# TARGET T0301 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 112 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.459 0.184 0.137 0.120 0.065 0.030 0.005 2 L 0.469 0.203 0.135 0.097 0.062 0.030 0.004 3 D 0.366 0.170 0.102 0.123 0.137 0.086 0.017 4 P 0.365 0.220 0.150 0.140 0.078 0.036 0.010 5 S 0.286 0.165 0.156 0.167 0.129 0.073 0.024 6 D 0.433 0.168 0.112 0.109 0.096 0.059 0.024 7 D 0.480 0.188 0.115 0.098 0.067 0.040 0.012 8 G 0.559 0.202 0.108 0.068 0.039 0.020 0.004 9 E 0.354 0.267 0.160 0.110 0.069 0.033 0.007 10 D 0.306 0.289 0.196 0.135 0.053 0.018 0.003 11 G 0.241 0.196 0.183 0.190 0.129 0.052 0.009 12 G 0.261 0.211 0.171 0.180 0.119 0.048 0.010 13 A 0.185 0.169 0.173 0.214 0.149 0.082 0.029 14 I 0.084 0.046 0.064 0.119 0.198 0.290 0.199 15 F 0.029 0.036 0.048 0.089 0.161 0.350 0.286 16 P 0.016 0.026 0.050 0.115 0.192 0.331 0.271 17 T 0.022 0.062 0.102 0.158 0.209 0.281 0.166 18 G 0.050 0.107 0.163 0.231 0.223 0.159 0.066 19 N 0.075 0.209 0.226 0.201 0.148 0.097 0.045 20 L 0.028 0.056 0.100 0.199 0.277 0.281 0.059 21 V 0.028 0.069 0.174 0.302 0.265 0.143 0.019 22 D 0.053 0.134 0.156 0.221 0.235 0.174 0.027 23 D 0.029 0.105 0.220 0.291 0.241 0.105 0.009 24 L 0.024 0.045 0.079 0.231 0.368 0.239 0.014 25 E 0.110 0.363 0.299 0.163 0.054 0.010 0.001 26 V 0.113 0.207 0.265 0.264 0.119 0.031 0.002 27 P 0.437 0.317 0.139 0.073 0.026 0.007 0.001 28 G 0.555 0.314 0.097 0.028 0.005 0.001 0.001 29 V 0.399 0.309 0.168 0.091 0.029 0.004 0.001 30 G 0.166 0.323 0.281 0.185 0.042 0.004 0.001 31 T 0.159 0.469 0.246 0.099 0.024 0.003 0.001 32 F 0.003 0.017 0.053 0.216 0.434 0.262 0.016 33 K 0.003 0.051 0.176 0.380 0.293 0.091 0.006 34 A 0.001 0.003 0.009 0.043 0.202 0.525 0.217 35 T 0.001 0.007 0.030 0.098 0.224 0.408 0.233 36 M 0.001 0.001 0.007 0.024 0.072 0.350 0.545 37 I 0.001 0.004 0.009 0.028 0.092 0.336 0.529 38 N 0.002 0.005 0.010 0.032 0.097 0.334 0.520 39 A 0.002 0.006 0.011 0.030 0.091 0.322 0.538 40 G 0.002 0.010 0.024 0.064 0.135 0.312 0.453 41 I 0.004 0.011 0.022 0.056 0.130 0.336 0.441 42 P 0.005 0.017 0.030 0.072 0.154 0.310 0.412 43 T 0.002 0.008 0.023 0.059 0.158 0.354 0.396 44 V 0.001 0.003 0.009 0.032 0.080 0.375 0.500 45 F 0.001 0.002 0.006 0.035 0.126 0.445 0.385 46 V 0.001 0.003 0.006 0.022 0.107 0.431 0.430 47 N 0.003 0.029 0.152 0.364 0.286 0.133 0.033 48 A 0.008 0.032 0.078 0.191 0.346 0.284 0.060 49 E 0.181 0.439 0.218 0.110 0.038 0.012 0.002 50 E 0.182 0.320 0.241 0.165 0.067 0.023 0.002 51 I 0.041 0.080 0.177 0.288 0.284 0.124 0.006 52 G 0.274 0.385 0.214 0.097 0.026 0.004 0.001 53 Y 0.158 0.196 0.245 0.234 0.136 0.030 0.002 54 R 0.298 0.363 0.216 0.089 0.027 0.006 0.001 55 G 0.161 0.235 0.228 0.231 0.115 0.028 0.002 56 T 0.287 0.320 0.218 0.120 0.043 0.011 0.001 57 E 0.195 0.218 0.227 0.215 0.116 0.027 0.001 58 L 0.241 0.250 0.215 0.186 0.087 0.020 0.001 59 R 0.441 0.278 0.157 0.088 0.030 0.006 0.001 60 E 0.617 0.274 0.078 0.025 0.006 0.001 0.001 61 E 0.334 0.345 0.188 0.095 0.031 0.006 0.001 62 I 0.144 0.166 0.215 0.282 0.156 0.036 0.001 63 N 0.563 0.329 0.085 0.019 0.004 0.001 0.001 64 G 0.361 0.306 0.186 0.113 0.030 0.004 0.001 65 D 0.165 0.269 0.271 0.204 0.077 0.014 0.001 66 P 0.608 0.297 0.075 0.016 0.003 0.001 0.001 67 Q 0.311 0.434 0.193 0.051 0.009 0.002 0.001 68 Q 0.020 0.033 0.093 0.275 0.421 0.153 0.005 69 L 0.041 0.199 0.313 0.271 0.140 0.034 0.003 70 A 0.195 0.472 0.208 0.091 0.028 0.007 0.001 71 R 0.009 0.043 0.200 0.422 0.251 0.070 0.005 72 F 0.006 0.008 0.014 0.061 0.263 0.550 0.099 73 E 0.044 0.167 0.244 0.278 0.197 0.060 0.009 74 R 0.056 0.189 0.284 0.268 0.150 0.050 0.004 75 I 0.007 0.015 0.033 0.120 0.293 0.451 0.081 76 R 0.007 0.021 0.038 0.112 0.254 0.410 0.158 77 V 0.051 0.132 0.161 0.238 0.253 0.140 0.027 78 A 0.037 0.081 0.130 0.240 0.308 0.166 0.038 79 G 0.030 0.026 0.024 0.057 0.134 0.429 0.301 80 A 0.023 0.041 0.071 0.155 0.200 0.303 0.206 81 L 0.076 0.179 0.213 0.239 0.151 0.104 0.039 82 R 0.017 0.035 0.061 0.160 0.317 0.292 0.120 83 M 0.009 0.020 0.039 0.077 0.181 0.400 0.273 84 G 0.013 0.045 0.086 0.164 0.223 0.324 0.145 85 L 0.012 0.023 0.052 0.125 0.234 0.404 0.150 86 I 0.023 0.044 0.075 0.178 0.329 0.299 0.053 87 K 0.106 0.228 0.284 0.225 0.110 0.040 0.007 88 T 0.156 0.246 0.232 0.214 0.115 0.033 0.004 89 P 0.156 0.260 0.231 0.238 0.099 0.015 0.001 90 E 0.633 0.289 0.061 0.015 0.002 0.001 0.001 91 E 0.398 0.346 0.173 0.066 0.015 0.002 0.001 92 A 0.120 0.157 0.201 0.281 0.201 0.040 0.001 93 A 0.249 0.338 0.239 0.126 0.039 0.008 0.001 94 T 0.624 0.299 0.058 0.015 0.003 0.001 0.001 95 R 0.129 0.286 0.323 0.201 0.054 0.007 0.001 96 Q 0.257 0.302 0.208 0.134 0.073 0.024 0.002 97 H 0.044 0.099 0.162 0.301 0.269 0.112 0.012 98 T 0.015 0.036 0.063 0.170 0.336 0.321 0.060 99 P 0.002 0.004 0.010 0.043 0.144 0.401 0.396 100 K 0.001 0.002 0.008 0.028 0.089 0.269 0.603 101 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.016 0.140 0.837 102 A 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 0.175 0.790 103 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.231 0.733 104 V 0.001 0.003 0.010 0.039 0.111 0.392 0.444 105 A 0.003 0.011 0.024 0.068 0.233 0.478 0.183 106 P 0.007 0.038 0.152 0.330 0.285 0.156 0.032 107 P 0.036 0.092 0.160 0.264 0.312 0.122 0.013 108 R 0.186 0.294 0.266 0.162 0.068 0.020 0.003 109 D 0.424 0.283 0.141 0.088 0.042 0.019 0.003 110 Y 0.235 0.150 0.170 0.184 0.162 0.088 0.010 111 R 0.374 0.212 0.162 0.130 0.079 0.038 0.005 112 T 0.491 0.191 0.127 0.098 0.059 0.028 0.006 113 A 0.482 0.202 0.131 0.099 0.058 0.024 0.005 114 S 0.433 0.227 0.133 0.104 0.063 0.032 0.008 115 G 0.477 0.220 0.135 0.097 0.045 0.020 0.006 116 K 0.485 0.274 0.123 0.074 0.031 0.011 0.002 117 L 0.304 0.285 0.197 0.133 0.058 0.019 0.003 118 V 0.211 0.205 0.197 0.209 0.135 0.039 0.004 119 A 0.404 0.309 0.163 0.091 0.026 0.006 0.001 120 A 0.334 0.266 0.180 0.136 0.065 0.017 0.002 121 G 0.355 0.356 0.169 0.081 0.030 0.008 0.001 122 D 0.061 0.203 0.269 0.259 0.151 0.050 0.006 123 I 0.006 0.022 0.058 0.181 0.377 0.318 0.038 124 D 0.004 0.028 0.081 0.196 0.350 0.296 0.045 125 L 0.001 0.001 0.004 0.019 0.074 0.453 0.448 126 L 0.001 0.001 0.005 0.024 0.099 0.380 0.490 127 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.030 0.209 0.751 128 R 0.001 0.003 0.007 0.025 0.078 0.276 0.611 129 A 0.002 0.008 0.019 0.040 0.095 0.283 0.554 130 L 0.002 0.006 0.013 0.035 0.084 0.306 0.555 131 S 0.008 0.017 0.031 0.089 0.215 0.384 0.255 132 M 0.020 0.049 0.081 0.144 0.245 0.285 0.176 133 G 0.034 0.082 0.125 0.183 0.213 0.229 0.134 134 K 0.035 0.106 0.151 0.199 0.220 0.197 0.093 135 L 0.010 0.024 0.049 0.126 0.240 0.361 0.191 136 H 0.007 0.017 0.032 0.081 0.214 0.408 0.242 137 H 0.013 0.034 0.068 0.133 0.205 0.310 0.238 138 A 0.005 0.008 0.014 0.036 0.100 0.345 0.493 139 M 0.009 0.014 0.019 0.047 0.126 0.344 0.440 140 M 0.022 0.032 0.036 0.064 0.132 0.321 0.394 141 G 0.016 0.021 0.030 0.061 0.116 0.308 0.448 142 T 0.004 0.012 0.019 0.052 0.096 0.264 0.553 143 A 0.008 0.016 0.026 0.060 0.108 0.270 0.511 144 A 0.008 0.010 0.021 0.050 0.139 0.303 0.469 145 V 0.005 0.009 0.025 0.045 0.106 0.273 0.537 146 A 0.010 0.016 0.033 0.062 0.090 0.244 0.545 147 I 0.012 0.018 0.034 0.062 0.114 0.310 0.451 148 G 0.014 0.018 0.029 0.077 0.157 0.346 0.360 149 T 0.024 0.040 0.056 0.098 0.160 0.305 0.317 150 A 0.043 0.047 0.066 0.122 0.162 0.327 0.233 151 A 0.049 0.047 0.092 0.154 0.259 0.294 0.105 152 A 0.038 0.058 0.125 0.217 0.286 0.212 0.063 153 I 0.019 0.033 0.071 0.137 0.249 0.357 0.133 154 P 0.020 0.062 0.124 0.244 0.269 0.217 0.064 155 G 0.029 0.079 0.137 0.207 0.296 0.213 0.039 156 T 0.017 0.067 0.126 0.255 0.298 0.191 0.046 157 L 0.012 0.017 0.030 0.080 0.195 0.458 0.207 158 V 0.020 0.026 0.037 0.110 0.244 0.390 0.172 159 N 0.038 0.086 0.149 0.235 0.252 0.201 0.039 160 L 0.018 0.048 0.091 0.218 0.320 0.268 0.037 161 A 0.019 0.042 0.064 0.127 0.284 0.387 0.076 162 A 0.018 0.059 0.135 0.306 0.307 0.162 0.013 163 G 0.131 0.366 0.281 0.161 0.052 0.008 0.001 164 G 0.193 0.311 0.267 0.177 0.046 0.006 0.001 165 G 0.520 0.322 0.111 0.036 0.009 0.002 0.001 166 E 0.448 0.320 0.149 0.069 0.013 0.001 0.001 167 R 0.355 0.409 0.163 0.058 0.013 0.001 0.001 168 S 0.187 0.382 0.244 0.144 0.039 0.005 0.001 169 A 0.025 0.194 0.325 0.319 0.115 0.021 0.001 170 V 0.004 0.010 0.026 0.103 0.375 0.432 0.051 171 R 0.006 0.059 0.167 0.334 0.301 0.122 0.012 172 F 0.006 0.016 0.037 0.106 0.211 0.481 0.144 173 G 0.027 0.134 0.175 0.220 0.229 0.171 0.044 174 H 0.014 0.060 0.101 0.198 0.245 0.303 0.078 175 P 0.033 0.091 0.140 0.227 0.269 0.192 0.049 176 S 0.048 0.183 0.208 0.223 0.179 0.128 0.031 177 G 0.018 0.090 0.171 0.251 0.243 0.181 0.046 178 T 0.016 0.118 0.221 0.308 0.236 0.087 0.015 179 L 0.001 0.009 0.034 0.114 0.325 0.435 0.082 180 R 0.006 0.079 0.309 0.417 0.153 0.032 0.004 181 V 0.002 0.013 0.041 0.139 0.375 0.395 0.035 182 G 0.005 0.065 0.322 0.438 0.147 0.021 0.001 183 A 0.004 0.024 0.060 0.204 0.500 0.200 0.007 184 E 0.036 0.311 0.441 0.168 0.039 0.005 0.001 185 A 0.031 0.122 0.213 0.390 0.209 0.033 0.001 186 S 0.355 0.465 0.151 0.026 0.003 0.001 0.001 187 Q 0.389 0.290 0.191 0.106 0.022 0.002 0.001 188 A 0.900 0.078 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 189 N 0.931 0.061 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 190 G 0.872 0.104 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 191 E 0.592 0.325 0.067 0.015 0.002 0.001 0.001 192 W 0.128 0.285 0.255 0.235 0.089 0.008 0.001 193 T 0.068 0.324 0.380 0.193 0.032 0.003 0.001 194 V 0.017 0.041 0.082 0.262 0.419 0.172 0.008 195 T 0.039 0.186 0.280 0.289 0.162 0.042 0.002 196 K 0.030 0.085 0.146 0.280 0.260 0.175 0.024 197 A 0.029 0.062 0.087 0.151 0.304 0.311 0.056 198 I 0.048 0.116 0.151 0.227 0.243 0.178 0.037 199 M 0.054 0.061 0.081 0.160 0.219 0.320 0.105 200 S 0.075 0.103 0.120 0.186 0.222 0.224 0.070 201 R 0.122 0.166 0.164 0.176 0.178 0.150 0.043 202 S 0.123 0.162 0.171 0.220 0.174 0.115 0.035 203 A 0.093 0.097 0.099 0.164 0.240 0.243 0.064 204 R 0.109 0.154 0.155 0.215 0.186 0.148 0.033 205 I 0.184 0.269 0.221 0.162 0.103 0.051 0.010 206 L 0.108 0.167 0.191 0.219 0.184 0.116 0.014 207 M 0.068 0.093 0.143 0.270 0.288 0.125 0.013 208 E 0.386 0.330 0.166 0.084 0.027 0.006 0.001 209 G 0.221 0.307 0.199 0.142 0.089 0.036 0.005 210 W 0.089 0.233 0.359 0.245 0.062 0.011 0.001 211 V 0.032 0.039 0.067 0.211 0.411 0.227 0.013 212 R 0.091 0.232 0.347 0.230 0.087 0.013 0.001 213 V 0.132 0.130 0.167 0.273 0.223 0.072 0.005 214 P 0.319 0.297 0.179 0.128 0.058 0.018 0.001 215 G 0.559 0.256 0.110 0.052 0.018 0.005 0.001 216 D 0.681 0.201 0.068 0.035 0.011 0.004 0.001 217 A 0.645 0.184 0.084 0.055 0.023 0.008 0.001 218 F 0.677 0.142 0.076 0.056 0.032 0.014 0.002