# TARGET T0301 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 112 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 L 0.098 0.059 0.004 0.012 0.007 0.026 0.794 3 D 0.116 0.026 0.011 0.028 0.218 0.054 0.547 4 P 0.151 0.034 0.018 0.037 0.186 0.063 0.511 5 S 0.091 0.033 0.018 0.044 0.156 0.049 0.609 6 D 0.065 0.019 0.037 0.073 0.173 0.286 0.347 7 D 0.039 0.021 0.041 0.068 0.154 0.503 0.174 8 G 0.053 0.027 0.048 0.056 0.286 0.320 0.211 9 E 0.060 0.051 0.070 0.059 0.198 0.173 0.389 10 D 0.072 0.077 0.079 0.061 0.153 0.361 0.197 11 G 0.069 0.047 0.067 0.067 0.100 0.478 0.172 12 G 0.046 0.027 0.110 0.048 0.169 0.323 0.276 13 A 0.073 0.028 0.088 0.053 0.212 0.288 0.257 14 I 0.125 0.116 0.072 0.035 0.185 0.188 0.279 15 F 0.114 0.151 0.017 0.020 0.200 0.052 0.445 16 P 0.063 0.049 0.011 0.010 0.159 0.120 0.589 17 T 0.047 0.044 0.010 0.009 0.383 0.171 0.337 18 G 0.029 0.014 0.011 0.008 0.486 0.126 0.327 19 N 0.049 0.016 0.011 0.007 0.279 0.036 0.602 20 L 0.255 0.037 0.045 0.024 0.185 0.074 0.380 21 V 0.484 0.049 0.062 0.021 0.081 0.042 0.263 22 D 0.706 0.016 0.030 0.011 0.041 0.013 0.183 23 D 0.834 0.008 0.012 0.004 0.028 0.006 0.108 24 L 0.898 0.011 0.003 0.003 0.013 0.003 0.070 25 E 0.878 0.028 0.002 0.001 0.010 0.003 0.078 26 V 0.655 0.023 0.004 0.001 0.028 0.011 0.277 27 P 0.087 0.008 0.017 0.002 0.172 0.589 0.126 28 G 0.019 0.012 0.017 0.001 0.185 0.699 0.066 29 V 0.080 0.013 0.017 0.001 0.268 0.255 0.366 30 G 0.169 0.046 0.011 0.001 0.318 0.145 0.309 31 T 0.434 0.018 0.010 0.001 0.085 0.050 0.402 32 F 0.733 0.008 0.001 0.001 0.032 0.005 0.221 33 K 0.944 0.003 0.001 0.001 0.019 0.001 0.033 34 A 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 35 T 0.991 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 36 M 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 37 I 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 38 N 0.898 0.003 0.001 0.001 0.015 0.003 0.079 39 A 0.360 0.003 0.023 0.003 0.136 0.160 0.316 40 G 0.167 0.011 0.019 0.005 0.334 0.270 0.194 41 I 0.212 0.009 0.006 0.002 0.455 0.038 0.277 42 P 0.172 0.007 0.004 0.002 0.083 0.018 0.715 43 T 0.843 0.007 0.002 0.002 0.045 0.010 0.091 44 V 0.947 0.001 0.002 0.004 0.017 0.004 0.024 45 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 46 V 0.979 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 47 N 0.871 0.005 0.001 0.002 0.005 0.001 0.116 48 A 0.067 0.001 0.441 0.359 0.016 0.069 0.046 49 E 0.003 0.001 0.670 0.175 0.024 0.125 0.003 50 E 0.001 0.001 0.760 0.115 0.006 0.116 0.002 51 I 0.017 0.024 0.310 0.299 0.126 0.118 0.106 52 G 0.042 0.034 0.056 0.053 0.125 0.338 0.351 53 Y 0.070 0.025 0.057 0.045 0.169 0.236 0.398 54 R 0.066 0.009 0.048 0.037 0.318 0.241 0.280 55 G 0.068 0.009 0.046 0.036 0.532 0.108 0.201 56 T 0.060 0.020 0.022 0.018 0.328 0.045 0.507 57 E 0.042 0.066 0.019 0.034 0.239 0.026 0.575 58 L 0.019 0.010 0.007 0.041 0.086 0.011 0.827 59 R 0.001 0.001 0.254 0.657 0.012 0.061 0.015 60 E 0.001 0.001 0.323 0.595 0.011 0.062 0.008 61 E 0.001 0.001 0.501 0.422 0.012 0.048 0.014 62 I 0.004 0.003 0.208 0.646 0.030 0.078 0.032 63 N 0.008 0.005 0.157 0.401 0.048 0.317 0.065 64 G 0.006 0.009 0.039 0.265 0.362 0.135 0.184 65 D 0.003 0.003 0.006 0.089 0.148 0.030 0.722 66 P 0.001 0.001 0.043 0.910 0.007 0.036 0.003 67 Q 0.001 0.001 0.025 0.931 0.006 0.034 0.004 68 Q 0.001 0.001 0.010 0.974 0.004 0.009 0.003 69 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.003 0.003 70 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.010 0.004 71 R 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.012 0.002 72 F 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.008 0.002 73 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 74 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 75 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.003 76 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 78 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 79 G 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.010 0.004 81 L 0.001 0.001 0.005 0.970 0.004 0.017 0.003 82 R 0.001 0.001 0.008 0.919 0.006 0.060 0.005 83 M 0.001 0.002 0.008 0.626 0.017 0.334 0.013 84 G 0.005 0.007 0.014 0.191 0.094 0.537 0.152 85 L 0.010 0.011 0.074 0.207 0.129 0.143 0.425 86 I 0.016 0.012 0.146 0.319 0.132 0.186 0.189 87 K 0.013 0.018 0.170 0.235 0.163 0.231 0.169 88 T 0.014 0.030 0.051 0.272 0.222 0.094 0.317 89 P 0.007 0.007 0.058 0.682 0.042 0.075 0.129 90 E 0.002 0.001 0.128 0.767 0.018 0.067 0.017 91 E 0.001 0.001 0.170 0.752 0.012 0.050 0.013 92 A 0.003 0.010 0.196 0.700 0.015 0.051 0.024 93 A 0.006 0.004 0.102 0.519 0.029 0.308 0.033 94 T 0.006 0.004 0.065 0.247 0.051 0.582 0.045 95 R 0.006 0.011 0.065 0.047 0.198 0.161 0.512 96 Q 0.011 0.017 0.061 0.017 0.163 0.281 0.450 97 H 0.019 0.019 0.057 0.018 0.285 0.319 0.282 98 T 0.039 0.010 0.004 0.004 0.483 0.022 0.439 99 P 0.119 0.006 0.001 0.002 0.119 0.009 0.745 100 K 0.808 0.009 0.001 0.001 0.032 0.003 0.146 101 I 0.968 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 102 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 103 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 104 V 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 105 A 0.789 0.003 0.001 0.001 0.025 0.001 0.181 106 P 0.345 0.013 0.005 0.002 0.124 0.017 0.495 107 P 0.119 0.017 0.046 0.010 0.207 0.108 0.494 108 R 0.048 0.019 0.101 0.022 0.228 0.171 0.410 109 D 0.042 0.014 0.109 0.035 0.324 0.173 0.304 110 Y 0.058 0.015 0.083 0.036 0.282 0.219 0.308 111 R 0.099 0.072 0.091 0.031 0.197 0.153 0.357 112 T 0.128 0.079 0.086 0.031 0.162 0.186 0.328 113 A 0.101 0.021 0.052 0.044 0.177 0.384 0.221 114 S 0.056 0.013 0.023 0.036 0.208 0.540 0.124 115 G 0.056 0.009 0.012 0.013 0.327 0.270 0.314 116 K 0.281 0.039 0.007 0.010 0.234 0.022 0.406 117 L 0.550 0.094 0.005 0.007 0.036 0.009 0.299 118 V 0.453 0.031 0.008 0.009 0.058 0.017 0.424 119 A 0.212 0.029 0.016 0.010 0.076 0.032 0.624 120 A 0.052 0.007 0.429 0.060 0.115 0.207 0.130 121 G 0.016 0.003 0.319 0.032 0.120 0.480 0.032 122 D 0.075 0.014 0.225 0.019 0.154 0.364 0.149 123 I 0.196 0.009 0.002 0.002 0.073 0.005 0.714 124 D 0.548 0.002 0.001 0.001 0.230 0.005 0.213 125 L 0.977 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 126 L 0.987 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 127 V 0.986 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 128 R 0.953 0.001 0.001 0.007 0.005 0.003 0.030 129 A 0.698 0.003 0.008 0.015 0.059 0.018 0.199 130 L 0.490 0.018 0.015 0.030 0.196 0.029 0.222 131 S 0.196 0.041 0.014 0.019 0.177 0.044 0.509 132 M 0.034 0.008 0.082 0.035 0.191 0.525 0.125 133 G 0.014 0.004 0.067 0.023 0.316 0.497 0.079 134 K 0.032 0.010 0.117 0.102 0.293 0.225 0.221 135 L 0.021 0.007 0.196 0.432 0.069 0.170 0.106 136 H 0.035 0.014 0.205 0.412 0.081 0.096 0.156 137 H 0.025 0.004 0.194 0.516 0.060 0.125 0.077 138 A 0.021 0.003 0.073 0.694 0.033 0.123 0.052 139 M 0.013 0.004 0.031 0.842 0.018 0.045 0.048 140 M 0.015 0.002 0.012 0.913 0.011 0.023 0.024 141 G 0.015 0.001 0.004 0.946 0.006 0.013 0.016 142 T 0.007 0.001 0.002 0.976 0.003 0.005 0.006 143 A 0.006 0.001 0.001 0.985 0.002 0.003 0.004 144 A 0.003 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 0.001 145 V 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 147 I 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.001 148 G 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 149 T 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.006 0.001 150 A 0.001 0.001 0.016 0.956 0.001 0.023 0.002 151 A 0.005 0.001 0.026 0.878 0.007 0.080 0.005 152 A 0.008 0.002 0.031 0.768 0.019 0.158 0.015 153 I 0.026 0.012 0.013 0.319 0.241 0.111 0.278 154 P 0.017 0.005 0.013 0.194 0.088 0.548 0.135 155 G 0.026 0.005 0.021 0.218 0.204 0.431 0.095 156 T 0.093 0.021 0.008 0.367 0.107 0.016 0.387 157 L 0.007 0.001 0.008 0.972 0.003 0.004 0.005 158 V 0.005 0.001 0.008 0.973 0.003 0.006 0.005 159 N 0.005 0.001 0.024 0.942 0.004 0.017 0.007 160 L 0.011 0.001 0.019 0.926 0.007 0.027 0.009 161 A 0.022 0.005 0.030 0.794 0.017 0.116 0.016 162 A 0.032 0.011 0.013 0.452 0.072 0.363 0.056 163 G 0.016 0.009 0.011 0.054 0.193 0.319 0.399 164 G 0.017 0.022 0.022 0.019 0.326 0.135 0.459 165 G 0.027 0.018 0.062 0.013 0.275 0.203 0.402 166 E 0.031 0.020 0.058 0.009 0.280 0.178 0.423 167 R 0.059 0.015 0.037 0.006 0.375 0.156 0.350 168 S 0.134 0.009 0.017 0.004 0.444 0.067 0.326 169 A 0.498 0.014 0.005 0.001 0.081 0.016 0.383 170 V 0.889 0.006 0.001 0.001 0.012 0.003 0.089 171 R 0.966 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 172 F 0.919 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.064 173 G 0.830 0.011 0.002 0.001 0.036 0.007 0.114 174 H 0.381 0.005 0.005 0.001 0.068 0.020 0.520 175 P 0.164 0.006 0.015 0.001 0.203 0.458 0.153 176 S 0.269 0.021 0.018 0.001 0.217 0.364 0.109 177 G 0.479 0.011 0.012 0.001 0.213 0.039 0.246 178 T 0.817 0.005 0.002 0.001 0.030 0.007 0.139 179 L 0.957 0.005 0.001 0.001 0.009 0.002 0.027 180 R 0.978 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 181 V 0.968 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 182 G 0.963 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.026 183 A 0.952 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.038 184 E 0.957 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 185 A 0.932 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.058 186 S 0.877 0.009 0.001 0.001 0.011 0.004 0.098 187 Q 0.505 0.011 0.010 0.004 0.070 0.130 0.271 188 A 0.081 0.004 0.017 0.002 0.204 0.569 0.123 189 N 0.023 0.002 0.013 0.002 0.318 0.579 0.063 190 G 0.035 0.003 0.007 0.001 0.499 0.298 0.157 191 E 0.309 0.009 0.003 0.002 0.224 0.036 0.417 192 W 0.709 0.019 0.001 0.002 0.025 0.004 0.241 193 T 0.886 0.007 0.001 0.003 0.010 0.001 0.092 194 V 0.918 0.004 0.002 0.006 0.007 0.001 0.064 195 T 0.828 0.003 0.005 0.027 0.025 0.001 0.110 196 K 0.809 0.004 0.008 0.068 0.013 0.001 0.096 197 A 0.784 0.002 0.005 0.138 0.010 0.004 0.057 198 I 0.712 0.003 0.003 0.224 0.010 0.006 0.042 199 M 0.499 0.003 0.004 0.407 0.012 0.013 0.061 200 S 0.248 0.003 0.004 0.662 0.023 0.021 0.040 201 R 0.174 0.002 0.011 0.733 0.027 0.016 0.037 202 S 0.052 0.002 0.016 0.862 0.013 0.026 0.029 203 A 0.044 0.003 0.027 0.850 0.010 0.040 0.026 204 R 0.024 0.001 0.076 0.809 0.013 0.062 0.013 205 I 0.039 0.002 0.084 0.701 0.023 0.131 0.020 206 L 0.024 0.005 0.102 0.449 0.027 0.369 0.024 207 M 0.140 0.015 0.043 0.134 0.102 0.417 0.150 208 E 0.365 0.004 0.013 0.062 0.118 0.182 0.256 209 G 0.625 0.004 0.005 0.041 0.122 0.051 0.151 210 W 0.853 0.008 0.002 0.019 0.021 0.009 0.087 211 V 0.858 0.006 0.002 0.018 0.017 0.006 0.092 212 R 0.779 0.005 0.003 0.009 0.031 0.006 0.166 213 V 0.528 0.028 0.003 0.009 0.081 0.016 0.335 214 P 0.172 0.005 0.007 0.015 0.140 0.040 0.622 215 G 0.007 0.001 0.433 0.178 0.110 0.219 0.053 216 D 0.009 0.003 0.514 0.185 0.098 0.142 0.049 217 A 0.016 0.007 0.516 0.155 0.006 0.128 0.171 218 F 0.001 0.001 0.005 0.007 0.002 0.001 0.985