# TARGET T0301 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9436 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.060 0.015 0.013 0.008 0.219 0.685 2 L 0.087 0.038 0.006 0.004 0.142 0.722 3 D 0.079 0.047 0.007 0.004 0.176 0.688 4 P 0.050 0.062 0.016 0.006 0.235 0.631 5 S 0.032 0.045 0.020 0.006 0.439 0.458 6 D 0.030 0.029 0.044 0.012 0.655 0.232 7 D 0.021 0.012 0.032 0.014 0.731 0.190 8 G 0.030 0.032 0.024 0.012 0.728 0.174 9 E 0.059 0.050 0.029 0.014 0.647 0.200 10 D 0.095 0.058 0.040 0.028 0.555 0.224 11 G 0.139 0.063 0.047 0.035 0.528 0.188 12 G 0.171 0.028 0.061 0.019 0.469 0.252 13 A 0.282 0.040 0.093 0.027 0.312 0.246 14 I 0.291 0.173 0.065 0.035 0.230 0.205 15 F 0.167 0.054 0.028 0.013 0.457 0.282 16 P 0.135 0.022 0.025 0.014 0.512 0.291 17 T 0.052 0.017 0.033 0.017 0.642 0.240 18 G 0.042 0.029 0.035 0.014 0.640 0.240 19 N 0.056 0.011 0.019 0.005 0.360 0.549 20 L 0.207 0.058 0.085 0.016 0.302 0.332 21 V 0.317 0.017 0.063 0.009 0.263 0.331 22 D 0.429 0.010 0.110 0.006 0.192 0.253 23 D 0.647 0.025 0.076 0.015 0.082 0.156 24 L 0.769 0.015 0.029 0.010 0.058 0.119 25 E 0.683 0.020 0.011 0.005 0.067 0.213 26 V 0.427 0.049 0.010 0.005 0.191 0.319 27 P 0.157 0.018 0.008 0.003 0.398 0.416 28 G 0.055 0.003 0.009 0.001 0.416 0.516 29 V 0.184 0.020 0.018 0.003 0.467 0.307 30 G 0.324 0.015 0.010 0.002 0.260 0.389 31 T 0.531 0.016 0.009 0.003 0.177 0.265 32 F 0.688 0.012 0.003 0.003 0.075 0.219 33 K 0.811 0.006 0.002 0.003 0.038 0.141 34 A 0.915 0.003 0.002 0.003 0.019 0.059 35 T 0.945 0.003 0.001 0.005 0.012 0.033 36 M 0.958 0.001 0.002 0.008 0.010 0.021 37 I 0.914 0.004 0.004 0.021 0.017 0.041 38 N 0.708 0.005 0.010 0.021 0.120 0.135 39 A 0.328 0.010 0.015 0.042 0.347 0.258 40 G 0.210 0.022 0.022 0.021 0.417 0.307 41 I 0.176 0.008 0.024 0.008 0.508 0.275 42 P 0.217 0.004 0.036 0.017 0.417 0.310 43 T 0.684 0.007 0.033 0.014 0.149 0.114 44 V 0.954 0.003 0.004 0.008 0.017 0.014 45 F 0.980 0.001 0.001 0.006 0.004 0.008 46 V 0.937 0.004 0.001 0.010 0.007 0.040 47 N 0.784 0.013 0.005 0.015 0.045 0.138 48 A 0.039 0.001 0.657 0.118 0.133 0.052 49 E 0.006 0.001 0.892 0.038 0.052 0.012 50 E 0.003 0.001 0.896 0.053 0.041 0.005 51 I 0.017 0.014 0.289 0.360 0.185 0.135 52 G 0.025 0.012 0.048 0.153 0.215 0.548 53 Y 0.043 0.027 0.023 0.156 0.268 0.484 54 R 0.065 0.024 0.022 0.077 0.288 0.524 55 G 0.064 0.016 0.080 0.120 0.311 0.410 56 T 0.129 0.019 0.124 0.204 0.229 0.295 57 E 0.156 0.034 0.066 0.391 0.121 0.232 58 L 0.094 0.028 0.048 0.519 0.091 0.220 59 R 0.006 0.001 0.092 0.848 0.030 0.023 60 E 0.002 0.001 0.154 0.805 0.030 0.009 61 E 0.002 0.002 0.185 0.752 0.051 0.008 62 I 0.004 0.004 0.096 0.728 0.129 0.039 63 N 0.003 0.007 0.029 0.306 0.361 0.295 64 G 0.001 0.003 0.008 0.079 0.283 0.626 65 D 0.002 0.003 0.001 0.020 0.140 0.834 66 P 0.001 0.001 0.055 0.901 0.031 0.013 67 Q 0.001 0.001 0.045 0.933 0.017 0.004 68 Q 0.001 0.001 0.022 0.967 0.008 0.002 69 L 0.001 0.001 0.009 0.976 0.006 0.007 70 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.003 0.004 71 R 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.005 72 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 73 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 74 R 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 76 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 78 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 79 G 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 80 A 0.001 0.001 0.007 0.986 0.006 0.001 81 L 0.001 0.001 0.011 0.982 0.006 0.001 82 R 0.001 0.001 0.007 0.983 0.006 0.004 83 M 0.001 0.001 0.008 0.902 0.014 0.075 84 G 0.001 0.004 0.007 0.050 0.055 0.883 85 L 0.009 0.014 0.015 0.014 0.222 0.725 86 I 0.035 0.024 0.018 0.012 0.347 0.565 87 K 0.038 0.031 0.008 0.008 0.329 0.588 88 T 0.017 0.010 0.002 0.010 0.160 0.801 89 P 0.001 0.001 0.062 0.884 0.029 0.024 90 E 0.001 0.001 0.031 0.957 0.008 0.003 91 E 0.001 0.001 0.050 0.929 0.016 0.002 92 A 0.002 0.001 0.023 0.947 0.020 0.007 93 A 0.004 0.001 0.029 0.918 0.033 0.015 94 T 0.010 0.003 0.037 0.777 0.090 0.083 95 R 0.022 0.005 0.032 0.397 0.188 0.356 96 Q 0.048 0.014 0.021 0.154 0.295 0.469 97 H 0.093 0.023 0.012 0.059 0.319 0.494 98 T 0.087 0.011 0.003 0.011 0.362 0.526 99 P 0.082 0.004 0.005 0.005 0.343 0.562 100 K 0.577 0.007 0.005 0.003 0.124 0.284 101 I 0.967 0.002 0.001 0.001 0.010 0.019 102 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 103 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 104 V 0.921 0.002 0.001 0.001 0.020 0.055 105 A 0.534 0.004 0.002 0.002 0.108 0.349 106 P 0.167 0.009 0.005 0.003 0.248 0.568 107 P 0.085 0.023 0.114 0.047 0.409 0.322 108 R 0.068 0.011 0.220 0.087 0.443 0.171 109 D 0.070 0.009 0.276 0.128 0.418 0.098 110 Y 0.124 0.019 0.153 0.221 0.344 0.139 111 R 0.257 0.028 0.099 0.201 0.247 0.168 112 T 0.219 0.028 0.079 0.259 0.319 0.095 113 A 0.176 0.011 0.057 0.283 0.366 0.107 114 S 0.080 0.008 0.025 0.292 0.421 0.174 115 G 0.113 0.006 0.017 0.120 0.454 0.290 116 K 0.356 0.018 0.018 0.130 0.167 0.311 117 L 0.664 0.026 0.016 0.089 0.073 0.133 118 V 0.578 0.029 0.027 0.085 0.104 0.177 119 A 0.410 0.017 0.036 0.072 0.245 0.220 120 A 0.138 0.010 0.093 0.136 0.417 0.207 121 G 0.084 0.006 0.082 0.092 0.496 0.240 122 D 0.140 0.013 0.090 0.060 0.424 0.273 123 I 0.219 0.017 0.036 0.059 0.283 0.386 124 D 0.309 0.009 0.016 0.038 0.189 0.438 125 L 0.809 0.007 0.006 0.037 0.053 0.087 126 L 0.932 0.003 0.001 0.021 0.017 0.027 127 V 0.957 0.002 0.002 0.022 0.008 0.009 128 R 0.913 0.001 0.003 0.050 0.013 0.021 129 A 0.826 0.003 0.006 0.055 0.028 0.082 130 L 0.541 0.019 0.008 0.058 0.077 0.297 131 S 0.227 0.025 0.015 0.059 0.398 0.274 132 M 0.045 0.007 0.014 0.129 0.553 0.251 133 G 0.021 0.011 0.023 0.109 0.612 0.224 134 K 0.054 0.050 0.023 0.101 0.525 0.248 135 L 0.039 0.035 0.070 0.333 0.226 0.297 136 H 0.031 0.020 0.135 0.431 0.234 0.149 137 H 0.020 0.006 0.238 0.480 0.171 0.084 138 A 0.019 0.005 0.190 0.629 0.106 0.051 139 M 0.020 0.006 0.182 0.649 0.087 0.056 140 M 0.015 0.005 0.121 0.738 0.051 0.070 141 G 0.004 0.002 0.032 0.923 0.014 0.026 142 T 0.001 0.001 0.009 0.980 0.004 0.007 143 A 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 144 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 145 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 147 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 148 G 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 149 T 0.001 0.001 0.018 0.978 0.003 0.001 150 A 0.001 0.001 0.037 0.954 0.006 0.002 151 A 0.001 0.001 0.026 0.950 0.008 0.015 152 A 0.002 0.005 0.016 0.716 0.026 0.236 153 I 0.007 0.026 0.012 0.468 0.146 0.342 154 P 0.011 0.004 0.009 0.350 0.233 0.393 155 G 0.025 0.006 0.021 0.321 0.288 0.339 156 T 0.079 0.015 0.021 0.642 0.125 0.118 157 L 0.039 0.004 0.017 0.903 0.020 0.018 158 V 0.045 0.004 0.012 0.894 0.023 0.021 159 N 0.060 0.003 0.032 0.833 0.045 0.026 160 L 0.055 0.003 0.059 0.796 0.060 0.027 161 A 0.032 0.006 0.070 0.724 0.114 0.054 162 A 0.020 0.009 0.083 0.554 0.213 0.121 163 G 0.016 0.005 0.037 0.178 0.440 0.324 164 G 0.014 0.006 0.044 0.069 0.503 0.364 165 G 0.029 0.010 0.035 0.014 0.491 0.421 166 E 0.082 0.020 0.083 0.022 0.374 0.419 167 R 0.163 0.018 0.097 0.032 0.346 0.345 168 S 0.287 0.007 0.048 0.014 0.280 0.365 169 A 0.772 0.007 0.009 0.006 0.053 0.152 170 V 0.929 0.012 0.002 0.004 0.013 0.041 171 R 0.941 0.008 0.001 0.002 0.016 0.031 172 F 0.834 0.011 0.001 0.003 0.043 0.107 173 G 0.471 0.014 0.004 0.004 0.187 0.322 174 H 0.185 0.007 0.006 0.001 0.433 0.368 175 P 0.183 0.008 0.013 0.003 0.465 0.328 176 S 0.214 0.018 0.023 0.005 0.429 0.312 177 G 0.494 0.016 0.010 0.003 0.268 0.208 178 T 0.816 0.005 0.004 0.004 0.048 0.123 179 L 0.944 0.002 0.002 0.004 0.015 0.033 180 R 0.969 0.001 0.001 0.003 0.008 0.018 181 V 0.966 0.001 0.001 0.005 0.008 0.020 182 G 0.946 0.001 0.001 0.005 0.016 0.031 183 A 0.946 0.001 0.001 0.005 0.013 0.034 184 E 0.927 0.002 0.001 0.005 0.020 0.044 185 A 0.869 0.005 0.004 0.010 0.040 0.072 186 S 0.712 0.013 0.012 0.012 0.120 0.131 187 Q 0.435 0.020 0.047 0.020 0.382 0.096 188 A 0.222 0.013 0.056 0.022 0.569 0.119 189 N 0.077 0.005 0.040 0.015 0.723 0.140 190 G 0.097 0.005 0.015 0.007 0.592 0.284 191 E 0.349 0.015 0.007 0.009 0.232 0.387 192 W 0.758 0.012 0.004 0.005 0.071 0.150 193 T 0.909 0.008 0.003 0.005 0.021 0.054 194 V 0.903 0.005 0.006 0.017 0.023 0.047 195 T 0.859 0.002 0.010 0.035 0.030 0.064 196 K 0.784 0.002 0.016 0.096 0.034 0.068 197 A 0.697 0.004 0.015 0.193 0.035 0.057 198 I 0.390 0.005 0.024 0.526 0.021 0.034 199 M 0.118 0.002 0.022 0.829 0.013 0.017 200 S 0.019 0.001 0.013 0.939 0.012 0.017 201 R 0.010 0.001 0.011 0.957 0.012 0.009 202 S 0.008 0.001 0.007 0.962 0.011 0.012 203 A 0.003 0.001 0.008 0.975 0.010 0.003 204 R 0.007 0.001 0.022 0.943 0.024 0.003 205 I 0.013 0.001 0.032 0.916 0.036 0.003 206 L 0.012 0.001 0.019 0.937 0.026 0.005 207 M 0.014 0.001 0.012 0.915 0.029 0.027 208 E 0.026 0.002 0.012 0.797 0.049 0.114 209 G 0.138 0.003 0.024 0.340 0.119 0.376 210 W 0.603 0.010 0.012 0.105 0.074 0.196 211 V 0.875 0.007 0.006 0.027 0.027 0.058 212 R 0.836 0.010 0.002 0.015 0.032 0.104 213 V 0.608 0.013 0.003 0.010 0.075 0.292 214 P 0.211 0.012 0.015 0.015 0.278 0.468 215 G 0.047 0.010 0.186 0.035 0.419 0.303 216 D 0.047 0.014 0.233 0.051 0.418 0.238 217 A 0.041 0.017 0.249 0.071 0.360 0.261 218 F 0.028 0.012 0.020 0.024 0.220 0.695