# TARGET T0301 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.54204 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.103 0.195 0.090 0.020 0.229 0.016 0.035 0.103 0.078 0.093 0.038 2 A 0.095 0.195 0.134 0.033 0.193 0.036 0.071 0.090 0.053 0.064 0.036 3 H 0.063 0.249 0.329 0.056 0.130 0.013 0.029 0.042 0.025 0.034 0.030 4 P 0.026 0.457 0.261 0.022 0.117 0.010 0.015 0.056 0.021 0.007 0.009 5 P 0.048 0.248 0.057 0.007 0.146 0.010 0.027 0.182 0.187 0.065 0.023 6 Q 0.150 0.095 0.024 0.006 0.190 0.015 0.047 0.159 0.145 0.109 0.059 7 I 0.095 0.285 0.054 0.007 0.405 0.007 0.020 0.057 0.027 0.025 0.018 8 R 0.283 0.113 0.028 0.005 0.375 0.005 0.025 0.036 0.023 0.049 0.058 9 I 0.108 0.400 0.095 0.003 0.353 0.001 0.003 0.013 0.004 0.004 0.015 10 P 0.208 0.211 0.027 0.006 0.423 0.006 0.014 0.028 0.011 0.013 0.052 11 A 0.216 0.148 0.025 0.011 0.421 0.016 0.019 0.042 0.035 0.024 0.043 12 T 0.101 0.183 0.036 0.019 0.365 0.027 0.057 0.113 0.049 0.023 0.027 13 Y 0.198 0.148 0.044 0.013 0.284 0.019 0.049 0.068 0.037 0.075 0.065 14 L 0.133 0.159 0.069 0.027 0.194 0.021 0.046 0.060 0.049 0.150 0.092 15 R 0.078 0.186 0.108 0.073 0.148 0.083 0.082 0.061 0.047 0.073 0.060 16 G 0.039 0.151 0.101 0.127 0.106 0.058 0.050 0.045 0.080 0.177 0.064 17 G 0.149 0.066 0.051 0.044 0.144 0.022 0.037 0.050 0.081 0.224 0.132 18 T 0.102 0.152 0.103 0.026 0.210 0.021 0.043 0.071 0.086 0.130 0.056 19 S 0.098 0.185 0.078 0.029 0.231 0.032 0.058 0.150 0.067 0.039 0.033 20 K 0.025 0.024 0.023 0.046 0.026 0.048 0.185 0.192 0.201 0.201 0.029 21 G 0.030 0.173 0.236 0.192 0.108 0.052 0.014 0.052 0.040 0.081 0.020 22 V 0.195 0.112 0.009 0.003 0.520 0.005 0.014 0.058 0.026 0.016 0.043 23 F 0.230 0.095 0.018 0.003 0.408 0.005 0.016 0.043 0.035 0.050 0.097 24 F 0.100 0.316 0.074 0.007 0.336 0.008 0.025 0.059 0.030 0.021 0.024 25 R 0.144 0.341 0.095 0.002 0.321 0.001 0.003 0.026 0.014 0.016 0.038 26 L 0.017 0.018 0.002 0.001 0.021 0.002 0.004 0.284 0.604 0.031 0.016 27 E 0.002 0.021 0.007 0.004 0.007 0.021 0.087 0.502 0.331 0.015 0.002 28 D 0.014 0.005 0.002 0.001 0.009 0.001 0.013 0.089 0.157 0.690 0.019 29 L 0.091 0.324 0.153 0.005 0.145 0.003 0.016 0.128 0.069 0.038 0.027 30 P 0.019 0.443 0.167 0.014 0.107 0.015 0.017 0.112 0.078 0.016 0.012 31 E 0.014 0.060 0.021 0.005 0.045 0.014 0.084 0.443 0.281 0.023 0.009 32 S 0.063 0.033 0.014 0.005 0.065 0.007 0.041 0.231 0.190 0.276 0.073 33 C 0.099 0.183 0.045 0.005 0.254 0.005 0.025 0.157 0.091 0.097 0.039 34 R 0.105 0.116 0.075 0.015 0.126 0.027 0.062 0.121 0.084 0.186 0.084 35 V 0.025 0.417 0.369 0.015 0.115 0.004 0.009 0.023 0.007 0.007 0.010 36 P 0.016 0.351 0.239 0.037 0.058 0.034 0.054 0.135 0.037 0.027 0.010 37 G 0.011 0.065 0.065 0.042 0.023 0.022 0.019 0.338 0.205 0.189 0.021 38 E 0.010 0.056 0.018 0.004 0.034 0.005 0.015 0.647 0.157 0.045 0.010 39 A 0.006 0.018 0.006 0.001 0.010 0.002 0.009 0.789 0.114 0.039 0.005 40 R 0.003 0.009 0.006 0.002 0.005 0.003 0.006 0.820 0.109 0.036 0.003 41 D 0.004 0.013 0.005 0.002 0.009 0.005 0.011 0.838 0.092 0.021 0.003 42 R 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.011 0.869 0.082 0.021 0.002 43 L 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.009 0.880 0.079 0.023 0.001 44 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.889 0.093 0.008 0.001 45 M 0.002 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.009 0.848 0.119 0.006 0.001 46 R 0.003 0.005 0.003 0.002 0.008 0.006 0.063 0.781 0.117 0.011 0.001 47 V 0.009 0.010 0.008 0.006 0.011 0.015 0.133 0.637 0.119 0.047 0.004 48 I 0.022 0.059 0.017 0.012 0.042 0.029 0.221 0.238 0.108 0.224 0.028 49 G 0.041 0.058 0.043 0.044 0.048 0.045 0.040 0.052 0.057 0.494 0.078 50 S 0.134 0.215 0.088 0.011 0.381 0.006 0.017 0.062 0.027 0.024 0.036 51 P 0.023 0.172 0.124 0.031 0.091 0.035 0.063 0.165 0.149 0.130 0.018 52 D 0.251 0.089 0.044 0.004 0.405 0.003 0.036 0.072 0.027 0.013 0.057 53 P 0.009 0.032 0.011 0.003 0.022 0.008 0.023 0.479 0.355 0.050 0.008 54 Y 0.011 0.044 0.014 0.007 0.027 0.009 0.038 0.334 0.253 0.253 0.011 55 A 0.043 0.028 0.008 0.007 0.044 0.011 0.038 0.358 0.283 0.152 0.026 56 A 0.042 0.115 0.031 0.014 0.137 0.015 0.046 0.270 0.176 0.124 0.030 57 H 0.166 0.097 0.027 0.008 0.186 0.011 0.055 0.219 0.086 0.074 0.071 58 I 0.102 0.160 0.122 0.041 0.198 0.034 0.052 0.097 0.069 0.067 0.058 59 D 0.024 0.103 0.115 0.122 0.041 0.090 0.189 0.152 0.072 0.069 0.024 60 G 0.039 0.137 0.202 0.076 0.070 0.035 0.027 0.074 0.075 0.210 0.055 61 M 0.092 0.168 0.063 0.035 0.190 0.042 0.064 0.067 0.092 0.125 0.062 62 G 0.078 0.088 0.123 0.125 0.111 0.050 0.061 0.044 0.057 0.152 0.110 63 G 0.088 0.103 0.087 0.065 0.139 0.028 0.027 0.063 0.080 0.236 0.083 64 A 0.073 0.130 0.068 0.026 0.136 0.022 0.041 0.105 0.163 0.186 0.050 65 T 0.074 0.182 0.134 0.037 0.156 0.029 0.051 0.107 0.101 0.083 0.046 66 S 0.083 0.148 0.098 0.017 0.146 0.014 0.040 0.164 0.173 0.083 0.034 67 S 0.084 0.068 0.031 0.013 0.100 0.026 0.095 0.188 0.201 0.142 0.053 68 T 0.151 0.142 0.072 0.019 0.194 0.016 0.033 0.045 0.089 0.166 0.073 69 S 0.142 0.253 0.068 0.018 0.299 0.024 0.032 0.038 0.028 0.053 0.045 70 K 0.272 0.095 0.016 0.006 0.513 0.006 0.012 0.008 0.008 0.024 0.042 71 C 0.288 0.063 0.005 0.001 0.623 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 72 V 0.087 0.155 0.007 0.001 0.741 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 73 I 0.410 0.050 0.005 0.001 0.480 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.051 74 L 0.167 0.244 0.058 0.016 0.358 0.019 0.026 0.012 0.007 0.028 0.065 75 S 0.058 0.414 0.212 0.014 0.265 0.003 0.006 0.008 0.005 0.005 0.010 76 K 0.039 0.082 0.036 0.013 0.082 0.015 0.028 0.247 0.329 0.098 0.031 77 S 0.053 0.205 0.094 0.025 0.179 0.023 0.066 0.174 0.112 0.051 0.019 78 S 0.103 0.085 0.037 0.019 0.101 0.019 0.047 0.099 0.124 0.291 0.075 79 Q 0.035 0.253 0.441 0.059 0.115 0.018 0.016 0.027 0.011 0.013 0.012 80 P 0.007 0.045 0.034 0.063 0.017 0.120 0.399 0.215 0.071 0.021 0.008 81 G 0.035 0.053 0.068 0.056 0.045 0.044 0.021 0.058 0.120 0.412 0.087 82 H 0.077 0.278 0.093 0.015 0.333 0.011 0.016 0.045 0.045 0.058 0.030 83 D 0.371 0.080 0.014 0.001 0.430 0.001 0.003 0.014 0.007 0.020 0.059 84 V 0.188 0.114 0.017 0.006 0.331 0.006 0.007 0.112 0.115 0.056 0.048 85 D 0.120 0.024 0.005 0.012 0.123 0.042 0.142 0.332 0.093 0.069 0.040 86 Y 0.202 0.145 0.034 0.008 0.386 0.007 0.011 0.101 0.034 0.046 0.028 87 L 0.246 0.086 0.016 0.012 0.335 0.016 0.039 0.116 0.033 0.050 0.051 88 Y 0.181 0.104 0.036 0.026 0.213 0.015 0.022 0.062 0.066 0.165 0.109 89 G 0.046 0.340 0.133 0.041 0.225 0.028 0.022 0.064 0.035 0.047 0.019 90 Q 0.408 0.055 0.011 0.002 0.306 0.003 0.012 0.021 0.023 0.061 0.097 91 V 0.083 0.267 0.085 0.025 0.290 0.036 0.055 0.086 0.038 0.015 0.019 92 S 0.279 0.165 0.046 0.003 0.364 0.002 0.004 0.014 0.014 0.037 0.073 93 I 0.139 0.170 0.053 0.027 0.236 0.037 0.041 0.105 0.098 0.048 0.046 94 D 0.025 0.065 0.100 0.144 0.039 0.070 0.071 0.096 0.143 0.211 0.036 95 K 0.034 0.317 0.253 0.039 0.131 0.008 0.019 0.073 0.083 0.028 0.016 96 P 0.066 0.146 0.042 0.009 0.135 0.023 0.052 0.166 0.238 0.087 0.036 97 F 0.098 0.120 0.030 0.004 0.242 0.006 0.035 0.097 0.118 0.193 0.056 98 V 0.168 0.216 0.046 0.009 0.291 0.016 0.026 0.039 0.036 0.064 0.090 99 D 0.253 0.104 0.072 0.010 0.427 0.004 0.011 0.009 0.008 0.023 0.081 100 W 0.041 0.052 0.023 0.005 0.057 0.008 0.028 0.268 0.365 0.129 0.025 101 S 0.036 0.188 0.141 0.050 0.092 0.034 0.095 0.101 0.087 0.147 0.030 102 G 0.022 0.092 0.111 0.150 0.036 0.071 0.094 0.111 0.100 0.172 0.042 103 N 0.055 0.086 0.089 0.051 0.072 0.034 0.059 0.160 0.106 0.201 0.087 104 C 0.048 0.231 0.063 0.030 0.138 0.020 0.032 0.159 0.141 0.107 0.031 105 G 0.035 0.109 0.122 0.109 0.057 0.053 0.030 0.197 0.117 0.124 0.047 106 N 0.105 0.068 0.031 0.019 0.131 0.014 0.039 0.323 0.123 0.091 0.055 107 L 0.046 0.038 0.013 0.007 0.056 0.011 0.024 0.450 0.258 0.072 0.025 108 S 0.035 0.033 0.014 0.014 0.046 0.027 0.102 0.444 0.185 0.076 0.023 109 T 0.032 0.090 0.043 0.017 0.068 0.036 0.100 0.378 0.150 0.065 0.022 110 G 0.051 0.073 0.046 0.026 0.066 0.011 0.036 0.293 0.157 0.199 0.043 111 A 0.034 0.095 0.041 0.017 0.041 0.019 0.034 0.407 0.181 0.101 0.029 112 G 0.006 0.098 0.091 0.057 0.030 0.016 0.012 0.558 0.119 0.009 0.005 113 A 0.014 0.008 0.002 0.002 0.013 0.007 0.038 0.801 0.094 0.014 0.006 114 F 0.008 0.022 0.010 0.005 0.013 0.004 0.013 0.725 0.155 0.041 0.005 115 A 0.008 0.009 0.003 0.002 0.014 0.004 0.011 0.811 0.118 0.018 0.004 116 L 0.012 0.021 0.006 0.002 0.013 0.008 0.067 0.720 0.127 0.017 0.005 117 H 0.019 0.022 0.013 0.009 0.023 0.016 0.103 0.559 0.119 0.102 0.014 118 A 0.014 0.524 0.220 0.029 0.095 0.011 0.024 0.032 0.022 0.022 0.007 119 G 0.032 0.048 0.065 0.135 0.027 0.052 0.023 0.081 0.067 0.364 0.106 120 L 0.133 0.193 0.044 0.003 0.310 0.006 0.038 0.079 0.055 0.086 0.053 121 V 0.036 0.360 0.244 0.020 0.193 0.022 0.041 0.034 0.017 0.017 0.017 122 D 0.091 0.347 0.143 0.002 0.391 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.015 123 P 0.013 0.038 0.017 0.002 0.033 0.003 0.007 0.247 0.607 0.028 0.007 124 A 0.010 0.067 0.036 0.007 0.033 0.017 0.107 0.411 0.239 0.064 0.009 125 R 0.059 0.056 0.017 0.006 0.069 0.006 0.046 0.087 0.085 0.512 0.056 126 I 0.041 0.483 0.227 0.005 0.190 0.002 0.007 0.019 0.006 0.008 0.010 127 P 0.015 0.372 0.413 0.025 0.052 0.018 0.017 0.042 0.027 0.012 0.008 128 E 0.029 0.055 0.062 0.034 0.043 0.055 0.142 0.247 0.242 0.070 0.022 129 D 0.020 0.311 0.158 0.088 0.068 0.054 0.089 0.077 0.055 0.055 0.026 130 G 0.024 0.019 0.017 0.021 0.021 0.011 0.008 0.020 0.054 0.691 0.113 131 I 0.203 0.183 0.047 0.005 0.350 0.007 0.029 0.047 0.044 0.048 0.039 132 C 0.120 0.298 0.039 0.003 0.483 0.004 0.005 0.012 0.006 0.009 0.020 133 E 0.327 0.095 0.011 0.002 0.521 0.001 0.006 0.008 0.003 0.005 0.022 134 V 0.323 0.087 0.006 0.002 0.548 0.003 0.002 0.005 0.001 0.002 0.020 135 R 0.191 0.128 0.010 0.004 0.633 0.002 0.004 0.009 0.002 0.002 0.016 136 I 0.467 0.049 0.006 0.004 0.377 0.005 0.008 0.021 0.003 0.007 0.052 137 W 0.141 0.179 0.029 0.028 0.374 0.041 0.060 0.071 0.017 0.021 0.038 138 Q 0.204 0.190 0.045 0.012 0.378 0.014 0.012 0.040 0.014 0.031 0.059 139 A 0.089 0.170 0.087 0.035 0.122 0.044 0.099 0.227 0.058 0.030 0.038 140 N 0.065 0.072 0.076 0.083 0.053 0.067 0.090 0.173 0.101 0.167 0.053 141 I 0.039 0.358 0.117 0.072 0.154 0.042 0.068 0.080 0.035 0.019 0.016 142 G 0.033 0.016 0.010 0.034 0.022 0.025 0.028 0.077 0.111 0.521 0.123 143 K 0.086 0.325 0.108 0.022 0.334 0.012 0.028 0.044 0.014 0.015 0.011 144 T 0.255 0.093 0.008 0.002 0.606 0.003 0.005 0.008 0.003 0.004 0.014 145 I 0.269 0.083 0.007 0.004 0.592 0.005 0.005 0.006 0.002 0.004 0.022 146 I 0.373 0.057 0.009 0.006 0.415 0.009 0.008 0.007 0.004 0.020 0.092 147 A 0.145 0.189 0.038 0.007 0.555 0.006 0.010 0.010 0.003 0.010 0.027 148 H 0.408 0.059 0.011 0.001 0.316 0.002 0.007 0.007 0.009 0.067 0.113 149 V 0.033 0.523 0.075 0.001 0.358 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 150 P 0.293 0.136 0.013 0.001 0.475 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.064 151 V 0.165 0.207 0.208 0.034 0.269 0.019 0.014 0.022 0.020 0.013 0.029 152 S 0.004 0.021 0.050 0.159 0.011 0.289 0.260 0.162 0.034 0.008 0.002 153 G 0.015 0.101 0.157 0.285 0.024 0.025 0.070 0.055 0.051 0.178 0.040 154 G 0.015 0.060 0.143 0.200 0.028 0.053 0.008 0.022 0.042 0.357 0.072 155 Q 0.050 0.401 0.055 0.001 0.414 0.001 0.006 0.030 0.022 0.012 0.007 156 V 0.384 0.110 0.015 0.001 0.376 0.003 0.006 0.014 0.009 0.015 0.066 157 Q 0.138 0.209 0.105 0.053 0.291 0.049 0.049 0.033 0.016 0.028 0.029 158 E 0.259 0.074 0.057 0.039 0.224 0.058 0.070 0.077 0.028 0.045 0.069 159 T 0.056 0.171 0.110 0.220 0.095 0.075 0.062 0.046 0.031 0.083 0.052 160 G 0.022 0.075 0.110 0.376 0.046 0.069 0.013 0.027 0.028 0.191 0.044 161 D 0.212 0.131 0.023 0.006 0.424 0.006 0.023 0.038 0.035 0.047 0.057 162 F 0.207 0.178 0.024 0.003 0.447 0.004 0.005 0.032 0.033 0.028 0.038 163 E 0.273 0.127 0.032 0.007 0.405 0.008 0.016 0.035 0.017 0.026 0.052 164 L 0.263 0.087 0.062 0.066 0.240 0.044 0.024 0.049 0.027 0.051 0.087 165 D 0.008 0.028 0.034 0.156 0.014 0.142 0.341 0.138 0.066 0.057 0.017 166 G 0.048 0.070 0.109 0.050 0.061 0.015 0.005 0.024 0.061 0.460 0.096 167 V 0.097 0.301 0.060 0.004 0.407 0.003 0.008 0.038 0.042 0.022 0.018 168 T 0.208 0.103 0.066 0.018 0.241 0.017 0.041 0.051 0.053 0.090 0.111 169 F 0.058 0.276 0.276 0.071 0.146 0.025 0.020 0.040 0.031 0.034 0.021 170 P 0.138 0.154 0.087 0.027 0.196 0.021 0.051 0.147 0.064 0.065 0.051 171 A 0.088 0.158 0.107 0.035 0.101 0.027 0.038 0.110 0.124 0.158 0.054 172 A 0.034 0.322 0.147 0.047 0.170 0.029 0.037 0.129 0.049 0.027 0.009 173 E 0.331 0.079 0.014 0.006 0.347 0.010 0.030 0.056 0.025 0.039 0.062 174 I 0.169 0.191 0.017 0.004 0.586 0.005 0.005 0.006 0.002 0.004 0.011 175 V 0.245 0.068 0.004 0.002 0.645 0.003 0.004 0.008 0.002 0.002 0.017 176 L 0.300 0.087 0.010 0.004 0.532 0.007 0.006 0.010 0.003 0.005 0.035 177 E 0.230 0.096 0.010 0.004 0.479 0.004 0.013 0.018 0.008 0.042 0.094 178 F 0.217 0.186 0.041 0.006 0.379 0.005 0.010 0.027 0.015 0.054 0.059 179 L 0.062 0.329 0.139 0.035 0.224 0.028 0.041 0.033 0.028 0.051 0.029 180 D 0.178 0.197 0.149 0.013 0.379 0.005 0.013 0.016 0.008 0.008 0.034 181 P 0.030 0.077 0.051 0.011 0.046 0.014 0.030 0.271 0.352 0.094 0.023 182 S 0.017 0.125 0.075 0.061 0.046 0.089 0.219 0.167 0.099 0.085 0.016 183 D 0.045 0.144 0.104 0.066 0.077 0.028 0.030 0.060 0.073 0.309 0.064