# TARGET T0301 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9436 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.020 0.005 0.001 0.006 0.019 0.013 0.936 2 L 0.041 0.121 0.002 0.007 0.027 0.013 0.789 3 D 0.022 0.033 0.002 0.002 0.062 0.010 0.868 4 P 0.013 0.011 0.037 0.008 0.079 0.433 0.418 5 S 0.008 0.014 0.045 0.007 0.104 0.309 0.514 6 D 0.010 0.027 0.067 0.019 0.197 0.203 0.477 7 D 0.009 0.027 0.054 0.043 0.172 0.436 0.258 8 G 0.013 0.015 0.074 0.050 0.334 0.255 0.259 9 E 0.046 0.039 0.081 0.046 0.290 0.147 0.352 10 D 0.100 0.101 0.101 0.117 0.141 0.169 0.272 11 G 0.094 0.031 0.224 0.248 0.071 0.154 0.178 12 G 0.101 0.029 0.281 0.169 0.110 0.133 0.177 13 A 0.202 0.025 0.201 0.112 0.157 0.115 0.188 14 I 0.343 0.093 0.126 0.094 0.094 0.071 0.178 15 F 0.228 0.067 0.027 0.016 0.210 0.030 0.423 16 P 0.138 0.016 0.030 0.010 0.156 0.247 0.403 17 T 0.073 0.035 0.026 0.006 0.289 0.264 0.307 18 G 0.075 0.025 0.022 0.006 0.500 0.115 0.257 19 N 0.084 0.011 0.031 0.009 0.267 0.082 0.516 20 L 0.142 0.052 0.193 0.059 0.104 0.261 0.190 21 V 0.351 0.041 0.145 0.020 0.053 0.107 0.282 22 D 0.365 0.008 0.094 0.013 0.185 0.048 0.286 23 D 0.750 0.008 0.046 0.012 0.052 0.027 0.105 24 L 0.904 0.008 0.003 0.006 0.011 0.006 0.061 25 E 0.947 0.015 0.001 0.003 0.004 0.003 0.027 26 V 0.758 0.025 0.001 0.002 0.009 0.006 0.198 27 P 0.248 0.003 0.006 0.002 0.091 0.207 0.442 28 G 0.071 0.004 0.018 0.002 0.199 0.548 0.159 29 V 0.132 0.013 0.046 0.006 0.251 0.241 0.310 30 G 0.178 0.004 0.030 0.004 0.415 0.134 0.236 31 T 0.647 0.016 0.011 0.002 0.057 0.032 0.237 32 F 0.851 0.005 0.001 0.001 0.012 0.001 0.130 33 K 0.914 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 0.051 34 A 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 35 T 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 36 M 0.978 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.012 37 I 0.899 0.002 0.006 0.005 0.010 0.006 0.071 38 N 0.581 0.010 0.018 0.010 0.052 0.022 0.308 39 A 0.172 0.008 0.037 0.014 0.217 0.329 0.222 40 G 0.069 0.011 0.032 0.007 0.252 0.398 0.231 41 I 0.128 0.012 0.013 0.006 0.374 0.069 0.398 42 P 0.268 0.007 0.009 0.004 0.209 0.048 0.455 43 T 0.826 0.007 0.011 0.006 0.049 0.021 0.080 44 V 0.972 0.002 0.004 0.006 0.003 0.004 0.010 45 F 0.987 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 46 V 0.951 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.033 47 N 0.512 0.008 0.001 0.002 0.020 0.002 0.455 48 A 0.013 0.001 0.404 0.439 0.008 0.093 0.042 49 E 0.004 0.001 0.694 0.216 0.008 0.063 0.014 50 E 0.002 0.002 0.801 0.113 0.008 0.047 0.027 51 I 0.012 0.028 0.310 0.263 0.039 0.263 0.085 52 G 0.012 0.002 0.052 0.086 0.051 0.596 0.200 53 Y 0.052 0.046 0.029 0.091 0.091 0.171 0.521 54 R 0.063 0.025 0.014 0.068 0.172 0.254 0.404 55 G 0.050 0.005 0.021 0.021 0.343 0.233 0.327 56 T 0.083 0.017 0.051 0.109 0.259 0.139 0.342 57 E 0.115 0.061 0.050 0.161 0.191 0.092 0.330 58 L 0.057 0.023 0.040 0.256 0.080 0.042 0.502 59 R 0.012 0.005 0.172 0.601 0.021 0.040 0.149 60 E 0.010 0.003 0.267 0.582 0.023 0.051 0.064 61 E 0.015 0.005 0.282 0.499 0.024 0.110 0.065 62 I 0.035 0.013 0.135 0.378 0.116 0.219 0.102 63 N 0.014 0.009 0.036 0.215 0.045 0.557 0.124 64 G 0.008 0.008 0.008 0.074 0.311 0.283 0.309 65 D 0.003 0.007 0.001 0.019 0.255 0.004 0.711 66 P 0.001 0.001 0.013 0.967 0.001 0.017 0.001 67 Q 0.001 0.001 0.016 0.968 0.001 0.015 0.001 68 Q 0.001 0.001 0.016 0.975 0.001 0.006 0.002 69 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.001 70 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.009 0.001 71 R 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.010 0.001 72 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 74 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 76 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 78 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 79 G 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 81 L 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.005 0.001 82 R 0.002 0.001 0.009 0.959 0.002 0.027 0.001 83 M 0.002 0.001 0.020 0.707 0.007 0.253 0.010 84 G 0.005 0.003 0.024 0.175 0.044 0.647 0.102 85 L 0.028 0.009 0.037 0.051 0.128 0.136 0.611 86 I 0.039 0.033 0.046 0.064 0.166 0.137 0.515 87 K 0.035 0.029 0.018 0.044 0.390 0.117 0.367 88 T 0.014 0.013 0.003 0.014 0.345 0.008 0.603 89 P 0.001 0.001 0.090 0.818 0.005 0.069 0.017 90 E 0.001 0.001 0.131 0.785 0.006 0.068 0.009 91 E 0.003 0.002 0.191 0.726 0.006 0.039 0.033 92 A 0.011 0.008 0.097 0.752 0.019 0.056 0.057 93 A 0.013 0.006 0.093 0.550 0.023 0.257 0.057 94 T 0.015 0.006 0.082 0.332 0.055 0.407 0.104 95 R 0.024 0.004 0.071 0.113 0.197 0.212 0.379 96 Q 0.048 0.010 0.042 0.028 0.247 0.260 0.365 97 H 0.063 0.012 0.039 0.021 0.293 0.235 0.337 98 T 0.148 0.014 0.002 0.001 0.293 0.004 0.538 99 P 0.190 0.004 0.002 0.001 0.042 0.006 0.756 100 K 0.823 0.004 0.003 0.001 0.082 0.007 0.081 101 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 102 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 103 F 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 104 V 0.938 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.055 105 A 0.521 0.005 0.001 0.001 0.069 0.002 0.403 106 P 0.135 0.012 0.001 0.001 0.099 0.005 0.747 107 P 0.053 0.013 0.069 0.019 0.089 0.054 0.703 108 R 0.032 0.008 0.231 0.056 0.204 0.119 0.349 109 D 0.030 0.010 0.302 0.110 0.143 0.135 0.270 110 Y 0.099 0.017 0.206 0.190 0.119 0.111 0.258 111 R 0.198 0.040 0.125 0.196 0.093 0.118 0.229 112 T 0.188 0.019 0.085 0.143 0.108 0.143 0.314 113 A 0.169 0.019 0.040 0.071 0.165 0.312 0.224 114 S 0.088 0.011 0.019 0.030 0.201 0.484 0.166 115 G 0.138 0.007 0.019 0.027 0.307 0.179 0.324 116 K 0.445 0.025 0.017 0.031 0.099 0.029 0.354 117 L 0.705 0.056 0.019 0.028 0.041 0.015 0.137 118 V 0.592 0.030 0.030 0.044 0.051 0.027 0.226 119 A 0.428 0.026 0.035 0.067 0.059 0.068 0.316 120 A 0.098 0.006 0.075 0.105 0.106 0.507 0.104 121 G 0.060 0.004 0.039 0.058 0.168 0.550 0.120 122 D 0.124 0.013 0.041 0.142 0.209 0.173 0.298 123 I 0.305 0.031 0.016 0.131 0.127 0.052 0.338 124 D 0.443 0.014 0.010 0.130 0.077 0.030 0.296 125 L 0.775 0.005 0.009 0.106 0.021 0.019 0.065 126 L 0.866 0.005 0.004 0.085 0.006 0.004 0.029 127 V 0.865 0.003 0.010 0.085 0.007 0.005 0.026 128 R 0.792 0.002 0.012 0.124 0.025 0.011 0.034 129 A 0.761 0.009 0.012 0.141 0.015 0.020 0.042 130 L 0.440 0.008 0.010 0.261 0.066 0.040 0.174 131 S 0.247 0.027 0.010 0.113 0.080 0.053 0.468 132 M 0.026 0.009 0.030 0.103 0.064 0.692 0.076 133 G 0.012 0.002 0.038 0.030 0.156 0.683 0.079 134 K 0.065 0.015 0.057 0.059 0.310 0.074 0.419 135 L 0.114 0.065 0.033 0.059 0.052 0.046 0.631 136 H 0.133 0.046 0.095 0.133 0.096 0.113 0.384 137 H 0.052 0.019 0.102 0.235 0.083 0.390 0.119 138 A 0.037 0.013 0.107 0.360 0.075 0.225 0.182 139 M 0.056 0.021 0.070 0.468 0.059 0.150 0.176 140 M 0.026 0.009 0.047 0.711 0.020 0.118 0.070 141 G 0.014 0.004 0.039 0.863 0.015 0.034 0.031 142 T 0.002 0.001 0.015 0.968 0.002 0.008 0.005 143 A 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.002 0.001 144 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 145 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 147 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 148 G 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 149 T 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.019 0.001 150 A 0.001 0.001 0.002 0.948 0.001 0.045 0.003 151 A 0.010 0.002 0.008 0.848 0.018 0.089 0.024 152 A 0.035 0.030 0.008 0.615 0.027 0.139 0.145 153 I 0.027 0.010 0.002 0.030 0.176 0.012 0.742 154 P 0.004 0.001 0.006 0.092 0.088 0.764 0.045 155 G 0.010 0.001 0.005 0.033 0.064 0.862 0.025 156 T 0.191 0.035 0.009 0.233 0.109 0.029 0.395 157 L 0.242 0.006 0.007 0.636 0.030 0.030 0.048 158 V 0.189 0.007 0.028 0.668 0.015 0.029 0.063 159 N 0.200 0.010 0.036 0.558 0.041 0.018 0.136 160 L 0.155 0.005 0.092 0.522 0.061 0.024 0.141 161 A 0.135 0.016 0.179 0.356 0.058 0.107 0.148 162 A 0.072 0.010 0.120 0.310 0.077 0.297 0.114 163 G 0.064 0.012 0.049 0.114 0.172 0.361 0.228 164 G 0.040 0.014 0.051 0.028 0.172 0.267 0.427 165 G 0.035 0.006 0.061 0.010 0.234 0.209 0.446 166 E 0.097 0.028 0.078 0.003 0.267 0.177 0.350 167 R 0.208 0.021 0.059 0.001 0.161 0.061 0.489 168 S 0.258 0.004 0.024 0.002 0.313 0.034 0.365 169 A 0.821 0.010 0.010 0.002 0.021 0.010 0.126 170 V 0.949 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.039 171 R 0.975 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 172 F 0.915 0.005 0.001 0.002 0.004 0.014 0.059 173 G 0.435 0.006 0.004 0.001 0.180 0.108 0.266 174 H 0.222 0.012 0.007 0.001 0.367 0.065 0.326 175 P 0.223 0.026 0.015 0.001 0.231 0.233 0.271 176 S 0.142 0.015 0.024 0.001 0.276 0.300 0.243 177 G 0.293 0.006 0.014 0.001 0.389 0.099 0.197 178 T 0.601 0.008 0.007 0.002 0.112 0.014 0.256 179 L 0.926 0.005 0.002 0.001 0.008 0.002 0.054 180 R 0.978 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 181 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 182 G 0.952 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 0.030 183 A 0.883 0.001 0.001 0.003 0.011 0.024 0.078 184 E 0.947 0.005 0.001 0.003 0.010 0.006 0.029 185 A 0.948 0.006 0.002 0.003 0.009 0.004 0.028 186 S 0.804 0.006 0.010 0.008 0.027 0.025 0.120 187 Q 0.489 0.005 0.064 0.038 0.097 0.158 0.149 188 A 0.238 0.013 0.089 0.046 0.110 0.399 0.104 189 N 0.055 0.003 0.059 0.012 0.126 0.677 0.069 190 G 0.065 0.003 0.027 0.008 0.272 0.416 0.207 191 E 0.337 0.037 0.015 0.013 0.130 0.058 0.410 192 W 0.704 0.016 0.004 0.008 0.055 0.009 0.203 193 T 0.809 0.013 0.004 0.014 0.022 0.011 0.128 194 V 0.840 0.005 0.004 0.013 0.011 0.004 0.123 195 T 0.749 0.001 0.004 0.035 0.088 0.007 0.115 196 K 0.922 0.001 0.003 0.041 0.011 0.008 0.015 197 A 0.877 0.002 0.001 0.093 0.003 0.001 0.024 198 I 0.855 0.001 0.001 0.130 0.005 0.002 0.007 199 M 0.694 0.001 0.004 0.248 0.008 0.012 0.033 200 S 0.656 0.007 0.003 0.158 0.048 0.013 0.115 201 R 0.274 0.005 0.012 0.305 0.196 0.041 0.167 202 S 0.210 0.021 0.026 0.287 0.125 0.084 0.246 203 A 0.032 0.002 0.083 0.809 0.008 0.035 0.031 204 R 0.040 0.001 0.186 0.681 0.045 0.031 0.016 205 I 0.060 0.003 0.189 0.686 0.012 0.039 0.011 206 L 0.093 0.004 0.074 0.703 0.017 0.085 0.023 207 M 0.353 0.015 0.028 0.319 0.029 0.186 0.069 208 E 0.392 0.007 0.008 0.128 0.095 0.223 0.147 209 G 0.450 0.001 0.005 0.019 0.090 0.267 0.167 210 W 0.798 0.008 0.002 0.012 0.020 0.050 0.110 211 V 0.951 0.004 0.001 0.002 0.004 0.005 0.033 212 R 0.918 0.009 0.001 0.001 0.009 0.002 0.062 213 V 0.640 0.010 0.001 0.001 0.037 0.004 0.306 214 P 0.169 0.007 0.006 0.002 0.103 0.093 0.620 215 G 0.028 0.007 0.098 0.011 0.224 0.327 0.305 216 D 0.023 0.007 0.129 0.018 0.255 0.256 0.312 217 A 0.028 0.022 0.123 0.031 0.087 0.181 0.528 218 F 0.026 0.008 0.014 0.013 0.061 0.021 0.856