# TARGET T0301 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.54204 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.573 0.225 0.104 0.061 0.027 0.009 0.001 2 A 0.509 0.243 0.126 0.078 0.034 0.010 0.001 3 H 0.478 0.261 0.142 0.083 0.028 0.008 0.001 4 P 0.531 0.246 0.121 0.067 0.028 0.006 0.001 5 P 0.569 0.252 0.113 0.047 0.015 0.003 0.001 6 Q 0.223 0.272 0.236 0.170 0.077 0.020 0.002 7 I 0.081 0.146 0.214 0.263 0.203 0.084 0.010 8 R 0.110 0.266 0.283 0.207 0.099 0.030 0.005 9 I 0.024 0.031 0.059 0.163 0.304 0.332 0.088 10 P 0.044 0.094 0.154 0.241 0.232 0.173 0.062 11 A 0.032 0.043 0.068 0.115 0.175 0.336 0.230 12 T 0.050 0.058 0.085 0.151 0.207 0.252 0.197 13 Y 0.068 0.074 0.088 0.127 0.163 0.249 0.230 14 L 0.062 0.058 0.063 0.104 0.149 0.260 0.305 15 R 0.073 0.085 0.096 0.122 0.142 0.227 0.254 16 G 0.102 0.095 0.100 0.132 0.154 0.213 0.204 17 G 0.093 0.085 0.087 0.123 0.152 0.231 0.228 18 T 0.078 0.105 0.118 0.151 0.144 0.200 0.204 19 S 0.049 0.053 0.077 0.144 0.185 0.280 0.211 20 K 0.038 0.058 0.086 0.127 0.175 0.297 0.219 21 G 0.039 0.068 0.093 0.138 0.193 0.293 0.176 22 V 0.015 0.040 0.078 0.150 0.251 0.342 0.124 23 F 0.005 0.016 0.037 0.107 0.268 0.448 0.117 24 F 0.007 0.017 0.044 0.133 0.325 0.414 0.061 25 R 0.024 0.133 0.227 0.279 0.233 0.098 0.005 26 L 0.027 0.127 0.293 0.359 0.166 0.027 0.002 27 E 0.424 0.425 0.116 0.028 0.006 0.001 0.001 28 D 0.227 0.357 0.257 0.128 0.028 0.004 0.001 29 L 0.027 0.041 0.113 0.373 0.368 0.077 0.001 30 P 0.090 0.262 0.371 0.213 0.059 0.005 0.001 31 E 0.614 0.298 0.069 0.016 0.003 0.001 0.001 32 S 0.402 0.284 0.182 0.094 0.031 0.007 0.001 33 C 0.157 0.179 0.276 0.262 0.112 0.015 0.001 34 R 0.514 0.302 0.117 0.049 0.014 0.003 0.001 35 V 0.380 0.258 0.181 0.126 0.047 0.008 0.001 36 P 0.652 0.237 0.073 0.029 0.008 0.002 0.001 37 G 0.809 0.153 0.028 0.008 0.002 0.001 0.001 38 E 0.784 0.163 0.038 0.011 0.003 0.001 0.001 39 A 0.312 0.364 0.196 0.094 0.027 0.005 0.001 40 R 0.044 0.117 0.212 0.345 0.228 0.052 0.003 41 D 0.100 0.258 0.298 0.235 0.088 0.019 0.002 42 R 0.084 0.343 0.325 0.175 0.059 0.013 0.001 43 L 0.004 0.013 0.048 0.197 0.400 0.304 0.034 44 F 0.002 0.006 0.015 0.058 0.195 0.505 0.219 45 M 0.005 0.029 0.088 0.200 0.254 0.292 0.130 46 R 0.007 0.022 0.059 0.143 0.240 0.355 0.173 47 V 0.004 0.007 0.012 0.028 0.099 0.423 0.426 48 I 0.013 0.017 0.019 0.042 0.117 0.346 0.446 49 G 0.023 0.036 0.047 0.091 0.179 0.319 0.305 50 S 0.019 0.029 0.043 0.104 0.213 0.342 0.249 51 P 0.036 0.091 0.150 0.241 0.230 0.174 0.077 52 D 0.106 0.225 0.216 0.198 0.142 0.081 0.032 53 P 0.100 0.153 0.173 0.193 0.196 0.128 0.056 54 Y 0.059 0.091 0.140 0.196 0.228 0.191 0.096 55 A 0.062 0.106 0.152 0.202 0.208 0.187 0.083 56 A 0.021 0.044 0.081 0.154 0.241 0.317 0.142 57 H 0.015 0.028 0.043 0.087 0.167 0.343 0.316 58 I 0.013 0.018 0.026 0.057 0.109 0.284 0.493 59 D 0.019 0.027 0.038 0.083 0.139 0.287 0.408 60 G 0.033 0.033 0.042 0.073 0.123 0.276 0.421 61 M 0.055 0.034 0.025 0.037 0.083 0.278 0.488 62 G 0.084 0.079 0.079 0.120 0.156 0.217 0.264 63 G 0.094 0.109 0.118 0.156 0.168 0.198 0.157 64 A 0.077 0.076 0.089 0.149 0.223 0.241 0.145 65 T 0.078 0.126 0.164 0.201 0.197 0.156 0.077 66 S 0.064 0.119 0.159 0.197 0.188 0.175 0.099 67 S 0.067 0.104 0.148 0.201 0.207 0.162 0.110 68 T 0.025 0.058 0.105 0.156 0.199 0.258 0.201 69 S 0.007 0.018 0.039 0.107 0.194 0.352 0.283 70 K 0.001 0.005 0.013 0.036 0.106 0.385 0.453 71 C 0.001 0.005 0.011 0.034 0.114 0.410 0.425 72 V 0.001 0.003 0.014 0.059 0.183 0.461 0.279 73 I 0.001 0.005 0.017 0.062 0.202 0.521 0.193 74 L 0.004 0.018 0.052 0.174 0.360 0.345 0.048 75 S 0.032 0.121 0.235 0.333 0.214 0.062 0.004 76 K 0.154 0.353 0.284 0.156 0.045 0.007 0.001 77 S 0.452 0.346 0.137 0.051 0.013 0.002 0.001 78 S 0.508 0.307 0.130 0.044 0.010 0.001 0.001 79 Q 0.444 0.284 0.173 0.078 0.018 0.002 0.001 80 P 0.654 0.220 0.081 0.033 0.010 0.002 0.001 81 G 0.412 0.333 0.171 0.064 0.017 0.003 0.001 82 H 0.051 0.132 0.247 0.312 0.195 0.059 0.003 83 D 0.059 0.149 0.213 0.257 0.226 0.087 0.008 84 V 0.023 0.033 0.074 0.172 0.319 0.310 0.069 85 D 0.057 0.126 0.194 0.248 0.198 0.137 0.039 86 Y 0.039 0.061 0.109 0.163 0.197 0.268 0.163 87 L 0.039 0.056 0.101 0.179 0.199 0.261 0.164 88 Y 0.051 0.062 0.070 0.115 0.155 0.304 0.244 89 G 0.043 0.079 0.099 0.167 0.172 0.266 0.174 90 Q 0.018 0.061 0.115 0.199 0.235 0.282 0.089 91 V 0.015 0.025 0.041 0.117 0.268 0.418 0.115 92 S 0.023 0.098 0.197 0.308 0.237 0.126 0.012 93 I 0.044 0.097 0.151 0.251 0.292 0.153 0.012 94 D 0.263 0.369 0.240 0.098 0.024 0.005 0.001 95 K 0.362 0.340 0.197 0.079 0.019 0.003 0.001 96 P 0.500 0.289 0.127 0.058 0.019 0.005 0.001 97 F 0.133 0.227 0.252 0.226 0.123 0.036 0.003 98 V 0.107 0.095 0.123 0.218 0.265 0.163 0.030 99 D 0.175 0.247 0.222 0.187 0.104 0.050 0.014 100 W 0.205 0.197 0.169 0.178 0.145 0.085 0.022 101 S 0.351 0.241 0.172 0.129 0.067 0.031 0.011 102 G 0.229 0.181 0.181 0.176 0.133 0.074 0.026 103 N 0.133 0.184 0.194 0.174 0.142 0.121 0.051 104 C 0.057 0.081 0.101 0.168 0.243 0.232 0.117 105 G 0.027 0.064 0.116 0.187 0.215 0.228 0.164 106 N 0.020 0.043 0.067 0.124 0.192 0.316 0.239 107 L 0.007 0.015 0.024 0.048 0.101 0.302 0.504 108 S 0.012 0.017 0.026 0.061 0.138 0.292 0.455 109 T 0.006 0.011 0.022 0.042 0.077 0.244 0.598 110 G 0.005 0.006 0.010 0.034 0.090 0.286 0.570 111 A 0.004 0.007 0.010 0.021 0.056 0.242 0.660 112 G 0.003 0.006 0.011 0.033 0.090 0.251 0.606 113 A 0.004 0.012 0.029 0.059 0.112 0.296 0.488 114 F 0.004 0.009 0.017 0.046 0.133 0.382 0.409 115 A 0.002 0.007 0.014 0.041 0.134 0.444 0.357 116 L 0.003 0.012 0.033 0.113 0.275 0.420 0.145 117 H 0.009 0.055 0.132 0.237 0.280 0.226 0.060 118 A 0.031 0.149 0.248 0.261 0.193 0.099 0.020 119 G 0.027 0.134 0.232 0.281 0.207 0.106 0.012 120 L 0.005 0.018 0.054 0.185 0.392 0.321 0.024 121 V 0.012 0.042 0.132 0.307 0.368 0.132 0.008 122 D 0.257 0.392 0.238 0.089 0.021 0.004 0.001 123 P 0.309 0.289 0.221 0.135 0.040 0.006 0.001 124 A 0.578 0.250 0.108 0.046 0.014 0.003 0.001 125 R 0.433 0.339 0.155 0.057 0.014 0.002 0.001 126 I 0.154 0.221 0.273 0.244 0.093 0.015 0.001 127 P 0.568 0.287 0.094 0.038 0.011 0.002 0.001 128 E 0.787 0.157 0.040 0.012 0.003 0.001 0.001 129 D 0.648 0.225 0.085 0.033 0.008 0.001 0.001 130 G 0.411 0.345 0.165 0.064 0.013 0.002 0.001 131 I 0.149 0.336 0.283 0.172 0.050 0.008 0.001 132 C 0.024 0.085 0.202 0.337 0.274 0.074 0.004 133 E 0.024 0.102 0.245 0.326 0.220 0.074 0.010 134 V 0.005 0.009 0.021 0.082 0.259 0.511 0.113 135 R 0.014 0.066 0.153 0.277 0.277 0.180 0.032 136 I 0.029 0.047 0.069 0.134 0.202 0.374 0.146 137 W 0.016 0.040 0.068 0.145 0.218 0.343 0.171 138 Q 0.050 0.108 0.150 0.194 0.202 0.209 0.086 139 A 0.125 0.209 0.205 0.210 0.141 0.085 0.024 140 N 0.137 0.171 0.199 0.207 0.169 0.096 0.020 141 I 0.230 0.209 0.183 0.158 0.123 0.080 0.017 142 G 0.215 0.225 0.200 0.187 0.120 0.046 0.007 143 K 0.231 0.297 0.236 0.140 0.065 0.025 0.006 144 T 0.096 0.177 0.206 0.241 0.181 0.086 0.014 145 I 0.018 0.036 0.066 0.159 0.296 0.335 0.090 146 I 0.032 0.115 0.193 0.285 0.216 0.125 0.035 147 A 0.038 0.087 0.120 0.184 0.248 0.252 0.071 148 H 0.028 0.145 0.272 0.320 0.169 0.056 0.010 149 V 0.020 0.029 0.062 0.186 0.354 0.299 0.051 150 P 0.085 0.270 0.286 0.215 0.103 0.035 0.005 151 V 0.103 0.151 0.194 0.248 0.203 0.092 0.010 152 S 0.269 0.301 0.231 0.132 0.049 0.015 0.003 153 G 0.316 0.307 0.206 0.116 0.042 0.012 0.002 154 G 0.237 0.205 0.188 0.178 0.128 0.056 0.008 155 Q 0.221 0.283 0.225 0.152 0.081 0.033 0.005 156 V 0.064 0.102 0.163 0.258 0.266 0.133 0.015 157 Q 0.111 0.219 0.259 0.226 0.134 0.046 0.005 158 E 0.137 0.236 0.240 0.202 0.128 0.050 0.007 159 T 0.273 0.299 0.206 0.137 0.061 0.021 0.004 160 G 0.075 0.152 0.231 0.294 0.182 0.060 0.005 161 D 0.197 0.366 0.246 0.131 0.045 0.013 0.002 162 F 0.018 0.043 0.112 0.269 0.358 0.182 0.018 163 E 0.091 0.252 0.307 0.218 0.097 0.030 0.004 164 L 0.029 0.048 0.083 0.170 0.299 0.313 0.059 165 D 0.110 0.254 0.240 0.192 0.119 0.069 0.016 166 G 0.059 0.127 0.191 0.248 0.213 0.132 0.030 167 V 0.055 0.070 0.100 0.202 0.273 0.236 0.063 168 T 0.148 0.242 0.220 0.184 0.113 0.072 0.021 169 F 0.117 0.162 0.179 0.214 0.180 0.112 0.036 170 P 0.225 0.284 0.219 0.152 0.078 0.033 0.010 171 A 0.143 0.232 0.219 0.181 0.134 0.071 0.019 172 A 0.052 0.116 0.172 0.247 0.237 0.148 0.028 173 E 0.061 0.289 0.333 0.211 0.079 0.022 0.005 174 I 0.008 0.020 0.054 0.177 0.333 0.350 0.058 175 V 0.007 0.052 0.150 0.275 0.287 0.194 0.036 176 L 0.009 0.016 0.031 0.084 0.225 0.488 0.146 177 E 0.036 0.138 0.228 0.299 0.196 0.086 0.017 178 F 0.037 0.054 0.090 0.204 0.293 0.276 0.047 179 L 0.132 0.215 0.221 0.204 0.139 0.077 0.013 180 D 0.315 0.298 0.191 0.122 0.055 0.017 0.002 181 P 0.414 0.255 0.167 0.101 0.045 0.016 0.002 182 S 0.528 0.185 0.123 0.094 0.052 0.015 0.002 183 D 0.683 0.191 0.078 0.033 0.011 0.003 0.001