# TARGET T0301 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 112 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.089 0.026 0.020 0.038 0.226 0.601 2 L 0.129 0.047 0.023 0.030 0.250 0.523 3 D 0.181 0.041 0.024 0.032 0.248 0.474 4 P 0.153 0.054 0.019 0.027 0.261 0.487 5 S 0.080 0.051 0.015 0.022 0.447 0.385 6 D 0.029 0.035 0.024 0.054 0.677 0.181 7 D 0.017 0.024 0.023 0.051 0.730 0.155 8 G 0.009 0.013 0.050 0.037 0.812 0.080 9 E 0.016 0.031 0.094 0.041 0.731 0.086 10 D 0.022 0.029 0.170 0.087 0.559 0.133 11 G 0.025 0.022 0.115 0.062 0.570 0.206 12 G 0.023 0.034 0.015 0.012 0.431 0.484 13 A 0.048 0.066 0.009 0.009 0.317 0.552 14 I 0.084 0.192 0.009 0.011 0.324 0.380 15 F 0.023 0.087 0.005 0.011 0.640 0.235 16 P 0.023 0.015 0.005 0.007 0.772 0.178 17 T 0.035 0.016 0.008 0.007 0.781 0.153 18 G 0.051 0.028 0.004 0.003 0.742 0.171 19 N 0.111 0.058 0.006 0.002 0.432 0.390 20 L 0.171 0.024 0.065 0.012 0.340 0.387 21 V 0.327 0.017 0.104 0.019 0.263 0.270 22 D 0.584 0.022 0.083 0.012 0.147 0.152 23 D 0.741 0.011 0.026 0.010 0.087 0.125 24 L 0.839 0.009 0.012 0.009 0.066 0.066 25 E 0.795 0.012 0.008 0.008 0.097 0.081 26 V 0.559 0.019 0.028 0.012 0.263 0.118 27 P 0.102 0.005 0.063 0.015 0.735 0.081 28 G 0.028 0.002 0.173 0.039 0.706 0.051 29 V 0.098 0.013 0.071 0.023 0.709 0.086 30 G 0.251 0.038 0.025 0.008 0.484 0.193 31 T 0.416 0.009 0.002 0.001 0.110 0.463 32 F 0.868 0.005 0.001 0.001 0.026 0.100 33 K 0.948 0.001 0.001 0.001 0.006 0.045 34 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 35 T 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 36 M 0.955 0.002 0.001 0.001 0.011 0.031 37 I 0.835 0.005 0.004 0.002 0.059 0.096 38 N 0.313 0.018 0.013 0.004 0.428 0.224 39 A 0.063 0.010 0.021 0.008 0.609 0.289 40 G 0.030 0.017 0.009 0.002 0.455 0.487 41 I 0.027 0.014 0.004 0.016 0.461 0.479 42 P 0.035 0.001 0.003 0.015 0.163 0.783 43 T 0.605 0.018 0.006 0.035 0.102 0.234 44 V 0.863 0.002 0.007 0.030 0.047 0.051 45 F 0.945 0.004 0.004 0.017 0.019 0.012 46 V 0.866 0.008 0.001 0.029 0.032 0.063 47 N 0.404 0.022 0.014 0.204 0.116 0.240 48 A 0.024 0.004 0.542 0.242 0.135 0.054 49 E 0.005 0.001 0.752 0.073 0.142 0.026 50 E 0.003 0.002 0.797 0.076 0.105 0.017 51 I 0.022 0.010 0.279 0.129 0.345 0.213 52 G 0.022 0.011 0.014 0.014 0.329 0.610 53 Y 0.050 0.014 0.013 0.008 0.319 0.595 54 R 0.103 0.013 0.018 0.012 0.359 0.494 55 G 0.137 0.021 0.053 0.044 0.382 0.363 56 T 0.214 0.042 0.037 0.041 0.216 0.449 57 E 0.180 0.061 0.035 0.072 0.208 0.443 58 L 0.069 0.018 0.016 0.087 0.177 0.634 59 R 0.007 0.003 0.212 0.621 0.102 0.056 60 E 0.003 0.002 0.233 0.616 0.114 0.031 61 E 0.002 0.001 0.240 0.630 0.107 0.019 62 I 0.003 0.004 0.093 0.764 0.097 0.039 63 N 0.002 0.004 0.027 0.688 0.173 0.106 64 G 0.001 0.003 0.018 0.503 0.208 0.268 65 D 0.001 0.001 0.003 0.114 0.158 0.724 66 P 0.001 0.001 0.012 0.884 0.054 0.049 67 Q 0.001 0.001 0.009 0.944 0.031 0.016 68 Q 0.001 0.001 0.004 0.981 0.009 0.005 69 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 71 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 72 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 74 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 76 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 78 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 79 G 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 80 A 0.001 0.001 0.003 0.985 0.010 0.003 81 L 0.001 0.001 0.013 0.965 0.014 0.008 82 R 0.001 0.001 0.014 0.963 0.011 0.012 83 M 0.001 0.001 0.007 0.914 0.015 0.063 84 G 0.001 0.001 0.003 0.075 0.067 0.853 85 L 0.010 0.005 0.017 0.154 0.171 0.644 86 I 0.046 0.015 0.028 0.180 0.287 0.443 87 K 0.057 0.022 0.047 0.262 0.259 0.352 88 T 0.045 0.008 0.032 0.316 0.125 0.474 89 P 0.021 0.007 0.028 0.578 0.099 0.267 90 E 0.007 0.005 0.050 0.789 0.079 0.069 91 E 0.005 0.002 0.085 0.816 0.071 0.022 92 A 0.002 0.001 0.080 0.844 0.063 0.010 93 A 0.001 0.001 0.086 0.810 0.083 0.018 94 T 0.002 0.001 0.040 0.552 0.277 0.127 95 R 0.005 0.004 0.054 0.165 0.535 0.236 96 Q 0.012 0.008 0.010 0.019 0.587 0.365 97 H 0.031 0.013 0.008 0.003 0.437 0.507 98 T 0.200 0.011 0.001 0.001 0.306 0.480 99 P 0.333 0.003 0.002 0.001 0.114 0.547 100 K 0.922 0.006 0.001 0.001 0.012 0.059 101 I 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 102 A 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 103 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 104 V 0.946 0.002 0.001 0.001 0.007 0.045 105 A 0.794 0.009 0.001 0.001 0.030 0.165 106 P 0.421 0.012 0.002 0.002 0.116 0.446 107 P 0.181 0.020 0.006 0.004 0.244 0.546 108 R 0.078 0.016 0.019 0.008 0.478 0.400 109 D 0.075 0.015 0.035 0.017 0.568 0.289 110 Y 0.096 0.023 0.046 0.032 0.527 0.276 111 R 0.148 0.061 0.054 0.049 0.410 0.277 112 T 0.199 0.049 0.059 0.050 0.437 0.206 113 A 0.126 0.024 0.072 0.044 0.578 0.155 114 S 0.083 0.008 0.051 0.025 0.651 0.182 115 G 0.134 0.011 0.021 0.011 0.588 0.234 116 K 0.374 0.020 0.010 0.009 0.237 0.350 117 L 0.548 0.053 0.011 0.007 0.158 0.223 118 V 0.521 0.049 0.012 0.008 0.186 0.224 119 A 0.316 0.025 0.026 0.019 0.361 0.255 120 A 0.105 0.007 0.158 0.046 0.628 0.056 121 G 0.031 0.001 0.192 0.044 0.682 0.050 122 D 0.123 0.010 0.147 0.024 0.622 0.074 123 I 0.476 0.021 0.015 0.018 0.287 0.183 124 D 0.596 0.007 0.003 0.005 0.078 0.311 125 L 0.953 0.002 0.001 0.003 0.011 0.030 126 L 0.987 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 127 V 0.985 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 128 R 0.971 0.001 0.002 0.004 0.008 0.014 129 A 0.923 0.004 0.004 0.004 0.018 0.048 130 L 0.762 0.012 0.006 0.015 0.075 0.130 131 S 0.508 0.016 0.007 0.011 0.311 0.147 132 M 0.163 0.010 0.009 0.013 0.576 0.229 133 G 0.079 0.022 0.012 0.011 0.694 0.182 134 K 0.174 0.059 0.011 0.021 0.560 0.175 135 L 0.133 0.053 0.016 0.060 0.375 0.363 136 H 0.039 0.020 0.033 0.080 0.420 0.408 137 H 0.022 0.014 0.090 0.254 0.409 0.210 138 A 0.011 0.010 0.051 0.398 0.272 0.258 139 M 0.007 0.009 0.036 0.660 0.142 0.146 140 M 0.004 0.005 0.017 0.875 0.035 0.064 141 G 0.001 0.001 0.005 0.982 0.005 0.006 142 T 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.004 143 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 144 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 145 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 147 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.005 0.004 148 G 0.001 0.001 0.004 0.983 0.006 0.006 149 T 0.001 0.001 0.019 0.965 0.010 0.004 150 A 0.001 0.001 0.042 0.934 0.017 0.006 151 A 0.004 0.002 0.072 0.841 0.046 0.035 152 A 0.006 0.016 0.028 0.753 0.096 0.102 153 I 0.008 0.035 0.014 0.270 0.560 0.113 154 P 0.007 0.006 0.008 0.187 0.619 0.173 155 G 0.004 0.003 0.012 0.104 0.677 0.199 156 T 0.010 0.020 0.047 0.333 0.444 0.146 157 L 0.003 0.003 0.066 0.865 0.039 0.023 158 V 0.003 0.002 0.137 0.816 0.038 0.005 159 N 0.002 0.001 0.152 0.787 0.052 0.005 160 L 0.003 0.001 0.118 0.783 0.081 0.015 161 A 0.004 0.004 0.075 0.768 0.117 0.032 162 A 0.010 0.019 0.052 0.738 0.121 0.059 163 G 0.028 0.014 0.031 0.219 0.382 0.327 164 G 0.041 0.012 0.045 0.072 0.389 0.442 165 G 0.038 0.007 0.041 0.021 0.476 0.416 166 E 0.058 0.016 0.061 0.013 0.541 0.312 167 R 0.083 0.013 0.054 0.009 0.487 0.354 168 S 0.265 0.012 0.034 0.007 0.318 0.364 169 A 0.654 0.010 0.011 0.005 0.100 0.220 170 V 0.823 0.015 0.004 0.005 0.043 0.110 171 R 0.868 0.015 0.002 0.003 0.034 0.078 172 F 0.732 0.005 0.004 0.004 0.101 0.154 173 G 0.544 0.010 0.006 0.003 0.160 0.278 174 H 0.418 0.019 0.005 0.002 0.356 0.200 175 P 0.348 0.010 0.008 0.001 0.390 0.243 176 S 0.443 0.011 0.003 0.001 0.300 0.243 177 G 0.690 0.004 0.002 0.001 0.168 0.137 178 T 0.883 0.002 0.001 0.001 0.023 0.092 179 L 0.963 0.001 0.001 0.001 0.007 0.029 180 R 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 181 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 182 G 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 183 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 184 E 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 185 A 0.977 0.004 0.001 0.001 0.007 0.012 186 S 0.910 0.007 0.003 0.001 0.050 0.028 187 Q 0.621 0.013 0.019 0.003 0.288 0.057 188 A 0.140 0.006 0.043 0.012 0.730 0.069 189 N 0.044 0.007 0.050 0.023 0.841 0.035 190 G 0.062 0.005 0.047 0.037 0.763 0.086 191 E 0.254 0.011 0.015 0.016 0.461 0.244 192 W 0.718 0.007 0.002 0.004 0.103 0.166 193 T 0.909 0.003 0.001 0.003 0.016 0.070 194 V 0.972 0.002 0.001 0.003 0.004 0.019 195 T 0.973 0.001 0.001 0.008 0.004 0.013 196 K 0.963 0.002 0.001 0.016 0.005 0.014 197 A 0.840 0.001 0.001 0.048 0.019 0.090 198 I 0.824 0.007 0.002 0.072 0.016 0.080 199 M 0.701 0.006 0.005 0.200 0.012 0.076 200 S 0.488 0.006 0.007 0.422 0.015 0.062 201 R 0.156 0.004 0.028 0.710 0.026 0.076 202 S 0.048 0.002 0.023 0.889 0.018 0.020 203 A 0.011 0.001 0.016 0.954 0.014 0.005 204 R 0.009 0.001 0.023 0.932 0.028 0.007 205 I 0.005 0.001 0.023 0.895 0.056 0.019 206 L 0.007 0.002 0.022 0.897 0.049 0.023 207 M 0.022 0.015 0.025 0.761 0.110 0.066 208 E 0.030 0.003 0.018 0.423 0.222 0.304 209 G 0.142 0.007 0.012 0.075 0.240 0.524 210 W 0.467 0.012 0.006 0.046 0.137 0.333 211 V 0.730 0.016 0.002 0.032 0.045 0.176 212 R 0.669 0.016 0.002 0.031 0.051 0.233 213 V 0.473 0.018 0.008 0.037 0.095 0.370 214 P 0.157 0.006 0.072 0.067 0.227 0.470 215 G 0.024 0.003 0.357 0.050 0.305 0.261 216 D 0.018 0.013 0.317 0.048 0.276 0.328 217 A 0.015 0.022 0.119 0.050 0.196 0.598 218 F 0.001 0.002 0.002 0.004 0.025 0.967