.001 131 I 0.036 0.557 0.280 0.046 0.063 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 132 C 0.008 0.689 0.168 0.009 0.087 0.011 0.003 0.001 0.023 0.002 0.001 133 E 0.006 0.598 0.352 0.002 0.016 0.022 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 134 V 0.004 0.796 0.147 0.001 0.019 0.013 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 135 R 0.006 0.645 0.299 0.001 0.006 0.028 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 136 I 0.049 0.635 0.224 0.001 0.008 0.053 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 137 W 0.386 0.386 0.082 0.054 0.026 0.042 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 138 Q 0.194 0.407 0.136 0.036 0.126 0.047 0.016 0.002 0.033 0.002 0.001 139 A 0.240 0.348 0.170 0.074 0.098 0.033 0.012 0.003 0.015 0.004 0.001 140 N 0.158 0.114 0.127 0.090 0.047 0.149 0.178 0.009 0.122 0.005 0.001 141 I 0.473 0.071 0.136 0.286 0.009 0.010 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 142 G 0.139 0.003 0.020 0.047 0.012 0.002 0.166 0.548 0.001 0.063 0.001 143 K 0.176 0.231 0.393 0.068 0.039 0.045 0.025 0.002 0.019 0.001 0.001 144 T 0.133 0.416 0.392 0.017 0.007 0.025 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 145 I 0.085 0.669 0.174 0.012 0.018 0.023 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 146 I 0.146 0.595 0.144 0.040 0.024 0.023 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 147 A 0.045 0.488 0.173 0.025 0.242 0.012 0.004 0.001 0.007 0.002 0.001 148 H 0.025 0.621 0.160 0.033 0.081 0.027 0.008 0.001 0.044 0.001 0.001 149 V 0.004 0.688 0.184 0.002 0.027 0.021 0.002 0.001 0.072 0.001 0.001 150 P 0.015 0.069 0.802 0.002 0.001 0.103 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 151 V 0.073 0.459 0.317 0.043 0.023 0.038 0.003 0.001 0.041 0.001 0.001 152 S 0.153 0.167 0.496 0.057 0.031 0.021 0.030 0.004 0.026 0.013 0.002 153 G 0.020 0.004 0.051 0.039 0.040 0.002 0.215 0.389 0.002 0.239 0.001 154 G 0.016 0.009 0.138 0.010 0.071 0.001 0.028 0.457 0.001 0.267 0.001 155 Q 0.046 0.357 0.470 0.035 0.042 0.029 0.005 0.001 0.012 0.001 0.002 156 V 0.029 0.457 0.425 0.006 0.014 0.053 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 157 Q 0.080 0.673 0.088 0.056 0.067 0.017 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 158 E 0.050 0.459 0.273 0.018 0.148 0.028 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 159 T 0.073 0.543 0.148 0.105 0.078 0.012 0.004 0.001 0.035 0.001 0.001 160 G 0.020 0.018 0.055 0.010 0.218 0.001 0.018 0.131 0.002 0.527 0.001 161 D 0.077 0.249 0.308 0.170 0.108 0.044 0.012 0.004 0.018 0.003 0.006 162 F 0.036 0.566 0.193 0.043 0.121 0.016 0.007 0.003 0.011 0.004 0.001 163 E 0.025 0.610 0.269 0.013 0.033 0.026 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 164 L 0.044 0.546 0.252 0.014 0.014 0.061 0.003 0.001 0.064 0.001 0.001 165 D 0.074 0.122 0.454 0.082 0.019 0.056 0.131 0.002 0.054 0.004 0.001 166 G 0.018 0.005 0.027 0.023 0.057 0.002 0.097 0.696 0.001 0.073 0.001 167 V 0.048 0.399 0.473 0.022 0.027 0.017 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 168 T 0.114 0.132 0.566 0.095 0.006 0.063 0.005 0.001 0.014 0.002 0.002 169 F 0.055 0.212 0.342 0.008 0.243 0.014 0.026 0.007 0.060 0.034 0.001 170 P 0.382 0.020 0.411 0.079 0.004 0.047 0.003 0.002 0.004 0.002 0.047 171 A 0.275 0.145 0.232 0.151 0.088 0.018 0.023 0.025 0.025 0.016 0.002 172 A 0.173 0.127 0.487 0.040 0.109 0.010 0.011 0.013 0.005 0.024 0.002 173 E 0.171 0.156 0.427 0.108 0.038 0.055 0.018 0.006 0.014 0.002 0.006 174 I 0.014 0.669 0.184 0.010 0.085 0.017 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 175 V 0.032 0.697 0.172 0.009 0.012 0.052 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 176 L 0.022 0.663 0.203 0.005 0.035 0.037 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 177 E 0.106 0.500 0.173 0.029 0.058 0.070 0.012 0.001 0.049 0.001 0.001 178 F 0.103 0.358 0.204 0.099 0.110 0.053 0.026 0.003 0.037 0.003 0.002 179 L 0.132 0.426 0.205 0.113 0.054 0.032 0.004 0.001 0.030 0.002 0.001 180 D 0.022 0.186 0.405 0.007 0.072 0.094 0.029 0.001 0.179 0.005 0.001 181 P 0.463 0.016 0.343 0.113 0.001 0.032 0.002 0.001 0.003 0.001 0.025 182 S 0.339 0.079 0.236 0.174 0.069 0.022 0.014 0.030 0.013 0.024 0.001 183 D 0.299 0.058 0.165 0.269 0.045 0.040 0.065 0.021 0.021 0.016 0.002