# TARGET T0301 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.0615 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.052 0.013 0.012 0.008 0.208 0.707 2 L 0.077 0.036 0.006 0.005 0.138 0.738 3 D 0.071 0.049 0.006 0.004 0.179 0.692 4 P 0.044 0.059 0.022 0.008 0.262 0.604 5 S 0.030 0.043 0.029 0.007 0.453 0.438 6 D 0.030 0.028 0.060 0.014 0.638 0.230 7 D 0.022 0.014 0.038 0.018 0.694 0.214 8 G 0.029 0.034 0.027 0.014 0.702 0.194 9 E 0.050 0.047 0.032 0.016 0.654 0.202 10 D 0.082 0.052 0.044 0.028 0.577 0.217 11 G 0.128 0.064 0.050 0.035 0.542 0.181 12 G 0.158 0.028 0.066 0.020 0.477 0.250 13 A 0.272 0.042 0.099 0.028 0.318 0.241 14 I 0.283 0.176 0.067 0.036 0.233 0.205 15 F 0.163 0.054 0.028 0.013 0.461 0.282 16 P 0.132 0.022 0.025 0.014 0.514 0.292 17 T 0.051 0.017 0.033 0.017 0.641 0.241 18 G 0.042 0.029 0.036 0.014 0.641 0.239 19 N 0.057 0.011 0.020 0.005 0.365 0.543 20 L 0.213 0.058 0.086 0.010 0.302 0.332 21 V 0.338 0.019 0.055 0.007 0.250 0.331 22 D 0.408 0.009 0.098 0.005 0.211 0.269 23 D 0.653 0.020 0.056 0.006 0.089 0.176 24 L 0.801 0.017 0.017 0.004 0.048 0.113 25 E 0.754 0.030 0.009 0.003 0.045 0.160 26 V 0.434 0.064 0.009 0.003 0.237 0.253 27 P 0.150 0.018 0.010 0.002 0.555 0.265 28 G 0.052 0.005 0.021 0.001 0.717 0.204 29 V 0.089 0.022 0.026 0.002 0.720 0.140 30 G 0.169 0.014 0.017 0.003 0.436 0.363 31 T 0.304 0.016 0.010 0.004 0.273 0.393 32 F 0.622 0.020 0.003 0.004 0.094 0.258 33 K 0.809 0.009 0.001 0.003 0.037 0.142 34 A 0.929 0.003 0.001 0.002 0.016 0.048 35 T 0.952 0.003 0.001 0.004 0.011 0.028 36 M 0.960 0.001 0.002 0.008 0.010 0.019 37 I 0.914 0.004 0.003 0.023 0.017 0.039 38 N 0.714 0.005 0.009 0.022 0.116 0.133 39 A 0.334 0.011 0.014 0.042 0.336 0.263 40 G 0.214 0.022 0.022 0.020 0.410 0.313 41 I 0.176 0.008 0.025 0.008 0.506 0.277 42 P 0.218 0.004 0.035 0.016 0.418 0.308 43 T 0.690 0.007 0.032 0.013 0.146 0.112 44 V 0.955 0.003 0.004 0.008 0.017 0.014 45 F 0.980 0.001 0.001 0.006 0.004 0.008 46 V 0.938 0.004 0.001 0.010 0.007 0.039 47 N 0.786 0.013 0.004 0.016 0.044 0.136 48 A 0.041 0.001 0.641 0.125 0.136 0.055 49 E 0.006 0.001 0.889 0.039 0.053 0.013 50 E 0.004 0.001 0.895 0.054 0.041 0.005 51 I 0.017 0.013 0.286 0.358 0.186 0.139 52 G 0.024 0.011 0.042 0.131 0.205 0.587 53 Y 0.044 0.028 0.017 0.119 0.234 0.558 54 R 0.069 0.025 0.018 0.064 0.249 0.576 55 G 0.069 0.016 0.082 0.135 0.278 0.420 56 T 0.130 0.017 0.139 0.229 0.207 0.277 57 E 0.156 0.028 0.075 0.423 0.116 0.203 58 L 0.097 0.027 0.050 0.535 0.087 0.204 59 R 0.009 0.002 0.091 0.838 0.034 0.027 60 E 0.004 0.001 0.154 0.796 0.034 0.011 61 E 0.004 0.002 0.183 0.742 0.060 0.010 62 I 0.005 0.004 0.097 0.709 0.143 0.042 63 N 0.004 0.007 0.027 0.279 0.379 0.303 64 G 0.001 0.003 0.007 0.069 0.283 0.636 65 D 0.002 0.004 0.001 0.018 0.130 0.845 66 P 0.001 0.001 0.050 0.910 0.028 0.012 67 Q 0.001 0.001 0.041 0.939 0.016 0.004 68 Q 0.001 0.001 0.021 0.968 0.008 0.002 69 L 0.001 0.001 0.009 0.977 0.006 0.007 70 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.004 71 R 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.005 72 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 73 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 74 R 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 76 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 78 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 79 G 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 80 A 0.001 0.001 0.007 0.986 0.006 0.001 81 L 0.001 0.001 0.011 0.982 0.006 0.001 82 R 0.001 0.001 0.007 0.983 0.006 0.004 83 M 0.001 0.001 0.008 0.899 0.014 0.077 84 G 0.001 0.003 0.007 0.047 0.056 0.886 85 L 0.009 0.014 0.015 0.013 0.221 0.728 86 I 0.036 0.024 0.017 0.011 0.345 0.568 87 K 0.038 0.031 0.007 0.007 0.318 0.599 88 T 0.016 0.009 0.002 0.009 0.152 0.813 89 P 0.001 0.001 0.048 0.896 0.028 0.026 90 E 0.001 0.001 0.020 0.971 0.006 0.002 91 E 0.002 0.001 0.039 0.943 0.014 0.002 92 A 0.003 0.001 0.017 0.952 0.019 0.008 93 A 0.006 0.002 0.023 0.925 0.029 0.016 94 T 0.011 0.003 0.025 0.820 0.067 0.074 95 R 0.023 0.005 0.025 0.450 0.168 0.329 96 Q 0.039 0.013 0.017 0.229 0.284 0.418 97 H 0.070 0.021 0.012 0.079 0.332 0.486 98 T 0.066 0.010 0.003 0.010 0.377 0.534 99 P 0.067 0.003 0.005 0.004 0.340 0.580 100 K 0.551 0.007 0.006 0.003 0.132 0.300 101 I 0.966 0.003 0.001 0.001 0.010 0.019 102 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 103 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 104 V 0.921 0.002 0.001 0.001 0.020 0.056 105 A 0.531 0.004 0.002 0.002 0.110 0.350 106 P 0.162 0.009 0.005 0.003 0.251 0.571 107 P 0.084 0.024 0.112 0.050 0.409 0.322 108 R 0.068 0.011 0.215 0.093 0.442 0.170 109 D 0.072 0.010 0.274 0.131 0.415 0.098 110 Y 0.127 0.019 0.151 0.221 0.343 0.138 111 R 0.259 0.028 0.096 0.200 0.249 0.168 112 T 0.216 0.029 0.074 0.262 0.322 0.098 113 A 0.171 0.011 0.052 0.286 0.369 0.110 114 S 0.076 0.008 0.023 0.293 0.423 0.176 115 G 0.111 0.006 0.017 0.128 0.445 0.293 116 K 0.337 0.020 0.019 0.147 0.168 0.308 117 L 0.624 0.028 0.019 0.109 0.080 0.139 118 V 0.548 0.027 0.034 0.101 0.118 0.171 119 A 0.406 0.017 0.041 0.081 0.247 0.209 120 A 0.165 0.012 0.073 0.120 0.411 0.219 121 G 0.097 0.008 0.056 0.073 0.494 0.272 122 D 0.151 0.013 0.061 0.045 0.410 0.320 123 I 0.249 0.017 0.031 0.044 0.282 0.377 124 D 0.358 0.009 0.015 0.030 0.185 0.403 125 L 0.834 0.006 0.006 0.028 0.048 0.078 126 L 0.939 0.002 0.001 0.016 0.015 0.025 127 V 0.961 0.001 0.002 0.018 0.008 0.009 128 R 0.922 0.001 0.002 0.042 0.012 0.021 129 A 0.839 0.003 0.006 0.046 0.028 0.080 130 L 0.556 0.020 0.007 0.050 0.076 0.290 131 S 0.238 0.026 0.015 0.055 0.401 0.266 132 M 0.047 0.007 0.014 0.118 0.564 0.249 133 G 0.021 0.011 0.023 0.105 0.618 0.222 134 K 0.055 0.050 0.023 0.098 0.528 0.246 135 L 0.040 0.035 0.071 0.330 0.227 0.296 136 H 0.031 0.021 0.136 0.431 0.233 0.148 137 H 0.021 0.005 0.241 0.478 0.171 0.084 138 A 0.019 0.005 0.191 0.628 0.105 0.051 139 M 0.020 0.006 0.183 0.648 0.087 0.056 140 M 0.015 0.005 0.120 0.740 0.050 0.070 141 G 0.004 0.002 0.031 0.923 0.014 0.026 142 T 0.001 0.001 0.009 0.980 0.004 0.007 143 A 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 144 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 145 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 147 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 148 G 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 149 T 0.001 0.001 0.018 0.978 0.003 0.001 150 A 0.001 0.001 0.036 0.954 0.006 0.002 151 A 0.001 0.001 0.026 0.950 0.008 0.015 152 A 0.002 0.005 0.016 0.718 0.026 0.234 153 I 0.007 0.027 0.012 0.464 0.146 0.345 154 P 0.011 0.004 0.008 0.339 0.233 0.405 155 G 0.023 0.006 0.018 0.326 0.276 0.350 156 T 0.072 0.015 0.018 0.658 0.118 0.119 157 L 0.032 0.003 0.013 0.918 0.017 0.016 158 V 0.037 0.004 0.010 0.912 0.020 0.018 159 N 0.049 0.002 0.027 0.862 0.038 0.022 160 L 0.051 0.002 0.052 0.816 0.055 0.024 161 A 0.032 0.005 0.060 0.743 0.107 0.052 162 A 0.022 0.008 0.067 0.586 0.202 0.114 163 G 0.018 0.005 0.032 0.183 0.447 0.316 164 G 0.014 0.005 0.054 0.082 0.523 0.323 165 G 0.037 0.011 0.051 0.018 0.534 0.349 166 E 0.107 0.021 0.120 0.029 0.364 0.359 167 R 0.184 0.018 0.117 0.039 0.327 0.316 168 S 0.299 0.006 0.054 0.016 0.273 0.352 169 A 0.779 0.006 0.009 0.007 0.051 0.148 170 V 0.935 0.012 0.001 0.004 0.012 0.036 171 R 0.943 0.009 0.001 0.002 0.016 0.029 172 F 0.830 0.011 0.001 0.003 0.047 0.108 173 G 0.454 0.013 0.003 0.003 0.203 0.323 174 H 0.180 0.007 0.006 0.001 0.461 0.344 175 P 0.174 0.008 0.013 0.003 0.487 0.316 176 S 0.210 0.018 0.022 0.005 0.443 0.303 177 G 0.493 0.016 0.010 0.003 0.271 0.207 178 T 0.814 0.005 0.004 0.004 0.049 0.124 179 L 0.943 0.003 0.002 0.004 0.015 0.033 180 R 0.969 0.001 0.001 0.003 0.008 0.018 181 V 0.965 0.001 0.001 0.005 0.008 0.021 182 G 0.946 0.001 0.001 0.005 0.016 0.032 183 A 0.946 0.001 0.001 0.005 0.013 0.035 184 E 0.926 0.002 0.001 0.005 0.021 0.046 185 A 0.863 0.005 0.004 0.010 0.041 0.077 186 S 0.692 0.014 0.013 0.012 0.130 0.140 187 Q 0.412 0.021 0.049 0.020 0.400 0.099 188 A 0.211 0.013 0.057 0.021 0.576 0.122 189 N 0.078 0.005 0.041 0.015 0.719 0.143 190 G 0.100 0.005 0.016 0.007 0.584 0.288 191 E 0.338 0.015 0.008 0.010 0.234 0.395 192 W 0.743 0.012 0.005 0.005 0.077 0.157 193 T 0.903 0.008 0.003 0.006 0.023 0.057 194 V 0.901 0.005 0.006 0.017 0.024 0.047 195 T 0.859 0.002 0.010 0.035 0.031 0.064 196 K 0.784 0.002 0.015 0.094 0.035 0.070 197 A 0.702 0.004 0.014 0.189 0.035 0.057 198 I 0.403 0.005 0.023 0.514 0.021 0.034 199 M 0.122 0.002 0.021 0.826 0.013 0.016 200 S 0.019 0.001 0.012 0.940 0.011 0.017 201 R 0.010 0.001 0.011 0.957 0.012 0.009 202 S 0.008 0.001 0.007 0.961 0.011 0.012 203 A 0.003 0.001 0.008 0.974 0.010 0.003 204 R 0.008 0.001 0.023 0.940 0.025 0.003 205 I 0.013 0.001 0.033 0.913 0.037 0.003 206 L 0.012 0.001 0.020 0.936 0.026 0.005 207 M 0.015 0.001 0.012 0.915 0.029 0.027 208 E 0.026 0.002 0.011 0.803 0.048 0.111 209 G 0.135 0.003 0.023 0.356 0.116 0.367 210 W 0.605 0.009 0.012 0.114 0.073 0.187 211 V 0.878 0.006 0.006 0.029 0.026 0.055 212 R 0.842 0.010 0.002 0.017 0.031 0.099 213 V 0.612 0.013 0.003 0.010 0.077 0.285 214 P 0.208 0.012 0.015 0.016 0.290 0.458 215 G 0.047 0.011 0.173 0.035 0.435 0.300 216 D 0.047 0.015 0.218 0.050 0.434 0.237 217 A 0.043 0.018 0.230 0.070 0.368 0.271 218 F 0.030 0.013 0.021 0.024 0.222 0.690