# TARGET T0301 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9436 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.049 0.062 0.088 0.157 0.218 0.294 0.130 2 L 0.125 0.187 0.186 0.184 0.165 0.121 0.031 3 D 0.182 0.236 0.234 0.188 0.106 0.045 0.008 4 P 0.247 0.177 0.172 0.196 0.139 0.058 0.011 5 S 0.350 0.220 0.185 0.130 0.075 0.033 0.006 6 D 0.607 0.220 0.092 0.051 0.022 0.006 0.001 7 D 0.622 0.244 0.088 0.036 0.009 0.002 0.001 8 G 0.674 0.160 0.074 0.058 0.027 0.007 0.001 9 E 0.720 0.188 0.060 0.023 0.007 0.001 0.001 10 D 0.565 0.277 0.111 0.038 0.009 0.001 0.001 11 G 0.329 0.235 0.180 0.156 0.078 0.019 0.002 12 G 0.263 0.258 0.217 0.155 0.078 0.025 0.004 13 A 0.194 0.266 0.235 0.178 0.090 0.032 0.006 14 I 0.037 0.070 0.109 0.211 0.276 0.240 0.057 15 F 0.019 0.049 0.100 0.215 0.288 0.252 0.077 16 P 0.042 0.106 0.164 0.220 0.214 0.194 0.062 17 T 0.081 0.171 0.201 0.215 0.171 0.122 0.038 18 G 0.120 0.174 0.212 0.220 0.165 0.085 0.025 19 N 0.185 0.309 0.237 0.138 0.080 0.038 0.013 20 L 0.028 0.080 0.144 0.233 0.264 0.201 0.050 21 V 0.030 0.129 0.228 0.280 0.209 0.099 0.025 22 D 0.032 0.101 0.169 0.247 0.247 0.174 0.030 23 D 0.039 0.177 0.304 0.280 0.144 0.049 0.007 24 L 0.011 0.027 0.075 0.230 0.397 0.240 0.021 25 E 0.134 0.405 0.278 0.129 0.041 0.012 0.002 26 V 0.054 0.109 0.197 0.332 0.242 0.065 0.002 27 P 0.329 0.376 0.191 0.079 0.021 0.003 0.001 28 G 0.499 0.334 0.120 0.039 0.007 0.001 0.001 29 V 0.212 0.261 0.251 0.197 0.071 0.009 0.001 30 G 0.132 0.410 0.306 0.121 0.029 0.003 0.001 31 T 0.032 0.217 0.357 0.284 0.093 0.016 0.001 32 F 0.001 0.002 0.010 0.070 0.356 0.510 0.051 33 K 0.001 0.019 0.109 0.337 0.384 0.131 0.019 34 A 0.001 0.001 0.005 0.022 0.095 0.525 0.352 35 T 0.001 0.001 0.001 0.006 0.050 0.365 0.578 36 M 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.174 0.796 37 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.140 0.835 38 N 0.001 0.001 0.004 0.014 0.055 0.251 0.674 39 A 0.001 0.004 0.012 0.031 0.079 0.283 0.591 40 G 0.001 0.006 0.016 0.054 0.125 0.345 0.454 41 I 0.005 0.013 0.028 0.064 0.136 0.338 0.416 42 P 0.004 0.014 0.033 0.083 0.147 0.345 0.374 43 T 0.008 0.020 0.044 0.095 0.168 0.345 0.321 44 V 0.002 0.006 0.010 0.029 0.096 0.405 0.451 45 F 0.002 0.009 0.030 0.103 0.220 0.417 0.219 46 V 0.004 0.016 0.029 0.076 0.186 0.477 0.212 47 N 0.014 0.093 0.187 0.313 0.238 0.127 0.027 48 A 0.011 0.034 0.096 0.237 0.358 0.240 0.024 49 E 0.235 0.395 0.232 0.103 0.029 0.006 0.001 50 E 0.310 0.388 0.189 0.081 0.025 0.007 0.001 51 I 0.092 0.097 0.182 0.293 0.252 0.080 0.004 52 G 0.251 0.294 0.230 0.147 0.059 0.017 0.002 53 Y 0.266 0.218 0.189 0.179 0.107 0.036 0.004 54 R 0.319 0.286 0.196 0.119 0.055 0.022 0.003 55 G 0.239 0.195 0.192 0.190 0.128 0.049 0.007 56 T 0.322 0.269 0.176 0.123 0.070 0.033 0.007 57 E 0.116 0.201 0.236 0.228 0.151 0.061 0.008 58 L 0.127 0.167 0.205 0.248 0.180 0.067 0.006 59 R 0.201 0.308 0.271 0.163 0.049 0.007 0.001 60 E 0.653 0.250 0.069 0.021 0.005 0.001 0.001 61 E 0.269 0.315 0.245 0.129 0.035 0.006 0.001 62 I 0.072 0.113 0.225 0.338 0.210 0.041 0.001 63 N 0.483 0.327 0.130 0.047 0.011 0.002 0.001 64 G 0.584 0.249 0.103 0.048 0.013 0.003 0.001 65 D 0.549 0.247 0.114 0.063 0.022 0.005 0.001 66 P 0.686 0.195 0.071 0.033 0.012 0.003 0.001 67 Q 0.626 0.261 0.080 0.024 0.007 0.002 0.001 68 Q 0.223 0.268 0.222 0.179 0.086 0.022 0.001 69 L 0.100 0.184 0.220 0.289 0.163 0.041 0.002 70 A 0.152 0.350 0.289 0.151 0.047 0.010 0.001 71 R 0.027 0.087 0.229 0.337 0.235 0.079 0.007 72 F 0.006 0.008 0.016 0.056 0.220 0.542 0.152 73 E 0.009 0.045 0.129 0.272 0.291 0.209 0.045 74 R 0.015 0.123 0.258 0.286 0.188 0.104 0.027 75 I 0.001 0.006 0.020 0.089 0.280 0.446 0.158 76 R 0.003 0.013 0.025 0.061 0.147 0.385 0.366 77 V 0.014 0.041 0.069 0.141 0.243 0.326 0.165 78 A 0.009 0.041 0.124 0.277 0.288 0.183 0.078 79 G 0.009 0.017 0.030 0.080 0.166 0.378 0.320 80 A 0.009 0.019 0.024 0.062 0.135 0.314 0.437 81 L 0.014 0.037 0.072 0.158 0.243 0.296 0.181 82 R 0.016 0.035 0.070 0.150 0.229 0.291 0.210 83 M 0.010 0.032 0.060 0.093 0.149 0.315 0.342 84 G 0.012 0.035 0.059 0.118 0.232 0.352 0.192 85 L 0.011 0.017 0.033 0.088 0.243 0.427 0.181 86 I 0.018 0.051 0.104 0.222 0.338 0.233 0.033 87 K 0.120 0.282 0.277 0.201 0.085 0.031 0.005 88 T 0.090 0.258 0.273 0.234 0.108 0.033 0.004 89 P 0.085 0.117 0.185 0.285 0.237 0.085 0.006 90 E 0.612 0.268 0.081 0.028 0.009 0.002 0.001 91 E 0.444 0.312 0.161 0.062 0.016 0.004 0.001 92 A 0.181 0.177 0.202 0.244 0.151 0.042 0.002 93 A 0.312 0.305 0.207 0.123 0.043 0.010 0.001 94 T 0.536 0.275 0.117 0.052 0.017 0.004 0.001 95 R 0.253 0.255 0.251 0.170 0.060 0.009 0.001 96 Q 0.467 0.285 0.133 0.072 0.031 0.011 0.001 97 H 0.158 0.214 0.230 0.220 0.129 0.044 0.005 98 T 0.046 0.140 0.237 0.276 0.195 0.091 0.015 99 P 0.013 0.044 0.086 0.208 0.301 0.274 0.073 100 K 0.002 0.009 0.033 0.101 0.237 0.411 0.208 101 I 0.002 0.005 0.013 0.036 0.117 0.468 0.359 102 A 0.001 0.003 0.008 0.027 0.104 0.387 0.470 103 F 0.001 0.001 0.003 0.016 0.089 0.451 0.439 104 V 0.001 0.004 0.015 0.067 0.227 0.468 0.219 105 A 0.003 0.021 0.063 0.192 0.333 0.336 0.052 106 P 0.023 0.156 0.278 0.294 0.171 0.067 0.010 107 P 0.057 0.144 0.213 0.264 0.219 0.095 0.008 108 R 0.335 0.291 0.192 0.115 0.052 0.014 0.002 109 D 0.555 0.245 0.109 0.056 0.024 0.009 0.001 110 Y 0.275 0.221 0.224 0.175 0.081 0.022 0.002 111 R 0.439 0.286 0.157 0.082 0.028 0.008 0.001 112 T 0.415 0.270 0.158 0.098 0.044 0.014 0.001 113 A 0.360 0.198 0.159 0.143 0.096 0.038 0.005 114 S 0.466 0.240 0.134 0.087 0.047 0.023 0.003 115 G 0.303 0.217 0.193 0.166 0.089 0.029 0.003 116 K 0.425 0.283 0.153 0.087 0.037 0.014 0.002 117 L 0.219 0.230 0.206 0.185 0.116 0.042 0.004 118 V 0.136 0.156 0.205 0.262 0.179 0.057 0.005 119 A 0.405 0.311 0.170 0.082 0.025 0.005 0.001 120 A 0.310 0.247 0.191 0.154 0.078 0.020 0.001 121 G 0.317 0.319 0.200 0.115 0.040 0.008 0.001 122 D 0.169 0.352 0.254 0.145 0.059 0.019 0.003 123 I 0.005 0.020 0.073 0.240 0.402 0.236 0.023 124 D 0.007 0.026 0.095 0.228 0.333 0.260 0.050 125 L 0.002 0.003 0.005 0.015 0.071 0.459 0.445 126 L 0.002 0.005 0.010 0.034 0.121 0.374 0.453 127 V 0.002 0.005 0.011 0.025 0.061 0.271 0.626 128 R 0.004 0.007 0.015 0.050 0.128 0.322 0.476 129 A 0.004 0.015 0.030 0.065 0.133 0.404 0.349 130 L 0.013 0.029 0.052 0.122 0.222 0.342 0.221 131 S 0.050 0.107 0.133 0.184 0.196 0.229 0.102 132 M 0.140 0.167 0.169 0.197 0.168 0.113 0.046 133 G 0.197 0.250 0.224 0.180 0.098 0.042 0.009 134 K 0.230 0.340 0.244 0.125 0.045 0.013 0.003 135 L 0.074 0.118 0.156 0.226 0.239 0.157 0.029 136 H 0.023 0.036 0.081 0.196 0.328 0.278 0.057 137 H 0.053 0.146 0.227 0.247 0.171 0.113 0.043 138 A 0.029 0.047 0.072 0.139 0.206 0.322 0.185 139 M 0.020 0.035 0.049 0.091 0.184 0.320 0.303 140 M 0.050 0.089 0.125 0.150 0.150 0.211 0.224 141 G 0.036 0.044 0.064 0.126 0.172 0.260 0.298 142 T 0.033 0.036 0.039 0.055 0.125 0.288 0.423 143 A 0.020 0.024 0.049 0.112 0.151 0.239 0.405 144 A 0.027 0.021 0.025 0.035 0.065 0.210 0.617 145 V 0.019 0.013 0.013 0.028 0.062 0.172 0.693 146 A 0.012 0.014 0.022 0.040 0.060 0.187 0.665 147 I 0.012 0.018 0.023 0.046 0.068 0.220 0.614 148 G 0.018 0.020 0.030 0.062 0.115 0.265 0.490 149 T 0.006 0.019 0.035 0.079 0.130 0.358 0.372 150 A 0.015 0.023 0.036 0.099 0.177 0.338 0.312 151 A 0.014 0.044 0.064 0.106 0.152 0.352 0.269 152 A 0.024 0.059 0.122 0.221 0.231 0.239 0.104 153 I 0.017 0.044 0.070 0.121 0.192 0.342 0.215 154 P 0.056 0.145 0.152 0.200 0.177 0.165 0.105 155 G 0.020 0.049 0.097 0.181 0.232 0.291 0.129 156 T 0.017 0.045 0.073 0.143 0.237 0.335 0.150 157 L 0.007 0.016 0.038 0.099 0.221 0.402 0.216 158 V 0.009 0.016 0.028 0.072 0.165 0.403 0.308 159 N 0.019 0.058 0.100 0.182 0.256 0.257 0.128 160 L 0.026 0.073 0.130 0.197 0.253 0.241 0.079 161 A 0.020 0.044 0.083 0.171 0.285 0.310 0.087 162 A 0.054 0.082 0.130 0.241 0.272 0.193 0.029 163 G 0.223 0.299 0.221 0.155 0.071 0.027 0.004 164 G 0.306 0.302 0.211 0.128 0.043 0.009 0.001 165 G 0.535 0.281 0.109 0.050 0.019 0.005 0.001 166 E 0.393 0.314 0.172 0.087 0.028 0.006 0.001 167 R 0.136 0.247 0.275 0.220 0.103 0.018 0.001 168 S 0.120 0.332 0.294 0.175 0.063 0.015 0.002 169 A 0.016 0.120 0.283 0.333 0.183 0.057 0.007 170 V 0.001 0.004 0.013 0.067 0.272 0.544 0.098 171 R 0.005 0.037 0.123 0.282 0.310 0.196 0.047 172 F 0.003 0.007 0.015 0.044 0.137 0.494 0.300 173 G 0.017 0.098 0.162 0.236 0.222 0.191 0.074 174 H 0.012 0.044 0.098 0.190 0.282 0.273 0.102 175 P 0.040 0.116 0.158 0.203 0.217 0.192 0.076 176 S 0.098 0.258 0.259 0.210 0.113 0.047 0.016 177 G 0.036 0.136 0.211 0.255 0.200 0.127 0.035 178 T 0.024 0.188 0.321 0.279 0.134 0.043 0.010 179 L 0.002 0.008 0.023 0.095 0.288 0.465 0.119 180 R 0.007 0.105 0.306 0.364 0.168 0.044 0.007 181 V 0.003 0.013 0.034 0.122 0.321 0.441 0.066 182 G 0.010 0.103 0.271 0.349 0.187 0.070 0.008 183 A 0.012 0.037 0.099 0.261 0.366 0.205 0.019 184 E 0.092 0.327 0.326 0.180 0.059 0.015 0.002 185 A 0.099 0.204 0.274 0.274 0.126 0.022 0.001 186 S 0.334 0.428 0.176 0.050 0.010 0.002 0.001 187 Q 0.434 0.320 0.160 0.069 0.016 0.002 0.001 188 A 0.655 0.213 0.085 0.035 0.011 0.002 0.001 189 N 0.748 0.178 0.052 0.018 0.004 0.001 0.001 190 G 0.557 0.267 0.127 0.042 0.007 0.001 0.001 191 E 0.466 0.323 0.133 0.059 0.016 0.003 0.001 192 W 0.097 0.205 0.280 0.258 0.132 0.026 0.002 193 T 0.063 0.190 0.298 0.286 0.134 0.028 0.002 194 V 0.035 0.035 0.060 0.174 0.329 0.312 0.055 195 T 0.052 0.188 0.267 0.287 0.144 0.054 0.007 196 K 0.044 0.156 0.248 0.250 0.182 0.100 0.021 197 A 0.014 0.030 0.060 0.144 0.264 0.348 0.139 198 I 0.010 0.025 0.063 0.137 0.231 0.335 0.201 199 M 0.031 0.041 0.053 0.084 0.141 0.319 0.332 200 S 0.026 0.058 0.108 0.188 0.206 0.242 0.172 201 R 0.042 0.061 0.095 0.131 0.151 0.245 0.274 202 S 0.026 0.036 0.052 0.096 0.153 0.293 0.343 203 A 0.026 0.028 0.039 0.084 0.148 0.356 0.320 204 R 0.080 0.122 0.133 0.201 0.182 0.176 0.105 205 I 0.048 0.078 0.111 0.179 0.207 0.262 0.114 206 L 0.027 0.047 0.057 0.093 0.153 0.344 0.280 207 M 0.022 0.064 0.111 0.219 0.241 0.245 0.099 208 E 0.053 0.167 0.199 0.217 0.181 0.130 0.053 209 G 0.059 0.120 0.171 0.234 0.215 0.160 0.041 210 W 0.025 0.100 0.218 0.290 0.232 0.119 0.016 211 V 0.035 0.032 0.044 0.123 0.291 0.392 0.084 212 R 0.068 0.151 0.219 0.276 0.189 0.086 0.011 213 V 0.149 0.174 0.178 0.223 0.181 0.084 0.011 214 P 0.265 0.284 0.227 0.150 0.053 0.019 0.003 215 G 0.437 0.266 0.163 0.090 0.036 0.008 0.001 216 D 0.595 0.254 0.099 0.037 0.012 0.003 0.001 217 A 0.515 0.222 0.133 0.082 0.037 0.009 0.001 218 F 0.515 0.205 0.142 0.086 0.039 0.012 0.002