# TARGET T0301 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.0615 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.019 0.005 0.001 0.006 0.019 0.013 0.936 2 L 0.039 0.117 0.002 0.007 0.027 0.014 0.795 3 D 0.020 0.031 0.003 0.002 0.060 0.010 0.874 4 P 0.010 0.008 0.064 0.012 0.068 0.515 0.323 5 S 0.007 0.012 0.079 0.013 0.097 0.381 0.411 6 D 0.010 0.033 0.099 0.029 0.167 0.219 0.444 7 D 0.010 0.033 0.055 0.055 0.164 0.374 0.308 8 G 0.013 0.015 0.076 0.070 0.308 0.218 0.300 9 E 0.040 0.033 0.101 0.076 0.268 0.189 0.293 10 D 0.079 0.075 0.115 0.177 0.135 0.189 0.232 11 G 0.076 0.028 0.227 0.318 0.060 0.141 0.151 12 G 0.086 0.028 0.291 0.223 0.095 0.121 0.155 13 A 0.181 0.023 0.223 0.149 0.142 0.118 0.164 14 I 0.314 0.086 0.143 0.123 0.092 0.076 0.167 15 F 0.223 0.063 0.029 0.019 0.222 0.032 0.411 16 P 0.136 0.016 0.031 0.011 0.158 0.250 0.399 17 T 0.071 0.036 0.026 0.006 0.291 0.262 0.307 18 G 0.072 0.024 0.023 0.006 0.499 0.115 0.261 19 N 0.076 0.011 0.034 0.008 0.264 0.084 0.524 20 L 0.140 0.049 0.188 0.048 0.103 0.279 0.192 21 V 0.340 0.046 0.148 0.020 0.054 0.108 0.284 22 D 0.338 0.008 0.110 0.014 0.168 0.044 0.316 23 D 0.728 0.009 0.047 0.013 0.053 0.024 0.127 24 L 0.898 0.011 0.003 0.005 0.016 0.007 0.061 25 E 0.916 0.027 0.001 0.003 0.005 0.003 0.044 26 V 0.641 0.041 0.001 0.002 0.010 0.007 0.297 27 P 0.114 0.002 0.008 0.001 0.104 0.488 0.282 28 G 0.031 0.002 0.013 0.001 0.147 0.766 0.042 29 V 0.111 0.015 0.048 0.007 0.284 0.282 0.255 30 G 0.145 0.005 0.025 0.004 0.432 0.138 0.251 31 T 0.491 0.023 0.011 0.002 0.085 0.046 0.342 32 F 0.755 0.010 0.001 0.001 0.014 0.001 0.218 33 K 0.834 0.001 0.001 0.001 0.060 0.002 0.101 34 A 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 35 T 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 36 M 0.984 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.008 37 I 0.916 0.002 0.004 0.005 0.007 0.005 0.061 38 N 0.602 0.009 0.014 0.009 0.046 0.019 0.302 39 A 0.186 0.007 0.033 0.013 0.213 0.333 0.214 40 G 0.074 0.012 0.031 0.006 0.259 0.390 0.228 41 I 0.134 0.011 0.012 0.006 0.376 0.067 0.392 42 P 0.272 0.007 0.009 0.004 0.205 0.048 0.455 43 T 0.826 0.007 0.011 0.006 0.049 0.021 0.079 44 V 0.972 0.002 0.004 0.006 0.004 0.004 0.010 45 F 0.987 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 46 V 0.947 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.036 47 N 0.482 0.009 0.001 0.002 0.022 0.002 0.483 48 A 0.011 0.001 0.376 0.478 0.007 0.087 0.040 49 E 0.004 0.001 0.670 0.242 0.008 0.062 0.014 50 E 0.002 0.002 0.792 0.122 0.008 0.048 0.026 51 I 0.011 0.026 0.305 0.269 0.037 0.274 0.078 52 G 0.011 0.002 0.048 0.082 0.051 0.624 0.182 53 Y 0.049 0.045 0.025 0.082 0.094 0.157 0.548 54 R 0.064 0.025 0.013 0.064 0.178 0.208 0.447 55 G 0.052 0.006 0.024 0.027 0.326 0.223 0.341 56 T 0.080 0.016 0.060 0.139 0.245 0.157 0.302 57 E 0.106 0.056 0.052 0.186 0.190 0.099 0.310 58 L 0.055 0.023 0.039 0.280 0.080 0.043 0.479 59 R 0.011 0.005 0.147 0.635 0.022 0.038 0.141 60 E 0.011 0.003 0.230 0.617 0.023 0.051 0.065 61 E 0.016 0.005 0.237 0.533 0.026 0.110 0.073 62 I 0.034 0.013 0.116 0.417 0.097 0.226 0.097 63 N 0.013 0.009 0.029 0.226 0.042 0.567 0.115 64 G 0.008 0.007 0.007 0.077 0.301 0.288 0.313 65 D 0.003 0.008 0.001 0.020 0.241 0.004 0.724 66 P 0.001 0.001 0.010 0.974 0.001 0.014 0.001 67 Q 0.001 0.001 0.015 0.972 0.001 0.013 0.001 68 Q 0.001 0.001 0.015 0.977 0.001 0.005 0.002 69 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.001 70 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.010 0.001 71 R 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.011 0.001 72 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 74 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 76 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 78 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 79 G 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 81 L 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.005 0.001 82 R 0.002 0.001 0.009 0.959 0.002 0.026 0.001 83 M 0.002 0.001 0.019 0.714 0.007 0.246 0.010 84 G 0.005 0.003 0.024 0.186 0.043 0.636 0.103 85 L 0.029 0.009 0.036 0.056 0.127 0.133 0.610 86 I 0.041 0.031 0.043 0.071 0.165 0.133 0.516 87 K 0.035 0.028 0.018 0.052 0.390 0.115 0.362 88 T 0.014 0.013 0.003 0.016 0.337 0.008 0.608 89 P 0.001 0.001 0.078 0.811 0.006 0.082 0.022 90 E 0.002 0.001 0.115 0.789 0.007 0.076 0.011 91 E 0.004 0.002 0.165 0.739 0.008 0.042 0.040 92 A 0.013 0.009 0.085 0.747 0.022 0.057 0.067 93 A 0.016 0.008 0.085 0.568 0.029 0.236 0.057 94 T 0.017 0.007 0.073 0.355 0.052 0.389 0.107 95 R 0.024 0.005 0.079 0.131 0.165 0.188 0.409 96 Q 0.040 0.010 0.060 0.040 0.206 0.314 0.332 97 H 0.041 0.011 0.056 0.029 0.290 0.303 0.269 98 T 0.093 0.010 0.002 0.001 0.418 0.004 0.473 99 P 0.135 0.004 0.002 0.001 0.042 0.007 0.810 100 K 0.801 0.005 0.003 0.001 0.101 0.008 0.082 101 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 102 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 103 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 104 V 0.940 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.053 105 A 0.507 0.005 0.001 0.001 0.068 0.001 0.418 106 P 0.126 0.012 0.001 0.001 0.098 0.004 0.758 107 P 0.053 0.013 0.066 0.020 0.088 0.051 0.710 108 R 0.032 0.008 0.232 0.062 0.203 0.117 0.345 109 D 0.029 0.009 0.309 0.123 0.136 0.135 0.259 110 Y 0.097 0.016 0.205 0.209 0.111 0.113 0.248 111 R 0.202 0.041 0.116 0.215 0.089 0.114 0.224 112 T 0.187 0.018 0.078 0.161 0.108 0.136 0.313 113 A 0.169 0.018 0.039 0.086 0.162 0.297 0.229 114 S 0.093 0.011 0.020 0.041 0.185 0.487 0.162 115 G 0.133 0.006 0.021 0.036 0.297 0.200 0.307 116 K 0.419 0.026 0.019 0.040 0.110 0.032 0.354 117 L 0.677 0.059 0.023 0.040 0.046 0.017 0.138 118 V 0.570 0.028 0.042 0.060 0.051 0.036 0.212 119 A 0.401 0.026 0.047 0.088 0.063 0.098 0.276 120 A 0.105 0.006 0.068 0.091 0.120 0.488 0.121 121 G 0.064 0.005 0.031 0.047 0.205 0.503 0.145 122 D 0.119 0.012 0.034 0.114 0.225 0.177 0.319 123 I 0.303 0.030 0.017 0.118 0.130 0.052 0.350 124 D 0.455 0.015 0.011 0.116 0.077 0.030 0.297 125 L 0.799 0.005 0.009 0.088 0.020 0.017 0.063 126 L 0.883 0.005 0.004 0.070 0.006 0.004 0.029 127 V 0.875 0.003 0.009 0.078 0.007 0.004 0.024 128 R 0.805 0.002 0.012 0.114 0.024 0.010 0.034 129 A 0.778 0.009 0.012 0.127 0.015 0.018 0.041 130 L 0.453 0.008 0.010 0.245 0.067 0.039 0.177 131 S 0.249 0.028 0.010 0.109 0.081 0.052 0.470 132 M 0.026 0.009 0.030 0.102 0.064 0.694 0.076 133 G 0.012 0.002 0.038 0.030 0.157 0.683 0.079 134 K 0.066 0.015 0.056 0.059 0.311 0.074 0.418 135 L 0.116 0.066 0.033 0.059 0.052 0.045 0.629 136 H 0.135 0.046 0.095 0.133 0.096 0.114 0.382 137 H 0.052 0.019 0.101 0.234 0.083 0.393 0.119 138 A 0.038 0.013 0.107 0.359 0.075 0.225 0.184 139 M 0.056 0.020 0.069 0.469 0.059 0.149 0.177 140 M 0.026 0.009 0.046 0.713 0.020 0.116 0.070 141 G 0.014 0.004 0.039 0.866 0.014 0.033 0.030 142 T 0.002 0.001 0.015 0.968 0.002 0.008 0.005 143 A 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.002 0.001 144 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 145 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 147 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 148 G 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 149 T 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.020 0.001 150 A 0.001 0.001 0.002 0.947 0.001 0.045 0.003 151 A 0.011 0.002 0.008 0.846 0.018 0.090 0.025 152 A 0.035 0.030 0.008 0.612 0.027 0.140 0.148 153 I 0.026 0.010 0.002 0.030 0.178 0.012 0.741 154 P 0.003 0.001 0.006 0.093 0.087 0.765 0.045 155 G 0.009 0.001 0.005 0.033 0.065 0.861 0.026 156 T 0.185 0.036 0.008 0.237 0.109 0.028 0.396 157 L 0.225 0.006 0.007 0.657 0.030 0.030 0.046 158 V 0.175 0.007 0.029 0.686 0.015 0.029 0.059 159 N 0.189 0.010 0.039 0.569 0.040 0.019 0.134 160 L 0.157 0.005 0.090 0.521 0.064 0.025 0.138 161 A 0.142 0.017 0.170 0.352 0.057 0.107 0.156 162 A 0.080 0.011 0.115 0.312 0.086 0.268 0.127 163 G 0.075 0.013 0.047 0.122 0.158 0.342 0.242 164 G 0.040 0.014 0.069 0.038 0.157 0.321 0.362 165 G 0.036 0.005 0.092 0.014 0.223 0.255 0.375 166 E 0.099 0.029 0.118 0.004 0.248 0.210 0.293 167 R 0.221 0.024 0.075 0.002 0.159 0.072 0.448 168 S 0.244 0.003 0.025 0.002 0.318 0.041 0.366 169 A 0.823 0.009 0.009 0.002 0.022 0.013 0.121 170 V 0.951 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.038 171 R 0.976 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 172 F 0.918 0.005 0.001 0.002 0.004 0.013 0.056 173 G 0.448 0.006 0.004 0.001 0.175 0.102 0.264 174 H 0.225 0.011 0.007 0.001 0.368 0.063 0.325 175 P 0.219 0.025 0.015 0.001 0.233 0.222 0.285 176 S 0.147 0.015 0.023 0.001 0.273 0.290 0.250 177 G 0.301 0.006 0.013 0.001 0.388 0.096 0.194 178 T 0.613 0.008 0.007 0.001 0.108 0.013 0.249 179 L 0.928 0.005 0.002 0.001 0.008 0.002 0.053 180 R 0.979 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 181 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 182 G 0.953 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.030 183 A 0.887 0.001 0.001 0.002 0.011 0.021 0.077 184 E 0.948 0.005 0.001 0.002 0.010 0.006 0.029 185 A 0.947 0.006 0.001 0.003 0.009 0.004 0.030 186 S 0.795 0.006 0.010 0.008 0.028 0.025 0.128 187 Q 0.467 0.005 0.069 0.036 0.102 0.165 0.155 188 A 0.217 0.012 0.094 0.043 0.112 0.418 0.104 189 N 0.051 0.003 0.062 0.011 0.126 0.676 0.070 190 G 0.065 0.003 0.029 0.008 0.278 0.405 0.211 191 E 0.326 0.038 0.017 0.012 0.131 0.060 0.414 192 W 0.686 0.018 0.005 0.008 0.061 0.011 0.211 193 T 0.789 0.014 0.005 0.014 0.025 0.013 0.141 194 V 0.832 0.005 0.005 0.012 0.012 0.004 0.130 195 T 0.748 0.001 0.005 0.032 0.089 0.008 0.117 196 K 0.923 0.001 0.003 0.038 0.011 0.008 0.016 197 A 0.883 0.002 0.001 0.086 0.003 0.001 0.024 198 I 0.866 0.001 0.001 0.119 0.004 0.002 0.007 199 M 0.720 0.002 0.004 0.225 0.007 0.011 0.032 200 S 0.678 0.007 0.002 0.141 0.046 0.012 0.114 201 R 0.297 0.005 0.011 0.280 0.198 0.040 0.169 202 S 0.228 0.021 0.024 0.269 0.128 0.081 0.249 203 A 0.036 0.002 0.084 0.801 0.009 0.035 0.033 204 R 0.043 0.001 0.188 0.672 0.048 0.032 0.017 205 I 0.064 0.003 0.190 0.680 0.013 0.038 0.012 206 L 0.100 0.004 0.075 0.697 0.017 0.083 0.023 207 M 0.369 0.016 0.028 0.309 0.028 0.182 0.068 208 E 0.399 0.007 0.008 0.127 0.094 0.221 0.144 209 G 0.454 0.001 0.005 0.020 0.089 0.265 0.166 210 W 0.797 0.008 0.002 0.012 0.020 0.050 0.110 211 V 0.950 0.004 0.001 0.002 0.004 0.005 0.033 212 R 0.915 0.010 0.001 0.001 0.009 0.002 0.063 213 V 0.627 0.011 0.001 0.001 0.040 0.004 0.317 214 P 0.161 0.007 0.007 0.002 0.111 0.120 0.592 215 G 0.026 0.006 0.093 0.011 0.224 0.360 0.280 216 D 0.023 0.007 0.125 0.017 0.263 0.253 0.311 217 A 0.030 0.023 0.116 0.030 0.087 0.179 0.536 218 F 0.026 0.008 0.014 0.012 0.059 0.019 0.862